上帝棄國修行，亦如 釋迦，舍梵王太子不居，而于雪山修道。雪山香巖，同一取其潔凈也。然上帝修行，何以每劫，皆云『八百』？ 吾試言之：初八百劫舍國，所以明八背舍，釋門六度，亦以布施為先；次八百劫，明轉八識為大圓鏡智，蓋欲修道，非智慧無由入也；再八百劫，所以表八正道，即六度萬行，皆道之極正；后八百劫，舍己血肉，所以表八解脫。蓋前之修行，尚執有人法，至舍己血肉，則人法兩忘，故三千二百劫而證金仙。然昔 釋迦成佛，經億萬劫，豈上帝止三千二百劫乎！蓋『三千』者，所以表超出三界，了達三乘；『二百』者，二諦圓通也，此正成佛之因。故果如其因，佛號大覺，又曰『法王』，而上帝亦稱 『覺王如來』，但悲心廣大，退佛不居，修菩薩行。又經億劫，始證玉帝，其功德力，不可思議！
而玉女清凈之身，亦與 帝同，何也？蓋一陰一陽，同謂之道。玉女修諸妙行，修此道也；上帝普放神光，明此道也。所以玉女身出微妙解脫之香，六道眾生，普沾勝利。昔 舍利弗疑龍女成佛，謂女身垢穢，尤有五障，而得成佛，此正色相未忘！蓋大道不分男女，不可以色見音聲求也。然玉帝放光，遍照無極世界，而金仙菩薩，亦皆飛香散花而至，所以明仙佛同源，無二理也！昔 釋迦說法，放光動地，諸天上帝，咸皆云集，亦復如是。然上帝有無量光明，而止名十七光，何也？蓋自古佛仙修道，先發慈悲喜舍、四無量心，而后至于圣神功化之極。故帝之十七光，始于大慈悲光，而終之于無能勝光也。然此光明眾生中亦非盡無，特人有之，而自蔽之；圣哲有之，而或未至其極；惟上帝全之，為極大耳。至高虛清明天主，乃九天生神之第八天，豈有不知玉帝之事？而 元始天尊，猶謂汝等，尚以結習，不睹是帝慈顏，蓋為眾生結習障重，不能見性，故假訓天主之詞，以教世人斷障耳！斷障之要，莫先于發大悲心，惟悲心方能度世，故菩薩于一切眾生，皆思以無余盤而滅度之。
凡疑惑是非，人我貪瞋，驕慢淫欲，種種諸障，皆生死輪回根本。經曰『斷障』，即佛謂『度生』，儒謂『克己』。修持之法，以是為先，若持是經，人能斷障以祛其私，冥心以守其正，不驕不詐，盡忠全孝，皈奉至道，斯謂之『正一真人』。非謂口頭讀誦，而即可自命真人。
爾在會諸子，恒誦此經，若于經內所說諸障，一一能除斷之，以求至于無障可斷，斯為體道之極功，入圣超凡之至要也！」
詮釋經義章第二十九
「佛仙兩門，教典各殊，其修持亦多各異。然 予觀《玉經》旨趣，多與釋經相同，如經稱『十方化身 玉帝，普皆來集 元始會下，如無邊明鏡。』此與 釋迦分身十方，至欲開多寶佛塔，則三變凈土，容受十方，分身諸佛，同開寶塔同也；『清明天主，所獻天寶奇花，旋結成蓋』，與『毘耶離，五百長者子，各持七寶蓋，用以獻 佛，佛令諸寶蓋，合成一蓋』同也。蓋一而不分，無以見萬化之神；分而不一，無以見一元之妙。至于 釋迦應身，降自種民天宮。按諸道藏，釋迦亦即玉帝化身，特全藏人未之見，故弗知耳！所以示跡受生，與修證之神化，大略相同。所不同者，惟五方誥命。蓋上帝布化行政，寧謐水土之事，與 佛不同，然五方誥命，與赤書靈文，元始天尊，謂其生于浩劫之先，混沌之初，二儀待之以分，日月待之以明。試思兩儀未判，日月未明，此靈文生于何處？于此悟得，方稱透徹。然人知 五老上帝，叩請 元始，開《玉匱》科，傳《靈寶》法，而不知經稱五老，所以顯人稟五行之，皆歸于元。
《玉匱》靈文，載人心性之內，孰謂《玉經》止談上帝本行之事，而非闡道之書乎！凡修持之士，能依經先斷諸障，后依《五方靈文》如法行持，持之既久，自有天真護持，群魔束形，十二身可以自證三十種功德，不求而自至矣！特患人妄緣不除，塵障未凈，若果諸念不生，萬緣頓息，則塵沙惡業，隨心消散。若但誦讀而不能修持，終屬有漏之因，非經義也。寧惟《玉經》，凡誦諸經，皆當如是體會。
