1899年3月28日，即康有為離開日本不久，梁啟超寫信給謝瓚泰，表示贊成聯合與合作。4月23日，楊衢云寫信告訴謝瓚泰：“康有為黨的成員同意聯合與合作，日本朋友和支持者亦曾勸告兩黨聯合起來。”6月間（農歷四月廿八），經馮鏡如介紹，楊衢云和梁啟超在橫濱會面，雙方約定目前雖還不能合作，但承諾繼續做好各自黨的工作。楊衢云給謝瓚泰寫信，“謂梁不愿早事聯合，只言各宜先向自黨運動，以待時機。要之康黨素來夜郎自大，常卑視留學生及吾黨，且欲使吾黨仰其鼻息。究其實學，尚遠不如胡禮垣著之《新政安衡》。此種人非真正愛國者，與之合作，實為有害無利云云。”謝瓚泰多年來對于運動兩黨聯合之事極為熱心，聽了楊的這一番話，從此也“意氣蕭索，知難而退”。[54]
三、新加坡事件：康孫合作終成空
孫中山并非不知道康有為的保皇立場，但直到1900年他仍沒有放棄與康有為合作的最后希望，與維新派的接觸更是從未斷過。1899年3月2日，孫中山給宮崎復信：“兄果知其人誠實，可請于明日午后五時來見可也。”4月1日他又復宮崎信：“某君前日來見時，弟已應言盡言，倘能如弟言去辦，則于中國前途大有補益也。余則非弟力所能及，似可毋容再見。”“某”與前面的“其人”是否同一人不知，但可確定是“維新派”的。[55]
1900年3月29日，梁啟超寫信給孫中山，勸他接受“借勤王以興民政”的策略，“我輩握手共入中原”。孫中山決定到新加坡與宗旨迥然不同的康有為商談合作事宜不是偶然的。當時，謝瓚泰寫信給孫中山，“為了防止各黨派領導間的自私競爭與妒忌”，特別推舉容閎“為維新聯合黨派的主席”。1900年4月底，楊衢云到日本與孫中山協商，6月，孫中山計劃到新加坡與康有為商談，舉容閎為聯合黨派主席應在議程之中。盡管謝瓚泰的提議既有針對康有為等人阻撓合作，又含有報復楊衢云與孫中山爭奪興中會會長失勢之意，但孫中山表示贊同，這從他在新加坡的談話也可以看出。
1900年6月上旬，孫中山在《離橫濱前的談話》中說：“清政府在康有為公開致力于種種運動或采取恐嚇政府的手段之際，對他的黨派抱有嚴重警惕，并因而對我們黨派的注意逐漸放松，這在某種程度上正是我黨的幸事”。[56]六、七月間，他在給平山周的信中說：“如足下于說合之事無成則已矣，由他自行其是，吾行吾人之事可也。”[57]但他沒有放棄對康有為的爭取，7月10日他在新加坡《與斯韋頓漢等的談話》中說：
“我想要會見康有為，就當前中國的問題征詢他的意見，并向他提出我的勸告。不錯，我志在驅逐滿洲人，而他支持年青的皇帝。我希望與他磋商，為我們在共同路線上的聯合行動作出安排……
我想，大概除了康黨以外，都能夠結成一體。我們擔心中國被分割。我們當中的一些人力主行動；如果無所作為，他們將會倒向另一方。我認為康指控宮崎和青藤是犯了嚴重錯誤。當康等與我來往時，他們的行動便是不尋常的。皇太后懸賞十萬兩購緝康的頭顱，他那頭顱的價值三倍于我。中國政府派人處處監視我的行動，我來這里的目的在于會見康，并增加我的中國追隨者。”[58]
日本方面很關注孫、康合作，到1900年7月，犬養毅和平岡浩太郎還派內田良平考察過兩派態勢。曾迎接康有為到日本的宮崎滔天認為自己于康有恩，聽說康到了新加坡，愿意先行去游說，促使他拋棄保皇主義，爭取他與孫中山合作。
