桓玄在三月攻入建康后，自置為太尉、平西將軍、都督中外諸軍事、揚(yáng)州牧、領(lǐng)豫州刺史。另外又加袞冕之服，綠綟綬，增班劍至六十人，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名的禮遇。
四月，桓玄出鎮(zhèn)姑孰，辭錄尚書事，但朝中大事仍要咨詢他，小事則由朝中的桓謙和卞范之決定。
這一次掌握了朝堂權(quán)力的桓玄，可不僅僅只滿足當(dāng)一個(gè)權(quán)臣。
首先，他開(kāi)始剪除自己潛在的威脅，先后殺害了吳興太守高素、竺謙之、高平相竺朗之、劉襲、彭城內(nèi)史劉季武、冠軍將軍孫無(wú)終等北府軍舊將，以圖消滅北府軍勢(shì)力。
另一方面，又下詔全國(guó)避其父桓溫名諱，同名同姓者皆要改名，又贈(zèng)其生母馬氏為豫章郡太夫人。
北府軍眾將，因?yàn)閯⒗沃畬掖畏磁?，而離心離德。可是面對(duì)桓玄的不斷逼迫，肆意加害，導(dǎo)致人人自危，于是他們私下里悄悄聯(lián)絡(luò)，相互依靠，等待時(shí)機(jī)。
大亨元年（403年），桓玄遷大將軍，又上請(qǐng)率軍北伐姚秦，但隨后暗示朝廷下詔不準(zhǔn)。
桓玄本身就無(wú)意北伐，于是裝作尊重詔命的姿態(tài)停止了動(dòng)作。同年，桓?jìng)トナ溃感械焦挛?，于是打算加快篡位?
桓玄讓朝廷任命自己為相國(guó)，更劃南郡、南平郡、天門郡、零陵郡、營(yíng)陽(yáng)郡、桂陽(yáng)郡、衡陽(yáng)郡、義陽(yáng)郡和建平郡共十郡封自己為楚王，加九錫，并置楚國(guó)國(guó)內(nèi)官屬。
及后自解平西將軍和豫州刺史，將官屬并入相國(guó)府?；感牟怀贾?，此刻昭然若揭，已經(jīng)開(kāi)始走篡位流程了。
東晉王朝雖然有各種問(wèn)題，但它畢竟存在了這么久，桓玄在沒(méi)有足夠威望和實(shí)力的情況下，妄圖取而代之，自然引起了很多人的不滿。
畢竟，大家原來(lái)都是臣子，你桓玄憑什么改朝換代，有足夠的威望嗎？有足夠的軍功嗎？
于是，原為殷仲堪黨眾的庾仄起兵七千人反抗，趁著接替桓?jìng)サ那G州刺史桓石康未到任時(shí)，襲取襄陽(yáng)，震動(dòng)江陵。不過(guò)，沒(méi)過(guò)多久便被桓石康等人平定。
除了在政治上邁出篡逆的這一步，桓玄還命人報(bào)告祥瑞出現(xiàn)，同時(shí)讓皇甫謐六世孫皇甫希之假扮高士，想要以此來(lái)提高自己的威望，以及營(yíng)造出一副天命所歸的樣子。
大亨元年（403年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝規(guī)格的十二旒，又加車馬儀仗及樂(lè)器，以楚王妃為王后，楚國(guó)世子為太子。
十一月十八日，由卞范之寫好禪讓詔書并命臨川王司馬寶逼晉安帝抄寫。二十一日，由司徒王謐奉璽綬，將晉安帝的帝位禪讓給桓玄，隨后遷晉安帝至永安宮，又遷太廟的晉朝諸帝神主至瑯邪國(guó)。
及后百官到姑孰勸進(jìn)，桓玄假意辭讓，官員堅(jiān)持勸請(qǐng)，桓玄于是筑壇告天，于十二月三日正式登位為帝，并改元“永始”，改封晉安帝為平固王，不久遷于尋陽(yáng)。
此時(shí)，東晉暫時(shí)宣布滅亡。
桓玄雖然憑借著威勢(shì)取代了司馬氏，可朝廷官員、將領(lǐng)士卒、地方豪強(qiáng)、平民百姓，不乏暗懷不滿者，只是敢怒不敢言而已。
元興三年（404年）晉陵郡，丹徒縣，京口
十二歲的劉義之終于脫離苦海，他那個(gè)征戰(zhàn)四方的老爹回來(lái)了，不過(guò)卻顯得有些心事重重。
嗖，嗖。
箭矢飛射而出，貫穿了野鹿的脖頸。
“將軍神射?！备谏砼缘年惥扌χf(shuō)道，遂上前拾取獵物。
眼看身邊就只有父親、和舅父臧熹，劉義之試探著問(wèn)道：“父親可是為了身家性命而憂慮？”
聽(tīng)到這話，劉裕瞥了一眼四周，開(kāi)口訓(xùn)斥道：“你個(gè)小孩子，不要因?yàn)檠哉Z(yǔ)而招致禍患。”
“哦，義之，你說(shuō)說(shuō)為什么有身家性命之憂?！标办洳荒脛⒘x之當(dāng)一般的小孩子看待，于是認(rèn)真的問(wèn)道。
“自從劉將軍死后，在北府軍中，就數(shù)父親的威望最高，自然有人擔(dān)心父親會(huì)對(duì)他們的權(quán)勢(shì)造成影響。”聽(tīng)到這話，劉裕與臧熹相互對(duì)視一眼，顯然很是吃驚。
臧熹笑了笑，說(shuō)道：“我早就說(shuō)過(guò)，義之不是一般的孩子，姊夫，你應(yīng)當(dāng)多為他考慮考慮?！?
