但是，歷史表明，弗洛伊德的這一轉業，其后果遠遠未被其本人及其老師所料到。除了經濟收入上有了明顯的改善之外，主要是走上了一條把所學得的基礎理論與臨床實踐結合起來的正確道路，為他后來創建精神分析學打下了不可缺少的基礎。

維也納綜合醫院是世界上第一流的醫院和研究中心之一。這里的教授也躋身于奧匈帝國最受尊敬的名人之列，各實驗成果也給醫院帶來顯赫的名聲。綜合醫院位于十幾座四邊形大樓，共有20個科、14個研究室和門診部，醫生們有一個閱覽室，病人有一個圖書館，全院共有2000張病床，每年接納25000名病人。

從1882年至1885年，在維也納綜合醫院工作期間，弗洛伊德先后擔任外科、內科、精神科、皮膚科、耳鼻咽喉科、神經科、眼科和小兒科等8個科的醫師。

1882年7月31日，弗洛伊德正式到維也納綜合醫院工作。首先任外科臨床助手（Aspirant）。每天在病房工作時間是早上8至10時，下午4至6時，晚上22時至半夜自己看書。病人臨床報告必須記得十分詳細。他沒有資格主刀，只是做些助手工作，如清洗傷口、上鉗子、纏纏繃帶等等。在兩個多月的時間里，弗洛伊德參加了外科主任比羅特（Billroth）教授關于十二指腸、胃、唇裂、乳房瘤等方面的手術，并聆聽了多次比羅特教授的講課。比羅特認為，“失敗應當承認，要立即公開承認，決不能掩飾我們的錯誤。了解一個失敗的病例比了解十幾個手術的成功還要重要。”對這一點，弗洛伊德的感受頗深，作為一個好醫生，不僅要有良好的醫術，更要有高尚的醫德。他還發現，比羅特愛好音樂，德國著名鋼琴家、作曲家勃拉姆斯（Johannes Brahms，1833~1897）是他的親密朋友，并且勃拉姆斯的許多作品首先是他在比羅特家里親自彈奏的。可以說，“比羅特與布呂克教授很相似：一半是科學家，一半是藝術家”。

1882年10月至1883年5月，在西奧多·梅納特（Theodor Meynert，1833~1892）的推薦下，任著名內科醫生諾斯納格（Hermann Nothnagel，1841~1905）診療所的內科住院醫生。該所系維也納綜合醫院的分院，諾斯納格聘為大學的醫科臨床主任，不像布呂克教授那樣只當研究所所長，他可以同時行醫。在六個多月的臨床實習工作中，他經常隨同教授、資深醫生、助手、實習醫生（預備生）、大學生一起查房，經歷了對萎黃病、貧血癥、傷寒病、慢性腎炎、甲狀腺腫大、肝炎、心絞痛、急腹癥、胸膜炎等多種疾病的治療。弗洛伊德的主要收獲有：一是“只有先做好人，才能當好醫生”。這是諾斯納格諄諄告誡學生的一句名言，弗洛伊德牢記在心。二是醫生要有嚴謹求實、一絲不茍和精益求精的醫療作風。記得教授提醒大家，一個認真的內科醫生，決不能只聽病人說哪兒不舒服就檢查哪兒，應當對病人進行全面的檢查。須知，人是一個復雜的生命體，每個細小的部分，都可能對其他部分產生影響。比如，頭部疼痛，原因也可能是尾脊骨出了毛病。因此，在內科診療中，唯一不可饒恕的就是缺乏責任心。務必運用自己所有觀察力，對病人進行無微不至的檢查。三是有些疾病和可能性的問題有關。弗洛伊德對諾斯納格教授說，“我們相信萎黃病與性器官系統的進化有關，但還不可能肯定是怎樣一種關系”，這一點恐怕與弗洛伊德重視性致病因素不無啟發。四是醫生既要重視診斷，更要有行之有效的方法。諾斯納格主張藥物治療與精神治療并重，特別要關注自然療法的運用。他說：“最偉大的藥方就是大自然。自然界里蘊藏著治療一切疾病的秘訣。一旦我們揭開了這些秘密，我們就能夠用它們來治病救人。”五是醫生不僅要把治療當作第一要務，而且也要重視科學研究工作。當弗洛伊德拿著梅納特的推薦信訪諾斯納格教授時，知道他對動物學、病理學和組織學做過一點研究，并對綜合醫院竭力迎合每一個專業教授的現狀，諾斯納格表示“這一切太不可思議了！弗洛伊德博士，我勸您繼續從事科學領域的研究”。此時弗洛伊德不能直接參加研究工作，但是每次臨床示范他都不放過，而且每天晚上鉆研到一兩點鐘，看書看得眼冒金星才肯睡覺。

