五四運動之目的既達，北京各校的秩序均恢復，獨北大因校長辭職問題又起了多少糾紛。政府曾一度任命胡次珊君繼任，而為學生所反對，不能到校，各方面都要我復職。我離校時本預定決不回去，不但為校務的困難，實因校務以外，常常有許多不相干的纏繞，度一種勞而無功的生活，所以啟事上有“殺君馬者道旁兒，民亦勞止，汔可小休。我欲小休矣！”等語。但是隔了幾個月，校中糾紛，仍在非我回校不能解決的狀態，我不得已乃允回校?；匦Ｒ郧?，先發表一文，告北大學生及全國學生聯合會，告以學生救國，重在專研學術，不可常為救國運動而犧牲。到校后，在全體學生歡迎會上演說，說明德國大學學長、校長均每年一換，由教授會公舉，校長且由神學、醫學、法學、哲學四科之教授輪值，從未生過糾紛，完全是“教授治?！钡某煽?。北大此后亦當組成健全的教授會，使學校絕不因校長一人的去留而起恐慌。
那時候蔣夢麟君已允來北大共事，請他通盤計劃，設立教務、總務兩處，及聘任財務等委員會，均以教授為委員。請蔣君任總務長，而顧孟余君任教務長。
北大關于文學、哲學等學系，本來有若干基本委員，自從胡適之君到校后，聲應氣求，又引進了多數的同志，所以興會較高一點。預定的自然科學、社會科學、文學、國學四科研究所，只有國學研究所先辦起來了。在自然科學與社會科學方面，比較困難一點。自一九二〇年起，自然科學諸系請到了丁巽甫、顏任光、李潤章諸君主持物理系，李仲揆君主持地質系；化學系本有王撫五、陳聘丞、丁庶為諸君，而這時候又增聘譚仲逵君。于是整理各系的實驗室與圖書室，使學生在教員指導之下切實用功。改造第二院禮堂與庭園，使合于講演之用。在社會科學方面，請到王雪艇、周鯁生、皮皓白諸君。一面誠意指導，提起學生好學的精神；一面廣購圖書雜志，給學生以自由考察的工具。丁巽甫君以物理教授兼預科主任，提高預科程度。于是，北大始達到各系平均發展的境界。
我是素來主張男女平等的。一九二〇年，有女學生要求進校，以考期已過，姑錄為旁聽生。及暑假招考，就正式招收女生。有人問我：“兼收女生是新法，為什么不先請教育部核準？”我說：“教育部的大學法令，并沒有專收男生的規定，從前女生不來要求，所以沒有女生，現在女生來要求，而程度又夠得上大學，就沒有拒絕的理由。”這是男女同校的開始，后來各大學都兼收女生了。
我實佩服章實齋先生的，那時候國史館附設在北大，我訂了一個計劃，分征集纂輯股。纂輯股又分通史、民國史兩類，均從長編入手，并編歷史辭典。聘屠敬山、張蔚西、薛閬仙、童亦韓、徐貽孫諸君，分任征集編纂等務。后來政府忽又有國史館獨立之一案，別行組織，于是張君所編的民國史，薛、童、徐諸君所編的辭典，均因篇幅無多，視同廢紙。只有屠君在館中仍編他的蒙兀兒史，躬身保存，沒有散失。
我本來很注意于美育的，北大有美術史教課，除中國美術史由葉浩吾君講授外，沒有人肯講美學。一九二一年，我講了十余次，因足疾進醫院停止。至于美育的設備，曾設書法研究會，請沈尹默、馬叔平諸君主持；設書畫研究會，請賀履之、湯定之諸君教授國畫，比國楷次君教授油畫；設音樂研究會，請蕭友梅諸君主持；均聽學生自由選習。
我在愛國學社時，曾斷發而習兵操，對于北大學生之愿受軍事訓練，常特別助成，曾集這些學生編成學生軍，聘白雄遠君任教練之責，亦請蔣百里、黃膺白諸君到場演講。白君勤懇而有恒，歷十年如一日，實為難得的軍人。
我在一九二〇年冬曾往歐美考察高等教育狀況，歷一年回來，這時校長的任務由總務長蔣君代理?；貒?，看北京政府的情形日壞一日，我處在與政府常有接觸的地位，日想脫離。一九二二年冬，財政總長羅鈞任君忽以金佛郎問題被逮。釋放后，又因教育總長彭允彝君提議，重復收禁。我對彭君此舉，在公議上，是蹂躪人權、獻媚軍閥的勾當；在私情上，羅君是我在北大的同事，而且于考察教育時，為最密切的同伴，他的操守為我所深信，不免大抱不平。與湯爾和、邵飄萍、蔣夢麟諸君會商，均認有表示的必要。我于是一面遞辭呈，一面離京。隔了幾月，賄選總統的布置漸漸實現，而要求我回校的代表還是不絕，我遂于一九二三年七月間重往歐洲，表示決心。至一九二六年，始回國，那時京津間適有戰爭，不能回校一看。一九二七年，國府成立，我在大學院試行大學區制，以北大劃入北平大學區范圍，于是我的北京大學校長的名義始得取消。
綜計我居北京大學校長的名義，十年有半，而實際在校辦事，不過五年有半。一經回憶，不勝惶悚。
