剿平海盜決非易事。在政府的招撫政策下，包括鄭芝龍?jiān)趦?nèi)的許多海盜團(tuán)伙紛紛接受招撫，其中實(shí)力比較強(qiáng)的還有鐘斌與鐘凌秀。但是這些海盜頭目大多不太安份，時(shí)日一長，又紛紛扯起反叛的旗幟。

1631年，即崇禎四年，海盜鐘斌率先叛變，率船隊(duì)進(jìn)攻福州。所幸的鄭芝龍現(xiàn)在已經(jīng)安于大朝武官的身份，他堅(jiān)定以政府軍的立場參加圍剿鐘斌的戰(zhàn)斗。福建巡撫熊文燦挫敗了鐘斌對福州的進(jìn)攻，然后鄭芝龍率艦隊(duì)在泉州附近海域與鐘斌的船隊(duì)展開決戰(zhàn)，在這場海戰(zhàn)中，鐘斌被打得大敗，他落荒而逃向茫茫的大海，心灰意冷，最后跳入冰冷了海水中，結(jié)束了自己的生命。

鐘斌的叛亂剛被鎮(zhèn)壓下去，另一個(gè)接受朝廷招安的海盜鐘凌秀在福建西部舉兵反叛，從海盜搖身一變?yōu)樯椒耍紦?jù)上杭、武平等地。被時(shí)人譽(yù)為\"膽識俱優(yōu)\"的熊文燦又一次充當(dāng)滅火隊(duì)長的任務(wù)，他征調(diào)政府軍前往鎮(zhèn)壓，鄭芝龍的軍隊(duì)是他手中的王牌，雖然這次作戰(zhàn)并非在海洋上進(jìn)行，然而鄭家軍依然顯示出強(qiáng)大的戰(zhàn)斗力。鐘凌秀從福建竄往廣東，鄭芝龍緊追不舍，在走投無路的窘境下，鐘凌秀不得不向鄭芝龍投降，鄭芝龍接受他的投降，但是作為對叛亂的懲罰，鐘凌秀被砍下一只手臂。

在東南戰(zhàn)爭中，鄭芝龍最強(qiáng)硬的對手是劉香。劉香是漳州海澄人氏，與顏思齊、陳衷紀(jì)等人是同鄉(xiāng)，他精通水性，極為驍悍，最早的時(shí)候，他勾結(jié)當(dāng)?shù)匾恍┩雒剑{小船出入金門附近的水域，專門打劫商船，他的部下有一人名叫李虎三，也極為剽勇，由于屢屢打劫得手，劉香的勢力逐漸龐大起來，擁有一支數(shù)千人的海盜軍隊(duì)，百余艘船只，公然與政府軍對抗，極為猖獗。

鄭芝龍?jiān)?632年時(shí)，曾與劉香有過一次交手，當(dāng)時(shí)劉香正率船隊(duì)進(jìn)攻小埕，并且在岸上殺人放火，鄭芝龍統(tǒng)率艦隊(duì)圍剿，結(jié)果劉香吃了敗仗，向南逃竄，劉香決定聯(lián)合盤踞在臺灣南部的荷蘭人的力量，共同對付大明海軍，但是這個(gè)聯(lián)合作戰(zhàn)最后也失敗，關(guān)于荷蘭人參加的這次戰(zhàn)爭，將在后文在詳述。到了1634年，劉香的活動范圍拓展到了福建、廣東一帶的沿海。

此時(shí)熊文燦已經(jīng)由福建巡撫一職升任為兵部右侍郎兼兩廣總督，他仍然想通過招安的手段來收降劉香。熊文燦派出洪云蒸等人到劉香的船中，試圖通過談判，勸降劉香。然而詭詐的劉香卻將洪云蒸等人扣為人質(zhì)，顯然，這件事搞到這樣的結(jié)果，是熊文燦所沒有想到的，更糟的是，皇帝為此事大發(fā)雷霆，嚴(yán)厲批評熊文燦。熊文燦不得不采取強(qiáng)硬的手段對付劉香集團(tuán)。

