丁巳三月，宣內閣臣徐溥、劉健、李東陽、謝遷至文華殿。上曰：“近前。”于是直叩御榻，司禮監諸太監環跪于案側。上曰：“看文書。”諸太監取本付溥等，又分置朱硯筆，授片紙數幅。上曰：“與先生輩計較。”薄等看畢，相與議定批辭，以次陳奏，得允，乃錄于紙上以進。上覽畢，親批本，而或更三二字，或刪去二三句，皆應手疾書，宸翰清逸，略無疑滯。有山西巡撫官本，上顧曰：“欲提問一副總兵，該提否？”溥等對曰：“此事輕，副總兵恐不必提，止提都指揮以下三人可也。”上曰：“然。邊情事重，小官亦不可提耳。”又禮部本擬一“是”字，上曰：“天下事亦大，還看本內事情，若止批一‘是’字，恐有遺失。”因取本閱之，則曰：“是只須一字足矣。”又一本，健奏曰：“此本事多，臣等將下，細看擬奏。”上曰：“文書尚多，都要一看，下去也是閑，就此商量，豈不好？”皆應曰：“諾。”上指余本，謂左右曰：“此皆常行事，不過‘該衙門知道’耳。”乃皆叩頭退。上復顧左右曰：“吃茶。”出文華門，尚膳官監捧茶以俟。韋太監喜曰：“茶已具矣。”蓋時出忽召，未有宿辦也。東陽《燕對錄》曰：“自天順至今四十年，先帝及今上之初，間嘗召內閣，不過一二語。是日經筵罷，有此召，因得以窺天質之明睿，廟算之周詳，圣心之仁厚，有不可測量者如此。”
戊午六月，南京并蘇、松、常、鎮、嘉、湖、杭州、徽州諸處河港潭池井沼，水急泛溢二三尺許。似潮非潮，天亦無雨。沿海去處，約有四尺，千里相應。豈蛟龍妖異所致，抑水為陰物，過多失常為災也？
庚申六月，陜西西安府縣道安里軍士毛志學于本里趙綸村泥水河邊澡浴，得古玉。其色純白無瑕，光彩異常，厚一寸，背有螭紐，紐高二寸，方圓一尺四寸，棱角完好，無損缺，其文曰：“受命于天，既壽永昌。”巡撫都御史熊翀等以獻于朝，議欲稱賀。郎中陳仁等建言此不足信，況亡秦之物不足為重。遂已之。
庚申六月，召內閣諸臣至平臺，上出諸營提督官辭任本，各議去留。大學士劉健請上裁決，上取英國公張懋本，令擬旨留之。及保國公朱暉、惠安伯張偉，皆然。至成山伯王鏞、寧晉伯劉福，皆準辭退。問曰：“何如？”劉健等皆應曰：“圣覽極當。”皆擬旨訖。又問：“新寧伯譚祐，較之劉福如何？”蓋祐時亦有言其短長者。李東陽對曰：“譚祐在營管事，似勝劉福。”上意亦以為然，但止可令管神機營，提督團營須另選，可令鎮遠侯顧溥代之，因問溥如何。劉健等皆應曰：“溥在湖廣甚好。”李東陽曰：“況新有貴州功。”上曰：“然則令管神機營。”李東陽曰：“譚祐掌神機營久，但系伯爵，若與薄同營，即當為副。溥雖侯爵，但新自外入。若令管五軍營，名在張懋次，而令張偉，似于事體稍便。”上從之，即令撰手敕稿。是日司禮惟二太監在侍，余無一人在左右者。于是扶安、李璋舉小紅卓，具朱筆硯，李東陽錄稿以進。上親書手敕成，付司禮監官。李東陽復奏曰：“今邊方多事，皇上留意武臣，親賜黜陟，臣等不勝瞻仰。”皆叩頭出。時已召兵部尚書馬文升等候于左順門，候敕出行之。
舊例通政司奏事，各衙門承旨，惟刑部、都察院同為一法司，并立聽候。如旨云“法司知道”，兩衙門俱跪而應。若止云“刑部知道”，惟刑部堂上官承旨。云“都察院知道”，惟都察院官承旨。玉音微低，不免混聽，則具本認罪。時白司寇昂每次不差，閔都御史珪屢差，俱蒙溫旨不究。李閣老東陽與閔俱甲申進士，因會同年席上謂閔曰：“今早年兄何以又差？”閔答曰：“某一時聽不真。”李曰；“白公只有一耳，何以聽真？年兄有兩耳，何聽不真？”眾皆愕然。李徐笑曰：“刑部字止一耳，都察院非兩耳而何？”一座輾然稱善。