【三、我在教育界的經驗】
我自六歲至十七歲，均受教育于私塾，而十八歲至十九歲，即充塾師（一八八四年及一八八五年），二十八歲又在李莼客先生京寓中充塾師半年（一八九四年），所教的學生，自六歲至二十余歲不等。教課是練習國文，并沒有數學與其他科學。教國文的方法，有兩件是與現在的教授法相近的：一是對課，二是作八股文。對課與現在的造句法相近，大約由一字到四字，先生出上聯，學生想出下聯來。不但名詞要對名詞，靜詞要對靜詞，動詞要對動詞，而且每一種詞里面，又要取其品性相近的。例如先生出一山字是名詞，就要用海字或水字來對他，因為都是地理的名詞。又如出桃紅二字，就要用柳綠或薇紫等詞來對他，第一字都用植物的名詞，第二字都用顏色的靜詞，別的可以類推。這一種功課，不但是作文的開始，也是作詩的基礎。所以對到四字課的時候，先生還要用圈發的法子指示平仄的相對，平聲字在左下角，上聲在左上角，去聲右上角，入聲右下角。學生作對子時，最好用平聲對仄聲，仄聲對平聲（仄聲包上、去、入三聲）。等到四字對作得合格了，就可以學五言詩，不要再作對子了。
八股文的作法，先作破題，止兩句，把題目的大意說一說；破題作得合格了，乃試作承題，約四五句；承題作得合格了，乃試作起講，大約十余句；起講作得合格了，乃試全篇。全篇的作法，是起講后先作領題，其后分作八股（六股亦可），每兩股都是相對的，最后作一結論。由簡而繁，確是一種學作文的方法。但起講、承題、破題都是作全篇的雛形，那時候作承題時仍有破題，作起講時仍有破題、承題，作全篇時仍有破題、承題、起講，實在是重床疊架了。
我三十二歲（一八九八年）九月間自北京回紹興，任中西學堂監督，這是我服務于新式學校的開始。這個學堂是用紹興公款設立的，依學生程度分三齋，略如今日高小、初中、高中的一年級。今之北京大學校長蔣夢麟君、北大地質學教授王烈君，都是那時候第一齋的小學生，而現任中央研究院秘書的馬禩光君、任浙江教育廳科員的沈光烈君，均是那時候第三齋的高才生。外國語原有英、法二種，我到校后又增日本文。教員中授哲學、文學、史學的有馬湄純、薛閬軒、馬水臣諸君，授數學及理科的有杜亞泉、壽孝天諸君，主持訓育的有胡鐘生君，在當時的紹興可為極一時之選。但教員中頗有新舊派別，新一點的篤信進化論，對于舊日尊君卑民、重男輕女的舊習隨時有所糾正，舊一點的不以為然。后來舊的運動校董，出而干涉，我遂辭職（一八九九年）。
我三十五歲（一九〇一年）任南洋公學特班教習，那時候南洋公學還只有小學、中學的學生，因沈子培監督之提議，招特班生四十人，都是擅長古文的。擬授以外國語及經世之學，備將來經濟特科之選。我充教授，而江西趙仲宜君、浙江王星垣君，相繼為學監。學生自由讀書，寫日記送我批改。學生除在中學插班，習英文外，有學習日本文的，我不能說日語，但能看書，即用我的看書法教他們，他們就試譯書。每月課文一次，也由我評改。四十人中以邵聞泰（今名力子）、洪允祥、王世徵、胡仁源、殷祖同、謝沈（今名無量）、李叔同（今出家，號弘一）、黃炎培、項驤、貝壽同諸君為高才生。
我三十六歲（一九〇二年），南洋公學學生全體退學，其一部分借中國教育會之助，自組愛國學社，我亦離公學為學社教員。那時候同任教員的吳稚暉、章太炎諸君，都喜言革命，并在張園開演說會，凡是來會演說的人，都是講“排滿”革命的。我在南洋公學時，所評改之日記及月課，本已傾向于民權、女權的提倡，及到學社，受激烈環境的影響，遂亦公言革命無所忌。何海樵君自東京來，介紹我宣誓入同盟會，又介紹我入一學習炸彈制造的小組（此小組本止六人，海樵與楊篤生、蘇鳳初諸君均在內）。那時候學社中師生的界限很寬，程度較高的學生一方面受教，一方面即任低級生的教員。教員熱心的，一方面授課，一方面與學生同受軍事訓練。社中軍事訓練初由何海樵、山漁昆弟擔任，后來南京陸師學堂退學生來社，他們的領袖章行嚴、林力山二君助何君。我亦斷發短裝與諸社員同練步伐，至我離學社始已。
愛國學社未成立以前，我與蔣觀云、烏目山僧、林少泉（后改名白水）、陳夢坡、吳彥復諸君組織一女學，命名“愛國”。初由蔣君管理，蔣君游日本，我管理。初辦時，學生很少，愛國學社成立后，社員家中的婦女均進愛國女學，學生驟增。盡義務的教員，在數理方面有王小徐、嚴練如、鐘憲鬯、虞和欽諸君，在文史方面有葉浩吾、蔣竹莊諸君。一年后，我離愛國女學。