深圳先進院吸收國際先進新型科研機構的管理方案和科研體系，采取理事會下的院長負責制，建立了以市場需求為導向的組織架構，充分激發了機構活力，形成了開放包容、敢想敢干的創新文化。該院根據國家和深圳發展的不同需求，在高端醫療器械、腦科學、合成生物學、生物醫藥、機器人、新能源與新材料、大數據與智慧城市等科研領域充分布局，還根據實際情況突出學科間的交叉，強化了集成創新與協同創新的科研機制。不但為原始創新策源、關鍵技術突破、高水平人才培育、科技成果高效轉化的聚變反應提供了內核動力，還探索了全過程創新生態鏈的新科研范式，為國內蓬勃發展中的新型科研機構提供“深圳經驗”和“深圳模式”。