正統十四年間，上在位未嘗有失德事。當時王振擅權，致有土木之變。上既回鑾，入南城，天下人心向慕不衰。及景泰淫蕩無度，臣民失望，一聞上皇復位，無不歡忭鼓舞。及石亨、張軏輩竊弄威權，人又失望。有御史楊瑄自河間來者，言石亨家人霸占民田，上謂賢與徐有貞曰：「御史敢言如此，實為難得。」亨輩遂謂賢與有貞主使，不然御史安敢如此，遂于上前訴其迎駕奪門之功，且言賢等欲排陷之，悲哭不已。上不得已，依其所言，召言官劾賢與有貞，下之獄。是時，士大夫莫不驚懼，方喜上嘉御史敢言，以為朝廷清政可卜，不料如此。是日，忽雷雹大作，大風拔木，承天門災，京師震恐。翌日，即將賢等降除參政等官，人以為感召天變如此其速。亨輩之家，大木俱折，冰雹尤甚，皆恐懼不安，遂有此處置。不然賢等安得即出。上心亦知此輩之非，但以初復位，亨等又自以為功，日在前后左右，只得徇從。越二日，上曰：「近日主張行事皆是徐有貞一人，李賢在朕前未嘗有妄言，今與有貞同責，于心不堪。」即召吏部尚書王翱曰：「李賢不可放去，還欲用之。」 （「李賢不可放去還欲用之」，「欲」原作「與」，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本改。） 遂轉吏部左侍郎。

上之復位，天下人心無不歡戴。若無亨輩攪擾左右，前后皆得正人輔導行事，三代可復。不幸而遇亨輩，讒言一人，未能遽解。數年之久，言路猶塞，所謂「開國承家，小人勿用」，可不戒哉！

上留賢為吏部左侍郎，時石亨聞之，愕然而怒，然無可奈何。及見賢，忸怩有慚色，已而反加親厚， （「已而反加親厚」，「已」字原缺，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本補。） 且以杯酒接殷懃之歡。或有宣召同事，喜見于面；若獨召賢，心便生疑，惟恐毀其短。久之，見賢推誠無偽，方不介懷。但數日不蒙宣召，心便不安，必假以事而進。出則張大其言及寵恩所加，使人畏其勢而羨其榮。然所言大抵私情十八九，在朝文武之士，疏者雖正以為邪；其趨媚親附者雖邪以為正。原其所存，不知天理為何物，惟利是尚，欲其不敗難矣！

天順改元復位之初，學士陳循輩斥去，惟徐有貞等三人。眾諭謂賢宜入閣。石亨聞之，密謂賢曰：「請子入閣。」賢即固辭曰：「不可。」時賢為吏部右侍郎。亨即言于上曰：「吏部尚書王翱老矣，可令致仕。」即報，翱上疏自陳，已許之矣。亨見賢曰：「翱已休致，君代之矣。」賢曰：「朝廷不可無老成人。翱雖老，精力未衰，以賢輔之可也，賢何敢當此重任。」亨曰：「事已成矣，為之奈何？」賢懇求不已。明日，亨言于上，曰：「李某以翱不可釋，左右亦贊其說。」遂留之。眾論復欲賢入閣。翱聞賢留之，不樂曰：「吾計已決，何故是沮！」賢曰：「所以留之者，非為公計，為朝廷慮也。」已而，賢為石亨輩嫉而黜為福建參政，上召翱曰：「李某非其罪，不可釋去。」 （「李某非其罪不可釋去」「不」字原缺，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本補。） 翱曰：「既不去福建，令往南京可也。」上曰：「南京亦遠，留為吏部左侍郎。」翱不得已，從之。翱之欲賢遠去者，非惡賢也，恐亨輩害之，幸使離此，庶免其害耳。

天順改元之初，天下人心莫不忻悅。徐有貞以迎立有功，命入閣與議國事。賢亦為眾論所推入閣，與有貞同事。上銳意委任，寵眷極隆。賢自念遭逢之難，助有貞展盡底蘊，知無不言，謂太平可立而待，凡用人行事，一以公道處之，左右遂不能堪。

初，太監吉祥以有迎立功與國政，不通文墨，恐事歸司禮監，以此極力贊說凡事與二學士商議而行，意欲籠絡附己。及論薦文武士有狥私者，賢等持公道以沮之，祥亦不悅。會有御史楊瑄言太監吉祥、總兵石亨家人占奪民田，乞加禁約，上嘉其敢言。祥在旁見斥其名，初甚慚懼，已而盛怒，欲罪之，上不許，乃已。及石亨出兵回，聽左右言，忿然訴御史不實，意有貞與賢主使，且激祥曰：「今在內惟爾，在外惟吾，彼欲排陷， （「彼欲排陷」，「欲」原作「與」，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本改。） 其意非善。」初，祥見亨濫冒升賞，意甚不平，每訐其短。及聞亨言，其勢遂合。曰：「內閣專權，欲除我輩。」上初信其說而從之，遂置有貞與賢于獄。是日晚，雷電大作，雨雹如注，大風拔木。祥之門老樹皆折，亨之宅水深尺余。明日，即赦而出之。

