當南宋和金朝對峙的時候，活動于我國北疆草原的蒙古族勢力勃然興起。在13世紀初，成吉思汗統一了蒙古各部，建立了奴隸主貴族政權。成吉思汗是蒙古族杰出的領袖。他和他的繼承人以強大的軍事攻勢，先后消滅了黨項族貴族在陜西、甘肅和寧夏一帶建立的西夏、女真貴族在華北和東北等地建立的金朝、契丹族貴族在新疆西部及以西地區建立的西遼，統一了我國北部邊疆和黃河以北的廣大地區。成吉思汗的孫子忽必烈繼承汗位之后，于至元八年（1271年），以燕京為中都，后來改為大都，正式定國號為元。到了至元十六年（1279年），元軍大舉南征，滅掉了南宋，統一了全中國。
元朝的統一，結束了唐末五代以來近四百年幾個政權并存的局面，促進了我國作為多民族統一國家的發展，推動了各民族人民的融合，進一步溝通了中外經濟、文化的交流。但是，元朝政權代表的是蒙古貴族、漢族和其他各族地主階級利益的國家機器。它雖然繼續保持著中原和江南的封建生產關系，但同時也帶來了不少的落后因素。在這個政權的統治下，階級壓迫和民族壓迫結合在一起，各族勞動人民所遭受的苦難極其深重。我國各族人民為了反抗蒙古貴族的暴虐統治，從元朝建國開始，就連續不斷地掀起各種形式的反抗斗爭，最后終于發展成全國規模的紅巾軍大起義，埋葬了兇橫殘暴的元王朝。
（一）土地兼并與農民負擔
元朝一代始終存在著激烈的土地兼并，蒙古族的貴族一占領中原就大肆搶占土地作為牧場。到了元朝后期，蒙古貴族從漢族地主那里學會了向農民征收地租的剝削手段，因此，對掠奪土地更為注意。他們獲得土地的途徑之一就是皇帝的“賜田”。這種賜田，在元世祖的時候，一般不過幾百頃，個別的有賜予千頃的，如忽必烈賜撒吉思益都是田千頃。到了元朝后期，賜給千頃土地就習以為常了，甚至有賜田萬頃的，像伯顏在泰定年間（1324—1327年）以前就已經賜給五千頃了，到了元順帝至元二年（1336年）又一次賜給了五千頃。將江南膏腴地區作為賜田的情況也日益嚴重。元世祖的時候，賜給了鄭溫常州田三十頃，賜給了李平江四十頃，最多的時候能達到八十頃。這些蒙古貴族和官僚以賜田的形式獲得土地，然后就以租佃的形式對農民進行剝削。像武宗的時候，一個大臣占領江南田地二百三十頃，收租五十萬左右，每畝的租糧高達四石。如此苛刻的地租，真是對農民刻骨的剝削。元朝政府還撥給官僚職田。武宗至大二年（1309年）在江西地區，三品官職田的佃戶有五百到七百戶，下至九品小官，還占有佃戶三十到五十戶，可見這些官僚對佃戶的剝削非常苛刻。
另外，寺院和漢族地主對于土地的兼并也使土地變少。元朝統治者竭力利用宗教來麻痹人民。元代時全國寺院林立，僧道人數很多，到元朝后期的時候更是向惡性發展。元順帝至元三年（1337年）嘉興路有僧道二千七百人。仁宗延祐六年（1319年）白云宗總攝，竟然有僧人十萬余人。當然，這些所謂的佃農，絕大部分是寺院大地主的佃農，由此可見當時寺院勢力的猖獗。元朝政府將大量的土地撥給寺院，數字非常驚人，如元順帝給大承天護圣寺撥了山東土地十六萬兩千余頃。除了由元政府撥給的賜田外，這些寺院大地主更是貪得無厭地自己兼并，如上面所說的那個白云宗總攝沈明仁搶奪民田兩萬頃。成宗大德三年（1299年）據當時的中書省統計，江南寺院的佃戶就有五十余萬。
除了上面所說的蒙古貴族官僚以及寺院大肆兼并土地以外，一般漢族地主也不甘落后。江南有很多富有的大戶侵占民田，以至于貧窮的百姓流離失所。有錢的大戶奴役農民的，一般的有三千家，多時能達到萬家。元朝剛建立的時候，松江有一個大姓，每年向朝廷進獻米萬石。這就形成了大家能收粟米達到數百萬斛，而小民則沒有藏身的地方，于是就形成了“貧者愈貧，富者愈富”，兩極分化越來越嚴重。
最后，農民的負擔更加沉重也是激發矛盾的一個很重要的原因。在蒙古貴族、官僚、寺院和地主掀起的兼并風暴中，很多農民都失去了土地，成為租種地主土地的佃農。江南的許多佃農，大部分都沒有了田產，都在富農家中做佃農，能分收一些糧食，作為每年的收獲。他們在元朝政府和地主階級的殘酷壓迫剝削之下，生活異常艱難困苦，每到青黃不接或者水旱的時候，就只好向地主、商人借高利貸，等到秋季收成的時候，辛苦一年所得的糧食，除了田主分去的之外，剩下的所有都用來還債。在這種情況下，甚至有人用人口和物件進行抵押，在外面進行逃避，使田地都荒蕪了。農民除了要向地主繳納地租之外，還要負擔元朝政府的賦稅。當時的賦稅是“日增月益”，一直都在增加。到天歷年間（1328—1329年），比至元（1264—1294年）、大德（1297—1307年）的時候增加了二十倍。有一種叫做包銀的捐稅，竟然規定每家要納銀子四兩，二兩是銀子，二兩是折收絲、絹和其他物品的折色銀。在實際征收的過程中，地方官征收的時候往往要額外多收一些，如江西饒州要多十倍。在江南，佃戶的人身依附性很強，有的地區地主可以把佃戶和土地一起出賣，叫做“隨田佃客”。元朝法律規定，地主毆打佃戶致死，打一百七十杖，征收燒埋銀子五十兩。這就從法律上保障了地主可以隨意殺死佃戶而不必償命。處在這樣的水深火熱之中，人民很難生活下去，更不用說生活得幸福。
（二）民族壓迫政策