說(shuō)到這，臧熹意味深長(zhǎng)的望著劉裕。
是的，隨著地位的升高，劉裕也察覺(jué)到了政治斗爭(zhēng)的險(xiǎn)惡。驍勇善戰(zhàn)的北府軍，一直被朝堂的當(dāng)權(quán)者所忌憚，畢竟一把不受控制的利刃，誰(shuí)都會(huì)畏懼。
桓玄除掉劉牢之后，對(duì)于北府軍將領(lǐng)的打擊一直沒(méi)有減弱，高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武、孫無(wú)終等北府軍舊將，一個(gè)個(gè)被害，也有不少將領(lǐng)選擇出逃，投奔后秦。
對(duì)于這種情況，劉裕自然是深感憂慮，桓玄之所以沒(méi)有對(duì)他動(dòng)手的原因，不外乎天師道叛亂還要倚仗他，再加上他在軍中威望甚高，受到士卒擁戴。
對(duì)于北府軍，桓玄也是溫水煮青蛙，一點(diǎn)點(diǎn)削弱，畢竟要是逼得太狠，直接引起叛亂，那可就大事不妙了。
“父親，當(dāng)斷不斷，必受其亂，像你這樣的大英雄，應(yīng)當(dāng)有更大作為?！眲⒘x之開(kāi)口挑逗道。
“你個(gè)孺子，不可胡說(shuō)。”劉裕虎著臉教訓(xùn)道。
游獵過(guò)后，劉裕將臧熹叫到內(nèi)室，手握佩劍，目光炯炯的說(shuō)道：“這柄寶劍，是孫無(wú)終的佩劍，每當(dāng)看到這把劍時(shí)，我就會(huì)傷心到不能自已?！?
說(shuō)完，將寶劍交給臧熹，又繼續(xù)開(kāi)口說(shuō)道：“你帶著這把寶劍秘密去見(jiàn)劉毅，告訴他，高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武、孫無(wú)終都被害身亡，這樣下去，遲早會(huì)輪到我們，我已決定起兵推翻桓玄，恢復(fù)晉室?！?
“諾?！标办溧嵵氐拇鸬?，轉(zhuǎn)身離去。
房間內(nèi)只剩下劉裕一個(gè)人了，昏暗的燭光，映照著他那毫無(wú)情感波動(dòng)的眼眸。
去年，劉裕追討孫恩時(shí)，何無(wú)忌就曾勸他起兵討伐桓玄。不過(guò)當(dāng)時(shí)，桓玄并沒(méi)有篡位，不像現(xiàn)在這樣，惹得群情激憤，所以劉裕沒(méi)有答應(yīng)。
桓玄稱帝之前，曾派人詢問(wèn)過(guò)劉裕支不支持，他也沒(méi)有直接反對(duì)。
桓玄稱帝后，何無(wú)忌又來(lái)找劉裕，希望他帶領(lǐng)北府軍眾人起兵，劉毅、諸葛長(zhǎng)民、王懿、孟昶、檀憑之等人，皆愿遵從他的號(hào)令，劉裕仍有些猶豫，沒(méi)有答應(yīng)。
不過(guò)，今日他心意已決，要把命運(yùn)掌握在自己手中，之前萬(wàn)般隱忍，是時(shí)候露出鋒利的獠牙了。
次日清晨，劉義之在父親親信士卒陳巨的指導(dǎo)下，練習(xí)射箭。
劉?？吹絻鹤?，奮力拉開(kāi)弓弦，緊接著，嗖的一聲射在箭靶之上，來(lái)回幾次，樂(lè)此不彼，忍不住開(kāi)口提醒道：“練習(xí)射箭，要張弛有度，切不可一味逞強(qiáng)，損傷到身體?！?
劉義之笑著答道：“父親放心，陳叔已經(jīng)將發(fā)力技巧傳授給我了。”
“將軍且放寬心，有我在，小郎君不會(huì)有事的?！标惥挹s忙開(kāi)口解釋道。
歷史上的劉裕，對(duì)待政敵，他心狠手辣，對(duì)于外人，他多加防備。但是，對(duì)于自己的親人，他又是極度的信任，委以重任。
這或許是時(shí)代的影響，畢竟有東晉王朝的前車之鑒，那些世家大族什么德行，他太知道了。