荷蘭人作為一股來自歐洲的殖民力量，曾經與鄭芝龍集團保持良好的貿易伴伙關系，但對荷蘭人來說，沒有永遠的朋友，只有永遠的利益。在鄭芝龍被朝廷招撫之前，荷蘭人曾經協助大明軍隊圍剿鄭芝龍，但被打得丟盔棄甲，狼狽不堪，戰后遭到鄭芝龍的強烈報復，多艘荷蘭人的商船都被鄭芝龍所扣留。

鄭芝龍歸降政府之后，仍然掌控著臺灣海峽的貿易，與荷蘭人達成某種程度的諒解，便歸還所扣留的部分荷蘭船只與貨物，荷蘭人也在鄭芝龍剿滅李奇魁與鐘斌的戰爭中，出過不少力。鄭芝龍允許荷蘭人的船只停泊于廈門港，然而荷蘭人與中國的貿易，仍然必須通過鄭芝龍，這對荷蘭人來說，實為無法忍受。鄭芝龍的勢力過于龐大，對荷蘭人來說，始終是一個貿易上的巨大絆腳石，高傲的荷蘭人不愿意屈服于鄭芝龍的海上霸權，這樣一來，鄭、荷之間的矛盾便越來越大。

1630年，荷蘭人試圖進犯廈門，但是卻遭到鄭芝龍海軍船只的偷襲，被迫撤退。荷蘭人也深感自己的力量不足同鄭芝龍相抗衡，積極尋求盟友，1632年，海盜劉香在小埕之戰中敗給鄭芝龍后，也希望能借助荷蘭人的堅船利炮來對抗大明朝的海軍，雙方一拍即合。

崇禎六年六月，荷蘭人與劉香聯手進攻駐扎在南澳的大明海軍，荷蘭人的船只比大明海軍的船只的性能要優越得多，不僅船體高大，而且航速上也占據優勢。這次突襲令大明海軍受到不小的損失，荷蘭人船上的大炮率先開火，中國海軍也開始反擊，第一次戰斗的結果，中國海軍吃了一些虧，被擊沉了五艘戰船，荷蘭人的三艘哨船被擊毀。入夜后，中國海軍出動五艘戰船，在夜幕掩護下偷襲荷蘭艦隊，焚毀三艘荷蘭船只，己方沒有損失。南澳海戰的結果勢均力敵，中國方面陣亡十七人，荷蘭方面陣亡人數大體相當。

荷蘭人在南澳沒有占得便宜，連夜北上廈門島，此時正值夏季，臺灣海峽盛行南風，荷蘭人的船只航速又快，所以很快便在第二天抵達廈門島，對廈門島的中國海軍基地發動突然打擊。由于大明將領出現重大誤判，以為荷蘭人尚在南澳，“中左去南澳數百里，夷船乘風卒至，出于意料所不及”，廈門港的中國海軍根本沒有做好充分的準備，在荷人蘭強大火炮的打擊下，損失慘重，其中鄭芝龍的船只損失了十艘，其他部的戰船損失了五艘。荷蘭突襲廈門港取得了重大的成果。

但是在之后一個月的時間里，荷蘭人憑借堅船利炮，游弋于東南沿海，遭到中國軍隊的阻擊，也頗有損失，荷蘭人第二次進犯廈門島，這次早有準備的中國守軍擊沉數艘荷蘭船只，并擊斃十余名荷蘭人，荷蘭人倉惶而逃，中國守軍出海追擊兩晝夜，但是追不上荷蘭人，沒有繼續擴大戰果。

荷蘭人的這一次進犯，令福建巡撫鄒維璉大為震怒，認為這\"豈獨八閩一大患，且為中國一大恥！”鄒維璉決心與荷蘭人展開海上決戰，他于八月中旬親抵漳州，調集福建沿海的海軍艦只，準備反擊荷蘭人，并親自部署戰斗計劃，與鄭芝龍等將領研究出一套對付荷蘭人的戰術，并委派鄭芝龍的艦隊為前鋒部隊，高應岳為左翼艦隊指揮官，張永產為右翼艦隊指揮官，王尚忠為游兵即機動艦隊的指揮，劉應寵、鄧樞指揮中軍艦隊。由于鄭芝龍的艦只與實力最強，實際這次反擊荷蘭人的重任乃是落到鄭芝龍身上。

