十月，回鑾，奉旨兼署兵部左侍郎。
十一月十三日，領同鄉京官具摺謝恩，為水災州縣蠲緩錢糧。
十二月二十二日，禮部奏元旦禮節。朱批嚴飭禮部堂官，分別交部議處察議。
尋奉旨準予抵銷處分。
是年夏間，廣西賊匪大起，巨股數十。六月，逆首洪秀全與其黨楊秀清、蕭朝貴等起于桂平縣之金田村，為數最眾且悍。詔以向榮為廣西提督，起用林則徐為欽差大臣，馳赴廣西督剿，以前云南提督張必祿督師會剿，廣西巡撫鄭祖琛革職。既而林文忠公則徐卒于道，張武壯公必祿至潯州亦卒，詔以李星沅為欽差大臣，以周天爵署廣西巡撫。
「辛亥」咸豐元年，公四十一歲。
正月初十日，領同鄉京官具摺謝恩，為上年災區借給籽種。十四日，上祗謁慕陵，行初周年禮，禮部堂官悉從，公奉旨派留署辦事。
二月，上諭廣州副都統烏蘭太馳往廣西幫辦軍務。二十六日，公弟國潢出都還湖南。粵西賊勢益熾。
三月，上命大學士賽尚阿為欽差大臣，前赴廣西督師，以都統巴清德、副都統達洪阿為之副。初九日，公奏簡練軍實以裕國用一摺。奏稱：天下大患，一在國用不足，一在兵伍不精。近者廣西軍興，紛紛征調，該省額兵竟無一足用者，他省可推而知。當此餉項奇絀，惟有量加裁汰，痛加訓練，庶餉不虛糜，而兵歸實用。謹抄錄乾隆增兵，嘉慶、道光減兵三案進呈。疏入，召見，嘉其切中時弊，諭以俟廣西事定，再行辦理，疏留中。十四日，禮部奏請以宋臣李綱從祀孔子廟廷。時福建巡撫徐繼畬原奏稱李綱所著書有《周易傳》、《論語說》二種，公復查得綱所著《中興至言》、《建炎類編》、《乘閑志》、《預備志》各書，文淵閣著錄者《梁溪集》、《建炎時政記》二種。奉旨準其從祀，在先儒胡安國之次。
四月二十六日，公奏《敬陳圣德三端預防流弊》一摺。維時上孜孜求治，在廷臣僚，鮮以逆耳之言進者。廣西軍事日棘，賽尚阿公以端揆大臣出而督師，中外驚懾。公意欲為人臣者趨尚骨鯁，培其風節，養其威棱，遇有事變，乃可倚之以折沖捍患，不至畏葸退縮。公所陳多切直之語，疏入時，恐犯不測之罪。上諭：“曾國藩條陳一摺，朕詳加披覽，意在陳善責難，預防流弊，雖迂腐欠通，意尚可取。朕自即位以來，凡大小臣工章奏，于國計民生用人行政諸大端有所補裨者，無不立見施行；即敷陳理道，有益身心者，均著置左右，用備省覽；其或窒礙難行，亦有駁斥者，亦有明白宣諭者，欲求獻納之實，非徒沽納諫之名，豈遂以‘毋庸議’三字置之不論也？伊所奏，除廣西地利兵機已查辦外，馀或語涉過激，未能持平；或僅見偏端，拘執太甚。念其意在進言，朕亦不加斥責。至所論人君一念自矜，必至喜諛惡直等語，頗為切要。自維藐躬德薄，夙夜孜孜，時存檢身不及之念，若因一二過當之言不加節取，采納不廣，是即矯矜之萌。朕思為君之難，諸臣亦當思為臣之不易，交相咨儆，坐言起行，庶國家可收實效也。”欽此。
公是疏得奉優旨，時稱盛事焉。是月，李文恭公星沅卒于軍。
五月，詔授鄒鳴鶴為廣西巡撫。十八日，唐公鑒入都，召見十馀次，極耆儒晚遇之榮。二十六日，公奉旨兼署刑部左侍郎，次日具摺謝恩，并以前疏激直未獲咎戾，具申感激之意。
六月，賽尚阿公抵桂林，疏調江公忠源隨營差遣。江公方丁憂在籍，應調赴粵。烏蘭太公一見而極重之，留于幕府，每事必咨焉。復委募楚勇五百人助剿，是為湖南鄉勇出境剿賊之始。公前官翰林時，與倭仁公、唐公鑒輩講學，逐日記注，中輟數年。劉公傳瑩為公書齋額曰“養德養身綿綿穆穆之室”，至是公乃仿程氏讀書日程之意，為日記曰《綿綿穆穆之室日記》。其說曰：“自戒懼而約之，以至于極中，而天地位，此綿綿者由動以之靜也。自謹獨而精之，以至于極和，而萬物育，此穆穆者由靜以之動也。由靜之動，有神主之；由動之靜，有鬼司之。