1883年5月，弗洛伊德轉到梅納特精神病治療所，升任副醫師（或譯“助理醫師”，Sekundararzt）。梅納特是著名的精神病學家和腦解剖學家，他既任綜合醫院精神科主任，又兼任維也納大學醫學院臨床系主任。這樣，梅納特既可在大學從事大腦研究，又可在醫院從事臨床治療。弗洛伊德在醫學院學習時，就非常喜歡聽梅納特教授的課，他對梅納特極為崇拜。梅納特也一直很喜歡弗洛伊德這個既好學又有才華的年輕人。在精神科五個月的臨床工作中，他研究男性精神病患者兩個月，研究女性精神病患者三個月，弗洛伊德第一次獲得了治療精神病的知識和方法（如電療、冷熱水浴、溴化物鎮靜劑等），顯露出從事精神病研究工作的卓越才能。在此期間，弗洛伊德深受梅納特高尚品質的感染和精湛造詣的熏陶。看來，對弗洛伊德的重要影響有兩項：其一，重視精神疾病的生理機制和生理解剖的科學研究。梅納特一再指出：“所有情緒紊亂和精神失常都是由生理性疾病造成的，沒有別的任何原因。”他呼吁同行關注大腦皮質，認為這是“大腦中發揮個性形成功能的部分”。他從鼴鼠和蝙蝠開始，做了一百多種動物大腦功能定位的研究，認為自己的貢獻在于“大力促進了解剖定位的發展”。當然，忽視精神致病作用、把一切疾病均歸結為器質性疾病（organic disease）的器質派的醫學觀并非科學，但重視一切疾病生理基礎的研究是有積極意義的。這一點，對弗洛伊德早期曾有所影響。當同一個實驗室的美國同事伯納德·薩克斯（Bernard Sachs）常常喜歡用“精神疾病”（mental disease）一詞，弗洛伊德對他說：“伯納德，你在顯微鏡下面看到的不是人類精神的切片，而是大腦的切片。”弗洛伊德成為大腦解剖實驗室的一名活躍的工作者，并進一步取得腦解剖學的研究成果，恐怕和這種思想不無關系。其二，關注潛意識和變態心理的研究。梅納特對大腦神經錯亂癥頗有研究，在醫學上把這種病例命名為“梅納特精神錯亂癥”（Meynert’s amentia）。該病患者有嚴重的幻覺出現，以致精神錯亂、意識顛倒，由此他對“愿望滿足”（wish fulfilment）有了一個自己的概念。這是弗洛伊德研究潛意識及各種變態心理現象的開端。

