政協決議的實行，對于中共爭取自身地位和政治參與是有利的，并且由于中共強有力的組織能力，還可創造以合法手段、通過選舉掌握政權的可能性，因此中共對政協的評價較為積極，并準備力促其實行。（據胡繩的看法，1946年的政協是近代中國有可能走上資本主義道路的一次機會，中共“當時做了國民黨實行這個協定的準備，所以提出和平民主新階段，這不是假的。……如果國民黨不撕毀協定，那就勢必會成立聯合政府。在這個政府里，當然不會是共產黨占主導地位，即使加上第三勢力，也只有相當的地位，主要的還是國民黨。”（《胡繩論“從五四運動到人民共和國成立”》，13頁，北京，社會科學文獻出版社，2001））1946年2月1日，中共中央發出《關于目前形勢與任務的指示》，指出：“中國革命的主要斗爭形式，目前已由武裝斗爭轉變到非武裝的群眾的與議會的斗爭，國內問題由政治方式來解決，黨的全部工作，必須適應這一新形式。”為此，中共應學習合法斗爭、上層斗爭和大城市的斗爭，反對“一部分同志中的狹隘的關門主義”。指示明確提出：“由于這些決議的成立及其實施，國民黨一黨獨裁制度即開始破壞，在全國范圍內開始了國家民主化。這就將鞏固國內和平，使我們黨及我黨所創立的軍隊和解放區走上合法化。這是中國民主革命一次偉大的勝利。從此中國即走上了和平民主建設的新階段。”中共一向注重對形勢的總體估計，并根據這種估計提出中共在一段時期內的總任務。“和平民主新階段”就是中共對政治協商會議之后中國形勢的總體估計，和平、民主取代戰爭對抗，成為中共在政治協商會議后一個短時期內的總體政策基調。也就在中共中央指示發出的同一天，劉少奇在延安對中共高級干部作報告，對這個指示及“和平民主新階段”作了進一步的解釋。他認為，這次是蘇、美、英三國，國、共、民盟三黨，工農、小資產階級、中等資產階級三個階級合作，使中國走上民主化道路，條件和環境比過去好，因此是有希望的；中共的工作要適應新的形勢，從武裝斗爭為主轉變到非武裝的政治斗爭，這是一個帶基本性質的變化，而且牽扯得很廣泛，牽扯到黨的全部工作需要轉變。由于中共長期以武裝斗爭對抗國民黨，而整軍協議規定中共軍隊將被整編和縮編，在中共內部引起較多疑慮，劉少奇在報告中用了不少篇幅進行解釋，認為實行軍隊統一整編是中共的必要讓步，好處是換來了中共軍隊的合法化和國家的民主化，合乎中共以及人民的利益，而且絲毫沒有改變中共軍隊的本質。他認為，中共以后主要依靠搞群眾斗爭、議會斗爭、合法斗爭，這方面中共比國民黨要好一些，熟練些。劉少奇在報告中強調了反對狹隘的“左”的關門主義的重要性，批評中共內部許多人不相信內戰可以停止、和平可以到來，因此不愿與國民黨合作、不重視合法斗爭的傾向是危險的，與新的形勢、新的任務是不適合的。（《中共中央文件選集》第16冊，62—67頁；劉少奇：《時局問題的報告》，原件。）次日，劉少奇在中共中央書記處會議上再度強調應與國民黨誠意合作，力求解決問題；認為政協成功很大，整個和平民主趨勢是確定的，但民主過程必然很慢，還須寸土必爭，針鋒相對。因毛澤東身體不適告休，劉少奇當時正在主持中共中央的工作，他的幾次講話、中共的若干指示和政策，以及中共重慶代表團在這一時期的活動，反映出中共對政協的基本態度。周恩來特意告訴馬歇爾：“我們認為中國的民主要走美國的道路，因為中國今天沒有社會主義化的條件，雖然我們在理論上是主張社會主義的，但在今天不打算且不可能把它付諸實施。我們要學習美國的民主和科學，要使得中國能進行農業改革和工業化，企業自由，發展個性，以達成建立一個獨立自由富強的國家。（”《周恩來一九四六年談判文選》，92—93頁。）應該說，當時中共對形勢的估計是樂觀的，對實行政協決議的態度也是有誠意的、堅決的。但是，中共對于保持自身政權和軍隊的獨立性，避免其被完全納入國民黨仍然有相當的警惕，尤其是毛澤東特別強調獨立性的問題，認為中共要統一而不被消滅，只有對付好才能擺脫危險，并強調中共與法國等西歐共產黨不同，不能交槍，實行軍隊統一要看具體情況。這一方面說明，當時法國、意大利等西歐共產黨交槍參政的情況對其他國家的共產黨起到了某種示范作用；另一方面也說明，中共有長期獨立進行武裝斗爭的歷史，對國民黨始終抱有警惕，不會輕易交槍參政，融入既有體制。

