在永安，太平天國正式封王并建立官制，形成了王、丞相、檢點、指揮、將軍、總制、監軍、軍帥、師帥、旅帥、卒長、兩司馬十二等官階制度（定都天京后，復增侯爵，位居王之后）。洪秀全于12月17 日發布封王詔令，封楊秀清為東王、蕭朝貴為西王，列一等；馮云山為南王、韋昌輝為北王，列二等；石達開為翼王，列三等。諸王的等級，由“千歲”來體現：洪秀全萬歲，楊秀清九千歲，蕭朝貴八千歲，馮云山七千歲，韋昌輝六千歲，石達開五千歲。東王楊秀清節制諸王，他主持軍政，使得太平天國運動發展迅猛，李秀成曾欽佩地追憶“東王佐政事，事事嚴整”，“立法安民”，“嚴嚴整整，民心佩服”。楊秀清權力極大，是太平天國事實上的領袖，洪秀全則臨朝而不理政。太平天國軍政領袖楊秀清、宗教偶像洪秀全，形成了一個二元政體，國有二主，這為“天京變亂”埋下禍根。此外，又封秦日綱為天官丞相（后封燕王）、胡以晃為春官丞相（后封豫王）、羅大綱為總制，還任命了一批檢點、指揮、將軍等各級官員，基本上確立了太平天國的官制。
馮云山（約1815—1852年），又名乙龍，廣東花縣人，是洪秀全的同學。1843年，馮云山與洪秀全一起創立拜上帝會。次年與洪秀全到廣西貴縣發展會眾。同年9月只身入桂平紫荊山區，靠拾牛糞、打短工維持生活，歷盡艱辛，發展會眾兩千多人，開拓了紫荊山革命根據地，并培養了楊秀清、蕭朝貴等骨干。1847年秋，洪秀全來紫荊山后，馮云山協助洪秀全設立拜上帝會總機關，參與制定“十款天條”和各種儀式，并同洪秀全領導會眾展開搗廟宇、砸偶像的斗爭。1848年春，因遭劣紳控告，馮云山在桂平被捕入獄，在獄中堅貞不屈。馮云山在獄中創制了《天歷》，后經會眾營救出獄。金田起義時，馮云山任前導副軍師，領后軍主將，12月在永安被封為南王。太平天國的重要條規《太平軍目》《太平禮制》等，均出自馮云山之手。1852年6月，太平軍進攻全州，馮云山中炮負傷，至蓑衣渡犧牲。
楊秀清（1820—1856年），原名嗣龍，廣西桂平縣平隘山人，世代以燒炭種山為業，生活貧苦。1844年，他在紫荊山加入拜上帝會。馮云山被捕入獄后，洪秀全外出未歸，紫荊山拜上帝會會眾發生動搖，楊秀清假托代天父傳言，主持拜上帝會事務，團結群眾，鞏固了拜上帝會組織。從此他取得了代上帝傳言的大權。金田起義后為左輔正軍師，領中軍主將。在永安，他被封為東王，稱九千歲，主持朝政，節制諸王。1852年6月攻下湖南道州，用他和蕭朝貴的名義發布檄文，號召人民起來推翻清朝統治。定都天京以后，他和洪秀全領導北伐、西征、東征。他戰功顯赫，位高權重，但是居功攬權，妄自尊大。為了樹立個人威嚴，他杖責過燕王秦日綱、興國侯陳承瑢、衛國侯黃玉昆（石達開的岳父），甚至借細故小事杖責洪秀全。1856年8月，他假托“天父下凡”，逼洪秀全封他為萬歲。9月2日，韋昌輝利用洪秀全與楊秀清的矛盾，突襲東王府，誅殺楊秀清全家。1859年11月，洪秀全追念楊秀清前功，決定9月2日為太平天國“東王升天節”。
蕭朝貴（1820—1852年），廣西武宣縣人，出身于貧苦農民家庭。他在紫荊山加入拜上帝會。1848年，馮云山入獄之時，他假托天兄耶穌下凡，安定人心，被洪秀全承認有代言權，地位僅次于楊秀清。金田起義前夕，蕭朝貴回武宣家鄉招集會眾，并動員同族兄弟參加起義。他斷然自毀廬舍，表示破釜沉舟、義無反顧的反清革命決心。金田起義時任右弼正軍師，領前軍主將，接著在永安被封為西王，稱八千歲。1852年，他指揮部隊攻打長沙，不幸中炮犧牲，時年僅三十幾歲。蕭朝貴忠實坦率，勇敢剛強，在臨難時還對太平軍將士說：“攻取長沙，有進無退。我今天馬革裹尸，上登天堂，也是如愿的。”
