諸軍益爭餉，田仰尤橫，與鄭遵謙競于朝；其部斫遵謙，遵謙呼救，得走去。客鳳儀以兵助仰擊遵謙，巷戰；監國止之，仰走溫州。隆武帝詔使戢俘掠、敦臣節，不受命。浙中諸臣求乞亦無厭。煌疏：『國勢愈急，朝政愈紛。尺土無復，戰守無資。諸臣請祭，則當思先帝烝嘗未備；請葬，則當思先帝山陵未營；請封；則當思先帝宗廟未享；請蔭，則當思先帝子孫未保；請謚，則當思先帝光烈未昭』。人以為名言。
熊汝霖、陳萬良以嘉善、長興、吳江、宜興義兵皆相約，瑞昌王在廣德亦望助，將自海鹽直入至蕪湖，斷江路；不克，則引太湖軍為犄角。萬良言得兵三千，舟食足，用其計必成。眾不之應。惟王中正攻乍浦，克之。萬良進攻德清，不克；徐達龍戰死。姚志卓亦敗走昌化，復沒。俄，張存仁等盛兵至，萬良誓守；吳易自太湖至，無兵不能救。熊汝霖、張鵬翼、孫奭各請以兵進，不聽。鵬翼在衢州，監國用之以拒隆武帝；萬良無救。
夏五月，隆武帝執陳謙殺之（詳「閩海遺兵」）。閩中人士多請監國制浙東，以自衛；諸生李世輔言尤切，且憾岷、蜀諸王不倡義。然閩、浙隙卒不解。
錢肅樂在瀝海，諸將譖其將入閩，使人刺之；肅樂棄其軍，抗疏披發入山，誓不適閩。監國大駭，而無如何；使就黃斌卿攻崇明，以窺三吳。以孫嘉績、熊汝霖為東閣大學士，督師如故。兩人固書生，又無食；請裒其軍隸黃宗羲、王正中，凡三千人。正中知兵，又之仁之從子，故獨得食。于是太仆寺卿陳潛夫、尚寶寺卿朱大定、兵部主事吳乃武、查繼佐各以數百軍附，將之自海寧入海鹽，趣太湖；百里之內，迎者日至。遂約孫奭于崇德（詳「義旅」），沈廷揚亦謀自海壇矙海寧，張名振議由海道攻崇明，以救錢塘。俄，正中軍敗歸，名振亦未及進。
乙丑，博托以兵至錢塘。方國安大懼，將入閩；不勝，則走滇。俄，炮碎其灶，國安曰：『天奪我食矣』！遽擁兵遁。壬申，入紹興；甲士夜叩宮門，劫監國走。江上之軍一時迸散，鄭遵謙、熊汝霖、錢肅樂、劉穆兵皆入海。惟之仁軍未動，張國維議析守。之仁泣曰：『壞天下者，方荊國也。孤軍難御，公其行乎』！國維振旅，從監國。博托望江東軍無或在，猶未濟；見負擔者揭而行，乃決進。潮不至者又三日矣，博托遂濟江。
六月丙子，博托趨紹興。余煌縱民走，乃死。張煌言及諸臣追扈監國渡曹娥江，止于臺州。方國安、馬士英將執監國降，不果（見前）。
秋七月，監國渡海至南田。張名振來迎，謀入舟山；使毛有倫扈宮嬙先。
命張國維留守東陽諸邑；博托兵尋陷之，方逢年、方國安降（見前）。進攻金華，朱大典誓守；博托兵攻之。
時黃斌卿在舟山擊王鳴謙，殺之；降將張國柱兵攻斌卿，阮進救之，大敗國柱，獲其舟數百。國柱遁，值監國宮眷舟至，遂劫之；元妃張氏自刎死，次妃陳氏匿荒島凡數日，張肯堂護免。
博托遣兵攻衢州，降將秦應科內應，城遂陷；執崇王、楚王、樂安王、晉平王數十人，皆殺之。楊文驄來援，敗沒。博托兵并陷嚴州府。盤山關亦破；其地為紹興之陰平，博托未渡江，即以兵攻之；至是破。遂趨溫州、臺州。王芋、盧若膺先后奉隆武帝命守溫、臺，皆不能立。大學士顧錫疇以督師駐溫州，賀君堯殺之，走。劉孔昭掠其地，尤酷。至是，亦遁。博托軍連陷溫州，遂以舟師追監國；垂及矣，龍躍海中，波濤涌迭，舟楫盡壞，乃去。名振奉監國椗海口，張煌言等入舟山諸嶼，浙東內地亦幾盡。
