謝琰戰死的消息，讓東晉朝廷大為震動，吳興太守庾桓害怕孫恩首次登陸時百姓群起響應的往事再次發生，殘忍地屠殺了幾千名男女信徒，可見其驚慌失措。稍后，司馬元顯派冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終、寧朔將軍高雅之等人出兵討伐。孫無終是劉裕最早的老上級，高雅之是劉牢之的女婿，均屬北府軍系統。然而，北府軍的老大劉牢之沒有動。因為去年底北府軍才去三吳洗劫，現在過去不到半年，新生的羊毛估計還沒長好，油水不會太多，所以劉牢之再次前往的動力不足，也就不會像上次那樣自告奮勇了。

晉軍沒有出動真正有力的勁旅，戰事便拖了下去。但到了隆安四年（400）十一月，孫恩與高雅之大戰于余姚，高雅之大敗，士卒十折八九。東南局勢再度惡化，司馬元顯只好加封劉牢之都督會稽等五郡軍事，請求他出兵對付孫恩。女婿讓人欺負了，老丈人也不能不管啊，于是劉牢之終于出兵了。

孫恩一向畏劉牢之如虎，聽到他要到來的消息便心生懼意，再加上已經登陸大半年，可能也搶掠積蓄了不少物資，便不與劉牢之交戰，率領所部提前撤回舟山，基本沒有損失。北府軍兵不血刃，收復各郡縣。

為了防備孫恩再來，劉牢之決定在沿海幾個要點筑城守備：一、劉牢之本人駐防上虞（今浙江上虞縣）；二、命參軍劉裕，駐防句章（在今浙江寧波市南鄞江南岸）；三、命吳國內史袁崧在滬瀆（今上海市西舊青浦鎮附近古吳淞江）筑城設防。

在這三個要點中，句章的守兵最少，不足千人，距離孫恩最近，與舟山群島幾乎是隔海相望，駐守此處實在是一個危險性很高的苦差事。但對劉裕來說，這是他難得的機會，他終于能夠指揮一支軍隊，獨當一面，充分展示自己的將才了。

劉裕一到句章上任，就顯出了他的與眾不同。當時劉牢之放縱士卒暴虐，北府軍在三吳諸郡的聲名極差，不想這位劉參軍的人馬軍紀嚴明，所到之處秋毫無犯，當地百姓大喜。人在肚子飽脹時，滿漢全席也沒什么味道，快要渴死時，一杯自來水也會甘美無比。因此，劉裕很快在久歷兵災的當地人中贏得了美名，也得到他們的積極配合，很快做好了迎擊孫恩來犯的準備。

兩個月后，隆安五年（401）二月一日，孫恩軍在浹口第三次登陸，兵鋒直取句章。原以為這么一個才幾百兵鎮守的小城，自然是手到擒來，誰知道這里的守將非常扎手。他不但作戰英勇，身先士卒，而且異常狡詐，詭計百出，孫恩數萬大軍的幾次進攻全被他打退，不能前進半步。這樣糟糕的經歷讓孫恩和他的屬下第一次記住了劉裕這個名字。不過，由于劉裕的兵力太少，孫恩軍損失也不大。不久，劉牢之率軍前來支援句章。孫恩不敢迎戰，連忙上船，逃回海島。

孫恩的第三次登陸一無所獲，他的部眾迫切需要解決的補給問題依然嚴峻，因此僅過了一個月，孫恩大軍傾盡全力，發動了最大規模的第四次登陸。這次再來，孫恩決定不再就近登陸去碰句章那顆硬釘子，而是揮師向北，在今杭州灣北岸的海鹽（今浙江海鹽縣）上岸。海鹽，顧名思義，以“海濱廣斥，鹽田相望”而得名，制鹽業在古代一直是油水極大的行業，所以這里還是很值得一搶的。

不料駐守句章的劉裕情報工作干得也不錯，事先探得消息，當機立斷，率句章守軍星夜北上，趕在孫恩軍到達之前，搶先進駐海鹽。孫恩剛到，不明情況，以為海鹽無備，沒做什么準備便直接攻城。此時劉裕的兵力不足一千，雖然海鹽縣令鮑陋臨時征召了民兵約千人，但與孫恩的十幾萬人相比，兵力仍然懸殊，而且那些新召民兵沒多少戰斗力，情況不容樂觀。

不過劉裕既然敢來，就不會被困難嚇住。他組織數百名敢死隊，親自帶隊，全都手持短兵，脫去甲胄（可能是為了行動迅捷，同時不易發出聲響），潛伏在城門處，而城上只布置了稀稀拉拉幾個人。孫恩軍不知劉裕已到，見此情景，以為不會遇上像樣的抵抗，便放心前進，正在他們松懈的當口，劉裕突然打開城門迎頭痛擊，擊敗孫恩軍，斬其部將姚盛。

初戰告負，損兵折將，讓孫恩怒不可遏。從他打敗謝琰和高雅之來看，孫恩也是有一定的將才的，老被這樣弱小的敵人欺負，面子也掛不住啊！于是，孫天師下令猛攻海鹽，劉裕率部堅守，苦戰數天，雖然連續打退孫恩軍的進攻，但城內守軍也感到壓力越來越大，畢竟雙方兵力太不對等了。

劉裕決定再出一次老千。數日后的一個清晨，早起準備接著攻城的孫恩部眾發現，今天的海鹽城有點兒異樣：城門竟然是開著的，原先飄揚的旗幟不見了蹤影，平時戒備嚴密的城頭上只有幾個老頭在當門衛。這種唾手可得的樣子，讓孫恩的人有點兒疑惑，便向城頭上那幾個老頭打聽：“劉裕到哪兒去啦？”

城頭上的老頭回答：“因為大軍攻城太急，他兵少難以抵擋，所以昨天夜里偷偷開城逃走了。”孫恩的人大喜，總算把討厭的劉裕打跑了，于是爭相入城。倒霉的孫恩部眾沒想到，劉裕早已將海鹽城內的街道小巷打造成了一個大陷阱。等他們入城，兵力被街道分割，喪失了有效指揮，又無防備之時，劉裕突然率埋伏的精兵殺出，大敗孫恩軍，將他們再次趕出了海鹽城。

又吃了一次敗仗的孫恩服了，也清醒了。論打仗，他怎么也玩不過劉裕，但他現在兵力雄厚，而劉裕兵少，暫時也不能給他以致命打擊。海鹽打不下來，我可以去其他地方試試啊，大軍豈能耗在這兒等死？這么大的柿子林，就不信捏不到軟柿子！于是，孫恩放棄攻打海鹽，揮軍北上，進攻滬瀆。