初，言官欲論亨不能振作兵威，虜復入寇，又歷數不法事情。附勢者潛泄于亨，亦謂有貞主使。其都御史、御史逮之一空，朝野愕然，莫不失望，言路從此不通矣。

景泰間，山東連歲災傷。天順初，人猶饑窘，已發內帑銀三萬兩賑濟，有司以為不敷，乞增之。上召有貞與賢曰：「可從否？」賢對曰：「可。」有貞怫然曰：「不可。不知其弊者以為可。臣常見發銀賑濟，小民何嘗沾惠？俱為里老書手得之。」賢曰：「雖有此弊，猶勝于無銀。」上曰：「增銀是也。」吉祥亦曰：「朝廷錢財如山，不必吝惜。」有貞不得已從之，遂增銀四萬兩。有貞退而不樂，賢曰：「先生誤矣！朝廷欲出內帑濟饑民，而我輩反沮之，萬一迫而為盜，責將誰歸？」蓋其初不論可否，惟欲事事出于己，古之人惟其事之當而從之， （「古之人惟其事之當而從之」，「古之」原作「故耳」，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本改。） 不必出于己也。后上亦覺有貞之非，嘗曰：「如增銀濟民一事，有貞不然先生之言，其謬如此。」

天順初，副都御史年富被石亨侄彪奏害，自大同逮系至京。上曰：「此人何如？」賢對曰：「行事公道，在彼能革宿弊。」上曰：「此必石彪被富沮其行事，不得遂其私耳。」賢曰：「陛下明見。真得其情，須早辨之，幸甚！」明日，上召錦衣衛指揮門達曰：「年富事情，務在推問明白。」已而進狀，果多不實。賢曰：「須遣人體勘，庶不枉人。」上曰：「然。」乃遣給事中、郎中二人。上曰：『再遣武職一人同往。不然，縱得其實，彼必以為回護。」賢曰：「陛下所慮極是。」勘回，果無實狀，富遂致仕而歸。 （此段下原脫一段文字，今據明朱氏國朝典故本補于下：「天順初，石亨招權納賂，文武大臣多出其門，奔競成風，士大夫不知廉恥為何物，賢深憂之，思欲息此風。適廷試舉子，以『求賢』、『安民』二事問之，欲得真才，止奔競，以正士習。時都御史缺員，有行賄于權貴之門者，薦其名，上知其不可，問賢可以勝此任者，且曰：『若耿九疇何如？』賢曰：『陛下得人矣，此人廉名素著，士林重之。』未幾，九疇自陜來，遂拜都御史。上召見，戒諭諄切，深愜輿論」。）

天順初，上以郕王薨，欲令汪妃殉葬。賢因奏曰：「汪妃雖立為后，即遭廢棄幽閉，幸與兩女度日。若令隨去，情所不堪。況幼女無依，尤可矜憫。」上惻然曰：「卿言是。朕以為弟婦且少，不宜存內。初不計其母子之命。」一日，上曰：「汪妃既存，不宜在內。欲移居舊府，何如？」賢曰：「如此誠便。但衣服用度不可缺減。」上曰：「朕更欲加厚，豈可減乎！其原侍宮人悉隨之，復遣老成中官數人以備使令。」由是母子保全，甚得其所。

天順初，虜酋孛來近邊求食，傳聞寶璽在其處，石亨欲領兵巡邊，乘機取之。上曰：「何如？」賢曰：「景泰以來，連年水旱災傷，府庫空虛，軍民疲困已極。陛下初復位，正宜與之休息。況酋虜雖近邊，不曾侵犯，今無故舉兵伐之，恐不可。若寶璽乃秦皇所造、李斯所篆，亡國之物，不足為貴。」上曰：「卿所見極是，莫若只遣通事賚賞賜以與之。」賢曰：「圣慮如此，庶幾允當。」明日，召亨曰：「且未可舉兵，先遣通事探其逆順，俟其回報處置。」亨意方止。于是遣都督馬政往見孛來，厚與賞賜，深知感恩。但其余部落為梗， （「但其余部落為梗」，「但」字原缺，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本補。） 得孛來保送使臣而回。

賢自再入閣，立意退避，必待宣召方趨侍，不然只在閣內整理文書封進。雖十日不召，亦不往。上久而覺之，且厭石亨輩朝退頻入見，或因小事私情，或無事亦報入見。一日，上召賢曰：「先生有文書整理，每日當來。其余總兵等官無事亦頻來，甚不宜。令左順門閽者今后非有宣召，不許擅進。」上意謂賢當來，賢亦不自入，必有宣召而后入。然上意漸加向從，凡左右薦人，必召賢問其如何，賢以為可者，即用之；不應者，即不行。但賢惟以正對，上亦漸覺。

