永歷十一年九月，南明朝廷內部－場火并，雖然以永歷帝為首朝廷取得了勝利，卻也讓清軍有機可乘。在接下來－系列舉措中，出現了重大失誤南明王朝，也走向衰敗，戰略決策失誤導至了整個南明王朝覆滅，只是時間遲早問題。

永歷十一年，十一月，孫可望逃回貴陽，守城大將馮雙禮得知孫可望戰敗，且馮雙禮原也不支持孫可望內戰，便閉門不讓孫可望入城，孫可望無奈在眾叛親離情況下，奪路出黔。劉文秀部苦追不舍，孫可望獨領家人隨從四百余人入湘，又逢南昍武岡總兵楊威截殺，差點被俘。還好遇到部將吳逢圣，程萬里接應，連夜奔逃，方得脫身。只因孫可望原是大西軍盟主，又被南明封為秦王，有數十騎從死命突圍，抄小路走脫降清而去。

孫可望先派楊惺先.鄭國先二人前往寶慶，[今湖南邵陽]接洽降清事宜，據清湖廣巡撫張長庚報，清廷為撈到孫可望這張王牌，派湖廣中路總兵李茹春、左路總兵王平帶領軍隊接應，擊退楊威所統攔截之兵，孫可望和妻、子、隨從人員才得以在寶慶府，南面花橋地方進入清方管轄區，十五日到達寶慶，同日上書洪承疇求降，并請命領兵入滇報仇，所帶四百余人多為婦女官丁，騎馬四百余匹。一代裊雄自此依附清朝，初封義王，盡獻川黔滇桂明軍布防及路橋梁關隘地圖，從而間接加速了南明朝廷滅亡，他一手謀劃這場內亂終而演變成了一場改變歷史進程的鬧劇，而隨著南明勢力逐步瓦解，孫可望的利用價值也在變小，鳥盡弓藏，兔死狗烹下場，終也不能幸免在這位不可一世風云人物身上。順治十七年[公元一六六零年]孫可望離奇病死，[－說為出獵被射死]孫可望降清未能善終之說流傳極廣。

孫可望死，子征淇襲封義王。順治十八年亦病死，弟征淳襲。康熙七年征淳病死，其弟征灝襲，不準絕王降為公，乾隆三十六年，[公元－七七－年]清以孫可望子孫世職嗣不得承。明遺民方文賦詩寄慨云;

南海降王款北庭

路人爭擁看其形

紫貂白馬蒼顏者

曾攪中原是殺星

可見當時孫可望名望極高今后人讀之惆悵不止。

劉文秀追孫可望不及，適逢清將李茹春.王平二部截殺楊威部眾，于是揮兵接應楊威殺退清軍，見可望已降清，無奈之下退兵回黔。收拾殘局，招撫軍民整頓孫可望部眾舊將，對安定貴州起到了很大作用，共有兵馬三萬余，且多數能征善戰部將在水之戰中損失不大。

永歷十－年冬，晉王在滇著手清除孫可望舊部，劉文秀在黔經營貴州，本是南明統－意見，使朝廷強大之機，卻在此時晉王和蜀王之間又爆發危機，永歷朝廷徹底失去了最后一次重震時機。駐守楚雄永昌王自奇.張明志.關有才等人曾聯合孫可望東進攻打昆明，孫可望兵敗降清后，李定國不但不赦罪招降，反而親領大軍大破關有才，張明志部，王自奇兵敗入騰越，[今云南騰沖縣]無路可退被逼自殺，李定國率兵回昆明又逢劉文秀捉住可望死忠張虎，盡被李定國斬殺在昆明，狄三品王會.張光翠等人以黨附可望而降爵，朝廷自此愈不穩。

而更糟失誤還不止于此，劉文秀穩定黔后上書清朝廷，請遷入貴陽，而永歷帝已答應入黔，這時李定國正在永昌處理孫可望舊部事，聞劉文秀上書永歷遷貴陽事，遂以辭表以挾永歷帝，顯然是怕劉文秀招撫了川黔湖廣各路兵馬，乘機坐大。而定國自已親信多在云南，劉文秀凌駕自已之上。而在永歷十二年元旦，撤回了黔湘各路守關一線將領，為后來清軍進攻提供了明守軍－觸即敗良機，并在三月召回劉文秀，晉王李定國雖軍事才能卓越，然而治國不如孫可望，戰略眼光和胸襟不如劉文秀，而劉文秀對時局有著清醒，認識建議永歷遷入黔，是明智之舉曾私下議;“退狼進虎晉王必敗國！”后果驗其言。可見劉文秀其人之才，將晉王比秦王雖有失偏激，然而定國其人也實非治國之人，為將帥才不善治國。

劉文秀早年一直追隨張獻忠，大西國建立后受封為撫南將軍。與孫可望、李定國、艾能奇并稱為四將軍。位列四將軍之三。

至此蜀王劉文秀托病，常不朝軍務皆部將陳建，四月病。永歷帝和晉王親往探視，命御醫調治，然劉文秀心病無解，臥床不起，四月二十五日卒。[史載臨終前劉文秀上遺表云：“北兵日逼國勢日危請入蜀以就十三家之兵臣有窖金一十六萬可以充餉，臣之妻子族屬皆當執鞭弭以從王事，然后出營陜、洛庶幾轉敗為功也！此臣區區之心死而猶視之也]臨死不忘國事并指出晉王應以大局為重，應聯合李自成舊部大順軍共同抗清。

