在強硬派的猛烈攻擊下，即使是主張對共妥協、實行政協決議的人士，如孫科、王世杰、張群、張治中等，在反對派的強大聲勢和壓力下，均噤口不言，以免成為被攻擊的對象。會場形勢幾乎是一邊倒。惟有邵力子出面為政協決議作了正面辯護，說明當時所以委曲求全，前提是為了國家和平，停止軍事沖突，恢復交通，使人民安居樂業，國家可完成經濟建設。不讓步就得破裂，本著良心，我們認為不能破裂，只能在憲草等問題上讓步。

除了會上的發言外，與會者還就政協與中共問題提出了若干提案，其中有張繼等提出《請確定接受政治協商會議議決事項之基本條件案》的秘密提案，楊森等提出《請糾正此次政治協商會議之“修改憲法原則”并制定適合國情之憲法案》的秘密提案，李培基提出《五五憲草在未提交國民大會以前不能由任何黨派加以修改案》。張繼等案提出實施政協決議的先決條件是：（1）應先勵行軍令、政令之統一，凡恃軍隊為政爭工具者，應俟徹底改編，并取消割據后，始得實施政協議決案；（2）憲法應由國大根據建國大綱及國父遺教自由制定，不得以協議之修正案拘束其通過。李案則提出：（1）各地中共部隊完全停止進攻，一律實行統編時，國民政府方可改組；（2）國民政府改組時，中共邊區政府應即撤銷；（3）改組后之政府，須負責保證中共部隊依整軍方案所定時限、地區完成統編及配置。與全會對政協和中共的攻擊相呼應，許多發言者還對戰后國民政府的對蘇、對東北政策進行了強烈的批評，要求采取強硬措施，加派軍隊，武力接收東北，徹底消滅中共在東北建立的“非法”政權及武裝部隊，以免后患。

不僅如此，以CC系為主干的所謂國民黨“革新派”，以“救國必先救黨”為由，提出在黨內實行民主革新，“肅清官僚主義”，實則企圖通過自己掌握的組織系統，控制選舉，取得更多的實際利益。他們提出：總裁最后決定權只能在中央執行委員會會議上行使，而不能以面諭或手令方式變更中央決議；總裁最后決定權只能在議案經過充分討論并付表決后認為必要時行使，不能在議案尚未表決前先作決定，致妨礙自由討論；中央常務委員應由中央執行委員會以無記名方式投票選舉（以往是總裁指定），中央各部會首長應由總裁提名經中常會通過任命；今后中央會議一律采取無記名投票制。他們得到一批尚未有實職的國民黨少壯派的支持，在全會中十分活躍。賀衷寒提出：我們對于問題在未決議之前應該廣泛討論，充分發揚民主精神。過去黨內有很多決策，沒有經過討論，直接呈總裁決定了，有許多問題總裁也沒有經過慎重考慮，結果實施時發生問題。對于這樣的言論和這種限制總裁權力的提議，蔣介石當然不以為然，他訓斥“革新派”說：“本黨的組織原則是民主集權制，你們主張民主固無不可，但不要因民主而忘了集權。”由于蔣的反對，革新派的主張終未如愿。（《國民黨六屆二中全會第十七次會議速記錄》，6.2/6.26—29，國民黨黨史館；程思遠：《政海秘辛》，188—189頁，哈爾濱，北方文藝出版社，1991。）

對于二中全會上發生的激烈爭論，蔣介石一方面不希望因此而影響國民黨希望和平的公眾形象，需要加以控制；另一方面又企圖借此達到其修正政協決議的目的，對這樣的言論不無放任。因此，蔣介石在會議期間的講話所傳達的信息可以被對立雙方各取所需。他一方面告誡代表不能“徒逞感情，執持成見，各行其是”，“憑幻想和主觀來決定行動，以致破壞整個的政策和終極的目的”；另一方面，他又強調“政治協商會議對‘五五’憲草修正的原則，違反三民主義五權憲法與黨綱的地方，我們自然不能接受，我個人將來到國民大會里面，也一定要負責力爭，總要依據三民主義五權憲法和黨綱來加以修正”。對于會上表現的強烈反共情緒，蔣介石表示，“我們的一切行動和措施，必須忍耐，決不可只顧一人一黨的權利和地位，漠視全國人民的需要，故步自封”；同時又聲稱，“本黨的力量比之二十年前，已大過好幾十倍，尤其是軍事力量，實足以敉平國內任何的叛亂”，“萬一我們本著這種和平忍讓為國的精神，還不能避免反動勢力的叛變，我們自然可以采取有效的對策”。（秦孝儀：《先總統蔣公思想言論總集》卷二十一，261—277頁，臺北，中國國民黨中央委員會黨史委員會，1984。）這種表示既照顧到社會觀感，而重點又在安撫強硬派，并表示出蔣內心的真實想法。在蔣介石的打壓與操控下，會上有關政協和對共政策的爭論暫告終止。