2月1日，周恩來在重慶會見蔣介石，轉達毛澤東關于軍黨分立、長期合作的意見，并告毛澤東將參加政府。2日，中共中央電告陳毅，中共中央機關準備遷蘇北淮陰辦公。6日，中共中央將預備參加改組后之國民政府的中共委員名單電告周恩來，這一名單包括了中共主要領導人毛澤東、周恩來、劉少奇以及林伯渠、董必武、張聞天、吳玉章、范明樞（如范不能去則提彭真）等人，并提出以周恩來任行政院副院長，林伯渠、董必武、王若飛任部長。7日，中共中央向各地發出指示，提出：“我們的方針是爭取蔣介石國民黨繼續向民主方面轉變，以實現國家民主化，孤立國民黨內部的反動派。我們現在應謹慎地與蔣介石、孫科、王世杰、邵力子及政學系等人合作，進行民主化工作，而反對西西復興兩系中的堅決反民主分子。”為此，“決定暫時與國民黨成立宣傳休戰，停止對于國民黨的宣傳攻勢”。 （《中共中央文件選集》第16冊，72—73頁。）以中共在重慶的輿論喉舌《新華日報》為中心，中共宣傳工具對蔣介石和國民黨在政協期間的表現予以肯定，對“在蔣主席領導下”實行政協決議寄予期望，并強調各黨派長期合作，民主協商解決中國問題。2月下旬，整軍協議的達成，使自政協開始的民主化進程達到高峰。這一時期，中共對形勢的估計較為樂觀，總體工作部署基本是圍繞如何適應“和平民主新階段”的要求，如何將工作中心由武裝斗爭向和平競爭方向轉變而進行的。

但是，政協之后政局的發展并不如中共最初預計的那么樂觀，在和平的大環境下，不諧和的音調屢有出現。國民黨內反對政協的聲音不僅沒有停息，反日漸增高。2月間，在上旬發生重慶較場口案，下旬又在各大城市發生大規模反蘇游行，并有指責中共的口號與行動。這些均引起了中共的警惕，認為這是國民黨內反動派企圖撕毀政協決議的陰謀，應予以一定的反攻。但中共并未因此而改變對形勢的基本判斷，仍對國民黨通過中央全會首肯并實行政協決議的可能性表示期待。

國民黨六屆二中全會的結果，實際否定了政協決議，最終使中共改變了原先對形勢的估計，并因此調整自己的政策；而中共的政策調整又將影響國民黨政策的再調整。本已缺少互信的國共兩黨，剛剛因停戰和政協而建立起的脆弱互信再次出現危機。國共兩黨的關系，也由政協期間及其后短時間的良性互動，轉向二中全會以前的觀望與猜疑，再至二中全會后的基本回復原狀。國民黨六屆二中全會開幕后，公開傳出的信息多對實行政協決議不利，引起了毛澤東的高度重視。3月15日，毛澤東在中共政治局會議上分析了時局，提出反蘇、反共、反民主的反動勢力是當前和今后的主要敵人，中共的路線是聯合廣大人民和資產階級的中、左派，打倒法西斯殘余勢力和資產階級中的反革命勢力。他強調“不管風浪多么大”，也要把握住，否則“就會覺得天下太平、四方無事，那就危險得很。我們的軍隊是要縮編的，但不是縮編得越少越好，一些同志不知道這些，需要說清楚。”國民黨六屆二中全會閉幕后，毛澤東即指示重慶代表團“應展開批評攻勢，針鋒相對，寸土必爭”，并批評二中全會是“先軍隊國家化，吞并異己，大權在握，永遠也不國家民主化；對國民黨軍國家化，一字不提，明欲保存黨派軍隊。凡此皆為規外行動，另生枝節。我們堅主即刻開始政治民主化，使整軍后之兩黨軍隊均交民主政府；必須兩黨齊交，希望國民黨勿作規外行動，勿另生枝節。”18日，中共中央在給各地負責人的指示中，通報了國民黨二中全會的情況，認為：“最近時期一切事實證明，蔣介石反蘇、反共、反民主的反動方針，一時不會改變的，只有經過嚴重的斗爭，使其知難而退，才有作某些較有利于民主的妥協之可能。” 這一指示實際上改變了中共前此對國內形勢處在“和平民主新階段”的估計，并提出：“我們反對分裂，反對內戰，但我們不怕分裂，不怕內戰，我們在精神上必須有這種準備，才能使我們在一切問題上立于主動地位。”（《毛澤東文集》第4卷，98頁；《胡喬木傳》編寫組：《胡喬木書信集》，5頁，北京，人民出版社，2002；《中共中央文件選集》第16冊，97—98頁。）此后，中共公開批評國民黨六屆二中全會是對政協的倒退與反動，中共與國民黨在政協決議上的分歧由此而公之于眾，而中國政治的特點決定了沒有國共兩黨的合作，中國的和平是不可能的。

