1954年，胡先骕在寫作《植物分類學簡編》一書時，針對李森科的“小麥變黑麥”的論點做了嚴厲的學術(shù)批判，指出其不符合現(xiàn)代遺傳學的實際，是反達爾文演化學說的非科學理論，并批評李森科是靠政治力量來支持其反科學的理論的。他在書中告誡中國的生物學工作者，尤其是植物分類學工作者：“必須有深刻的認識，才不至于被引入迷途。”雖然那時蘇聯(lián)也有科學家對李森科的非科學理論進行了批判（如蘇卡高夫等），但在中國科學界，公開對李森科理論進行批判，胡先骕還是第一次。

過去認為，這是胡先骕沒有成為學部委員的主要原因。但胡宗剛在一篇未刊的文章中卻有不同的看法。他說：“胡先骕批判李森科偽科學的言論，是寫于其專著《植物分類學簡編》之后，該書于1955年3月由高等教育出版社出版。科學院向中央報呈學部委員名單在1955年5月9日，中央審批在5月15日，《簡編》一書出版僅兩個多月，還沒有引起反響，兩事沒有關(guān)聯(lián)。指出《簡編》有‘嚴重政治性錯誤’的始作俑者，是北京農(nóng)業(yè)大學六位講師助教于是年夏給出版社的信函，要求停止《簡編》的發(fā)行，隨后在高教部的蘇聯(lián)專家提出‘嚴重抗議’，說‘這是對蘇聯(lián)在政治上的誣蔑’。繼而中科院在紀念米丘林誕辰一百周年的紀念會上，對胡先骕的觀點進行了批判，這些都在中科院學部成立之后。”胡宗剛認為胡先骕沒有成為學部委員主要是因為他過去的政治觀點。陸定一當時是中宣部部長，當時學部委員的選舉工作主要是由中宣部負責的。[29]

胡先骕沒有成為學部委員的主要原因，確是因為他反對李森科的非科學理論。科學院在最初上報的一個二百三十八名學部委員名單中本來是有胡先骕的，但在最后確定的二百三十三人名單中拿掉了胡先骕等幾個人。[30]李真真認為：“他們最終由于政治上的原因而落榜。”所謂“政治上的原因”，具體到胡先骕，就是上面說到的那些原因。不過近年發(fā)現(xiàn)的檔案說明，胡先骕沒有成為學部委員可能還有其他原因。

1956年4月27日，陸定一在中央政治局擴大會議上討論《論十大關(guān)系》時，做過一次發(fā)言。他講到了胡先骕：

從前胡先骕那個文件我也看了一下，看一看是不是能夠辯護一下，那是很難辯護的。那個時候我們給他加了幾句，就是著重他的政治問題，因為他那個時候罵蘇聯(lián)，所以我們就氣了。他講的問題是生物學界很重要的問題，這個人在生物學界很有威望。（毛澤東插話：不是什么人叫我們跟他斗一斗嗎？）后來我們把那個東西和緩了，報紙上沒有提他的名字，是在一個什么米丘林的紀念會上有幾個人講話講到他，我們掌握了這一點，就是報紙上的一個名字都不講，因此沒有和他撕破臉。（毛澤東插話：胡先骕的那個文章對不對？）他批評李森科的觀點很好，那是屬于學術(shù)性質(zhì)的問題，我們不要去干涉比較好[康生插話：我問了一下于光遠，他覺得胡先骕是有道理的。胡先骕是反對李森科的。什么問題呢？李森科說，從松樹上長出一棵榆樹來，這是辯證法的突變，松樹可以變榆樹（笑聲），這是一種突變論。毛澤東問：能不能變？康生答：怎么能變呢？那棵松樹上常常長榆樹，那是榆樹掉下來的種子長出來的。這件事情胡先骕反對是對的。但胡先骕說李森科可以吃得開是有政治支持著的，其實，斯大林死了以后，蘇共批評了李森科，沒有支持李森科，所以胡先骕這一點沒有說對。但整個的來講，胡先骕講得還是對的，他只講錯了一個例子，我們不應(yīng)該去抓人家的小辮子，就說他是錯誤的]。那倒不一定去向他承認錯誤（毛澤東插話：那個人是很頑固的，他是中國生物學界的老祖宗，年紀七八十了。他贊成文言文，反對白話文，這個人現(xiàn)在是學部委員嗎？）。不是，沒有給（毛澤東插話：恐怕還是要給，他是中國生物學界的老祖宗）。[31]

這些材料大體可以把問題說清楚。

第一，最早反對胡先骕的正是他的同行，也就是當時北京農(nóng)業(yè)大學那些贊成李森科理論的人，以后就是蘇聯(lián)專家，是他們給中宣部寫信告狀。中宣部認為胡先骕在政治上是有問題的，“很生氣”。中宣部從策略考慮，沒有點胡先骕的名，但對他已有了很壞的印象，用陸定一的話說就是“沒有和他撕破臉”。

第二，毛澤東對胡先骕是有印象的，但并不了解具體情況，知道他在五四時期反對過白話文，那時胡先骕是《學衡》的主將之一。毛澤東說胡先骕“年紀七八十了”，其實那時胡先骕只有六十三歲，比毛澤東還小一歲。

第三，中宣部對胡先骕產(chǎn)生壞印象時，正是學部委員由中宣部認定的時候，因為有那樣的印象，所以就有陸定一口氣很硬的回答：“不是，沒有給。”這一點也符合1957年陸定一對胡先骕的評價：“胡先骕是不用戴帽的右派。”[32]

第四，毛澤東沒有反對胡先骕成為學部委員，是那些具體操作者對胡有成見。

第五，胡先骕批評李森科，說他靠政治來支持自己的理論，這一點雖然在時間上有一點出入，但胡先骕對李森科的批評從根本上說沒有錯，李森科就是一個靠政治吃飯的科學騙子。

第六，在對胡先骕的問題上，雖然承認了他是對的，但最后的態(tài)度卻是：“那倒不一定去向他承認錯誤。”

第七，陸定一在對胡先骕的態(tài)度上很不寬容。

還有一個歷史細節(jié)是，胡先骕在政府接收靜生生物調(diào)查所時提過條件。當時胡先骕是靜生生物調(diào)查所所長，他不愿意把靜生生物調(diào)查所并入北京農(nóng)業(yè)大學。因此北京農(nóng)業(yè)大學的負責人樂天宇說過胡先骕曾有“不愿意受誰領(lǐng)導”的話。科學院接受了胡先骕的意見，但特別提出：“決定接管靜生生物調(diào)查所，以一切工作聽由本院領(lǐng)導為前提條件。”[33]

當時，對靜生生物調(diào)查所的評價是：“本院鑒于靜生生物調(diào)查所有二十多年的工作經(jīng)歷，過去研究工作雖有表現(xiàn)，但在國民黨反動統(tǒng)治之下并未得到合理的發(fā)展，現(xiàn)在人民政府重視科學工作，但對過去科學工作機構(gòu)必須做合理的調(diào)整，現(xiàn)在靜生生物調(diào)查所整理委員會，即本此原則進行，擬定委員人選已得文委同意，即可開始工作。”