韋昌輝（1823—1856年），又名韋正，壯族，廣西桂平縣金田村人。1848年帶領全家和同族人參加了拜上帝會。不久成為中堅，與洪秀全、馮云山、楊秀清結為兄弟，稱天父第五子。金田起義后任后護又副軍師，領右軍主將，在永安被封為北王，稱六千歲。在太平天國初期活動中，他的功勞也不小。定都天京后，他對楊秀清素懷不滿，但表面裝作順從。每逢楊秀清轎子來到，就奔前扶轎迎接。論事不到幾句話，就跪稱“非四兄教導，小弟肚腸嫩（意思是才識短淺），幾不知此”。楊秀清借“天父”傳言要杖責洪秀全的時候，他要求代天王受杖。其兄同楊秀清妾兄爭房屋，楊秀清要他處置，他用五馬分尸酷刑治其兄之罪。1856年9月，督師江西時，他利用洪秀全和楊秀清的矛盾，率兵三千星夜回天京誅殺楊秀清及其家眷，并有意擴大事態，殺戮楊部屬兩萬余人，史稱天京事變。后他欲加害石達開，又妄圖殺害洪秀全。石達開逃離天京，起兵安徽，要求洪秀全殺韋昌輝“以謝天下”。韋昌輝兵敗，逃至浦口被擒獲，解回天京，洪秀全下詔處死韋昌輝，削其封號，貶為“死孽”。
石達開（1831—1863年），廣西貴縣那邦村北山里客家人，出身于地主家庭，率領兩千客家人參加了拜上帝會。金田起義后，被封為左軍主將，受封翼王。在太平軍由廣西向金陵（今南京）進軍途中，任開路先鋒，屢建戰功。
1853年，建都天京后，石達開留京協助洪秀全、楊秀清處理軍政要務，后被派到安徽治理新占地區，很有成效。1854年，西征軍在湖南湘潭為曾國藩的湘軍所敗，節節后撤，武漢失守，九江危急。次年1月，他被派增援西征，重創湘軍笨重大船于長江水域，在湖北、江西戰役中取得勝利。1856年奉命回援天京，協同燕王秦日綱等部，摧毀清軍江南大營，共解天京之圍。天京事變發生后，石達開從湖北趕回天京，責備韋昌輝殺人太多，韋昌輝起殺心。石達開逃往安慶，但在天京的家屬被韋昌輝殺害。韋昌輝死后，石達開奉詔回京輔政，合朝擁戴。但洪秀全對他并不信任，而重用自己的兩個哥哥洪仁發、洪仁達，對其進行牽制。石達開對此極為不滿，以天王“重重生疑忌”布告軍民，于1857年5月離開天京。10月，他帶領大批將士離開安慶，轉戰浙、閩，后折入湖南，進圖四川，與湘軍作戰失利，被迫撤入廣西，后在川南、黔北轉戰年余，接連受挫。1863年5月，他進至紫打地（今四川石棉縣安順場南），為大渡河所阻，又遭清軍及士兵圍困，進退無路，陷于絕境。他寫信給四川總督駱秉章，請“宥我將士，赦免殺戮”，冀圖“舍命以全三軍”。清將假作答應。6月，石達開攜子入清營后，不僅部屬慘遭屠殺，自己也在成都遇害。
太平天國分封的諸王不是空頭王、榮譽銜。太平天國諸王是如同先秦一般，實實在在裂土分茅，分封建樹的王。洪秀全的分封以《周禮》為依據，楊秀清等人擁有自己的封地（因占領土地較少，一直沒有兌現），在封地實行自治，以天王為共主，成為天王洪秀全的藩屬，拱衛天朝。諸王在王府中成立自己的行政機構，各自擁有獨立的宰輔、將佐，并分設六部，成立朝中之朝。洪秀全又允許諸王獨立招兵，成立各王的私軍，稱東殿軍、西殿軍、翼殿軍等。各王侯封爵世襲，其未繼位之嫡子王儲也稱王，加一幼字于前，如幼天王、幼南王等。另外，為了表示太平天國諸王無上的地位，洪秀全規定：太平天國所有文書提及古今中外其他政權的王，統統加一“反犬旁”，寫作“狂”。
