《南明史：1644—1662》的目的是回答“明朝為什么會滅亡”這一問題。由此出發，作者司徒琳所討論的是明朝世襲君主統治失陷后18年的歷史進程中所映射出來的潰敗根源。書中通過大量的史料梳理，主要把明朝由強變弱的原因歸結為“文武之間無法取得統一和協調”“大臣們在如何作為皇帝的輔弼問題上陷入了困境”。作者同時注意到以上兩點并不是僅有的兩個把明朝引入滅亡的原因，近代經濟變遷的也是原因之一，但朝廷內部沖突造成抵制外力的失敗仍是明朝滅亡主要的原因，而這內部沖突的根源，在朱元璋太祖從一開始設計官僚制度時就已埋下。隨著時間推移，文官內部的黨派紛爭、在外武官戰斗力淪為平庸，內憂外患，大廈將傾。