六月，朱成功討蘇利于碣石鎮，風逆將去；黃海如使來結，更破揭陽及大埔，進圍潮州。使陳斌燒康濟橋，晝夜擊之；郝尚久死守，降將王邦俊來援，攻分水關。黃廷、洪政棄羅山走，柯宸樞扼險守。邦俊以騎軍誘之，而使降將王之綱、張勝自間道入；宸樞分御之，炮矢皆盡，一軍遂燼。宸樞自參成功軍，屢出奇計；自是敗死，云宵、詔安皆沒。成功大痛曰：『吾不惜兩縣，恨失宸樞耳』。解其圍，屯潮陽。黃亮采聞詔安失，遂謀叛；甘輝擊斬之。
鄭芝鵬說成功取金門及廈門，成功曰：『若不成者，反以我為仇』。鄭芝莞曰：『彩入浙江，惟聯在此』。其時也，彩固戒聯備成功，聯少之；又嗜酒，不為備。施瑯請以少艦泊鼓浪嶼，飾余舟為商舶襲之；成功從其策。芝莞遂請殺聯，曰：『不見太宗之于建成乎』？成功乃行。秋八月，成功率甘輝、施瑯、洪政、杜輝凡四艘，宵泊鼓浪嶼。聯方醉萬石巖，閽不能達。明日醒，握發以迎。成功遽請將其軍；聯未及答，其眾競入，聯部莫敢動。成功燕聯于虎坑，歸而殺諸途；哭踴入城，斬其用事者章云飛。而以兵守聯及彩門；曰：『擅入者死』！于是聯將陳俸、藍衍、奚豪皆降，彩將楊朝棟、王勝、蔡新、楊耀及故將藍登等聞之皆來歸。乃使洪政折矢以招彩。彩方以聯死自咎，上疏監國魯王以求救，張名振、阮進皆惡之，擊之沙埕，敗其船眾，彩無所歸；聞政至，曰：『吾老矣！諸子皆幼，能繼志者其大木乎！吾將讓之』（大木，成功字也）。使其弟斌復命。成功遂有兩島。
秋九月，鄭丹國入興化及仙游、惠安，馬得功敗之；丹國及趙子章皆被擒。
冬十月，降將蘇利以成功在廈門，襲惠來破之；守將盧爵以下多戰死。
成功使洪政招銅山、閩安、南澳及諸島，皆下之。分其軍為五，自將中軍，以馮澄世、潘庚鍾、紀國林、林俞卿、林奇昌、諸葛倬、蔡鳴雷為參謀。
十二月（明閏十一月），永歷帝詔朱成功援廣東；乃使黃大振軍海澄，鄭芝鵬、阮引、何德、藍登守廈門，自率諸軍以勤王。將至虎門，入次于潮陽；施瑯、陳斌以事隙，成功不能進。有言黃海如陰叛者，使林習襲殺之，分其軍隸諸鎮。
順治八年春正月（永歷四年十二月。自二月后為永歷五年、監國魯王六年）、閏二月（明二月），朱成功帥舟師至白沙湖，以風故，卻碇鹽州港。尋次大星所，擊惠州兵，敗之；遂攻大星，下之；進次平海衛，使黃梧西掠至瓊州。慮廈門弱，使鄭鴻逵歸助芝莞。
初，芝龍盜海中，舶責金三千，畀一旗，即無慮；以是富無藝。比握閩柄，復得閩、粵正供捐輸之金數百萬。降臣黃澍涎之，蹴降臣張學圣攫其積；使馬得功自五通濟，阮引遽遁，芝莞聞之，盡其珍物入于海，群臣走浯潯。學圣登五通山以望，駭曰：『此絕地也』！亟引去。得功亦走篔筜港，鴻逵將吳渤、楊杼素兵已至，截之；得功死戰，渤敗死。施瑯部陳纁、鄭文星復擊之，得功急，以嘗隸鴻逵戲，冒死謁之曰：『某死，兩島必不獲安；芝龍之室，猶有在安平者。乞思之』！乃縱之逸。成功聞之，急返救；未至，鴻逵已告捷。夏四月，成功入廈門，得到走五日矣；大悔恨。移軍白沙，以鄭擎柱知白沙州；親渡海口為炮臺。丁未，大會文武，賚施瑯、鄭文星、陳纁銀有差，杖阮引及何德，厚恤吳渤孥，責芝莞罪。芝莞欲辯，成功已出隆武帝尚方劍，斬之；曰：『我無少私，爾勛臣統將，其各努力』！士卒聞之皆股栗，其勢復振。憤鴻逵縱得功，責諸將無往謁；鴻逵懼，盡其所部付之（后為王進功所襲，成功移之金門以老）。方芝莞棄廈門走，成功妻董氏奉其祖祏出，芝莞屢使入他舟，將以弋其賄；董氏不肯動，所積得無恙，軍食以充。董氏固無寵，成功以是禮之。
