十二月，王翊在大蘭、張煌言在平岡、李長祥在東山、章欽臣在南鎮及石仲芳在蕭山、王化龍在會稽、余國望在金湯、吳金明在臺州、袁應滮在奉化、柏襄甫在湖州皆如故（詳「義旅」）。

順治六年（永歷三年、監國四年、朱成功稱隆武五年）春正月，監國在玉環。張名振來朝。

三月，王翊徇奉化，敗其兵河泊；再攻上虞，破之。馬得功陷寧德縣。

夏四月，福安城破。大學士劉中藻之守福安也，鄭彩惡之；得功乘其隙，急攻城，中藻固守，殺其兵四、五千。得功周樹柵，使城中不得出；中藻猶固守，自去年十月至于是月，乃沒。沙埕亦陷，閩地盡失。

監國事急，使乞援于黃斌卿，不應；李向中以兵少不能救。會振威伯涂覺突圍至，乃及章義軍扈監國北入浙。張名振自松江之役喪其軍實，斌卿遂侮之；名振招故部且之閩，自募一軍屯于南田。監國至，遂奉之次三盤。鄭彩、鄭聯皆棄監國去。

六月，張名振克健跳所。阮進亦棄黃斌卿，相與奉監國至健跳。

秋七月戊申，監國至健跳所；從者大學士沈荃宸、劉沂春、禮部尚書吳鍾巒、兵部尚書李向中、戶部侍郎孫延齡、左副都御史黃宗羲、右僉都御史張煌言、職方郎中朱養時、主事林瑛日朝于舟，謂之水殿。壬午，叛將田雄以萬人圍健跳所，張名振攖城守。阮進聞之，倍道入援，水陸夾擊，殺傷千計；田雄逸去鹿頸。

鎮將王朝先入覲，封平西伯。魏國公裔徐仁爵從次臺州、又入海，有扈從功，亦封定南伯。朝先故王鳴謙部，斌卿誘而劫之，妻子皆失；不得已降，斌卿靡之，而不之任。張名振以千金結之，且力請于斌卿還其軍，遂歸心焉。斌卿之還自桃花渡也，一意保聚。籍舟山民十五以上皆為兵，田為公田；六十無子者田入官，夫死妻不得守。內地富民田在舟山者，盡舉而入于官。制舟舶，恣封殖：期如土司有其地。既拒監國命，阮進乞糴亦不與。其部王大任劫金數萬以饋斌卿，索無厭；大任懼，訴其逆于朝先，請討之。遂及名振謀曰：『凡海中島嶼隸浙江者，故百有奇，舟山為大；而斌卿負固，不若誅之，以奉監國』。名振以斌卿與有舊，泣阻之，眾不可。監國亦以南田健跳所無可恃，謀他適；聞張肯堂在舟山，手書曰：『朕將北還，卿素忠義，能從我乎』？肯堂勸斌卿奉迎，不聽。諸人傳檄討斌卿。九月，師至舟山，黃斌卿使陸瑋、朱玖兵拒戰。名振、朝先進，屢敗之。斌卿求救于安昌王恭囗〈木梟〉及肯堂，請迎監國以自贖。名振將許之，瑋、玖背約走；名振請于監國，手敕諭之。朝先使尹明詐而入；丁丑，斌卿跪聽敕，明猝斬之，投其尸于海。

冬十月乙巳，監國入舟山。城周數里，居民萬戶，即參將署為行宮。大學士沈荃宸乞罷，以張肯堂為東閣大學士。進張名振太師；擢李向中兵部尚書，孫延齡戶部尚書，吳鍾巒禮部尚書，朱永佑吏、工部尚書。召張煌言為兵部侍郎，董志寧等為給事中。故御史王翊、僉都御史李長祥、給事中徐孚遠皆來朝。黃宗羲嘗疏：『文武競高秩，惟翊不自張，兵又勁，宜有以獎之』。長祥則合王朝先及諸義旅衛舟山。孚遠在柴樓，地尤近；勸租稅、輸貢賦，避地者多歸之。乃擢翊右僉都御史、長祥兵部左侍郎、孚遠左僉都御史。使阮進、王朝先屯桐柏、南田，國事皆決于張名振。肯堂在位而不能與，咄咄不合；然老成碩望，中外倚之。

侍郎馮京第始說黃斌卿北都之變并失東南，蓋借兵之失；今我無地，不足畏也。親乞師于日本，黃孝卿副之。值日本驅天主教，紅毛夷以舶載大炮來復仇，并京第等不得入；京第哭于舟不少已。日本酋某行部至，京第為血書告之，其撒斯瑪王曰；『中國亂，我不遑恤，而令使者哭，于我國之恥也』。與其大將軍議發罪人為兵，褒「洪武錢」數十萬為佽；欲京第先歸。孝卿假市物留長崎樂日本俗，不之促；日本輕之。

十一月，監國以阮美為澄波將軍，乞師日本。京第及黃宗羲既往，阮進復納僧湛微言，賁以普陀藏經，兵必至；乃使美行。日本果喜；已知與湛微偕，則大駭。湛微者，固入日本為僧，無行；其大將軍嫉之，且疑為西洋人。美知其為所賣，復以經返。論者謂日本且不武，雖至亦無濟。