在荷蘭人偷襲廈門島一役中，鄭芝龍的艦船被擊沉了十艘，荷蘭人一而再地與鄭芝龍對抗，令鄭芝龍無比憤怒，即使沒有鄒維璉的命令，他也想要尋機報復。荷蘭人有一個弱點，就是他們的艦隊中，有不少中國人，有的作為翻譯，有的作為向導，有的作為水手，這使得鄭芝龍得以派出間諜潛入其中，掌握其艦隊的動向與方位。

九月一日，鄭芝龍接到間諜發回的情報，荷蘭艦隊正停泊于澎湖島一帶，他馬上派出將領林顯忠率海軍主力出海，進逼澎湖。鄭芝龍的艦隊上的武器裝備很多都是西洋貨，加上這次突襲的隱蔽性，澎湖一戰，取得了令人振奮的結果，擊毀一艘荷蘭大型夾板船，荷軍被殺死與淹死的人數達數百人，并俘虜一名荷蘭將領與六名士兵。

吃了敗仗之后的荷蘭人向南撤退，與劉香的海盜軍會合。九月十一日，兩艘海盜船在海邊停泊時，被中國守軍發現，馬上沖上去與登岸的海盜廝殺，海盜被殺死五人，其中一人是荷蘭人，其余的人跳上船逃生。九月十六日，兩艘荷蘭戰船出現在銅山以東的洋面，把總黃斌卿當即出動七艘戰船、四艘火船出擊，荷蘭人見中國軍隊人多船多，不敢戀戰，一面撤退，一面以大炮還擊，中國海軍冒死進攻，結果荷蘭人的一艘夾板船觸礁，這對中國海軍真是天賜良機，對這艘夾板船發起猛攻，炮彈、火罐不斷落到甲板上，荷蘭人不敢戀戰，解下小船，棄大船而逃。中國軍隊斬殺十三名荷蘭人，溺死于海中者不計在內。原本黃斌卿想拖回這艘觸礁的夾板船，但此時風大火烈，最后被燒為灰燼。

荷蘭人集合了九艘大型夾板船，會同劉香的海盜軍，重振聲勢，準備由南往北推進，進窺廈門，顯然他們并不甘心被鄭芝龍所擊敗。

對于荷蘭人的夾板船，中國的史料有這樣的描述：“其舟長五十丈，橫廣六七丈，名曰夾板，內有三層，皆置大銃外向，可以穿裂石城，震數十里，人船當之粉碎，是其流毒海上之長技有如此者?！庇纱丝梢姡商m人的夾板船相對于中國海軍的戰船，有著比較明顯的優勢，特別是其火力相當強大。

大型夾板船上還配備有六、七只小船，這些小船既可充當救生船，也可用于戰斗，當時荷蘭人的這種海上戰術是非常厲害的，當遇到敵船時，就解下小船，每只船上可搭載六、七人，一旦對方的戰斗人員把頭伸出掩體，經常會遭到這些訓練有素的火槍手的狙擊，在明代中國海軍官兵將他們稱為\"貓兒眼”。

鄭芝龍再度接到間諜發回的報告，詳細匯報荷蘭人與海盜軍的船只數量與動向，鄭芝龍馬上集合所有的海軍船只，到九月十七日，所有船只集結完畢，十九日，荷蘭人的艦隊抵達料羅灣。鄭芝龍與與其他艦隊的將領高應岳、張永產、王尚忠、劉應寵、鄧樞等人召開了一個海上軍事會議，所有將領都認為應當兵貴神速，必須馬上投入與荷蘭人展開海上決戰。各路海軍編隊均下達作戰命令，于二十日凌晨揚帆啟航，目標料羅灣。