施瑯用法嚴，有得罪者走匿成功所，瑯捕獲之。成功馳使使勿殺，瑯言『法非瑯出，不敢私』。促斬之。使者怒，構之；成功收瑯父宣及其弟顯將殺之，顯促瑯遁而己死。瑯乃誑其黨以走；追者將至，蘇茂匿之，瑯遂入降。成功赦茂，使典瑯職；而謂瑯必為己患，后果然。
五月，朱成功責償于張學圣等，遂帥中軍提督甘輝、左先鋒鎮蘇茂、中沖鎮藍登、左宣毅鎮杜輝、后援剿鎮陳魁、左沖鎮郭義、右沖鎮蔡祿、后沖鎮林明、前沖鎮余新（兼統領）、奇兵鎮楊祖、智武鎮藍衍自南溪登，大掠郡邑，馳檄遠近。降將王邦俊陣磁灶，杜輝、藍衍爭奮擊，矢盡少卻；余新、楊祖、蔡祿、陳魁左右縱，邦俊大敗，退守漳浦。
秋九月，朱成功攻漳浦；邦俊來救，甘輝敗之，追至馬口而還。
冬十一月，降將楊名高以興化、泉州諸軍擊成功，曰：『天寒海兵皆白足，可大創也』。至小盈嶺，戰未決，成功鳴炮三，伏兵四出；名高大亂，死者甚眾，遂走泉州。
十二月，成功乘勝攻漳浦，守將楊世德、陳堯策以城降；海澄守將郝文興亦請降。張名振軍亦至。
成功軍盛而寡食，納馮澄世策，以甥禮事日本，即其產通市交趾、暹邏、呂宋，大得銅鉛之助。以黃愷司稅斂，立官商五。漳、泉、福、興化之民一田兩賦（一輸大清、一供鄭氏），不堪其憊，而莫敢問。
時永歷帝在廣南，有議幸成功軍者；永歷帝憚而止（詳「永歷奔亡」）。
順治九年（永歷六年、監國魯王七年）春正月，朱成功攻海澄之中權關，乘潮而入，郝文興迎降。
有周全斌者來謁，問以策；曰：『藩主志勤王，宜首通行在，會李定國、孫可望從洞庭以取江南：上策也。今成棟死，廣東新破，粵西之道無由至。且守各島，上踞舟山、下及南澳以遏南北，販洋中，足兵食；然后憑漳、泉道汀州、福興，水陸并進，則八閩可有也』。成功大悅，以為房宿鎮。
二月，朱成功攻長泰，自江東橋入；遇王邦俊于西溪，邦俊復敗。王進號老虎，聞甘輝善戰，獨搦之酣斗馬上。輝投以戟，進避之；進彀，輝拂落之。自辰至午，以救止。進入長泰，輝急攻之弗克。三月，朱成功擊降將某于江東橋，敗之；余眾保泉州。成功攻長泰，吳世珍先登，死。成功使火器鎮何明掘地隧；聞陳錦至，斂其精銳于江東橋。陳錦欲擊之，張玉諫曰：『成功雖少，英勇多智策；宜固壘待之，而以漳州兵斷其勢』。錦狃同安之勝，叱弗聽。甲申，戰于江東橋，大敗不能軍，遁入灌口。王進聞之，以數十騎棄長泰走；和平、詔安、南靖皆下。成功圍漳州，錦敗而憤，用法益酷。其奴庫成棟、李進忠刺殺之，以其首奔成功。成功曰：『以奴刺主，是不義也』。賞而斬之，聞者皆服。