1635年，即崇禎八年的三月，熊文燦會同福建巡撫鄒維璉共同對劉香發(fā)動軍事打擊，鄭芝龍的軍隊(duì)再次作為主力軍參加戰(zhàn)斗。

劉香并沒有將鄭芝龍放在眼中，在他看來，鄭芝龍不過是個(gè)甘為朝廷走狗的小人，不足以算是英雄好漢，當(dāng)他聽說鄭芝龍的海軍即將南下廣東沿海與他會戰(zhàn)時(shí)，他不禁嘲笑說：“一樣皮毛，素?zé)o仇隙，何苦為人作鷹犬也。他見我前歲小埕之役，稍避其鋒，彼就洋洋得意。吾誓必擒滅，方快我愿。”

劉香將這次會戰(zhàn)視為小埕兵敗的雪恥之戰(zhàn)，他命令悍將李虎三在田尾洋一帶組織防御，自己親率主力船隊(duì)做為第二梯隊(duì)支援。

鄭芝龍也將戰(zhàn)船分為三個(gè)編隊(duì)，第一編隊(duì)由鄭芝虎、鄭芝豹率領(lǐng)；第二編隊(duì)由鄭芝龍親自坐鎮(zhèn)；第三編隊(duì)由鄭芝彪等率領(lǐng)。

鄭芝豹的戰(zhàn)船編隊(duì)作為先鋒，共有十艘大船，四艘哨船，當(dāng)艦隊(duì)行駛到田尾洋一帶時(shí)，與李虎三的海盜艦隊(duì)相遇，鄭芝虎立即向各船下達(dá)作戰(zhàn)命令。與此同時(shí)，海盜艦隊(duì)也發(fā)現(xiàn)對方，一場海戰(zhàn)爆發(fā)了。雙方勢均力敵，展開激戰(zhàn)，經(jīng)過一天的苦戰(zhàn)，雙方各有損失，由于夜幕降臨，雙方暫停戰(zhàn)斗，停泊休整。

次日凌晨，李虎三的海盜船隊(duì)率先發(fā)起進(jìn)攻，鄭家軍起錨迎戰(zhàn)。此時(shí)，海洋的南面出現(xiàn)了一支更為龐大的船隊(duì)，劉香的主力艦隊(duì)抵達(dá)戰(zhàn)場。鄭芝虎發(fā)現(xiàn)局勢非常不利，馬上下令艦隊(duì)北撤，卻被李虎三的船隊(duì)死死地糾纏住，劉香命令主力艦隊(duì)全速航行，合擊鄭家軍。

鄭芝豹陷于極其不利的境地，苦苦支撐，眼看海盜船的進(jìn)攻越來越猛烈，有可臨面臨覆滅的危險(xiǎn)。這值這危急關(guān)頭，鄭芝彪的船隊(duì)即時(shí)趕到，加入到這場大海戰(zhàn)之中。劉香雖然是一個(gè)海盜，但他對于海戰(zhàn)戰(zhàn)術(shù)卻十分精通，鄭氏艦隊(duì)仍然十分被動，好不容易沖出海盜船的包圍，向北撤退了十余里，擺脫了海盜們的追擊。

第一戰(zhàn)的交戰(zhàn)結(jié)果令劉香十分滿意，他心里更加瞧不起鄭芝龍的這支海軍。到了晚上，鄭芝龍的主力艦隊(duì)與鄭芝虎、鄭芝豹、鄭芝彪等人會合，細(xì)細(xì)盤問了戰(zhàn)斗的細(xì)節(jié)，并且共同商議擊破劉香海盜軍的方法。

又過了一夜，天明時(shí)，鄭芝龍親率所有的戰(zhàn)船，繼續(xù)南下搜索，劉香不甘示弱，列隊(duì)準(zhǔn)備迎戰(zhàn)。為了給鄭芝龍施加心理壓力，劉香將他扣押的廣東官員洪云蒸押到旗艦的甲板上，威脅鄭芝龍。由于洪云蒸是熊文燦的部將，這使得鄭芝龍投鼠忌器，不敢貿(mào)然發(fā)起進(jìn)攻。