料羅灣位于金門，將因為這場戰爭而被載入史冊之中。

黎明時分，大明海軍的龐大艦隊出現在了料羅灣，此時荷蘭人也發現了帝國艦隊，九艘大型夾板船背靠岸巖一字排開，劉香的海盜軍五十艘哨船往來游弋。大明海軍分為前鋒、左翼、右翼、游兵、中軍五個艦隊，其中主攻荷蘭人的是實力最強大的鄭芝龍的前鋒艦隊，其余艦隊的任務是配合鄭芝龍艦隊圍剿荷蘭人，以及攻打劉香的海盜船只。

鄭芝龍的艦隊分三波向荷蘭人發動進攻，第一波由參將陳鵬率領，轄鄭然、林察、陳麟、楊耿、蘇成等人的戰船，對荷蘭人的大夾板船發起沖擊；第二波由哨官蔡騏指揮，作為接應，主要作戰任務是焚毀敵船；第三波由哨官林習山指揮，配合蔡騏共同摧毀敵船。

在戰船數量上，帝國海軍占據明顯的上風。參將陳鵬的戰船會同其他三艘戰船，擊毀了一艘荷蘭夾板船；郭熹、胡美、林察、等七艘戰船圍攻兩艘荷蘭夾板船，后陳鵬、陳麟在擊沉敵船后趕來加入圍攻行列，最終將這兩艘荷蘭戰船焚毀，并活捉了荷蘭將領呷泌啤吧哇；張梧、鄭彩、黃勝等三艘船則與一艘荷蘭戰艦展開肉搏戰，將士們跳上荷蘭船上與荷蘭人廝殺，最后將荷蘭人的戰船作為戰利品擄獲。

經過一番血戰，荷蘭人的九艘大型戰船有三艘被中國軍隊擊毀，一艘被俘獲，幾乎損失了一半的船只。其余五艘戰船落荒而逃，向外洋逃竄，鄭芝龍指揮海軍緊追不舍，荷蘭人的一艘船被千總陳豹的戰船死死咬住，陳豹船上的火炮屢屢命中，使其船尾起火，然而此時陳豹逆風追擊，由于靠得太近，反而使火倒燒到自己的船上，不得不退出追擊。另一艘荷蘭船也被林宏、鄭成、洪輝、吳拱等四船圍追堵截，眼看坐已待斃了，此時臺灣海峽風云突變，狂風大作，波濤疊起，荷蘭人的船只畢竟是專為遠洋航行而設計的，在抵御風浪的能力上比中國船只要強，所以借著風浪的掩護，最終逃了出去，其余三艘荷蘭戰船也陸續突圍。

鄭芝龍的艦隊共擊毀三艘荷蘭夾板船、擄獲一艘，俘虜荷蘭官兵八十四人，被燒死與淹死不計其中，繳獲六門大炮，二門小炮，槍支十三把，劍十把，火藥六筒，還有包括海圖等其他戰利品。鄭芝龍一方，陣亡八十六人，其中包括把總鄭然，他被荷蘭人的一顆子彈打死，重傷一百三十八人。

除了鄭芝龍艦隊之外，其余艦隊也奮勇拼殺。泉南游擊張永產指揮的右翼艦隊擊沉三艘荷蘭尖尾船，俘虜十名荷蘭人；擊沉劉香的海盜船只六艘，斬殺一名劉香的副將，生擒海盜六十四人。劉應寵指揮的中軍艦隊生擒海盜軍三十七人，高應岳的左翼艦隊以及王尚忠的游兵艦隊也各有斬獲。

從澎湖海戰到料羅灣海戰，荷蘭人遭到空前的失敗，十七世紀的中國在與西方強國的對抗中，取得了空前的勝利，戰果如下：“燒沉夷眾數千計，生擒夷眾一百一十八名，馘斬夷級二十顆，焚夷夾板巨艦五只，奪夷夾板巨艦一只，擊破夷賊小舟五十余只，奪獲盔甲、刀劍、羅經、海圖等物皆有籍存。而前后銃死夷尸被夷拖去未割級者累累難數?！?