3月16日，六屆二中全會通過《對于政治協商會議報告之決議案》，表示“在協商進程中，凡屬國家民族利益所在，本黨均不惜以最大之容忍為多方之退讓，委曲求全，俾底于成”；對于政協決議，“自當竭誠信守，努力實踐”。然而，對于政協決議所要解決的中心問題“政治民主化”與“軍隊國家化”，該案獨責中共，要求中共“使政治民主化之原則不致因任何障礙而不能普遍實現”；對于整軍協議，“務須切實履行。尤其目前一切停止沖突，恢復交通之成議，必須迅確實現；封鎖、圍城、征兵、擴軍及軍隊之調動，必須即刻停止。”此種指責，顯然只能惡化本已脆弱的國共互信。更關鍵的是，決議明確提出：“所有對于五五憲草之任何修改意見，皆應依照建國大綱與五權憲法之基本原則而擬訂，提由國民大會討論決定。”這種實際推翻政協決議的主張，勢必將引起中共的強烈反彈，從而危及政協決議實行的前途。該決議案在文字上對政協決議并未多有涉及，卻用了大段文字指責中共，并對憲草問題作了鮮明表態，而這樣的決議還是在蔣介石親自坐鎮掌控下才得以通過，于此亦可見國民黨內反對政協決議呼聲之高。但此決議既未對政協表示公開反對，維持了國民黨的公眾形象，敷衍了黨內溫和派；又對中共嚴加斥責，并在憲法問題上推翻了政協決議，滿足了黨內強硬派的要求，也為蔣介石所樂觀其成。二中全會還將對憲法草案的修改意見具體化，要求：（1）憲法應以建國大綱為依據；（2）國民大會應為有形組織，用集中開會方式行使職權；（3）立法院對行政院不應有同意權及不信任權，行政院亦不應有提請解散立法院之權；（4）監察院不應有同意權；（5）省無須制定省憲。這就將國民黨反對政協通過的憲法原則之意見公開化。全會還在蔣介石的建議下，決定國府委員由國府主席提請國民黨中央執行委員會選任，在中執會閉會期間，提請中常會選任；在國防最高委員會撤銷后，恢復設立中央政治委員會，作為國民黨對于政治的最高指導機構。這兩項決定著眼于即將進行的政府改組，以保證國民黨仍可控制政府的人事與決策。（《中國國民黨第六屆中央執行委員會第二次全體會議記錄》，145—147頁，中國國民黨中央執行委員會秘書處，1947。）

3月17日，六屆二中全會在通過宣言后閉幕。此次全會反映出國民黨對其未來地位的深重擔憂及其對共政策的重要轉變。隨著中共力量的不斷增長，如何處理國共關系，已經成為國民黨戰后施政的中心內容，并決定著國民黨未來的政策走向。

在國民黨六屆二中全會開幕前和進行中，社會各界多對國民黨抱有期望，望其“接受政治協商會議的各項協議，循和平民主之路向前進步”。但是，社會各界對國民黨能否實行政協決議也有不少擔心，如民盟領導人羅隆基所言：“為中國前途著想，倒是先把政協所決定的先實行了，再開黨的全會不遲。萬一有個黨全會不贊成政協所決定，那怎么辦呢？難道再從頭打起來，推翻政治協商的效果嗎？”結果為羅隆基不幸而言中，國民黨六屆二中全會未能如社會各界所期待的那樣，向擴大政治民主化的方向繼續邁進。相反，其對政協決議實際的否定，引來其他黨派與社會輿論的諸多批評與擔憂，認為國民黨仍企圖維持一黨專政，無助于民主化進程，表明國民黨內“握有實權之強硬派人士，正猛烈抨擊目前若干從政之進步派人士，責渠等執行之外交經財等政策均有錯誤，并對政協表示不滿”。就連從旁觀察的美國人也強調，“二中全會破壞協商會議改組政府之原則為極大錯誤，使政府擔負破壞會議之責，而使馬歇爾不能向全世界人士宣布主持反協議者屬于共黨，并使馬歇爾以政會方式解除中共武裝支援中國之計劃失敗。”（1946年3月4日《大公報》，天津；中國第二歷史檔案館：《中華民國史檔案資料匯編》第5輯第3編政治卷（2），8頁，南京，江蘇古籍出版社，1999；1946年3月7日《益世報》，天津。）尤其是一直關注著國民黨政策動向的中共，更對二中全會的結果表示不滿，因政協而造成的國內政治和諧氣氛因此而有了變化。