監國聞鄭遵謙等在海中，謀會之。張名振與黃斌卿為姻，特又使阮進救斌卿，謂有德于彼，將奉監國如其地。遺書告之，遂行。
九月，監國魯王至舟山，斌卿拒不納。舟山在寧波海中，橫亙百余里，為春秋甬東地（或曰徐偃王失國，即走之）。斌卿自蕪湖東遁，歷吳淞、浙江不敢留，以舟山匿海中，止之。已聞隆武帝即位，思附之以自重；上書：『舟山地勢擅山海之扼，西連閩越、北走長江，為進兵門戶；番舶往來，饒魚鹽之利』。亦上疏于監國，遂自伯進侯。以得賜印劍、便宜行事，屯舟山；遂自立，不附諸軍。且貪橫甚，擅殺監軍道荊本徹于小沙，并其軍；阮進為擊敗張國柱，獲舟及百，反奪進軍資船舶；義師將軍胡來賀以通貢至，盡掠之；賀宗堯自閩走玉環，征其山海之稅，兵及貲重之舟凡五十，斌卿殺而奪之；有兩藩王子以舟至，斌卿殺而投諸海，盡有其孥賄。及是，拒命；曰：『我受土地于先皇，今王如的止，則競射之』。必不可。張肯堂勸之，不聽。會鄭芝龍以福建降，從子彩薄之，走入海，無所主；聞監國在，則大喜，奉入閩。
是月，博托兵陷金華，屠之。浙江盡沒。
冬十月丁酉，監國自舟山道普陀，東次臺州。十一月壬寅，次鷺門（即中左所）；從臣兵部尚書熊汝霖、編修張煌言、鎮將張名振十余人。以扈從功，封名振定西伯，與鄭彩共典兵。芝龍更使彩執監國以為功，彩不可，匿諸舟；取貌似者被以冠服，曰：『急則縊以獻』。尋奉之如廈門。朱成功以閩、浙隙，不奉命，待監國如寓公；彩奉監國如南澳。
十二月，朱成功起兵，移文明年為「隆武三年」。眾知其意，張煌言勸名振北還，召散亡；遂奉監國次長垣、石浦。已沒，張名振抑郁甚。
順治四年（永歷元年、監國二年、朱成功稱隆武三年）春正月，監國在長垣。大學士吳鍾巒、侍郎熊汝霖、馬思理、沈荃宸、給事中吳垐、通政司鄭遵謙、郎中徐孚遠、總兵阮進、周瑞、周鶴芝、趙牧先后至，監國以熊汝霖、朱繼祚、張名振為大學士，黃宗羲、張煌言為僉都御史，授孫延齡等官有差。
辛未，監國誓師于海口，提督楊耿、總兵鄭聯以兵會。進封鄭彩建國公、鄭遵謙興義侯、張名振定西侯、楊耿同安伯、鄭聯定遠伯、周瑞閩安伯、阮進蕩胡伯、周鶴芝平夷伯。鶴芝往來于日本，與其撒斯瑪王昵。宏光元年，鶴芝在舟山，受命乞師于日本；期明年以三萬人行，大除東京及長崎道以待命。鶴芝喜，再使參謀林舞鑰以珠璣、玩好往結之。余煌抵書黃斌卿曰：『此亦吳三桂也』！鶴芝怒，入閩；諫鄭芝龍降，不聽，移其兵屯鷺門。聞大學士張肯堂將自殺，曰：『封疆之臣，以身殉也。公今北伐，非其比也；曷振旅為后圖』！肯堂入其軍，與攻下海口鎮東衛，使趙牧、林舞鑰守之。劉中藻已自括蒼攻慶元、泰順、壽寧、福安、寧德、古田、羅源七邑，守之（詳「義旅」）。監國以為兵部尚書、東閣大學士。鄭彩忌之，遂有隙。
