晚清法律改革，雖然只有短短的十年，但是可以劃分為兩個階段：1902年到1906年的“新政”階段，重點在于對舊律的改造。就沈家本的思想而言，改造舊律的目的，落腳點主要是收回領事裁判權。1906年至1911年，由于宣布預備立憲，法律改革重點在圍繞“立憲”，制訂適于“憲政”時代的新律。由于新律要到“憲政”施行后才能實施，因此，這個階段還必須繼續改造舊律，使之成為“憲政”前的適用法律，因之有《大清現行刑律》的頒布施行。
這一階段，沈家本在“折衷各國大同之良規，兼采近世最新之學說，而仍不戾乎我國歷世相沿之禮教民情”思想的指導下，對傳統法律進行大刀闊斧的改造。首先刪除《大清律例》內“一時權宜”“無關引用”或“久經停止”，以及重復出現的例文三百四十四條。接著，本于治國之道“以仁政為先”，削除凌遲、梟首、戮尸、緣坐、刺字等傳統法律中最殘酷最野蠻的部分，又以“中外法律最不相同者，莫如刑訊一端”，廢除傳統的刑訊制度（不徹底）；為削減死罪條目，以死罪條目既“繁且重”，將有死罪之名，無死罪之實的戲殺、誤殺、擅殺三項罪名，由死罪改為流徒；修改《秋審條款》，刪除舊文，纂集新事，將原有一百八十五條減為一百六十五條；以推行憲政、權力分立、行政不應干涉司法為由，奏請停止中央的九卿會審制和地方的督撫布政使會審制；依據西方“尊重人格”的思想，刪除奴婢律例，奏請嚴格禁止買賣人口；以死刑在鬧市當眾執行有違“明刑弼教”之義，將死刑執行由公開改為秘密，由明刑轉為隱刑；以“立法必先統于一，法一則民志自靖”為由，奏請在法律上化除滿漢畛域，刪除《大清律例》內“滿漢罪名畸輕畸重及辦法殊異之處”，使國內各民族適用同一法律；并以“萬物之生機，必周流而始能便利”，變通旗民不準與民人交換買賣土地的禁令，等等。宣統元年（1909年），他吸收上述改革成果，通過刪除、修改、修并、移改、續纂等方法，將《大清律例》改造為《大清現行刑律》，沿用近兩千年的笞、杖、徒、流、死五刑之名被廢除。這部吸收了西方法精神的《大清現行刑律》，被時人和后人譽為中國傳統法典中最后且最進步的一部。
由于憲政需要法治，第二階段的法律改革，是為憲政編制推行法治的法律文本，即制訂各種近代法典。這一階段，他的理想是為中國建造一個法治制度框架，希望中國能因“法治”而強盛。這正是這個時段他的著述頻頻出現“法治”，并對中西“法治”進行區分的原因。這不是我的推測，1907年他被重新任命為修訂法律大臣后所上的奏疏，說得十分清楚：
竊維法治主義為立憲各國之所同，編纂法典實預備立憲之要著。臣等自審懵昧，重任恭膺，仰窺宵旰之憂勤，環顧國民之殷望，夙夜祗懼，莫可名言。受命以來，逐日公同商酌，謹擬大概辦法，為我皇太后、皇上敬陳之：
一、參考各國成法，必先調查也。日本變法之初，調查編訂閱十五年之久而后施行。就我國今日情勢言之，較諸日本，益形迫切，而事關立法，又何敢稍涉粗疏？擬一面廣購各國最新法典及參考各書，多致譯材，分任翻譯；一面派員確查各國現行法制，并不惜重資延訂外國法律專家，隨時咨問。調查明徹，再體察中國情形，斟酌編輯，方能融會貫通，一無捍格。此為至當不易之法。
一、任用編纂各員宜專責成也。憲政編查館原奏內稱，分派提調、纂修等員及延聘東西法律名家各節，應俟開館后，由該大臣等擬具章程，奏明辦理等語。臣等悉心酌核，擬設提調二員，由臣等督飭籌辦全館事宜，一俟慎選得人，開單請旨簡派，以昭鄭重。此外纂修、協修各員，容臣等甄擇通才，奏調到館。任用之方，以明定課程，優給薪水為主，總期有專責而無冗員，庶收指臂之助。聘用外國法學專家未可輕率，自當妥訂合同，以防流弊。至體查中國禮教民情，所包者廣，斷非臣等之孤陋所能自信。擬略仿吏學館章程，分省延請咨議官，待以賓師之禮，用資受教。
