秦漢時期，特別是兩漢時期，哲學和宗教初步發展起來。哲學方面，出現了唯物主義和唯心主義兩種觀點的發展和對立；宗教方面，主要表現為道教的產生和佛教的傳入。
唯物主義和唯心主義的對立
哲學上唯心主義的代表人物是西漢中期的董仲舒，唯物主義的代表人物是東漢前期的王充。
董仲舒的思想集中體現在《天人三策》和《春秋繁露》一書中。他反對天道自然觀，進一步發展了先秦的“天人同一”思想，這個思想的核心是“天人感應”說。他說：“國家將有失道之敗，而天乃先出災害以譴告之，不知自省，又出怪異以警懼之；尚不知變，而傷敗乃至。”他又說，“道之大，原出于天；天不變，道亦不變。”道是法則、規律，這里借為封建制度。
“天人感應”和“君權神授”這兩者聯系密切。董仲舒認為天是最高主宰，而且天有意志，有感情，皇帝代表天君臨天下，同時也必須順從天意，“與天同者，大治”，天降祥瑞；“與天異者，大亂”，天降災禍。君權神授的觀點認為“天子受命于天，天下受命于天子”。董仲舒的思想宣揚皇帝是“代天治民”，神化封建統治，是帶有神學傾向的儒學。
“天人感應”說助長了宣傳神靈怪異之風。以王充為代表的學者反對“天人感應”說，對神學進行了深刻的批判。
王充出身于“細族孤門”，曾做過州郡小吏，大部分時間以教學為生。他著《論衡》一書，計八十五篇（今存八十四篇），二十余萬言。
他認為萬物由元氣構成，“元氣未分，混沌為一。及其分離，輕者為天，濁者為地。”人和禽獸也是由元氣演化而來。他認為元氣是一種客觀存在的物質。他反對天人感應說，反對有神論，發展了古代的天道自然觀。他說：“人之所以生者，精氣也；死而精氣滅。能為精氣者，血脈也；人死血脈竭，竭而精氣滅，滅而形體朽，朽而成灰土，何用為鬼？”他又說：“人之死，猶火之滅也。”他認為鬼只是人們的一種幻覺。
王充的論證方法是“引物事以驗其言行”，是比較科學的。但由于當時自然科學不甚發展，引作論據的事物有些不真實，因之得出的結論也難免有錯誤。他在對社會問題或歷史人物評述時，往往歸之于命，這是唯心主義。
道教的產生
道教是中國土生土長的宗教，并經過長期的歷史發展而形成。最早可追溯于原始時期的崇拜自然與鬼神，從最早的人神溝通的占卜等多種方術，原始宗教逐漸演變成殷周時期的祭祀上天和祖先。
漢代因為戰亂與漢朝崩潰導致對宗教產生急迫的需求，于是原本的儒學逐漸宗教化，此時也開始傳入佛教。在這種社會背景下，傳統的鬼神崇拜、神仙思想、陰陽術數終于與漢代所崇尚的黃老思想逐漸融合，道教教派也于此時形成。
道教是由黃老學說與巫術結合而形成的。東漢順帝時，瑯邪人宮崇向朝廷獻其師干吉所得《太平清領書》一百七十卷。這是我國最早的道教經典。今存的《太平經》殘本基本上保存了這部經典的面貌。
東漢末年，道教分為三大支派，一支為太平道，以張角為教主，在黃河南北傳教；另一支為天師道，亦稱為五斗米道，以張修和張魯為教主，在漢中、巴蜀一帶傳教；第三支以于吉為教主，在長江下游傳教。三派的信徒多為貧苦農民，這些信徒的多數成為農民大起義的主力。
道教的形成是一個緩慢的發展過程。道教最終形成的兩個標志，一是《太平經》的流傳，一是張陵的五斗米道（天師道）的發展。
漢順帝時（115～144），于吉、宮崇所傳的《太平清領書》得到廣泛傳播。到漢靈帝時，張角奉《太平清領書》傳教，號為太平道，自稱大賢良師，信徒遍布天下九州，已是頗有影響。后來，黃巾起義失敗，太平道日趨衰微。
東漢順帝（126～144）年間，沛國豐（今江蘇省豐縣）人張陵背井離鄉，來到了山川秀麗、民風純厚的蜀地，入居鶴鳴山（今四川省成都市大邑縣北）修煉，以求長生之道。張陵本大儒，博通五經，又熟知盛行于世的黃老之學、讖緯思想與神仙方術，乃據此聲稱太上老君授以新出正一盟威之道，并吸收了巴蜀地區少數民族原始宗教的某些成分，創立了五斗米道。據《后漢書》、《三國志》記載，因為入道者須出五斗米，而得名。五斗米道又稱正一道，因為教徒尊張陵為天師，又稱“天師道”，是道教最早的一個派別。
順帝漢安元年（142），張陵開始在巴蜀一帶行醫傳道，百姓師從者甚多。張陵死后，其子張衡繼之；張衡死后，其子張魯仍然傳其道。世稱“三張”，道內則稱“三師”，即“天師”張陵、“嗣師”張衡、“系師”張魯。經過他們祖孫三代的苦心經營，五斗米道逐漸形成了一套完整的教義、儀式、方術及組織制度。
佛教的傳入
東漢明帝永平十年（67），明帝夜夢金人飛行殿庭，明晨問于群臣。太史傅毅答說：西方大圣人，其名曰佛，陛下所夢恐怕就是他。明帝就派遣中郎將蔡愔等18人去西域，訪求佛道。蔡愔等在西域遇竺法蘭、攝摩騰兩人，并得佛像經卷，用白馬馱著共還洛陽。明帝下旨建立白馬寺給他們居住。于是摩騰與竺法蘭在寺里譯出《四十二章經》。這幾乎是漢地佛教初傳的普遍說法，也為我國歷史教科書所采用。
佛教傳入中國之后，到了后漢末葉桓靈二帝的時代（147～189），記載才逐漸翔實，史料也逐漸豐富。其時西域的佛教學者相繼來到中國，如安世高、安玄從安息來，支婁迦讖、支曜從月氏來，竺佛朔從天竺來，康孟詳從康居來。由此譯事漸盛，法事漸興。
漢人由信佛而出家修道的，如贊寧《僧史略》卷《東夏出家》中，有“漢明帝聽陽城侯劉峻等出家，僧之始也；洛陽婦女阿潘等出家，尼之始也”等語。《高僧傳·佛圖澄傳》中，有“往漢明感夢，初傳其道，唯聽西域人得立寺都邑以奉其神，其漢人皆不得出家”等語，似乎其時已經有漢人出家，然后才有此項禁令。
《后漢書·西域傳》中敘述桓帝奉佛之后說，“百姓稍有奉佛者，后遂轉盛”，可見當時民間的奉佛也由少數而逐漸增多。據《后漢書·陶謙傳》和《吳志·劉繇傳》說：獻帝時，丹陽人笮融聚眾數百人，往依徐州牧陶謙，謙使督廣陵、下邳、彭城三郡的運漕。融于是斷三郡的委輸，“大起浮屠寺，上累金盤，下為重樓，又堂閣周回可容三千余人。作黃金涂像，衣以錦彩。每浴佛輒多設飲飯，布席于路，其有就席及觀者且萬余人”。從《吳志·劉繇傳》所述看來，后漢末民間的奉佛，有其種種原因，這和宮廷中只以求長壽祈福為目的者有所不同。