洪云蒸看到這種情況，沖著鄭芝龍高呼道：“我矢死報(bào)國，公匆失戰(zhàn)機(jī)?！闭f罷掙脫左右海盜兵，準(zhǔn)備跳海自盡，劉香大怒，拔出刀子往洪云蒸身上就是一刀，洪云蒸當(dāng)即氣絕身亡。洪云蒸一死，鄭芝龍也沒有顧忌了，立即下令向劉香的船只發(fā)起進(jìn)攻。劉香毫不示弱，也將船隊(duì)全部投入作戰(zhàn)，這兩支中國最強(qiáng)大的海上力量展開廝殺，但無論任何一方，都不能獲得絕對的優(yōu)勢，戰(zhàn)斗持續(xù)了一天，仍然分不出勝負(fù)。

雙方鳴金收船，鄭芝龍的艦隊(duì)停泊于赤湖，而劉香艦隊(duì)仍然停泊于田尾洋。

多年的海盜生涯，使鄭芝龍?jiān)谒畱?zhàn)方面積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)，他視察了赤湖的港灣地形，發(fā)現(xiàn)這個(gè)港灣對自己非常不利，因?yàn)檫@里處于下風(fēng)向，而且半夜時(shí)漲潮，這樣海盜艦隊(duì)很可能用利用順風(fēng)與漲潮的優(yōu)勢，在夜半時(shí)發(fā)起襲擊。鄭芝龍當(dāng)即調(diào)整部署，命令鄭芝豹帶幾艘船往來游弋巡邏，鄭芝虎帶五艘船停駐于前灣戒備，一旦發(fā)現(xiàn)敵軍偷襲，立即放起連珠火箭，向港灣內(nèi)的主力艦隊(duì)發(fā)起警報(bào)。所有船只均不得拉下船帆，船上的火炮與彈藥均要處于戰(zhàn)備狀態(tài)，軍士不得卸下身上的鎧甲。

事實(shí)證明，鄭芝龍的判斷極為準(zhǔn)備，歷年的海上戰(zhàn)斗使他鍛煉為一名優(yōu)秀的海軍將領(lǐng)。在劉香一方，也有人發(fā)現(xiàn)鄭芝龍艦隊(duì)?？吭谝粋€(gè)不利位置上，這個(gè)人便是劉香手下的第一勇將李虎三，李虎三對劉香說：“鄭芝龍恃勇，不懂得水戰(zhàn)，將船泊?？坑诔嗪?，主公可點(diǎn)齊船只，多設(shè)火器，俟夜半水起，乘潮順風(fēng)沖去，芝龍可擒?！眲⑾銓罨⑷倪@個(gè)作戰(zhàn)建議相當(dāng)欣賞。

夜晚二更時(shí)分，正是漲潮時(shí)間，劉香率全部的船隊(duì)，揚(yáng)帆起航，乘風(fēng)破浪，直奔赤湖，準(zhǔn)備突襲鄭芝龍。李虎三作為海盜軍的前鋒，沖在最前頭，行至半途時(shí)，偵察員來報(bào)，前面發(fā)現(xiàn)有一條黑影，看樣子好象是一艘船。李虎三吃驚地說：“鄭芝龍的船只都停泊于赤湖港，這里怎么有船呢？傳令下去，各船嚴(yán)密提防，聽我的炮聲，一齊趕殺?！?