二月壬申，監國圍海澄，擊降將張應元走之。明日，攻漳平不克，總兵陳國祚戰死。甲戌，福州兵救海澄，監國退入海口。丙子，監國克漳浦；旋復陷。己卯，攻福州不克。壬午，遣兵攻興化，拒于張應元，不克；朱繼祚、楊耿尋克之（詳「義旅」）。癸巳，攻福清，亦為降將張心裕所拒。
三月己未，周鶴芝攻閩安。甲子，林質復德化；再攻建陽，與降將蔡應科戰敗死。
夏四月，常州諸生戴之雋說降將吳兆勝于松江，使反正，遣使約諸軍；黃斌卿拒不應。言者再四，斌卿劍擬之；請者益銳，斌卿卒不出。已舉其故伯印授兆勝，曰：『望必會師』。張名振、張煌言各以其部行，沈廷揚為導；曰：『兵至必屯于崇明，禁俘掠』。名振從之。比至，食已罄，皆登岸掠，維舟鹿苑；颶風夜作，溺死過半。叛將馬得功兵大呼：『薙發者不復殺』。師大潰。廷揚抗節死（詳「義旅」）。煌言、名振皆被執；有百長教之，微服出間道免。兆勝將入海，使張世勛登城望；師潰且盡，世勛遂殺李魁等，執兆勝送南京。兵部右侍郎陳子龍及與謀者皆死（詳「殉節」）。
監國攻建寧，李長蛟、王國用為軍主，義兵四至；城中望之舉火應，遂入之。進攻邵武，城環山海難之。鄖西王將王祁軍上游，夜索幾案炙香放之，城中炮矢作；遲明審其偽，不為備。一夕，祁親以敢死士突之，更漏未盡而拔。
五月，鄭彩拔長樂；尋沒。馬得功攻海口，林舞鑰、趙牧死之。周鶴芝退守火燒嶼，使義子林皋從安昌王乞師日本。副將岑本高攻浦城，亦敗。
六月，監國攻漳州，不克。退次瑯江，故副都御史錢肅樂來覲。肅樂既解兵，隆武帝召之不赴；福京沒，肅樂走福清，采薯以食。及是入謁，鄭彩請代己司兵部，肅樂泣而辭，監國不許；乃言：『兵部舊制難盡復，請申約束，使臣得行其法。自國家多難，將帥率以敗為功，王之仁實蹈其習。臣愿海上諸臣，以勿欺為事。臣在山下，有以資來投，請奪降臣家以餉士者可數百人。諸臣入關，臣當先驅；顧宜存大體，勿以爭兵餉為朝廷羞。敘功惟官而棄士卒，誰為之死？請至今兵能斬級獲馬者，徑授官。江上之役，病無統一，宜帥彩而定諸鎮前沖、后殿，無令異同；次定什伍，無令囂然孟浪以戰』。從之。再疏：『停一切封拜，擇諸健軍有功即掛印』。監國然之。乃僉六營勁卒及諸裨未能督統者，授之。兵威遂振。
秋七月，監國自以兵及朱成功、鄭鴻逵水陸攻福州，敗績。
八月，監國遣兵襲連江。
九月，監國復羅源；又取連江、長樂、永福、閩清、崇浦、海澄、漳浦二十余縣。北掠海州，破高公、鶯游、龍門諸島。鄖西王常潮入松溪，慶元、政和、樂安、光澤、建陽山寨多應者。馬得功自浦城來攻，卻之；又復順昌、將樂（詳「義旅」）。
冬十月，監國以馬思理為東閣大學士，林正亨為戶部尚書，沈荃宸為工部尚書，余揚、劉沂春為左右都御史，林嵋為給事中，黃賓為吏部郎中。召大學士吳鍾巒于家，錢肅樂寓書焉。鍾巒幡然曰：『行固無益；然吾不出，人心益渙，當以死濟之』。乃疏：『今武臣并將軍、都督，文階必都御史、侍郎，三品以下者弗署也。又制符璽、鬻官爵，臥林泉者，稱連齊、楚；守仆御者，曰集多兵。以此聲聞，徒致亂故。請嚴核之』。監國是其言。