這次偉大的勝利是發生在風雨飄搖中的晚明時代，而不是大明帝國最強盛的時代，但是中國仍然有實力擊敗來自西洋的入侵。

料羅灣海戰之后，荷蘭人仍然盤踞臺灣南部，其勢力并沒有退出中國，六年后，荷蘭人與鄭芝龍再度爆發戰爭。

崇禎十二年六月，荷蘭將領郎必即里哥率數艘夾板船進犯福建、浙江沿海，據載，郎必即里哥是一名勇將，力大無比，而且精于劍術。荷蘭艦隊強大的機動能力與火力，使得閩浙兩地岸基守軍大吃苦頭，討平荷蘭人的重負，又一次落在鄭芝龍身上。

雖然鄭芝龍與荷蘭人有過多次交鋒，但仍然沒有必勝的把握，他警告部下：“夾板厲害，非比我們的船，凡事當先覷方便，可戰則戰，勿得恃勇，徒自損滅耳?！?

鄭芝龍的艦隊在湄州島外海域與荷蘭艦隊相遇，仗著船多人眾，鄭芝龍的艦隊包圍了荷蘭艦隊，但是在戰斗中并沒有占得便宜，荷蘭人在船舷兩側加厚了木板，船只更加堅固，密集的火炮對鄭氏艦隊構成極大的威脅，在戰斗中，鄭芝蟒、鄭芝鶴的戰船被擊毀，苦戰一天后，鄭芝龍的艦隊傷亡頗大，暫時退到楓亭港進行休整。

鄭芝龍決定采取一種新的戰術，針對荷蘭戰艦的特點，采取一種比較原始的海上作戰方案，這個方案是出動七八只小船，以及五十余名精通水性的水手，每人背著兩個大藥筒，藥筒是將竹子鋸斷，灌入火藥，船上還有易燃的油料，船頭有一條鐵鏈，準備對荷蘭船只實施火攻。

事實證明這個帶有落后色彩的作戰方案十分有效，這些小船只航行速度快，個頭小，不容易被荷蘭人的火炮擊中，憑借靈活機動的優勢，在其他戰艦的掩護下，直沖向荷蘭船只邊上，用斧釘將船頭的鐵鏈牢牢釘在荷蘭戰艦的外板上，然后用硝磺等點火，引爆船上的火藥筒罐與油料，水手們跳入海中逃生，竄起的熊熊火焰很快蔓延到荷蘭人的戰船上。鄭芝龍使用這種戰術，令荷蘭人頭痛不已，很快，荷蘭艦隊中的五艘夾板船起火，荷蘭人忙著撲滅大火，此時鄭芝龍的艦隊開始反撲。在這樣的情況下，荷蘭將領郎必即里哥無心戀戰，率艦隊匆匆突圍而去。

鄭芝龍的海軍在東南先后力挫群海盜與荷蘭人之后，完全壟斷了東南的對外貿易，據史書的記載：“從此海氛頗息，通販洋貨，內客外商，皆用鄭氏旗號，無儆無虞，商賈有二十倍之利。芝龍盡以海利交通朝貴，寖以大顯。”雖然鄭芝龍的官職在大明帝國并非擠身于政府高層，但他富可敵國，對于陷入嚴重經濟危機中的帝國，東南沿海卻仍然因為貿易而成為富庶之地，而鄭芝龍作為帝國海軍將領的同時，也是最大的海商巨頭，“自就撫后，凡海舶不得鄭氏令旗者，不能往來。每舶例入三千金，歲入千萬計，芝龍以此富敵國?！?

大明帝國在內憂外患之中風雨飄搖，但是東南沿海卻因為鄭芝龍的崛起而掃平海盜，擊退荷夷，儼然成為帝國的一方樂土。

但中國北方的戰局卻并不樂觀，反政府的起義軍與滿族人成為覆亡帝國的生力軍，這個龐大而歷史久遠的帝國面臨崩潰的邊緣了。