五月，降將馬逢知援漳州。成功問策于諸將，甘輝請戰；成功曰：『不然。陳錦新喪，逢知恃勇，無制之者；至必力戰。宜縱之入，然后圍之，人多乏食，外應終遲，破之必矣』！麾龍江、萬松關兵去而伏。逢知至，不見一幕；將駐師，呼噪四逼，終夜不解甲；登高望之，營柵滿山，惟入漳徑無所阻，遂入。成功復圍之。逢知出戰，成功使陳勝、陳斌、蘇茂、蕭泗共敵之。自帥甘輝、周全斌、陳堯策、郝文興梯其城；逢知駭走，死者遍地。
秋八月，成功軍猶圍漳，降將宜永貴以舟師攻廈門以救之；遇陳輝于崇武，敗而走。成功急攻城，逢知隨所壞筑之。秋霖日盛，山溪競漲；成功塞鎮山門以灌之。城中食又盡，人相啖炙，死者七十余萬，門巷如墟墓。降將張著等猶死守，成功不能克。
九月，金礪救漳州，曰：『成功兵精，盡注之恐不克；使騎兵出大道，而以步卒間邀之』。成功使周全斌戰，矢下如雨；礪軍忽自長泰至，全斌急退，礪疾追之，全斌軍亂，萬松、九龍之險皆失。成功退軍于故縣，漳州之圍始解。
冬十月，朱成功軍在故縣。金礪、馬逢知、王邦俊謀使成功出三囗〈氵義〉河，斷江東橋，別自赤嶺入，必再困矣。分其軍為三，急攻之。成功以火器軍戰，逆風驟起，煙焰自翳。降將吳汝玠陷陣入，柯鵬接之，敗；陳鳳援之，亦敗；右武衛周全斌援之，又敗。成功敗績，退守海澄。是役也，成功不去其蓋，是以甚敗。
順治十年（永歷七年。是歲三月，魯王自去其監國號，不紀其年），鄭芝龍使其仆李德招成功；成功不奉表，以家書口語答芝龍，詞并不屈。
三月，朱成功以兵二萬、米三舟助名振入長江；旋召還，更使其將與北去。至于羊山，颶風折軍，損十之一；成功軍乃還（見前）。
夏四月，郝尚久以潮州來請降；成功為之親攻惠來諸縣，不克。
五月，金礪攻海澄。成功使王秀奇、郝文興、陳堯策守鎮遠，使甘輝、黃廷屯關帝廟為犄角；使黃梧、蘇茂伏城外，盡撤其備以誘之。礪軍驟至，伏發而敗。俄以大炮急攻城，后沖鎮葉章死、后勁鎮陳魁亦傷，城之壞者百余丈。成功坐臺上，意氣自若；曰：『吾豈避炮者』！甘輝翼之下，甫離席而臺碎。金礪移軍攻鎮遠，墻壞及地；秀奇窟拒之，卒不克。礪復為隧攻海澄，一夕炮作，成功咤曰：『將薄城矣』！以萬人持斧俟。礪軍將登，有廝養卒首縱斧，萬眾從之，隨斧隨墮，濠為之平；則既旦矣，礪軍走，隧中藥發，死者無藝。礪走漳州，成功擢廝養卒為都督。
六月，永歷帝使封朱成功為漳國公。
秋九月，郝尚久求救于朱成功；成功怒其不會兵援廣東，不應。周全斌曰：『倡義，當納降。郝尚久來歸，拒之失天下心』。乃使陳六御入揭陽港，至于南澳；尚久卒以鄭鴻逵前攻潮州故，不納其軍。尚久俄沒，六御攻鷗汀諸寨而還。
是月，大清使封朱成功為靖海將軍、海澄公，再使李德之福建諭成功降，且許提福州、漳州、泉州市舶，捍海寇。使金礪還浙江。
順治十一年（永歷八年）春正月，朱成功使戎政司馬陳六御、都督陳應璠自平陽攻舟山，克之；進攻崇明，不克。尋入吳淞，奪其戰艦；遂入泰興、靖江、丹徒，次金山，取其炮；又焚金山、瓜洲舟而返。別使李增、蘇茂、黃梧趨廣東，攻大埔、饒平諸縣。