在建立官制的同時，太平天國頒行天歷，廢清朝紀年，以金田起義之年（1851年）為太平天國辛開元年，1852年為太平天國壬子二年。規定一年為366日，單月31日、雙月30日，立春、清明、芒種、立秋、寒露、大雪六節氣為16日，其余十八節氣皆15日。對于舊歷書中的生、克、吉、兇等封建的清規戒律，一概斥之為“邪說歪例”，“盡行刪除”。年、月、日仍用傳統的干支記法，但將地支中“丑”改為“好”、“卯”改為“榮”、“亥”改為“開”，其記日的干支比當時陰歷早一天，其禮拜日則比公歷也早一天。太平天國頒布自己的歷法，是對清朝“正朔”的公然否定，是宣布與清朝決裂的有重大政治意義的行動。
另外，因“貴賤宜分上下，制度必判尊卑”，太平天國頒布《太平禮制》，規定了一整套嚴格的尊卑等級和煩瑣的禮儀制度。《太平禮制》規定了各級諸王、將領、士兵的服飾、稱呼、朝儀上的級別。關于服飾，由于洪秀全極“脫俗”的品味，規定“紅黃二色，為天朝貴重之物”，只有官員可“遵官職制造穿著，無官之人，僅準紅色包頭，其汗袍、蚊帳、足裘尤不準用”“以判崇卑”，如有不遵定制，即“斬首不留”。關于儀衛輿馬，規定官員都坐轎，天王轎夫六十四人，東王轎夫四十八人，最下至兩司馬還有轎夫四人。東王儀仗多至數百人，有開路龍燈等器物。如此等等，可謂繁縟瑣碎至極。
洪秀全還多次詔令全軍不得私藏所獲財帛等物，一切戰利品都要上交天朝圣庫，違令者治罪；不得違反十款天條；命太平天國將士蓄發；刊刻頒行《太平詔書》《天條書》《太平軍目》等太平天國官方文書。“永安建制”為太平天國政權奠定了初步規模，使天平天國軍隊士氣大振，政權的凝聚力大大提高。
（四）順利進軍
1852年4月，清軍已集中四萬兵力包圍永安。洪秀全率軍突圍，兼程北上。經全州時，南王馮云山不幸中炮犧牲。6月10日，太平軍在全州城北的蓑衣渡，中了江忠源所率楚勇伏擊，激戰兩天，損失很大，經蓑衣渡一戰，太平軍精銳、輜重盡喪，窮蹙已極，不復有攻長沙取湖南之力。太平天國領導層也發生動搖，洪秀全等人幾乎起了散伙的念頭，幸得楊秀清一力支持局面，鼓舞士氣。史載：“官兵追剿，屢屢窮蹙。秀全及群賊皆有散志，獨秀清堅忍，多施詭計，籠絡群丑，敗而復熾。”
此戰失利后，太平軍進入湖南，輕取道州，轉戰江州、永州，沿途清軍抵抗甚微，太平軍打擊官吏豪紳地主，焚燒官衙，沒收浮財，燒毀地契、糧冊、債券，深受人民歡迎。湘南三合會起義部隊紛紛來投，太平軍擴大實力，攻城略地，所向披靡。太平軍僅在道州就擴軍至三萬，經江州、永州擴軍，又得兵兩萬，入郴州，又招得兩三萬人。其中能征慣戰的將士五萬有余，尤其招得礦工數千人，另立土營，專事穴地攻城，攻堅能力大為提高。到9月間，太平軍已達十萬多人。
蕭朝貴率一支先鋒部隊經永興、安仁、茶陵、醴陵直取長沙。在長沙城下，蕭朝貴不幸被炮擊中而歸天。楊秀清、韋昌輝、石達開接手長沙太平軍指揮，而清軍也有左宗棠、江忠源、張國梁、向榮等將才坐鎮，太平軍湘南精銳對決數量相當的清軍王牌楚勇、捷勇，兩軍對壘，可謂空前。長沙圍城戰后期，成為太平天國戰爭史上最為驚心動魄的三場大戰之一（其余兩場為陳玉成安慶血戰曾國荃、鮑超，石達開與左宗棠、李續宜寶慶會戰）。長沙城居民的樂天和無畏，歷史罕見。太平軍與清軍廝殺數月，長沙百姓竟然同往常一樣悠閑地過著小日子，甚至攜帶酒食上城觀戰，如同一句貴州民謠：“賊殺賊，官殺官，與我百姓無相干。”長沙圍城數月，“行人來往自如，入城者唯避南門，其余六門皆可縋以入。街巷間婦女娛游，酒食過從，盛于平時，忘其為圍城”。守城清軍如同上下班一般，每日點卯之后可以自行下城休息吃飯。然而，太平軍圍攻長沙八十一天未能攻克，后渡湘水經西岸北進，從此一帆風順，出洞庭，入長江，下江南，清軍再沒有阻擋的能力了。