二年郊天后，上一日顧曰：「朕居南宮七年，危疑之際，實賴太后憂勤保護。罔極之恩，欲報無由，可仿前代尊上徽號，何如？」賢頓首曰：「陛下舉此，莫大之幸也。」于是，命擬徽號。賢定四字，曰「圣烈慈壽。」詔示天下，人心大悅。慶賀禮成，太后深慰喜之。復加贈其親以榮，所自太夫人董氏，壽方九十；兄弟五人，長蔭會昌侯，次皆高品。子孫數十人，皆爵祿之。左右又有為其次兄求升者。一日，上謂賢曰： （「一日上謂賢曰」，「日」字原本空缺，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本補。） 「外戚孫氏一門亦足矣，復希恩澤以為慰太后之心，不知太后正不以此為慰。比者授其子弟官時，請于太后，數次方允，且不樂者累日。曰：『有何功于國家，濫受祿秩如此。然物盛必衰，一旦有干國憲，吾則不能救。』今若聞此，必見怒矣。」賢曰：「此足以見太后盛德。」因問：「祖宗以來，外戚不與政，向為侯者與政，不審太后知乎？」上曰：「太后正不樂此。初為內廷近侍惑以關防之說，至今猶悔。」 （「初為內廷近侍惑以關防之說至今猶悔」，原無，據明朱氏國朗典故本、明紀錄匯編本補。） 賢曰：「此尤足以見太后之高。但侯為人惇謹，后不可為例耳。」上曰：「然。」

禮部請太子出閣讀書，上召賢謂曰：「東宮讀書當在文華殿，朕欲避此往居武英殿。但早晚朝太后不便，姑以左廊居太子。卿可定擬講讀等官，卿宜時常照管。」且曰：「先讀何書？」賢對曰：「四書、經史，次第講讀。宜先大學、尚書。」上曰：「書經有難讀者，朕讀至禹貢及盤庚、周誥諸篇，甚費心力。」賢曰：「讀書經法，先其易者，如二典、三謨、太甲、伊訓、說命諸篇，明白易曉，可先誦讀。」上曰：「然寫字亦須用心。朕初習字，侍書者不曾開指下筆法，任意寫去。及寫畢，令其看視，又不校正。以此寫字不佳。」賢對曰：「寫字亦不必求佳，但點畫不茍，且率易為善。」上曰：「然。」及定擬講讀等官將二十人，上一一品其人物高下，皆當其才，明哲如此。

四月中，上召賢謂曰：「如今各邊革去文臣巡撫，十分狼狽，軍官縱肆貪暴，士卒疲憊。」且曰：「朕初復位，奉迎之人紛然變更，以此不便，只得依從，今乃知其謬。卿為朕舉進才能者用之。」賢因請曰：「遼東、宣府、大同、延綏、寧夏、甘肅六處要人最急。」上復曰：「卿與王翱、馬昂商議推選，務在得人。」且曰：「多舉數人，擇而用之。」于是議推十二人，明日進呈，遂定浙江布政白圭在遼東，山東布政王宇在宣府，僉都御史李秉在大同，監察御史徐瑄在延綏，山西布政陳翌在寧夏， （「山西布政陳翌在寧夏」，「翌」原作「翼」，據明朱氏國朝典故本、明古穰文集本改。） 陜西布政芮釗在甘肅，俱以京官巡撫其地。上曰：「武人所以惡文臣者，只是不得遂其私耳。在任者即日遣使召之。」兵部尚書馬昂以貴州賊情甚急，速得一人往理其事，于是復以白圭往。時圭適以考績至京，即升右副都御史，贊理貴州軍務。復以太仆卿程信為僉都御史，巡撫遼東。

會昌侯弟顯宗家人私起店房，專利以病客商。事聞，上召賢曰：「皇親豈可如此！法之不行，自上犯之。」賢對曰：「若陛下以至公斷之，誰不畏服！」乃命毀其房，家人抵法，顯宗姑免其罪而戒之。侯初病，既出見上，為其弟乞恩，終不允。上召賢謂曰：「侯者不知自責，反乞恩澤，朕終不允。又以母老為辭，求之良久，竟從公法。」賢頓首曰：「真可謂王者不私矣！」

吏部左侍郎孫弘聞喪，上召賢曰：「孫弘豈勝吏部？」賢曰：「誠如圣諭。蓋弘以知縣考滿赴京，為忠國公石亨鄉里，囑留京官。又因奉迎有功，升工部侍郎，復極力謀求得此，士林鄙之。」上又恐其謀奪情，即令守制。復召賢曰：「吏部侍郎乃天下人物權衡，非他部比，必得其人。先生以為誰可？」賢曰：「以在朝觀之，無如禮部二人，可擇一用之。」上復問其優劣，賢曰：「鄒干為人端謹，但規模稍狹；姚夔表里相稱，有大臣之量。」上曰：「然。」遂用之。命下，士類皆悅。

禮部郎中李和托一釋子囑權近求為侍郎，士論紛然不平。上問賢：「此人何如？」賢對曰：「不知。」上悟其意，復問吏部尚書王翱，亦不甚許。他日，以學士李紹對。上復問賢，賢對曰：「此公論也。」上遂決。奉天門朝畢，召吏部發玉音，除紹為禮部右侍郎，輿論大愜。