今時奉道之士，未嘗不多，結會誦經，亦未嘗少！或禮三元，或奉北斗，或依佛法，或慕伭風，種種不一。然僅知有禳災度厄之功能，而未達學道希仙之大果，以致誦經者多，明經者少。試再將三元諸旨趣，剖晰言之。即如三元，人知為云臺山上，有此三帝君，于都會府中，發號施令。以事跡論之，則臺山在北海之中，都會府系三圣出治之所。如此見解，是泥于文辭！三圣訓世之心，失之遠矣！惟以義求之，則三圣同一太極，不離當人之身。所謂海者，智慧性海也，云臺山，亦即云臺方寸心地，云即心中發現之慧光也，都會府，亦即此身靈妙之府，泛應曲當之原。子輿氏曰：『萬物皆備于我矣，非都會而何？』況上元九，九陽之： 于行為木，于時為春，故上元誕于正月，乘春也；于常為仁，仁主慈愛，故其功用為賜福；于人生神，為胞命元之，中元七，七陽之； 于行為金，于時為秋，故中元誕于七月，乘秋也；于常為義，義主決斷，故其功用為赦罪；于人生神，為魂命元之，下元五，五陽之； 于行為水，于時為冬，故下元誕于十月，乘水也；于常為智，智能消障，故其功用為解厄；于人生神，為魄命元之。
夫此三元，在人一身，主應泥丸、丹田、洞房之宮，凡人起一意念，即能知之，以其神明之相通也。得道之士，皆從三元保舉，為上帝樞密，職掌善惡報應之臣，權衡修道之士，黜陟群仙，總理諸神，其勛偉，其權重也。然仙經雖傳世久遠，奉持者多，昔未申明其旨，以致世人莫知。 吾今不惜泄漏，剴切指示，務期人人如法持誦，以我之心，合帝之心，則 三元帝君，隨心而應，祈福福至，禳禍禍消。昔法達誦《法華經》，至滿三千部，一日參謁 六祖，祖問以經義，達不能對。 祖曰：『汝名法達，未能達法。』祖因開示 佛之知見，達于言下省悟，因呈偈曰：『經誦三千部，曹溪一句亡。』祖曰：『爾前誦經，只是為經所轉，未能轉經，于茲方可稱誦經僧也！』
爾諸在會弟子，及未來一切眾生，凡誦諸經，務能轉經，勿為經所轉，則善矣！」
尊信圣教章第三十
「古人著書立說，以垂訓后世，于意有未盡，言不能顯者，設為譬喻，以暢厥旨，使人自得于意言之外。佛經云：『諸有智者，要以譬喻得解。』故三教之書，多有取譬。然寓意遙深，人多錯會。如《周易》一書，圣人立象以盡意，《系辭》以明吉兇。但其取譬幽深伭遠，如： 誡陽極于上，盈不可久，則曰『亢龍有悔』； 其誡陰極于上，至于陽爭，則曰『龍戰于野』； 其血伭黃，誡持疑不決，則云『載鬼一車』； 誡事不續終，鮮克有濟，則云『狐濡其尾』。六十四卦之辭，多屬取譬，若非 至圣作為象傳，以發明其義。后之儒者，何由而知？
昔文始帝君，瞻紫氣自東而西，知有異人。因遇 太上，求著《道德》二篇，闡發秘密之旨，大無不包，小無弗備。然其中所言治國用兵之道，多屬喻言，即佛經亦以莊嚴佛國為清凈心地。 太上之言治國，理此身心也；即用兵亦喻戰退陰魔，克去私欲之害心者。如《易》曰：『震用代鬼方，三年有賞于大國。』《陰符經》云：『絕利一原，用師十倍；三返晝夜，用師萬倍。』同一義耳！至于經中：『將欲翕之，必固張之；將欲弱之，必固強之；將欲廢之，必固興之；將欲奪之，必固與之。』此乃天運之自然，如日將入而返照，歲將寒而忽熱，人將死而倏強，燈將滅而復爆，無異理也！然此理人最難知，故謂『微明』。欲人于此種事，豫知禍福之將至，而先審其幾焉！世儒不察，以為列國分爭之事，縱橫捭音擺合之術，不亦繆乎？又云：『和大怨，必有余怨，安以為善？』亦正為狃于小安，而忘遠慮者，下一痛棒！與《易》曰：『君子以思患而預防之。』同一切要，若周鄭交質于前，而即交惡于后，非明征乎？
世儒以為勾踐與吳之事，不知此經之作，在吳越未構怨之前，而以和怨之語，為吳越事誤矣！至謂道德之后，流為刑名，而以 太上所著之言，為機械變詐，不尤誣乎？
昔 至圣問禮于 太上，出謂門弟子曰：『 吾觀 老子，其猶龍乎？』圣如 至圣，尚以『猶龍』譽之，后之儒者，鄙以見小，豈反愈于 至圣乎？昔叔孫武叔毀 仲尼，端木氏以不知量責之，而世儒之辟 太上，詘道德者，亦祇為不知量耳！究之于 太上，無所損也。然世之注《道德》者，不啻數十家，即羅什法師，才識過人，其注《道德》，猶以其未曾說心而病之，況其余乎？但經中『不見可欲，使心不亂』之語，正戒其妄心，而慎守其真心也。