1853年1月，攻克武昌，擊斃湖北巡撫常大淳等，軍威大震，又有數萬人加入太平軍，這時太平天國隊伍總人數增至五十余萬。經短期休整后，1853年2月，太平軍開始了順江而下的勝利大進軍，水陸兩路，齊頭并進，黃旗蔽日，帆幔彌江。陸路由胡以晃、林鳳祥、李開芳統領，水路由楊秀清、韋昌輝、石達開、秦日綱、羅大綱、賴漢英統領，洪秀全則乘坐龍舟居船隊之中。由于太平軍進軍神速，清政府重點在河南組織防御，害怕太平軍北上，因而在長江中下游還來不及建立強有力的防御體系。太平軍所向無敵，迅速攻克黃州、蘄州，進逼武穴。
武穴是江防重鎮。兩江總督陸建瀛派總兵恩長率四千清軍先到此地，準備砍伐樹木，在長江中設置障礙，攔截船隊。誰知太平軍已搶在攔江之前趕到，正在睡夢中的清軍被太平軍的槍炮聲、殺妖聲驚醒，亂作一團。太平軍攻入敵營，舉刀砍殺，清軍尸橫遍地。恩長見全軍覆沒，投江自殺。親率兩千官兵溯江西上的陸建瀛，聽說恩長全軍被殲，又遠遠望見太平軍水師排山倒海一般開來，嚇得魂飛魄散，急忙換乘小船飛速逃往南京。在九江駐守的清軍聞知武穴慘敗和兩江總督逃之夭夭的消息，斗志渙散，“文武棄城遠避，兵勇聞風先散”。石達開率先頭部隊輕松占領九江。1853年2月，石達開又率水師駛過彭澤縣的小孤山。安徽按察使張熙宇遠遠望見太平軍船隊，放了一炮，隨即率九百守軍落荒而逃。太平軍又進逼安慶，安徽巡撫蔣文慶請求乘轎奔逃的欽差陸建瀛共守安慶。陸建瀛垂頭喪氣地擺擺手，繼續奔逃。太平軍占據安慶，殺蔣文慶，又獲得大批餉銀、倉谷、火炮等戰利品。
（五）占領南京
太平軍接著又連克池州、銅陵、蕪湖、和州。清軍兵敗如山倒，沿江防衛兵勇紛紛不戰而逃，而兩岸的天地會成員及貧苦群眾踴躍參加太平軍。3月，太平軍兵臨南京城下。陸建瀛身為兩江總督，總管南京兵防，卻只會粉飾欺君，面臨危局，束手無策。他自從逃回南京后，即深居簡出，三天不會客，不辦公。在他的影響下，江蘇巡撫楊文定托言防守鎮江，溜到蘇州。不久，太平軍攻破南京外城，斬陸建瀛。
南京城雖然被攻克，但城中之城——滿城尚在旗人士兵的控制中。南京滿城是原明朝皇宮舊城，城垣極其堅固，防御工事完備。因為太平天國以民族革命者自居，推行對旗人的無區別殺戮的政策，城中旗人只得與太平軍死戰到底，因此滿城的戰斗，慘烈的狀況前所未見。楊秀清連續發動三次強攻，都被打敗，陣亡數千人，積尸與城平。旗人士兵雖然抵抗十分兇猛，但抵不住太平軍龐大的人力優勢。楊秀清讓部隊輪批上陣，以車輪戰術消耗清軍，戰斗持續數日，旗兵竟有人“力盡氣竭而死”，楊秀清又下令投降的旗人可以免死，旗人的士氣頓減。太平軍乘機猛攻，一舉突破城墻，清軍主帥祥厚自刎，其余清將均為太平軍所殺。洪秀全下令，全城捕殺旗人，“有擒得旗人者，賞銀五兩”。于是城中的漢人都起來搜捕追殺旗人，旗人兩萬余人幾乎全部被殺，太平天國在付出數萬人的慘痛代價后，全面占領南京。之后，肅清殘敵，恢復秩序，北王韋昌輝、東王楊秀清先后入城。