十二月，馬得功攻南安，總兵陳已戰死；陳奇入于海，復援林忠于雙坑。

順治七年（永歷四年、監國五年、朱成功稱隆武六年）春正月，監國在舟山。謁太祖廟，泣下：『高皇帝以布衣定天下，訖予小子，播遷無地，不能保有浙東數郡地』！群臣頓首請罪。

岐陽王裔李錫祚、李錫貢航海至，并以力聞；使佐阮進守螺頭。

二月，張煌言來朝，以為兵部左侍郎。王翊亦來朝。

夏五月，馬得功陷雙坑，陳奇被殺，林忠入于海。

秋八月，兵部左侍郎王翊復新昌，拔虎山寨；遣使告捷。監國卒慮舟山弱，使周瑞、周鶴芝將樓船三百屯三盤為犄角。俄，瑞與鶴芝隙，監國使胡明中往解之；隙益甚。瑞依鄭彩于閩，鶴芝自結于阮進。及彩逼于朱成功（詳「閩海遺兵」），使來求助，鶴芝不應；張名振亦欲結成功，與進、鶴芝共擊彩舟走之。

九月，降將金礪以兵攻舟山。惡王翊梗，先擊奉山諸寨；礪出奉化、田雄出余姚，期會于大蘭，連營三十里，游騎四出，執山民使為導，殺戮萬計。大皎、大蘭諸軍皆潰，翊走入海（詳「義旅」）。

順治八年（永歷四年--自三月后為永歷五年、監國六年、朱成功稱隆武七年）春正月，監國在舟山。王朝先初以驍勇軍塞上，屢樹功；與阮進援健跳所，戰尤力。既殺黃斌卿，收其陸軍甲仗，不及張名振；且與爭糧汛，漸攜貳。名振與阮進擊鄭彩，朝先中立；名振怨之，朝先不知，士卒散居民舍。二月，張名振猝攻之，朝先手殺數人，死。其將張濟明跳而走，乞降于陳錦，盡泄舟山狀。錦遂言監國在舟山通閩、浙，窺吳淞，為沿海患；請自定關攻其不備，風潮半日可達。降者耿應衡復使人為日者，入舟山說監國設醮禳星；從之。郎中朱養時疏『遺笑敵人』；不聽。

秋七月，陳錦大舉攻舟山；降將張天祿出崇明，降將馬進寶出臺州及金礪、田雄于定海。監國聞之，集諸將議；阮進請獨守蛟關，使張名振帥總兵張晉爵、葉有成、馬龍、將軍阮美、阮濟遏其南，張煌言、阮駿帥總兵顧忠、羅蘊章、鮑國祥、阮骍、鄭麟及都督僉事李英杰斷其北，都督僉事任麟為監使，中軍金允彥、主事邱元吉、安洋將軍劉世勛及馬三泰任守城。監國懼甚，將棄舟山走。名振曰：『臣母耄，不敢輕去寒將心。

主上躬被甲冑猶有詞，宮妃、世子豈可行乎』！因進策曰：『蛟門，天險也，敵必不至。請奉主上攻吳淞以綴之』。沈荃宸爭，不聽。或譏其避敵，曰：『吾母、吾妻悉在是，豈有他哉』？遂行。王翊、顧章立急入奉化，募軍以綴錦。是月，馬進寶入臺州。

八月丙辰，陳錦陷奉化諸山寨，直攻舟山；張肯堂使阮進擊之。進以三舟突斗，獲樓船、戰艦凡數十；馘十一人，縱之還。錦懼，將走。丙寅大霧，錦乘之，猝至蛟門，守者始覺。進急還救，遇諸橫水，鏖戰甚力；將擲火球焚錦舟，風忽反，灼進面；李錫祚救之不及，諸軍敗績。錦入舟山，張肯堂、張名揚、劉世勛以軍數千背城戰，殺傷過當；城隍之炮，擊殺千人。錦不能勝，乃穴地攻之。

九月丁亥朔，舟山火藥竭，金允彥、邱元吉踰城降；眾忿，臠允彥子而呼名振師還救。錦聞之，攻益急。丙子夜，星隕如雨，眾駭。是日加午，城陷。劉世勛之出戰也，將分兵護宮嬪行；監國妃張氏諭之曰：『將軍意良厚，然山海之間，懼為奸人所賣；請死此清凈土』。及城陷，妃整簪服，北面再拜，入井死；妃王氏及義陽王妃杜氏、宮嬪張氏從之。錦衣指揮王朝相、內官劉朝舁巨石覆井而后死。肯堂以下死者極眾（詳「殉節」）。錦屠舟山，戍以兵千、水師二千而還。其下皆言我兵之南，所難克者江陰、涇縣及舟山耳。名振聞警急還救，會師火燒門，距城六十里，待潮乃能進；俄見煙起，知城陷。將他適，聞母范氏及室人盡焚死，哭踴自責曰：『兩誤家國』！奮身蹈海，監國及諸人共持之。