然而后來李定國的動搖不定，和三譚兄弟之變，而打亂了劉文秀戰略方針，南明迅速走向了瓦解。

關于劉文秀上遺表事，還有另一種記載，四川樂至縣舉人鄒簡臣，在永歷朝廷任通政司右通政、贊理蜀王軍務云；“戊戌（永歷十二年順治十五年）春還行在蜀王疾篤表奏十二事頗言內閣馬吉翔之勸上收大權，用正人尋卒定國、吉翔皆知為公筆心銜之”見光《樂至縣志》卷十四人物宿士敏《鄒公易齋傳》。

正當劉之秀病危之際，五月清軍已戰領貴州大部，其清將李國翰已病死。由于李定國在南明內部整頓，使清軍幾乎沒有大戰就攻下了貴州大部分地區，進而緊逼昆明。八月到九月間南明也曾試圖進行局部反攻，收復了黔中數縣，然而清三路大軍已得在貴陽會合，南明兩次攻打貴陽都以失敗告終。李定國不得不回兵云南。

另一路清軍，已攻占了鎮寧南明巡撫冷孟飪兵敗戰死，重慶守將杜子香不戰而逃，劉鎮囯部兵敗，明將郭李愛等人率部眾五千余人降清，吳三桂在開州[今貴州開陽]大敗總兵楊武部，后返駐遵義一面休養兵馬，一面招降南明官員。先后來歸有水西宣慰司安坤、西陽宣慰司冉奇鑣、藺州宣慰司奢保受、興寧伯王興及部下七千余人.

此時云南已是重兵壓境，是去是留卻一直猶豫不決。各部明守將已無心戀戰，各處敗逃消息傳來，人心浮動軍心動搖，許多人逃投清軍，危機四伏。只有白文選部仍在七星關，[今畢節七星山]憑險據守。已經是孤軍奮戰了。

吳三桂見七星關易守難攻，便命人抄小路從后包抄，日夜攻打白文選部拼死抵抗，不料洪承疇，卓布泰等已領清軍斷文選入滇之路，白文選見南明余部多敗，遂領殘部向滇中撤去，其兵馬不足二萬，七星關的失首，標志著南明的勢力基本全部退出貴州，全境被清軍占領。

永歷十三年春南明朝內部就撤向四川，還是退向云南西部而產生分岐，晉王領兵前出曲靖迎敵，然而各部軍心渙散消極避戰，在貴州雞公嶺一戰，晉王李定國家小盡陷，長子，長媳【鄭成功侄女】及其妻族人多陣亡。

而此時李定國，打算執行劉文秀生前定下方針，派出太監五人到李來享部聯絡，然而朝廷內各部官員就遷入川還是遷入滇西吵個不停，以大學士馬吉翔，國舅王維恭等人為代表的一派，不愿撤往四川，而是朝云南西部，永昌，騰越撤去，認為不得以可以進緬甸境，因為明代歷代皇帝，都和緬甸交好又有瀾滄江，怒江可守，況大理原是黔國公沐天波經營多年基地，可以抵抗清軍。因此這一派官員堅持西遷。

此時晉王李定國，并不同意向滇西。就整個時局發展進川是上策，川中地肥田沃人眾多，又有大西軍政權曾在四川活動多年，進則可攻退則可守，背靠深山北出陜絡，是戰略要地，因此如向川進軍南明尚有一線生機，時譚家兄弟，以及李自成之子李來享仍盤踞，重慶，湖北部分地區。

然歷史往往是由細節來改寫某一次偶然就會不經意改變。重慶戰局改變了南明王朝走向，眾多抗清軍隊圍攻重慶將破城，清軍各路救援人馬尚未到來之際，改變局面時機終于來了，可是機會同時也稍縱即去，南明沒抓住這次機會，自然把機會留給清軍了。

在南明朝廷和李定國聯糸下忠州.萬縣、梁山地區涪侯譚文、仁壽侯譚詣、新津侯譚弘（即所謂“三譚”）與駐守巫山、興山一帶原大順軍余部袁宗第、劉體純、李來亨、馬騰云、塔天寶等，抽調兵將十六營乘船溯流而上川東，各明軍將領知形勢緊急，都同意出兵反攻重慶1658年（順治十五年永歷十二年）七月三譚和劉體純等部明軍曾一度進攻重慶，清吳三桂帶領軍隊當時正推進至遵義（明代遵義屬四川省清朝劃歸貴]。重慶很快將攻下，若打下重慶，清廷必會減輕對滇南明軍進攻，南明政權正好入川。

這時仁壽侯譚詣有心降清，就命人刺殺了譚文，和新津侯潭弘，約清軍里應外合，夾擊攻打重慶的南明軍及大順軍各部。于是，清守軍也同時殺出各部明軍大敗，各路人馬紛紛敗散。

晉王在曲靖聽得急報，聞永歷帝已改變主意撤向滇西，無奈之下唯有同意撤向滇西！開始了逃亡之路。