不管基于何種原因，只要企業調整了戰略，就必須調整企業的組織結構來予以配合。

2009年神州數碼宣布組織結構調整，按照行業客戶、企業客戶、中小企業及個人消費用戶將旗下業務拆分為六大戰略本部。

原本主要針對中小企業及個人消費用戶的海量分銷業務細分為三個戰略本部：商用戰略本部、消費戰略本部和供應鏈服務戰略本部。其中商用戰略本部主要面向中小企業，提供產品及解決方案；消費戰略本部側重消費類IT產品的分銷與銷售；供應鏈服務戰略本部作為前兩者的后勤部門，主要負責供應鏈物流管理。

原本主要針對企業客戶提供服務器、存儲等增值分銷業務，并入負責網絡設備銷售的神州數碼網絡公司后，成立新的系統科技戰略本部。定位為為國內企業級客戶提供業界先進的產品解決方案與增值服務。

原本主要針對行業的IT服務業務，被拆分為軟件服務戰略本部和集成服務戰略本部，其中軟件戰略本部主要提供軟件產品，集成服務戰略本部更側重硬件，提供端到端的IT基礎設施服務。

神州數碼稱，此次調整是依照客戶需求劃分業務結構。在未來市場中，將關注八類業務模式，包括零售、分銷、硬件安裝、硬件基礎設施服務及維保、應用集成、應用開發、IT規劃和流程外包等，并依此構建業務組織結構，形成六大戰略本部（簡稱SBU），以滿足客戶的全方位需求。

神州數碼此次組織結構調整是對公司“以客戶為中心、以服務為導向”戰略轉型的一個重要組成部分。此前，神州數碼董事長兼總裁郭為在2007年制定了向服務轉型的戰略，他認為此次架構調整即為上述戰略的延續。

自2000年從聯想控股集團分拆出來以后，神州數碼重組整合的動作就一直沒有間斷。2006年，為配合公司的新戰略，郭為對神州數碼進行內部整頓，建立四大虛擬子公司，子公司各自開始向服務轉型。之后又根據業務的不同將公司分為三個虛擬架構，分別是負責海量分銷的神州數碼科技發展公司、負責增值分銷的神州數碼系統科技公司和負責IT服務的神州數碼信息技術服務公司。