冬十月，監國泊舟日南山，進次嵓頭，謀入海壇。貽書朱成功曰：『余與公，宗盟也；居歌「行葦」之章，難賦「脊令」之句。其無吝偏師，拯此同患』！及徐孚遠以成功書至，言永歷帝已立于粵西。監國覆書，言不得已而踐位之故；乃來迎。張名振、張煌言奉以行。田雄以書召煌言，峻拒之。

順治九年（永歷六年、監國七年、朱成功稱隆武八年）春正月，監國次廈門。朱成功來謁，議相見禮；其下潘庚鍾曰：『共奉粵西朔，則皆臣也』。成功不然，曰：『外藩與諸王非敵體，矧監國乎？吾以宗人府正禮見』。從者泣曰：『彼卑我矣』！監國不應。成功贄千金、緞百端，餼廩皆備；食諸從臣及宗室，其著者侍郎曹從龍、蔡登昌、任穎眉、張沖符、太常寺卿任延貴、太仆寺卿沈光文、主事傅啟芳、錢肅遴、陳藎卿、張斌、葉時茂、林泌、通政司張吉生、張伯玉、侍讀崔相、中書邱子章、錦衣衛楊燦、內官陳進忠、劉玉、張晉、劉文俊、李國輔及副使馬星、俞圖南、總兵張子先數十人。遂奉監國居金門，月節供銀米。鄭芝龍在北京，遺書成功曰：『許龍在南、張名振在北，汝必取之』。成功不從。猶切責名振，答曰：『濟則實績，不濟則在方寸間』。袒其臂而示之，涅「赤心報國」，字長徑寸，深入肌理。成功駭愕曰：『知公久矣，如言者何』！出諸謗書，厚盈尺；名振遽火之。成功禮之為上賓，接姻好，贈萬金及呢幣；以為總制，屯其軍于嵓頭，進攻漳州、又攻泉州。張煌言間行入吳淞，還募軍于溫、臺；名振亦以軍北，望祭舟山諸死臣，將士皆哭。

順治十年（永歷七年、監國八年--是年魯王去監國號、朱成功稱隆武九年），監國在金門。

三月，魯王自去監國號，為寓公。時有構王于成功者，禮漸疏；監國不自安，乃去其號。張煌言激發諸鎮，致貢于王。遺臣王忠孝、郭貞一、盧若騰、沈佺期、徐孚遠、紀石青、林復齋調護之，王乃安。

是月，張名振以兵凡萬人東北入浙江，獲金允彥于金塘山；磔之，以祭死者。平原將軍姚志卓及劉孔昭、其子允錫皆以兵會，副都御史王江從名振奪稗沙營，進攻崇明不下，遂入吳淞，焚張天祿舟三十；深入狼山，歷丹陽、丹徒，攻鎮江，止于金山，還軍崇明。又有讒諸成功者，使歸廈門；長楊王朱述桂為力白。及相見，語至夜；更益以兵，陳輝、王秀奇、洪旭、周全斌皆從。名振再以兵北，遇風折兵十之一，乃還。

秋九月，張名振以軍駐崇明之平陽沙；饑不得食，與眾偕餓。士卒皆泣曰：『太師枵腹，我輩忘饑矣』。竟不忍散。

冬十二月，馬得功等攻平陽沙，乘凍涉江，其勢銳甚；凡兵萬余、騎三百。名振鼓而進，浴日將軍王善良首陷陣，姚志卓、任麟、王有才攻其左，張煌言、王焌攻其右；兩軍各纔三百人，縱橫血戰俘馘，攻兵無反者，軍勢復振。

順治十一年（永歷八年、朱成功稱隆武十年）春正月，魯王在金門。如家人輿導不備，或以名刺謁賓舊。

張名振、張煌言攻崇明，掠金山衛，遂入長江，歷狼山、抵泰興。釋被掠諸生李公仁，與語；公仁請趨中原，名振曰：『此吾志，苦兵弱。然中原覆沒，海中明朝依然如故』。遂破鎮江，掠瓜洲、儀真，泊于觀音門；殺參將姚姑娘等。甲辰，還次金山；與張煌言、劉孔昭偕登，紗帽角帶，須發皓然，望祭孝陵，泣下沾襟，設醮三日。題詩曰：『十年橫海一孤臣，佳氣鐘山望里真；鶉首義旗方出楚（自注以濟秦藩，泊金山），幽燕羽檄已通閩。王師枹鼓心肝噎，父老壺漿涕淚親。南望孝陵兵縞素，會看大纛禡龍津』！居二日，上游與期者不至，乃以輜重返；凡奪舟及來歸者至五百艘，旌旗蔽江。更攻崇明而還，屯于南田。

是月，朱成功使陳六御、桂應麟以兵至溫州之平陽，進攻崇明；姚志卓、徐仁爵助之，兩人皆戰死。鄭芝龍更使成功執魯王以自贖（事在去年）；至是，成功不可，送王入粵。王不知，將不行；成功強之。是月去閩，遇風不能進，居于南澳；尋還。