終始往來，一以貫之。“每日自課以八事：曰讀書，曰靜坐，曰屬文，曰作字，曰辦公，曰課子，曰對客，曰復信。觸事有見，則別識于其眉。
八月，欽派順天鄉試搜檢大臣。公兼攝刑曹，職務繁委，值班奏事，入署辦公，益無虛日。退食之暇，手不釋卷，于經世之務及在朝掌故，分匯記錄，凡十有八門。大學士琦善公在新疆辦理番案得罪，欽差大臣薩迎阿公前往查辦，奏請將琦善交刑部治罪，奉旨逮問。
閏八月，琦善至京師，入刑曹，欽派軍機大臣三法司會審。琦善自供摺千馀言，謂由薩迎阿之陷害。在廷諸公亦頗咎薩公原奏之過。當時薩公代琦善任，未旋京邸。會審之際，琦善爭辯不已。軍機章京邵懿辰駁詰供詞十九事，諸公不之省，乃議傳薩公所隨帶查辦之司員四人，赴法堂與琦善對訊，至有議反坐者，公獨曰：“琦善雖位至將相，然既奉旨查辦，則研鞫乃其職分；司員職位雖卑，無有傳入廷尉與犯官對質之理。若因此得罰，將來大員有罪，誰敢過問者？且諭旨但令會審琦善，未聞訊及司員，必欲傳訊，當奏請奉旨然后可。”爭之甚力，詞氣抗厲，四坐為之悚動，其事遂已。廣西逆匪竄陷永安州城，僭偽王號。賽尚阿公督師由桂林進剿。二十一日，上御門，聞永安失守之警，督兵將帥。皆奉旨申飭。二十六日，禮部考送軍機章京。二十九日，刑部考送軍機章京。
九月初一日，領同鄉京官具摺謝恩，為水災州縣豁免錢糧。
十月十二日，欽派順天武鄉試大主考，以沈公兆霖為之副。是科中式武舉一百六十六名。十七日，試竣復命，召見。十一月初三日，監視郊壇開工。十九日，領同鄉京官具摺謝恩，為新寧縣經兵亂，奉旨蠲免錢糧與倉谷之未完者；又因武陵等州縣水災蠲緩錢糧。
十二月十八日，公奏備陳民間疾苦一摺。奏稱：國貧不足患，惟民心渙散則為大患。目前之急務，其大端有三：一曰銀價太昂，錢糧難納；二曰盜賊太眾，良民難安；三曰冤獄太多，民氣難伸。其時銀價昂貴，朝野均以為苦。宣宗曾飭部院衙門、各省督撫議變通平價之法。公疏于弭盜賊請獄訟二條請申諭外省，思所以更張之。其平銀價一條，即于次日續遞銀錢并用章程一摺。奏稱：十年以來，中外臣工奏疏言錢法者，不為不多，臣之所深服者，惟吳文熔、劉良駒、朱尊三疏，謹就三臣原奏，參以管見，擬章程凡六條，并抄錄吳文等原疏，進呈御覽。奉旨交戶部議奏。二十六日，監視慕陵隧道開工。是歲，公選錄古今體詩凡十八家，又選錄古文辭百篇，以見體要。
「壬子」咸豐二年，公四十二歲。
正月二十四日，奉旨兼署吏部左侍郎，次日具摺謝恩。
二月十九日，隨扈祗謁慕陵。是月，廣西永安州賊竄出，官軍大挫，總兵官長瑞等四人陣亡。賊撲攻桂林省城，都統武壯公烏蘭太追賊至將軍橋陣亡。江公忠源之軍，初與烏公偕，至是回籍，益募楚勇赴桂林防剿。
三月初二日，奉宣宗成皇帝永安地宮，上行虞祭禮回鑾。初七日，奉神牌升附，頒恩詔于太和門。初八日，率同鄉京官遞摺謝恩，為豁免屯丁實欠。欽派會試搜檢大臣。十一日，廣西警報至都下，奉旨烏蘭太、向榮交部嚴加議處，賽尚阿交部議處。公赴部會議，以軍務關系重大，議處罪名宜從重者，不當比照成例。
會議罷后，公專摺奏請從嚴議處，詔改從寬典焉。十八日，禮部奏請以宋臣韓琦從祀孔子廟廷。二十七日，奉旨派恭送太廟冊寶。三十日，公第六女生，后字衡山聶氏，婿名緝規。歐陽夫人之兄柄銓入都。是時粵匪猖獗，河工未合，京畿亢旱，人情驚懼。上詔求直言，內閣學士勝保上疏失檢，交部嚴議，部議降三級調用。公奏請特旨寬免勝保處分以廣言路一摺。上納用焉，疏留中。
四月初一日，宣宗成皇帝升配，詔禮部諸臣各加一級。廣西省城解圍，賊竄陷全州，入湖南境，掠民船將浮湘而下。江公忠源以楚勇破之于蓑衣渡。