二月，李德至思明，具述芝龍指；必不可，則執魯王以獻。且言『天下已定，徒勞無功』。成功叱曰：『小人敢鼓舌』！德懼，不敢言。佟岱及降臣劉清泰亦與書，略言『天命所在，不待智者而決』。成功托言無屯軍地；而遺清泰書，將以權宜取餉于漳、泉。因約三事：割四府地，不受制于撫部，不預征調，不去其發，一切如高麗；且請屯兵于浙，取溫、臺、寧波之食；亦不允執魯王。使其將大掠福州、興化、泉州、漳州；清泰斂軍避之，而言其后必致變。
夏四月，李增等攻饒平、大埔，江龍、劉道璋約內應；拒于吳六奇，不克，還。
五月，朱成功殺督餉官黃愷。愷，泉州人；滑稽多智，毒于聚斂。成功殺之，沿海民始蘇。
秋八月，葉成格、阿山及鄭渡至福建，再招成功降；且封芝龍同安侯、鴻逵奉化伯、芝豹左都督。鴻逵亦受命，惟成功不從；大陳水陸軍數十里，設伏警衛而后見，不伯、芝豹左都督。鴻逵亦受命，惟成功不從；大陳水陸軍數十里，設伏警衛而后見，不去其發。索詔書，阿山、葉成格不予，遽還入泉州。成功笑之曰：『事可知矣』！與芝龍書，言『不敢通只字，懼為累。使者猝至，四府無增，疑購父之故事。自古豪杰，利不能動、害不能怵。今惟以「去發」為言，豈不稱臣而可去發者？大丈夫作事，磊磊落落。自今以往，父聽兒言，則兒為孝子；不聽，則兒為忠臣』。又曰：『前使至，盛館之；不信宿偵騎四出，能無疑慮！父全至今，幸也；萬一不幸，惟縞素復仇以結忠孝之局』。亦與渡書絕。芝龍更使鴻逵言之；鴻逵曰：『侄居中左，己次白沙，相見希也』。
冬十一月，朱成功使林云璇疏奏永歷帝，上諸將功；使林察、王秀奇、蘇茂以舟師衛之。因會李定國于廣東（詳「湖廣之亂」）。
芝龍以成功無降意，懼及禍，乃自首；言『成功請地益軍食，且不去發；兩寄己書，妄誕無忌，臣不敢隱』。眾議芝龍罪，盡奪其秩，錮之高墻；竄芝豹寧古塔。議攻成功。
十二月，朱成功自梅溪、自飛鸞白鷺間道取羅源擊吳六奇，大破之；遂取揭陽、澄海三縣。
汀州人劉國軒，雄偉有智略，以把總司鍵漳州，心怏甚；屢說其將樸世用附成功。世用即使國軒行，因馮澄世以見；澄世先與語，大悅之，以為義子，使歸為間。是月，成功趨漳州至海澄，甲夜勒兵，莫知所指；漏四下，次州城，國軒啟門應，張世耀、樸世用等皆降。分攻泉州，旁掠各邑，于是漳州之縣十成功盡下之、泉縣十降其七，惟仙游、龍游（？）未即下，成功幾有閩地之半。以國軒為護衛后鎮。
順治十二年（永歷九年）春正月，朱成功在泉州。降將施瑯、韓尚亮固守，郝文興請擊之；成功曰：『善戰不如善守，徒損士卒』。使甘輝督諸鎮攻仙游，降將陳有虞誓守，炮石如雨，不能克；輝怏甚。神器鎮洪善曰：『此葫蘆城，宜穴地入』。從之。遂拔仙游，軍聲益振。
成功承制封拜，以潘賡鍾兼戶、吏官，陳寶鑰為禮官，張光啟為兵官，程應璠為刑官，馮澄世為工官，理庶事；改中左為思明州，以鄧會知州事。設館曰儲賢、儲材；又制察言司、賓客司、軍器局、制印局。勸學取士，得黃蒂臣等為六官屬及監紀、推官。奉前監國魯王及瀘溪、寧靖諸王于金門，有加禮；以遺臣王忠孝、盧若騰、沈佺期、辜朝薦、徐孚遠、紀許國為上客，大事必咨之。分其軍為七十二鎮，戈船之士數十萬。凡封拜，輒朝服北面稽首，焚疏于永歷帝座；稱為恢復之師。
芝龍在北京為佟國器及降臣龔鼎孳所劾，下之獄。