1883年10月1日，弗洛伊德轉到皮膚科。他當天去上班時，收到年輕的馬克西米連·馮·蔡塞爾（Maximilian von Zeisel）的迎接，他的父親馮·蔡塞爾教授直到一年前一直是皮膚科的主任。該科分為兩大部門：一個是專治普通皮膚病的；另一個是專治梅毒和傳染性皮膚病的。弗洛伊德選擇了后者，因為梅毒病癥同其他各種神經系統的疾病有密切的關系。不過，他只能為男性患者治療，而不能接觸到女患者。在此期間，弗洛伊德學會了治療梅毒的一些方法：（1）往洗澡水里倒一定比例的水銀。（2）皮膚病肺臟療法，亦稱呼吸療法，即讓病人站進一個密封的小房間內，關上門，讓一硫化汞或升汞等制成的藥片在里面燃燒，可消滅患者肺臟里的病毒。（3）消化道療法，即給病人服用金屬汞、藍色的二氯化汞片劑或橘子皮糖漿調制的碘化鉀等。（4）適當的時候給病人服瀉藥。（5）馮·蔡塞爾配制金、銀或銅等金屬溶液。弗洛伊德在皮膚科的工作不太重，但他仍然埋頭苦干，白天在醫院查病房，到入院處值班，每周參加兩次會診，剩下的時間他去梅納特實驗室從事研究工作，晚上就在宿舍里閱讀各種書刊。

在三個月皮膚科工作中，弗洛伊德還同時擔任了耳鼻咽喉科的診療工作。他第一次感到自己笨手笨腳，實際操作醫療設備的能力較差。

1884年1月起到1885年2月止，弗洛伊德在神經科工作了14個月。這個科為第4科，是疑難病癥集中的地方，特別是綜合醫院中心難以處理的各種精神病患者的場所。因經費是由奧地利區和維也納市政府共同維持的，故必須接受全市和郊區各村任何一個想要入院治療的人。弗蘭茨·舒爾茲（Scholz）博士是科主任。該科有5個病區，113張病床。患者多，病種雜，經費少，比弗洛伊德大6歲的一等助理醫師約瑟夫·波拉克（Joseph Pollock）說：“只要你的治療方法不費錢，主任舒爾茲就會放手讓你干。”不管怎么說，弗洛伊德進了神經科，他十分高興。他的朋友布洛伊爾認為，只有在這個科里他會有最大的機會。但這畢竟是一個急轉彎，這個科條件比較差，不但沒有教學、講座、示范，甚至連實驗室都沒有。但弗洛伊德卻認認真真地工作。每天早晨起得很早，9時半之前查完房，10時去梅納特實驗室從事研究。午飯后，他再一次查房，到5時結束。然后邊吃飯邊看書學習。晚飯后又去梅納特實驗室，一直工作至深夜。7月，弗洛伊德被任命為神經科的醫長，他要負責一百多名病人，管理十個護士、兩位副醫師和一位助理醫師（或稱實習醫師）。在此期間，參與或單獨治療過面部麻痹、敗血癥、腦出血、肢端巨大癥、中風、癔癥等病癥，特別是用蒸餾水、糖丸等暗示療法治好過癔癥性截癱患者，這一切使弗洛伊德學會了治療神經系統疾病的基本知識和方法，為他后來獨立開設私人診所打下了必要的基礎。

1885年3月，弗洛伊德滿懷怨恨地轉到眼科。本來弗洛伊德很愿意在神經科工作，但因主任舒爾茲是一位心地狹窄、無所作為的醫生，生怕弗洛伊德在神經病方面的研究成果遲早取代自己主任的職位，故迫使弗洛伊德被調走。在神經科時，通過實驗和觀察他就已知道可卡因具有提神、振奮、止痛、麻醉、上癮等功能。到了眼科以后，弗洛伊德又建議可卡因可作為眼科手術的麻醉劑。1885年4月，弗洛伊德的父親的一只眼患病，幾乎失明。弗洛伊德與他的朋友、眼科醫生柯勒一起去診斷。他們診斷是青光眼（glaucoma）。第二天，弗洛伊德請眼科專家、他畢生的朋友克尼斯坦（Leopold K nigstein，1850~1924）教授給他父親的青光眼動手術。手術時，弗洛伊德協助柯勒上可卡因麻醉藥，克尼斯坦主刀做了手術。弗洛伊德為自己能與同事們一起，使用可卡因給父親做了成功的眼科手術，非常高興。弗洛伊德在給瑪莎的信中說：“只要再來一次這樣的好運氣，我們就可以考慮成家了。”弗洛伊德在眼科工作了三個月，又轉到皮膚科。在此之前，奧柏爾斯泰納（Obersteiner）請弗洛伊德到維也納郊外的奧柏爾道柏林（Oberd bling）兼任私人精神病院的臨時代理醫師，這樣，他可以增加一些收入，其負責人是萊德斯道爾夫（Leidesdorf）教授。弗洛伊德很喜歡這里的工作，其實這是一個處于優美山區和森林自然環境中的療養院。院內有60個病人，其中，就有拿破侖三世的皇后瑪麗·路易斯（Mary Louise）的兒子，他患有嚴重的躁狂癥（maenas）。當弗洛伊德征求瑪莎的意見把未來的家庭安排在這里時，突然接到赴法國留學的通知。這樣，1885年秋就成為弗洛伊德從事醫學生涯后又一個新的轉折點，即走向專門研究神經癥和精神分析學的開端。