一、館中需用經費宜先籌定也。開辦用款，如建設館舍，添購書籍、印字機器等項，核實估計，約需銀兩萬兩。常年用款，如調查、翻譯、薪水、紙張、印工、飯食等項，約計每年需銀十萬兩。庫儲支絀，臣等固所深知，但使可從簡略，詎敢稍涉鋪張。惟是立法事宜關系全國，既非一手足之烈，亦非一朝夕之功，所有需用經費均系再三確核，力求撙節，無可再減。擬懇天恩飭下度支部照數撥給，俾臣等有所藉手，用竣開單奏銷，咨部備案。以上三端皆切要之事，如蒙俞允，臣等自當殫竭心力，以冀有成。俟開館后擬具章程，奏明辦理。[17]
奏疏開篇就說“法治主義為立憲各國之所同，編纂法典實預備立憲之要著”。這種為各國立憲所同的“法治”，當然是從外面拿來的西方現代法治。編纂實行這種法治的法典，既然是“預備立憲之要著”，那么，編纂者就必須明白知道“西法之宗旨”，也就是西方法律的精神實質。而要知道明白西方法律的精神，就要研究西方的法律法學。而要研究西方的法律法學，當時最重要的工作就是翻譯外國的法律法學著作。用他的話說，就是“欲明西法之宗旨，必研究西人之學，尤以編譯西人之書”，“參酌各國法律，首重翻譯”。這是“會通中西”的前提條件。因此，從修訂法律館開始工作之日起，他就極為重視外國法律法典和法學著作的翻譯工作。不但不惜重金聘用專攻法政的回國留學生擔任翻譯，而且為求譯文準確，譯員每譯成一種法律，他就要與原譯之員，“逐字逐句，反復研究，務得其解”，深恐翻譯失實，而致采用有誤。他對西方法律法學的了解，就是通過這種“逐字逐句，反復研究”而取得的。在他的主持下，修訂法律館終于在不到十年的時間里，把日、德、法、英、美、俄等世界主要國家的一百多部法律、法典和法學著作，比較準確地翻譯成中文，從而使法律改革獲得了必要的參照系。
仿照西方法律來制定新律，是晚清法律改革的重要任務，也是中國實行西方式法治的前提，用今天的話來說，就是要“有法可依”。在翻譯研究外國法律已經取得一定成效的基礎上，沈家本選定日本法律，把日本明治維新后仿照歐法而制定的新法作為楷模，聘請日本法律專家為顧問，排除守舊派的各種干擾，完成了《刑事民事訴訟法》《破產律》《大理院審判編制法》《法院編制法》《大清新刑律》《大清刑事訴訟律》《大清民事訴訟律》《違警律》《國籍條例》《大清民律》《大清商律》等法律和法典的起草。這些草案，有的于經過反復修改后由清廷頒布，作為正式立憲后的法律實施，有的則因清朝被推翻而仍為草案。頒布的法典，在民國成立之后大多被修改而施行，草案則被繼續反復修改，成為后來立法的藍本。
“法治國”首先要有現代法治之法律文本。不管清帝國的當政者們搞的是真立憲還是假立憲，這些白紙黑字寫著的法律文本，都是為憲政法治制定的法案。經過激烈的爭論，憲政法治必備的人權保障、罪刑法定、審判獨立等基本價值，一一寫入文本，并成為這些文本的精髓。
三、融合中西，推行審判獨立
清廷宣布預備“立憲”后，沈家本是一位堅定的司法/審判獨立主義者[18]。他既是當時司法/審判獨立的理論闡述者，同時又是實踐者。
（一）著《歷代刑官考》，論證：“政刑權分”中西相合
為論證中國古代也有近代法治國家所要求的審判獨立的傳統，沈家本特著《歷代刑官考》，在考察中國歷朝刑官沿革的基礎上，指出：
成周官制，政刑權分。教官之屬，如鄉師、鄉大夫、州長、黨正，各掌其所屬之政教禁令，此持政權者也。刑官之屬，如鄉士、遂士、縣士、方士，各掌其所屬之訟獄，此持刑權者也。……近日歐洲制度，政刑分離，頗與周官相合。[19]