五月，賊竄陷道州。
六月十二日，欽命充江西鄉試正考官。次日遞摺謝恩。附片奏請試竣后，賞假兩月回籍省親。公自己亥之冬入都供職十有馀年，由翰林七遷至侍郎，眷遇甚隆，中間星岡公衰老疾篤屢恩乞假歸省，于勢未得。至是得江西試差，乃請假回籍，朱批允之。二十四日，馳驛出都。二十九日，過河間府，吳公廷棟權守河間，相見于途次。
七月十三日，道過宿州。周公天爵方引病在籍，以函約公相見于旅店，縱談今古，自夜達旦，乃別去。二十五日，行抵安徽太和縣境小池驛，聞訃：江太夫人于六月十二日薨逝。公大慟，改服奔喪，取道黃梅縣，覓舟未得，乃乘小舟渡江，至九江府城，雇舟溯江西上。賊于六月由道州竄出，陷桂陽州。是月陷郴州，由安仁、醴陵下犯長沙省城。湖南各郡舊有會匪蠢焉欲動。湘鄉尤多匪蹤，縣令朱孫詒緝治甚勤，禮請邑中儒士羅公澤南、李公續賓兄弟、王公鑫、劉公蓉等，團結鄉勇，加以訓練，而竹亭公以鄉老巨望總其成。是時鄉團以湘鄉為稱首。
八月十一日，公舟至黃州登陸。十三日，抵武昌。常公大醇為湖北巡撫，來唁。公始聞逆匪撲長沙之警。十四日，由武昌啟行，十八日，抵岳州，取道湘陰、寧鄉。二十三日，抵家哭殯，旋謁星岡公墓。逆賊大股均至長沙，官軍亦漸集。
江公忠源于南門外近賊壘為營，賊不得逞。詔以張亮基為湖南巡撫。張公入守長沙，以左公宗棠入贊軍幕。
九月十三日，江太夫人葬于下腰里宅后山內。賊用地道轟長沙城，官軍拒卻之。時承平日久，驟經兵亂，人心懼怯，偽言四起，雖未見賊之地亦相率挈家驚走。公在家遇鄉里人，則教之以保守之方、鎮靜之道。賽尚阿公至長沙，奉旨逮問。以徐文縉為欽差大臣，督兵剿賊。
十月，長沙圍解。賊渡湘西竄寧鄉、益陽，東出臨資囗，大掠民船，竄湘陰，陷岳州。官軍數自長沙拔營追之。
十一月，賊船蔽江而下，陷漢陽府城。張公亮基于賊退后搜捕土匪甚嚴。留江公忠源之楚勇二千人駐省城防守，札委湘鄉羅澤南、王鑫等招募湘勇千人入省垣防守。時巴陵匪徒晏仲武等作亂，江公忠源以楚勇往討擒之。是月，湖南巡撫奉上諭：“前任丁憂侍郎曾國藩籍隸湘鄉，于湖南地方人情自必熟悉，著該撫傳旨，令其幫同辦理本省團練鄉民搜查土匪諸事務，伊必盡力，不負委任”等因。
欽此。
十二月，武昌省城失守，湖北巡撫常文節公大醇等殉難。十三日，公奉到寄諭，草疏懇請在家終制，并具呈請巡撫張公代奏，繕就未發，適張公專弁以函致公，告武漢失守，人心惶恐，懇公一出。郭公嵩燾至公家，力勸出保桑梓。公乃毀前疏，于十七日起行，二十一日抵長沙，與張公亮基籌商，一以查辦匪徒為急務。二十二日，拜摺敬陳團練鄉民搜查土匪大概規模；且稱長沙省城兵力單薄，行伍空虛，不足以資守御，因于省城立一大團，就各縣曾經訓練之鄉民招募來省，實力操練，既足資以剿捕土匪，于防守省城不無裨益。是摺奉朱批：“知道了，悉心辦理，以資防剿。”欽此。公又附片奏稱：臣在京供職十有四年，今歲歸來，祖父母之墓已有宿草，臣母之葬亦未盡禮。若遽棄庭闈出而蒞事，萬分不忍。請俟賊氛稍息，團防之事辦有頭緒，即當回籍守制，以遂烏私。維時羅公澤南，領所招湘鄉練勇三營，已至省城，仿前明戚繼光束伍成法，逐日操練，公為之酌定訓練章程，故疏中及之。其后良將輩出，實濫觴于此。瀏陽會匪煽亂，號曰征義堂，其匪酋為周國瑜，聚黨逾萬人。江公忠源以楚勇往，出其不意，一戰破平之。
武昌陷后，詔授向榮為欽差大臣，徐廣縉逮問，前湖廣總督程采革職；詔以張亮基署總督，又特命琦善為欽差大臣，偕直隸提督陳金綬、內閣學士勝保督兵馳赴楚豫之交，堵賊北竄；又以兩江總督陸建瀛為欽差大臣，出省堵剿。