一份刊登著《瓜分中國圖》的《知新報》，觸目驚心地展現在魯迅眼前。據說，當時西方列強準備麇集南京，商討如何瓜分中國。日本報紙推波助瀾，公然登出這張妄圖宰割中國的草圖，連同《討清國檄》，將其譯成英、俄、德、法幾種文字，大肆鼓噪。維新派人士主編的《知新報》獲悉這一動態，便在一八九八年三月十二日譯載了這張“瓜分圖”，以警醒國人。編者在按語中大聲疾呼：“火及衽席，主者猶鼾睡未覺，其謂之何？爰亟譯刊報內，以當當頭之棒，凡我同類，其能無恫歟？”

當時，我們廣袤美麗而又災難深重的祖國，的確已經處于“火及衽席”的險境了。一八九四年，清朝在甲午戰爭中慘敗。清王朝派李鴻章跟日本簽訂了前所未有的亡國條約——《馬關條約》。洋務派經營了近三十年的“新政”徹底破產。此后，西方列強掀起了瓜分中國的狂潮。就連蕭疏荒涼的古城紹興，也聳立起洋教堂的尖頂。面對四境虎眈、神州破碎的危急形勢，青年愛國者魯迅憂心如焚。他不愿走讀書應試的“正路”，也不愿像破落戶子弟那樣去做幕友或學經商，而決心“走異路，逃異地，去尋求別樣的人們”。

一八九八年五月一日，魯迅攜帶了一只網籃，一個鋪蓋卷，以及僅有的八元川資，告別了垂淚相送的母親，到南京去投考無需學費的學校。此后，他為自己取了一個別名——“戎馬書生”，意思是騎著戰馬的讀書人。這個別名，形象而準確地反映了魯迅把讀書與戰斗緊密結合的精神風貌。

魯迅到南京，首先進入的是坐落在儀風門和挹江門之間的江南水師學堂。學堂除負擔學生膳宿、衣靴、書籍、儀器一應費用之外，每月還津貼零用錢，被稱作“贍銀”。魯迅的一位長輩周椒生在這里擔任漢文教習，兼任輪機科的舍監。這位每天清晨都要跪誦《金剛經》《太上感應篇》的守舊派，覺得本家子弟進學堂“當兵”是一件極不光彩的事情，不宜使用家譜上的本名，便取“百年樹人”的典故，將魯迅的原名周樟壽改為周樹人。魯迅后來就一直沿用了這個名字。

魯迅到南京一個月后，發生了曇花一現的“戊戌變法”。這場以康有為、梁啟超為代表的改良運動只有一百零三天的壽命，被稱為“百日維新”。“戊戌變法”的那些措施，在今天看來雖然是微不足道的，但當時變法詔書一道道傳來的時候，卻震撼過不少先進的中國人的心靈，使他們打開了眼界。在“戊戌變法”的高潮中，江南水師學堂的痼疾暴露得更加明顯。這所號稱洋務派興辦的學堂，由于淹死了一個學生，居然填平游泳池，蓋起了關帝廟。夏歷中元節，還特意請來紅鼻子的胖大和尚誦經施食，超度怨鬼的亡靈。漢文課上作的是《咬得菜根則百事可做論》一類的爛古文。擺出學者勢派的職員卻將“釗”讀成“鈞”，以表白自己的不識字。更為森嚴可怖的是，大堂上陳列著“令箭”，學生觸犯了“軍令”，還有被懲處的可能。魯迅和其他一些同學因為嘲笑那位白字職員，兩天之內被接連記了兩小過兩大過，再記一小過，就要被開除。這個烏煙瘴氣的學堂，魯迅再也待不下去了，便于這年十月轉學投考了南京江南陸師學堂附設的礦路學堂。

礦路學堂其實也是洋務運動的產物，辦學的目的據說是開采南京城東南的青龍山煤礦。由于學校開設了格致、地學、金石學等課程，魯迅第一次比較系統地接觸到了西方的現代自然科學，這對于形成他前期的唯物主義自然觀起了積極的作用。入學第二年，俞明震接任江南陸師學堂總辦。這是一個坐在馬車上閱讀《時務報》的新黨，考漢文時出的是《華盛頓論》一類的作文試題。學堂設立了閱報處，除陳列《時務報》外，還有留日學生創辦的《譯書匯編》，上面分期譯載東西方各國政治法律著作，如盧梭的《民約論》，孟德斯鳩的《萬法精理》等，這使魯迅又接觸了西方啟蒙思潮。魯迅在這所學堂求學期間，是全班二十四名同學中年齡最小的一個，也是唯一獲得金質獎章的一個。不過，魯迅并不仰慕虛榮。他得到獎章之后，就立即變賣，除買書籍之外，還買了些點心，請同學們大嚼一通。課余，他特別喜歡騎馬，曾揚鞭策馬憑吊位于南京城東隅的明朝皇城遺址，向當時駐守在那里的清朝八旗士兵示威，表現出藐視清王朝的民族主義思想。魯迅在生活上十分儉樸，冬天仍穿夾褲，棉袍的兩肩已經沒有一點棉花。為了御寒，他只得多吃辣椒，以至成了嗜好。

在礦路學堂讀書時，由于看新書的風氣很盛，魯迅還知道了有一部叫《天演論》的書。一個星期天，他特意跑到城南夫子廟一帶舊書肆，花五百文買來了這部白紙石印的厚書。這本《天演論》原名《進化論與倫理學》，是十九世紀英國自然科學家赫胥黎的著作。但是，近代啟蒙思想家嚴復將它介紹到中國時，卻是從自己的理解和維新的要求出發，有所增刪，有所發揮。書中特別強調了“物競天擇，適者生存”的論點：“物競者，物爭自存也。天擇者，存其宜種也。”嚴復認為，生物界這種“物競天擇”的規律，對于人類社會同樣適用。因此，中國要想自立于世界民族之林，就必須以“與天爭勝”的精神變法維新。在義和團運動遭到八國聯軍野蠻鎮壓，《辛丑條約》的巨大吸血管又插進我們祖國母親肌膚的日子里，魯迅讀到《天演論》，就更加驚怵于亡國滅種的危險，更加堅定了民族民主革命的政治立場。書中關于發展變化的觀點，又使魯迅感到了斗爭的意義，增強了前進的信心，初步形成了他前期的“將來必勝于過去，青年必勝于老人”的社會發展觀。畢業前夕，魯迅還曾到青龍山煤礦實習，接觸了中國第一代產業工人，看到他們在積水半尺深的礦洞里鬼一般工作著，他愈加感到人民生活的痛苦和洋務派的腐敗無能。

紫金山上月圓月缺，石頭城畔潮落潮生。魯迅不覺在南京度過了近四年的時光。一九〇二年一月二十七日，魯迅以一等第三名的成績獲得礦路學堂的畢業執照；同年三月二十四日，被兩江總督派赴通過“明治維新”取得了成效的日本留學。同窗好友懷著依戀和欽慕之情為魯迅送行。有一首贈別詩集中表達了他們對魯迅的殷切期望：

英雄大志總難侔，夸向東瀛作遠游。

極目中原深暮色，回天責任在君流。