－六五八年四月，蜀王劉文秀病卒，而臨終定下遺策，希望南明朝廷能遷入四川，統領全局聯合李自成義子李來享和大順軍各部抗清，再出兵陜.洛建立長期抗清基地，進而光復大明。然而晉王李定國在劉文秀死后并未執行這－戰略方針。

此時晉王已聽不進別人意見，而且獨斷專橫。并且在南明內部進行了－次大整頓，特別是對秦王孫可望舊部，導致孫可望舊部不滿，以至有朝臣上書永歷言晉王獨攬朝政，任用奸佞馬吉翔等人，不聽諫言。眀軍各部茅盾重重，蜀王劉文秀多招撫孫可望部，因此各部對晉王李定國多有怨言，永歷帝也多倚仗晉王。

晉王原也不是私心之人，然而獨撐危局心力不支，因而在朝政方面偏聽偏信，雖擁有半壁江山。而卻沒有治理之才能，此時各路清軍已戰領貴陽，南明軍隊節節敗退，鎮寧已失守。劉鎮國部拼死抵抗，奈不敵兵敗。劉鎮國不愿降清力戰而死，自此滇北門戶大開清軍開始進入云南境內，朝廷在李定國猶預中，七月才由李定國領兵出征，駐盤龍江畔，以圖調集重兵進攻貴陽。

然而此時清軍已三路會師貴陽，李國翰部已攻克鎮寧，洪承疇吳三桂巳攻占貴陽，卓布泰也在同年九月進攻安龍，黃草壩[今貴州興義]九十月間白文選駐守的七星關，也失守。白文選部有截斷退路危險，于是白文選部且戰走，向滇撤退。從清軍兵力來看比一六五二年進攻南明時，實力相差不大而為什么那次勝多負少，而今節節敗退呢？究其原因是因為三王[秦王.晉王.蜀王]，各自都是獨當一面將領，秦王在貴陽出湘迎戰清軍，劉文秀在蜀中頂住李國翰部，李定國在廣西進攻清軍，因此清軍也沒有優勢可言，加上南明多部分將領都是經百戰，南明也是全盛時期，而三王各自為戰，又相互呼應因，而上下團結，三軍用命，主動尋找戰機故勝多敗少。

而此時南明內訌，各部不合，有大西軍殘部，大順軍余部。李定國又岐視秦王舊部，各將領間無心戀戰，多避戰后退。貴陽失守后更是軍心渙散，晉王也曾集中兵力打算收復貴陽，然而李定國從三月清軍合集貴陽到七月才出兵，已使清軍三路會合，收復貴陽已不可能，這時多尼增援的八旗兵，雖未入，。但吳三桂駐遵義，羅托駐貴陽趙布泰駐獨山、都勻已經實現會師扭轉戰局為時已晚，多尼部清軍乘勝進攻關嶺，馮雙禮為了集中兵力率部由關嶺移駐雞公背，與祁三升合營，可是數以萬計軍隊齊集于公背山頂，糧草運輸成了難題，士兵饑不得食，當清軍發動進攻時明軍士兵棄險不守，自行撤退馮雙禮、祁三升見軍心不穩也只好隨軍撤退。

十二月，各路清軍已逼近羅平，曲靖一帶，前方消息傳來朝野上下嘩然，引起了朝廷震動，因自永歷南明自建立以來，各處漂泊朝廷各部門官員，多是在戰亂馬背上度過，始於廣東.經廣西，湖南，貴州才在1656年入滇，平穩了幾年，一下子又要遷移，帶來影響可想而知，十二月初九日，李定國派使者向永歷帝報告，清軍勢大難敵奏請“上當移蹕以避清人之鋒。

李定國建議移蹕，在朝諸臣對于放棄昆明，以后朝廷移往何處有不同意見，一部分人主張遷往四川，而另一部分人卻主張向滇西，撤去入川是蜀王制定的戰略方針，李定國原也同意遷入蜀中，并定于十二月十五日撤退，然而另以大學士馬吉翔其弟馬雄飛.女婿楊在等－幫人又不愿遷往四川。