上厭閹豎專擅，將責任大臣。乃御文華殿，召吏部尚書屠滽，謂曰：“治國以御邊為急，御邊以糧餉為要。今各邊總督糧草官，若侍郎、參政、都指揮各一員，都是混管，不分勤惰，以致功罪賞罰，往往失當。老尚書與朕分派地方，使各有所總，而勤惰功罪，因有可考，賞罰亦可施行。”即授簡與滽，滽慚赧，久不能對，閹豎皆掩口竊笑。上復謂滽曰：“汝畏人怨耶？朕將自定之。”即將戶部侍郎使統千里，參政、都指揮各統數百里。命自大同、宣府抵寧夏，溪山險阻，某處則搭木乘渡，某處則作梯飛挽，庶士卒不疲，而糧餉易集。睿算井井，若目中事。而侍郎等皆悅服，領敕而去。滽亦賜茶，命還部。上既入內，以滽不副旨，怏怏終夕。至是召見大臣鮮矣。凡遇大事，上徑自裁之。
辛酉冬，馬司馬文升轉太宰。御史張津、文森、曾大有論馬宜在兵部，且熟知邊事，吏部宜慎擇正人居之。奏上，奏旨：“進退大臣，朝廷自有公道。這御史每如何輒擅銓衡？皆下獄送法司擬罪。”僉謂輒擅銓衡，準律文其罪不小，皆為危之。后得旨如擬，運炭還職。方知上意初未嘗怒言者，恐論列者眾，故先批如此。圣人之度，何嘗有所適莫哉！方太宰缺時，馬與刑部閔珪皆以資望相應，北人主于馬，南人主閔。推者以馬為首，遂相嫌。馬在部，移怒于屬司，一年之間，刑部十三司無一轉官者，可謂隘矣。弘治末，為何御史天衢所劾，遂罷去。
京師好事者扶鸞，有降筆詩：“江山何日許重來？白骨青林事可哀。吾黨莫言清夢返，海東東更有蓬萊。”又云：“斯文古今一堪哀，道學真傳已作灰。鴻雁未高羅網合，麒麟偶見信時猜。迅雷不啟金縢惑，紫電誰憐武庫才？于此可知同氣數，渾淪來往共盈虧。”莫知為何人作。扣之，復書曰：“予篁墩學士也。”是時程已沒久，其詩類其早年所為，蓋其拂郁不平之氣，猶有未散焉者。先是，己未春，程敏政與李西涯同主考禮闈，其第三問策題程所出，以四子造詣為問。許魯齋一段出劉靜修《退齋記》，士子多不通曉。程得一卷，甚異之，將以為魁。而京城內外盛傳其人先得題意，乃程有所私，為華給事中昶等所劾，謂私徐經、唐寅等。上命李公覆閱，遲三日始揭曉。言路復論列，欲窮治之。上怒，下都給事中林延玉等于獄，落言官數人職。而程亦致仕以去，亦一時文運之玷云。
太監李廣以左道見寵任，權傾中外，大臣多賄求之。戊午歲，建毓秀亭于萬歲山上，既成后，適一小公主患痘瘡，眾醫莫效。廣飲以符水，遂殤。宮中方歸咎于廣。未幾，清寧宮災，有謂亭之建，年月不利，犯坐殺向太歲，故有此災。皇太后怒云：“今日李廣，明日李廣，興工動土，致此災禍。累朝所積，一旦灰燼！”廣懼，飲鳩死。上意其藏必有奇方秘書，即令內侍搜索。奉命者遂封其外宅，搜得一帙納賄簿，首進之。簿中所載某送黃米幾百石，某送白米幾千石，通計數百萬石。黃米即金，白米即銀。上因悟廣贓濫如此，遂籍沒之。科道請出簿究問，凡與名者，惶懼危甚，各自星夜赴戚畹求救，不期而會者凡十三人。月下見轎影重重，而一人獨乘女轎。事雖得寢不究，而納賄之名，一一盛傳于朝野。腆顏雖甚，久而亦安然無復羞愧矣。時若屠太宰滽、徐宗伯瓊、白司寇昂、沈通政祿、陳瑤諸人，為尤著。上英明，終漸去之。
北虜火篩寇邊，勢甚猖獗。馬鈞陽文升以少傅兼太子太傅為兵書，朝廷特所倚重，命閱兵于教場，又命司禮監太監李榮同閱。馬欲與李并坐，往返言再三，榮竟不允。遂各居一幕，而遞閱之。夫以保傅之官，掌本兵之柄，又值弘治之世，而宦官乃若此，其可駭也矣。
太皇太后一日諭上，欲召崇王入朝。上意以太后注念，將從之。復以事體重大，乃令禮部會九卿科道等官集議。時議者不一，展轉久之。給事中屈伸援引故事，謂不宜擅離封守，遂已之。