1886年2月，弗洛伊德赴巴黎留學回國時，繞道柏林，逗留了一個月的時間。可能有兩個原因：一是按弗洛伊德在神經科的臨床經驗和科研成果，他完全有資格在維也納大學醫學院精神病和神經病診療所擔任要職。但是，他獲悉因種族歧視的關系，他無望在那里任職。二是來法國留學前，維也納一家公立兒童醫院院長卡索維茨（Max Kassowitz，1842~1913）想請他負責兒童神經科的工作。所以，弗洛伊德到柏林后專門拜訪了弗里德利希皇家醫院院長、兒科教授巴金斯基（Adolf Baginsky，1843~1918），受到他的熱情的接待和幫助。弗洛伊德除了解兒童常見疾病方面的知識之外，他還和巴金斯基博士，以及慈善醫院神經病與精神病科羅伯特·湯姆森（Robert Thomson）博士和海爾曼·奧本海姆（Hellman Oppenheim）博士一起還做了一些研究。弗洛伊德還為巴金斯基編輯《兒童醫學雜志》提供過神經學方面的文稿。后來，弗洛伊德在卡索維茨的醫院刊物上發表過幾篇頗有分量的論文，專門論述幼兒大腦單雙側麻痹癥。由于這個緣故，維也納大學醫學院諾斯納格教授后來（1897）讓弗洛伊德在他的巨著《普通與特殊疾病治療手冊》中負責這一專題的撰寫。回到維也納以后，弗洛伊德正式擔任兒科疾病研究所神經科主任多年。

與此同時，1886年4月，弗洛伊德正式開業行醫。布洛伊爾主張開始收費要低些，甚至窮人可以免費治療，弗洛伊德聽了很泄氣。盡管做了廣告宣傳，掛上了金字招牌，但頭幾個月患者寥寥無幾，收入極其有限。由于瑪莎處處表現出忍讓、儉樸和顧全大局，弗洛伊德在生活上的困難才不至于影響他的工作。隨著弗洛伊德事業的發展，他不僅個人享譽世界，而且家庭幸福美滿。但這段貧困的生活他們卻永遠沒有忘記。

（二）開展神經組織學與神經病理學研究

在維也納綜合醫院三年工作中，雖然弗洛伊德連續地從該院的一個部門轉到另一個部門，但他始終堅持兩手抓，邊工作，邊研究。其中，工作的重點始終是神經系統的疾病，而業余時間研究的重點則是有關神經系統方面的生理結構和功能。

過去和布呂克教授在一起時主要從事最低等的魚類的脊椎研究，曾發表《鰻魚的生殖腺的形態與構造》（1877）、《八目鰻神經節細胞》（1878）、《蝲蛄的神經纖維及神經細胞的結構》（1882）、《神經系統的基本結構》（1882）等論文。

現在開始轉向人類中樞神經系統的研究。弗洛伊德在著名神經學家梅納特和布呂克的領導下，先后研究了神經纖維、神經細胞、神經錯亂，以及他獨自研究麻醉神經的可卡因，均取得重要的成果。