發(fā)現(xiàn)孫恩軍將北攻滬瀆之后，劉裕也放棄海鹽，尾隨追擊。海鹽縣令鮑陋感激劉裕的救助之恩，特地派兒子鮑嗣之率一千民兵前來(lái)助戰(zhàn)。但好心也會(huì)辦壞事，事壞就壞在這一千援兵的主將鮑嗣之身上。

鮑嗣之是頭不怕虎的初生牛犢，這幾天參與劉裕指揮的海鹽保衛(wèi)戰(zhàn)，見(jiàn)這位劉參軍連連取勝，贏得好像很輕松，門(mén)道是一點(diǎn)兒沒(méi)看出來(lái)，反而自以為是：打仗原來(lái)這么容易啊！年輕人氣盛，他這回一見(jiàn)到劉裕就提出自己要當(dāng)先鋒。劉裕勸告他說(shuō)：“孫恩的人打了這幾年的仗，已經(jīng)有很豐富的作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，不是好對(duì)付的。而吳地的民兵沒(méi)見(jiàn)過(guò)真正的大戰(zhàn)，不是他們的對(duì)手。而且先鋒如果失利，會(huì)導(dǎo)致全軍戰(zhàn)敗，所以你的人最好還是殿后，做我軍的支援。”但鮑嗣之不干：我要當(dāng)先鋒，就要當(dāng)先鋒！難道你害怕我立功，或是分了戰(zhàn)利品？

劉裕和劉牢之不同，比較重視“人和”，為了和當(dāng)?shù)厝烁愫藐P(guān)系，只好勉強(qiáng)同意了。為了不讓鮑嗣之誤事，劉裕也做了準(zhǔn)備，在預(yù)設(shè)戰(zhàn)場(chǎng)準(zhǔn)備大量旗鼓，布下了多處埋伏，不過(guò)因?yàn)楸伲刻幝穹贿^(guò)幾人而已。第二天，交戰(zhàn)開(kāi)始，孫恩派一萬(wàn)人回?fù)糇繁芸毂闩c鮑嗣之的民兵交上了火，劉裕看準(zhǔn)時(shí)機(jī)，布下的埋伏同時(shí)發(fā)動(dòng)。于是，四面出現(xiàn)晉軍的戰(zhàn)旗，同時(shí)鼓聲震天，以為中伏的孫恩軍大驚，慌忙后撤。鮑嗣之莫名其妙地得勝，更加堅(jiān)定了自己的判斷：劉參軍果然是忽悠人的，孫恩的軍隊(duì)明明很好對(duì)付嘛！揚(yáng)名立功的機(jī)會(huì)可不能放過(guò)，追！

鮑公子的追擊命令下達(dá)得如此之快，以至于在后面的劉裕都來(lái)不及把他攔下。他率領(lǐng)的海鹽民兵一沖出劉裕的設(shè)伏地域，立即把自己兵力微弱的真相暴露無(wú)遺。回過(guò)神來(lái)的孫恩軍殺了一個(gè)回馬槍，鮑嗣之和他的一千名士兵立即全軍覆沒(méi)。鮑公子陣亡了。不僅如此，敗勢(shì)還牽動(dòng)了后面的劉裕軍。劉裕不得不且戰(zhàn)且退，部眾損失不小。孫恩的大軍步步進(jìn)逼，眼看劉裕也難逃全軍覆沒(méi)的敗運(yùn)了。

危急關(guān)頭，劉裕的戰(zhàn)術(shù)天才和極佳的心理素質(zhì)再次展現(xiàn)了出來(lái)。退到最初交戰(zhàn)的地點(diǎn)時(shí)，劉裕命部眾停下來(lái)，收集戰(zhàn)死者身上的衣甲兵器，看上去從容不迫。本已穩(wěn)占上風(fēng)的孫恩軍又怔住了，竟不敢進(jìn)逼。這段時(shí)間以來(lái)，他們吃劉裕的虧，上劉裕的當(dāng)，次數(shù)已經(jīng)太多了，因此每見(jiàn)他有什么不尋常的舉動(dòng)，都會(huì)在心里犯嘀咕：該不會(huì)又有什么詭計(jì)吧？

稍過(guò)片刻，劉裕突然大吼一聲，揮軍反攻。已經(jīng)得了“恐劉癥”的孫恩軍士大驚，以為又中計(jì)了，慌忙撤退。劉裕當(dāng)然不敢緊追，等孫恩軍撤遠(yuǎn)，劉裕才率余部撤回海鹽。此役因鮑嗣之誤事，劉裕先勝后敗，只是他臨危不亂，處置得當(dāng)，才避免了全敗的惡果，但也一時(shí)無(wú)力再去支援滬瀆了。

孫天師的選擇果然是明智的，避開(kāi)了劉裕的糾纏之后，孫恩軍的戰(zhàn)局大為改觀。五月，孫恩攻克滬瀆，大敗晉軍，斬守將吳國(guó)內(nèi)史袁崧和屬下晉軍四千余人，一掃與劉裕作戰(zhàn)以來(lái)的晦氣，取得自余姚之戰(zhàn)后的又一次大捷。乘著軍威大振，孫恩于隆安五年（401）六月一日率水陸大軍攻入長(zhǎng)江，逆流而上，兵鋒所向，直指國(guó)都建康。此時(shí)他的部眾號(hào)稱有十余萬(wàn)人，乘坐在千余艘戰(zhàn)船之上，浩浩蕩蕩，勢(shì)不可當(dāng)。建康城里的大晉朝廷大為震動(dòng)。

六月二日，京城建康及周邊地區(qū)全部戒嚴(yán)，所有文武官員取消休假，在各自的衙門(mén)通宵值班。司馬元顯的急令一道道發(fā)出，顯得手忙腳亂：一、冠軍將軍高素駐防石頭城（建康城西北長(zhǎng)江邊）；二、輔國(guó)將軍劉襲用木柵切斷淮口（建康城西秦淮河入長(zhǎng)江口），防止孫恩軍戰(zhàn)船突入秦淮河；三、丹陽(yáng)尹（就是建康市長(zhǎng)，當(dāng)時(shí)建康屬于丹陽(yáng)郡）司馬恢之在長(zhǎng)江南岸、建康之北布防；四、桓沖的兒子，前吳國(guó)內(nèi)史桓謙駐防白石（在今南京城西）；五、左衛(wèi)將軍王瑕等保衛(wèi)皇宮；六、急調(diào)豫州刺史司馬尚之從歷陽(yáng)調(diào)兵入衛(wèi)京城；七、調(diào)遠(yuǎn)在會(huì)稽的劉牢之入援，北上阻截孫恩軍西進(jìn)之師。

在這一堆防御措施中，最有分量的內(nèi)容當(dāng)然是調(diào)劉牢之北上，但此時(shí)劉牢之所率的北府軍主力尚遠(yuǎn)在山陰，緩不濟(jì)急（油水不多時(shí)，劉牢之真是磨洋工啊！海鹽的惡戰(zhàn)，滬瀆被攻克，已發(fā)生這么多事，他居然一直待在會(huì)稽），于是劉牢之便命在海鹽的劉裕急速北上，阻擊孫恩軍（劉裕雖然兵少，畢竟距離近多了）。

接到命令后，劉裕沒(méi)有絲毫猶豫，立即離開(kāi)海鹽，率領(lǐng)他那支不足千人的隊(duì)伍，不分晝夜地強(qiáng)行軍，終于差不多與孫恩軍同時(shí)抵達(dá)丹徒。