《歷代刑官考》成書于1909年，正是清廷籌建各級審判廳，將審判權從各級行政官手中剝離之際。因此，人們盡可譏評他以古代“刑官”比“歐洲制度”的幼稚淺薄，批評他“司法獨立非惟歐西通行之實例，亦我中國固有良規”之論的妄謬。但是，我們無法否認該書在社會轉型時期為當時各級審判廳奠基的理論意義；而就論證方法而言，也無法斷言他的方法就一定比其他論證方法的效果遜色。實際上，就當時的環境而言，如果不用這種“托古改制”或“復古改制”的手法，而直接用西方理論去闡述司法/審判獨立在中國的必要性，它的效果究竟有多大，實在令人懷疑。
（二）派員考察日本裁判制度，確認“司法獨立與立憲關系至為密切”
如果說，《歷代刑官考》是從中國傳統說明司法/審判獨立在中國的可行性，那么，調查日本裁判制度，則是實地考察司法/審判獨立在東方國家的實效，近距離地觀察和探討西方司法獨立之本原。
光緒三十一年（1905年）九月，他和伍廷芳專摺奏請派員考察日本的裁判制度。1906年，董康、麥秩嚴、熙楨、王儀通接受委派，在日本司法省特簡參事官齋藤十一郎、監獄局事務官小河滋次郎的協助下，分赴日本各處裁判所及監獄詳細參觀。通過半年多的調查訪問，他們將見聞所及，撰寫裁判四章、監獄二十二章，繕具清單進呈上奏。
通過考察，沈家本確信日本“國力之驟張基于立憲，其實司法獨立隱收其效”。在列舉行政官兼任司法的四大害處之后，他斬釘截鐵地指出“司法獨立為今刻不容緩之要圖”。
（三）引入律師制、陪審制
律師是職業法律人群體的重要組成部分。律師制和陪審制是西方司法/審判獨立的重要制度。特別是英美法系國家，在案件的審判過程，陪審團、律師會制約法官，使其依法審判案件，不能肆意妄為，從而避免司法專橫。
清末最早提請采用律師制和陪審制的法案，是1906年的《刑事民事訴訟法草案》。在《進呈訴訟法擬請先行試辦摺》中，沈家本、伍廷芳明確提出：
考歐美之規制款目繁多，于中國之情形未能盡合。謹就中國現時之程度，公同商定簡明訴訟法，分別刑事、民事，探討日久，始克告成。推原其中為各國通例而我國亟應取法者，厥有二端。
一、宜設陪審員也。《周禮·秋官》：司刺掌三刺之法。三刺曰訊萬民，萬民必皆以為可殺，然后施上服、下服之刑。此法與孟子“國人殺之”之旨隱相吻合，實為陪審員之權輿。秦漢以來，不聞斯制。今東西各國行之，實與中國古法相近。誠以國家設立刑法，原欲保良善而警兇頑，然人情诪張為幻，司法者一人，知識有限，未易咸知，宜賴眾人為之聽察，斯真偽易明。[20]若不肖刑官，或有賄縱曲庇，任情判斷，及舞文誣陷，尤宜糾察其非。擬請嗣后各省會并通商巨埠及會審公堂，應延訪紳富商民人等，造具陪審員清冊，遇有應行陪審案件，依本法臨時分別試辦。如地方僻小，尚無合格之人，準其暫緩，俟教育普被，一體舉行。庶裁判悉秉公理，輕重胥協輿評，自無枉縱深致之虞矣。
一、宜用律師也。按律師一名代言人，日本謂之辯護士。蓋人因訟對簿公庭，惶悚之下，言詞每多失措，故用律師代理一切質問、對詰、覆問各事宜。各國俱以法律學堂畢業者給予文憑，充補是職。若遇重大案件，即由國家授予律師。貧民或由救助會派律師，代伸權利，不取報酬補助，于公私之交，實非淺鮮。中國近來通商各埠已準外國律師辦案，甚至公署間亦引諸顧問之列。夫以華人訟案藉外人辯護，已覺捍格不通，即使遇有交涉事件，請其伸訴，亦斷無助他人而抑同類之理，且領事治外之權因之更形滋蔓，后患何堪設想。擬請嗣后凡各省法律學堂俱培養律師人才，擇其節操端嚴，法學淵深，額定律師若干員，卒業后考驗合格，給予文憑，然后分撥各省，以備辦案之用。如各學堂驟難造就，即遴選各該省刑幕之合格者，撥入學堂，專精斯業，俟考取后，酌量錄用，并給予官階，以資鼓勵。總之，國家多一公正之律師，即異日多一習練之承審官也。[21]