這艘船正是鄭芝龍派往巡邏的兵船，艦長鄭芝彪，此時(shí)他也發(fā)現(xiàn)了對方的船只，馬上通告水手：“不出所料，今果來矣！馬上揚(yáng)帆，安炮守候，聽我的口令，一面攻打，一面放起連珠火炮。”

此時(shí)李虎三的坐船一馬當(dāng)先，沖在最前，朝著鄭芝彪的船只大喝道：“前面何船？”鄭芝彪并不理會他，而是命令水手向海盜船開炮，同時(shí)用連珠火炮發(fā)出信號，通知附近的鄭芝虎、鄭芝豹的船隊(duì)，以及停泊于港灣中的主力艦隊(duì)。

由于事先鄭芝龍做好了充足的準(zhǔn)備，所以這次反擊的速度之快，遠(yuǎn)遠(yuǎn)出乎劉香與李虎三的意料，很快鄭芝龍的海軍傾巢而出。雖然劉香的海盜軍占據(jù)順風(fēng)的優(yōu)勢位置，但是黑夜令這種優(yōu)勢蕩然無存，兩支軍隊(duì)在黑乎乎的海面上混亂廝殺，有時(shí)甚至根本分不出敵我船只，直到天色漸明，能夠清楚看清對方的船只，才慢慢恢復(fù)了秩序

這場大海戰(zhàn)從半夜一直激次到中午，幾乎戰(zhàn)斗了十二個(gè)小時(shí)，雙方筋疲力盡，只得稍事休息。這場一場艱難的戰(zhàn)事，鄭芝龍高度評價(jià)對手在戰(zhàn)場上優(yōu)異表現(xiàn)，認(rèn)為劉香是一位優(yōu)秀的戰(zhàn)術(shù)家，在指揮調(diào)度戰(zhàn)船上有著杰出的才能，而李虎三的勇猛表現(xiàn)也令鄭芝龍贊不絕口。

鄭芝龍對劉香、李虎三的稱贊，激發(fā)了他的弟弟鄭芝虎的斗志。鄭芝虎不以為然地說：“此賊有何難破？待吾擒他。”說完之后，鄭芝虎帶著自己的戰(zhàn)船，突入劉香艦群之中，直沖向劉香的旗艦。劉香也甚是驍勇，見鄭芝虎前來，也命令開船迎頭而上，鄭芝虎手持藤牌，口銜大刀，見劉香的船靠近，大喝一聲，從自己船上的甲板跳到劉香的船中，然后持著大刀便是亂砍一陣。

鄭芝龍見自己的弟弟獨(dú)闖敵陣，趕緊下令全面出擊。鄭芝鵠的戰(zhàn)船也向劉香的旗艦發(fā)起攻擊，劉香船上的大炮擊中鄭芝鵠的船，頓時(shí)爆炸，鄭芝鵠當(dāng)即被炸死，不一會兒的功夫，這艘船沉入海底。鄭芝蟒的船也靠近劉香的旗艦，從船上拋出火罐，劉香的船燃起熊熊大火。眼看大頭目的船只受到圍攻，李虎三趕忙駕船前來營救，此時(shí)，鄭芝豹的船從后面逼近李虎三，一發(fā)大炮命中李虎三的船只，當(dāng)場將舵手炸死，并且引起大火，火勢很猛，李虎三來不及撲救，情急之下跳入海中，最后溺死。

此時(shí)劉香船上的火越燒越大，在船上苦戰(zhàn)的鄭芝虎與劉香均無法脫身，最后兩人竟然都被大火燒死。劉香、李虎三相續(xù)戰(zhàn)死，海盜們?nèi)糊垷o首，鄭芝龍乘勝又擊毀數(shù)艘海盜船，然后發(fā)出招降的信號，除了一艘海盜船逃脫之外，其余的劉香殘部全部投降。

鄭芝龍終于掃平最強(qiáng)悍的一名對手，同時(shí)也付出很大的代價(jià)，鄭芝虎、鄭芝鵠皆在這次海戰(zhàn)中戰(zhàn)死，自此，在臺灣海峽以及廣東近海地區(qū)，沒有任何海盜力量可以同鄭芝龍相較量，但是鄭芝龍并非沒有對手，他還有一個(gè)危險(xiǎn)的敵人，那就是擁有近代化武器裝備的荷蘭人。