政協結束后，國共兩黨與當時由民主黨派勢力形成的第三方面就實行政協決議進行了一系列商談，但因為國共意見不一，商談未能在政協決議的基礎上取得新的進展。

關于憲法草案問題。政協結束后，由參加政協的五方面各出五名代表，并聘請憲政專家十人，組成憲草審議委員會，根據政協憲草原則，負責制訂憲法草案提交國民大會。由于國民黨已經將政協憲草協議作為修正政協協議的突破口，因此在憲草審議委員會的討論中，國民黨方面主張對政協憲草原則進行修改，尤其強調國民大會應恢復為有形、立法院不應對行政院有同意權、省不得制定省憲，意圖保持行憲后國民黨對政局的控制。張君勱曾撰文批評國民黨的主張：國民大會三年開會一次，會期僅一月，名為有形，實為虛設，其去中山先生主權屬于國民全體之意義，不啻十萬八千里，實假中山先生之名，以行專制之實。（三民主義憲法促成會：《憲草修改原則批判集》，116—118頁；孔繁霖：《五五憲草之評議》，309—315頁。）但此時正值國民黨召開六屆二中全會，其黨內對政協的反對聲浪高漲，尤其對上述幾點更為堅持，如果堅持原案，則政協決議的實施勢將擱淺，周恩來本已擔心國民黨中央全會可能否決政協決議，如此則將影響于大局。有鑒于此，他審時度勢，為了爭取國民黨多數認可政協決議，穩定大局，指示中共代表團于3月15日同意作出重要讓步，即將國大由無形改為有形，刪去憲草中如立法院對行政院全體不信任時，則行政院或辭職或提請總統解散立法院條文，省得制定省憲改為省自治法。中共代表團同時要求國民黨承諾對憲草不再提出其他修改要求；各黨派應約束其黨員在國大投票贊成此憲草；國府委員之選任，除國民黨員外，不應提請國民黨中常會通過；國民政府組織法應依政協協議制定，其一切施政之準繩，即為和平建國綱領，此外不受其他任何約束。但這些讓步并未在國民黨六屆二中全會通過的有關決議中得到應有的回應，中共中央因此于18日指示周恩來，對上述讓步“必須迅速加以挽救”，“國民黨二中全會是堅決反對國家民主化的，他們必然堅持要修改憲草原則，國大代表名額他們又擅自增加，我與民盟在國大保持否決權將不可能。在這種情形下，我們決不能參加國大，參加政府。”（《甲乙致丙丁電》，1946年3月18日，中央檔案館抄件卷90第10甲號。）如此一來，本已達成原則妥協的憲草又成懸案，有形國大的組織及職權、行政院與立法院的關系、省的地位問題，成為各方爭論的焦點。憲草審議委員會最后整理出一個憲法草案，在行政與立法關系方面，規定任命行政院長須經立法院同意；行政院對立法院負責，行政院如不同意立法院的決議，得經總統核可后，交立法院復議，如經立法院出席者2/3復議維持原案，行政院長或接受或辭職，但立法院沒有對行政院的不信任投票權，行政院也不能解散立法院。這樣，立法院的復議權受總統核可和出席者2/3的限制，保留了較大的行政權力。在地方自治方面，規定省自治法須根據省縣自治通則擬訂，并須送司法院認可，為其設置了若干障礙。（黃香山：《國民大會特輯》，24—25頁，南京，東方出版社，1947。）該案雖然對國民黨的修改意見并未照單全收，是個折中方案，但仍因違反了政協憲草原則的實質，因而中共聲明采取保留態度。