講述了訓練家阿澈在離開故鄉十年后，因一封來自卡洛斯地區的緊急信件重返枯葉鎮的故事。十年前，他曾是鎮上最有天賦的少年訓練家，與搭檔噴火龍并肩作戰，贏得無數榮耀，卻在卡洛斯聯盟決賽前夕不告而別，留下噴火龍獨自面對未知的困境。歸來的阿澈，帶著滿身歲月的痕跡和未解的心結，重逢了昔日的伙伴噴火龍。然而，久別重逢并未迎來溫情，噴火龍因當年的不告而別心存芥蒂，甚至一度對他充滿敵意。與此同時，一場圍繞“mega進化”研究的陰謀逐漸浮出水面——大木博士研究所失竊，神秘的“暴走進化石”出現，曾在卡洛斯地區引發混亂的勢力悄然蔓延至枯葉鎮。阿澈與噴火龍必須放下過往的隔閡，重新建立信任，攜手面對來自暗處的威脅。他們在枯葉鎮的街巷、道館、港口，乃至周邊的無人島、火山地帶展開調查與戰斗，不僅要對抗利用寶可夢進行非法實驗的敵人，還要解開爺爺與“mega進化”研究之間的秘密，守護所有寶可夢的未來。故事中，既有阿澈與噴火龍從疏離到重新羈絆的細膩情感，也有緊張刺激的寶可夢對戰，更穿插著對故鄉的眷戀、對過往的救贖與對責任的擔當，在熟悉的寶可夢世界里，譜寫了一段關于歸來、成長與守護的熱血篇章。