大學士劉中藻趨福寧。守將涂登華，故隆武帝臣也；汀州沒，登華守福寧如故。中藻至，登華欲降未決；曰：『寧有海上天子乎』？錢肅樂與之書：『殘宋二帝并在海中，矧其不為殘宋乎』？登華遂降。彩益忌之，強以私人守福寧；中藻不可。沈荃宸往解之，彩不聽；監國魯王以李向中巡撫福寧。時兵屢勝而俘戮甚，民為語曰：『長髯總兵、黔面御史；銳頭中軍，有如封豕。我父、我兄，斧臂且死』。向中聞之曰：『是非能成大事也』！中藻曰：『是監軍職，公何嫌焉』。向中乃持節，召其中軍將斬之。訴諸中藻，不應；曰：『汝今日始見段太尉也』。軍士乃戢。向中居恒短衣縳褲遍隨諸舶，鮫人、蛋戶皆勉之供軍實；福寧人倚之。曾慶亦以兵復平樂，旋出降。辛未，陳世亨復瑞安；俄沒。林汝翥攻福清，亦敗。大學士劉中藻攻慶云，克之。
錢肅樂請頒監國歷于海上，朱成功不從；肅樂勉以忠義，亦不忤。監國始惜肅樂貳于隆武帝，至是悟其誣。
降將李榮、馬成龍來攻，鄖西王亦敗于松溪，景寧、云和、龍泉、慶元皆沒。
十二月，初，溫、臺、紹興、寧波間山寨千計，平岡張煌言、大蘭王翊、東山李長祥尤精整。及監國出長垣，連復浙江、福建諸郡邑，兵勢逼福州；凡滿洲卒在浙江者多援閩，浙中備弱。主事華夏及諸人謀以舟山兵取寧波，聯李長祥軍入紹興，盡復故地；乞師于黃斌卿，不應。長祥及馮文琦再三言監司以下皆將出東門，樓船兵亦以其時入紹興；斌卿諾之，而竟不出。夏書亦為謝三賓所得，長祥諸軍皆敗走。降將常進功、張杰扼海口；張名振自蛟門次三江，兵少不敢進。斌卿一屯桃花渡，訖不進；諸人皆死（詳「義旅」）。
順治五年（永歷二年、監國三年、朱成功稱隆武四年）春正月丁酉朔，監國在閩安，復次壺江之瑯琦嶼。
周瑞、鄭彩軍私斗，熊汝霖撻彩兵，彩殺汝霖；遵謙不平，彩又殺之。人心駭潰（詳「義旅」）。監國不能問。
前大學士朱繼祚、同安伯楊耿合兵攻興化，降臣彭遇促城中兵出戰，登城易幟；諸軍乘之，遂復興化。鄰邑多下，徇及汀州、延平，斷福建、江西之道。
二月，以錢肅樂為東閣大學士；三辭不許。每入見，輒流涕；固有血疾，至是益劇。
江西將郭天才來請約，監國封為伯（詳「江西之亂」）。
王翊破上虞，旋敗走天臺；復入寧波，諸義兵亦再起。張存仁以兵陷連城、將樂、順昌諸邑。
三月，同安復沒，詔安、和平諸縣亦沒。鄭彩之爭福寧也，錢肅樂不之直；遺書劉中藻，為彩所獲，恨之。肅樂雖入閣，恒與馬思理、林正亨偕艤舟監國側，擬票訖，即引去。是月，馬得功入永春州，進次虎豹關，陷德化諸縣，屠攻民寨三百有奇。降將張應夢陷羅源縣，柯棟賴、李率泰兵陷興化，攻延平諸寨皆下。得功又攻建寧，陷之；蓋碎以西洋巨炮也。建寧守蓋三月矣。鄖西王走沙埕，旋被執死（詳「義旅」）。初，王祁在建寧，諸生惲日初言不守仙霞關，建寧必不可守；從之，使副使謝南云趣浦城，兵潰死。御史徐云兵適至，祁復與之襲浦城，亦潰。故建寧卒不守。長樂、蒲田、永福諸縣先后沒，監國所存寧德、福安、連江而止。
夏六月，降臣陳錦取金鄉。
秋八月，李率泰至長樂；鄭彩走入海，并連江失之。
冬十月，監國以舟師退壺江。陳錦攻將軍寨，陷之（詳「義旅」）。