上勤政，每日清晨視朝，遇雨則免。仍令有事衙門堂上官，由廊廡升奉天門奏事。或因走急滑跌，上多不問。嘗以通政司、鴻臚寺官奉事繁難，若差錯一二字者，有旨不必糾奏。經筵諸講官失儀，尤加寬慰。閘朝有不到者，多從寬宥，不得已罰俸一月。其體念臣下之仁至矣。
辛酉秋，華容劉大夏自兩廣召至京，升兵部尚書。既受職，一日上召至幄中，問曰：“朕累召用爾，爾因何累以疾辭？”大夏對曰：“臣待罪兩廣，委的年老多病。況見近年四方人窮財盡，易于生變，兵部掌朝廷機務，萬一變生，臣才不足以了此事，憂懼不敢來。”上默然久之，曰：“爾乃盡心辦事。”大夏叩頭退。越數日，又召問曰：“爾言天下民窮財盡，自祖宗以來，征科賦斂，俱有常制，何以近年民窮財盡？”大廈對曰：“近年征斂，恐不止于常制。姑以臣巡撫地方言之，如廣西取鐸木，廣東取香料，費用錢糧，動以萬計。”上曰：“鐸木是軍中要用的急務，不得已取之。爾嘗奏來，已令停止了。今后但有分外的征斂，便令該衙門來說，再斟酌定奪。”
北虜驕橫，各邊俱有警報。時上以兵事屬意于太監苗逵，與逵謀欲舉兵出塞，劫虜營。謀已決，而英國公張懋、兵部尚書劉大夏俱不知。苗逵先與劉大夏在教場論兵事不合，心知二人不欲此舉，密告于上。乃召大夏論曰：“爾在兩廣，來時苗逵等于延綏河套陰劫虜營，由是虜不敢犯邊。爾知之否？”不夏對云：“嘗聞從征將士言劫虜營時事，當時全仗朝廷威德，幸而逃脫，不然全軍覆沒于境外，未可以為善。”上曰：“永樂中頻年出塞破虜，今何不可？”大夏對曰：“皇上神武，固同于太宗皇帝，奈今之將領、兵力，遠有所不逮。且在當時，如國公丘福，稍違節制，遂令數萬兵俱陷虜地，況今之將又在丘福之下。不若令各邊將料敵戰守，猶似得策。”時左都御史戴珊在側，極贊大夏言為是。上遽曰：“微爾二人之言，朕幾為人所誤！”遂寢其謀。大夏等嘆曰：“上之聽言從善，如轉環若。是前代英君誼主所不能及也。”
上無日不視朝。或三五日朝罷鞭響，上起立寶座上，高聲：“兵部來！”于是尚書劉大夏跪承旨，由西陛以進。上退立寶座后，大夏逕造上前，語移時。群臣侍班觀望，人人欣戴。間或宣都察院，于是左都御史戴珊亦承旨由西陛而登，上立寶座后，或坐輦中，與二臣相與商榷大事，多或移一二時方退。間亦召吏書馬文升與語，然比二公稍疏。其與劉公語，嘗令左右卻立，有欲盡削內官權柄。當時滅九門監門官，及禁革過取商稅，皆本于此。其朝臣無大小，皆樂趨朝，以仰承德意。間有語及早朝事，不能答者，就知其懶于朝矣。人自愧悔，蓋有不令而自不能安寢者也。
刑部尚書閔珪讞獄不稱旨，上怒甚。一日與尚書劉大夏論及之。劉與閔同年交厚，且知其為人，欲解救之，而未敢言。俟上諭畢，對曰：“法司執法，恩歸朝廷，似未可深怪。”上曰：“爾第云古昔何人如此執法？”大夏見圣怒，莫知所對。上詰之，對曰：“嘗聞孟子云：舜為天子，皋陶為士，執之而已。”上默然久之，怒意未解。大夏竊意所對欠避諱，心悔其失。上徐曰：“朕亦知閔珪是老成人物，欲求一人以易之，不可得。但此事執之太過耳。”明日奏下，允刑部之議。吁！上之明燭人心，而強于從善如此。
上嘗召問天下衛所軍士何如，大夏對曰：“與民一般窮，安得養其銳氣！”上曰：“在衛俱有月糧，征戍又有行糧，何以也窮？”大夏對曰：“自江南衛所困于運糧，江北衛所困于京操。運糧有腳價、還債之費，京操有做工、部料之費。此外浪費，猶有臣等不可知者，所以俱窮。”上曰：“朕在位許多年，不知天下軍民都這等窮。”嘆息久之。越數日，詔令各衙門凡損于軍民弊政，俱備查奏。