馬吉翔首先說：“上為蜀人所惑堅移蹕蜀中若移蹕蜀中則文安之必來迎駕此老非扶（指扶綱）、雷（指雷躍龍）之比安能不避賢路乎？老身若退則衣缽又安能及賢婿乎？且入蜀則程源等必據要津等內無金少宰（指金維新）之助外無晉王之援倘安龍附孫逆之事發等舉家無噍類而賢婿亦噍礙矣”說著掉下眼淚來楊在默然無語馬雄飛認為哥哥說得有理事關全家前途命當即拍案;：“事已至此莫若于今晚會金少宰具其墳墓親屬皆在滇中安可去蜀？即翔、飛等結已久何肯遠去？莫若苦勸晉王堅走永昌事不可為則幸緬國；若可為返滇更易若晉王猶豫則說以蜀中勛鎮林立今殿下新敗之余遠則袁（宗第）、郝（永忠）諸勛之能保諸勛聽節制乎？恢復荊襄能保上不再封郝永忠等數親王以與殿下并立乎？則晉王必聽之矣”馬吉翔當天晚上就去找金維新，商量如何說服李定國，改變主意，金維新是云南人長期擔任李定國幕僚，備受親信，金維雄數年前因和明建昌總兵王偏頭爭奪過一女，怕入川后而遭王偏頭報復，因此不愿入川，開始在晉王耳邊進言，晉王也猶預，這幫儒生又為保自身榮華富貴，競以－已之私而廢國家天下，可悲可嘆??！也讓南明失去了最后一次掘起機會。歷史有太多偶然，偶然也就改變了歷史走向，李自成部搶奪陳圓圓，吳三桂引清入關，孝莊皇太后溫柔鄉勸降洪承疇難不是偶然嗎？李自成的偶然戰死！恐怕也改變了歷史。

十二月十五日，永歷帝等官員倉促離開昆明，同日到達安寧。永歷帝謂眾官曰;“朕自登基歷十佘年，如小舟行之滄海，四方漂泊昆明，城中百姓在朕走后必遭清軍屠殺，望百姓四面逃去以免兵火，所屯倉糧勿得燒毀，留于百姓。永歷如此婦人之仁，便使自已加速滅亡，晉王傳諭燒毀各地軍糧，永歷帝不許，于是所有存糧俱為清軍所得，二十萬大軍得糧草四月有余?！?

據史載，清軍在攻打貴州時，后方糧草已周轉不利，軍中缺糧已至荒，而一進滇，使得到明軍留下大批糧草，清軍更是如虎添翼，而明朝廷倉慌逃亡，反而物資銀響無法備足真兵敗如山倒??！

隨后馮雙禮、陳建、王會、艾承業[艾能奇長子]率部北入四川，十二月二十一日晉王李定國率部撤出昆明，此時清軍尚在曲靖，1659年正月初三，吳三桂洪承疇.卓不泰不戰而得昆明，永歷王朝放棄了最后一座大城市，十二月二十四日，永歷到達楚雄準備入川，然而在馬吉翔金維新等人－至要求下，李定國果然改變主意，同意永歷帝等轉向永昌府，于清軍占領昆明時到達永昌府而另一部明軍已入川，并不知朝廷部署已變，自此勢力更為分散，更便清軍各個擊破，永歷到達永昌時隨行官員多已逃去不少，人人感到前途渺茫，先后脫離朝廷尋找避難藏身之處，如吏部尚書張佐宸與少詹事汪蛟逃入大理府山中；兵部尚書孫順、禮部尚書程源、戶部侍郎萬年策、大理寺少卿劉泌、左僉都御史錢邦芑，等行至永平縣時改名換號躲入山中。

永歷在永昌府于正月初七，召見當地鄉紳下[罪已詔]，大意是這樣說;“自明開國以來，明白祖宗之制不可違，然而今已無能回天，皆因獨倚晉王，晉王用人不察至有此敗，又數自已登基來各種不是等等，所有官員俱降三級?！逼鋵嵰仓皇菫橥旎厝诵牧T了，又有－部分官員逃亡而去，連大學士扶綱.兵科給事中胡顯.御史陳起相等人多已逃去。據[永昌府志]載工部尚書王應龍，原是陜北制弓匠人已七十余歲，張獻忠建立大西政權時任工部尚書，聯明抗清后在永歷朝廷內任原職行動不便，就對他兒子說：“本草莽微賤蒙恩授職官至司空先不能匡扶社稷，今不能患難從君尚可靦顏求活人世乎？”言畢自縊殉國。他兒子哭著說：“父殉國難子成父忠”也跟著上吊自殺，可見忠臣義士也不少。

晉王離開昆明前密召總兵楊容入帳中，命楊容在軍中選精強兵卒－千人，且要平時可信的親兵部眾，秘密到劉文秀府上，掘出窨金16萬兩整裝車馬令楊容運往永昌命;“縱是全部戰死，也不可使黃金落入清軍之手，到滇西后找可靠地方藏好，以備日后抗清軍餉，知你乃忠義之士，才給如此重任，望不負大明不負皇上！”楊容淚如泉涌;“生是大明人，死是大命鬼！縱是粉穿碎骨，也要保護好這批黃金，決不負天子和晉王。”拜別晉王裝載而向西運去，盡抄小路而行，沿途見難民散兵，決不多糾纏，以運軍糧而為名，晉王取家藏金銀分賞各部，余皆命人充餉率部向西而行。