經孫中山同意，6月29日宮崎和青藤幸七郎等到新加坡，先見了支持維新的當地富商邱菽園，提出要見康有為。香港的康門弟子道聽途說宮崎到廣州見過劉學詢，懷疑其與李鴻章有什么密謀，就電告康有為，宮崎奉李鴻章之命到南洋行刺，請其慎防。康將這一信息告訴了新加坡的英國殖民官。所以宮崎他們到新加坡幾天后被警察逮捕入獄。此前1898年11月、12月，慈禧太后確曾下達密旨除掉康有為，劉學詢、慶寬等就是執行人，甚至企圖利用孫中山誘捕康有為，“法用誘用擄，活上斃次”，不過孫中山對此并沒有回應。[59]
1900年7月1日，康有為派弟子來見宮崎，表示面談不便。不料7月6日，宮崎他們竟以謀刺罪下獄。孫中山在越南聽說此事，7月9日趕到新加坡展開營救，親訪英國總督說明緣由，才使他們獲釋。他第二天接受英國殖民官員斯韋頓漢、科利爾、埃杰頓三人訪問時發表的談話，斯韋頓漢有記錄，并上呈英國外交部，原件至今還保存在倫敦的國家檔案局。
對此，康有為在1900年8月11日給女兒康同薇的信中是這樣說的：“日人之事，系發難于林君，此事于日本邦交有礙，故我欲忍之，而林驟告督。遂為大案。然無如何，又不敢言其非，恐得罪林及英官也。其人為宮崎，誠是戊戌九月與我返日本者（并未住其家，又非送至美洲）。但伊不合與孫同行，且替孫辦事。日本有兩電五信言其謀害也。彼黨既亂攻，當另函使人駁之。孫既為港所阻，其黨人往見者，港督皆影相，并禁不得言。孫文無錢給人，故皆散。英官又使人責日本人，日人亦散歸東，聞孫亦散回東也。其黨人因影相，又不能上城，孫從此辦事甚難，東人亦將散心，但攻我則不免耳。汝可與港督書，或面見督夫人，告以孫往坡謀害，賴坡督保護得免，今坡督特親同我入新埠，在其督署住，供應飲食，一切招呼，吾感激至極。惟孫黨多在港，不無串同其黨人多方攻擊，日散謠言，將來必至造生事端，甚至謂我攻英國，或且謂我遍攻各國者，望總督及各官切勿聽之，看其如何回話，我再與信港督。”
信后還有康有為的批語：“（康批）此信述孫文與日人宮崎寅藏行刺事大案，宜永保存。”[60]
從信中內容來看，一是為自己辯解，二不無幸災樂禍之意。“林君”即林文慶是新加坡著名華僑，邱菽園的好友，《天南新報》英文總校。1900年7月6日，康有為函告柏原文太郎，他接到宮崎寅藏的來信后，次日就向英國殖民當局申請返回新加坡與宮崎會晤，不料日本某僧密告林文慶，見到數封來電，文中都有康有為、邱菽園的名字，這時又有人聞訊刺殺康有為可得賞金數十萬，林一概告訴了邱菽園。邱又得到電報，稱孫文欲圖大舉，為籌款來新加坡，恐生異變，宜加慎防。林文慶聞之大驚，就報告了新加坡總督，請求密查。總督大怒，決意查辦。
此外，林告訴了朋友，《天南新報》翻譯陳德遜，陳轉告日本人，被宮崎得知，寫信給康有為，懷疑他故意避而不見。這一天，康有為剛好回到新加坡，聞訊大驚，告訴林文慶，宮崎是日本志士豪杰，與他自己舊交，請轉告總督中止查辦，否則無面目再見日本故交。經康有為再三請求，林文慶才同意了。康又轉托當地警官請求中止查辦，但遭到拒絕。[61]由此看來，康有為信中所述基本屬實。
8月12日，康有為又給女兒康同薇一信：“至北中之變，乃天助我，上有天命，必能保全，惟孫假我名，至為大礙，可慮。來此鬧成一大案，因我拒之，致失日人心，事出于無可如何，然益明我與彼之不相合也。吾黨布置甚密，可勿念。”[62]
宮崎回憶，他們一行一到新加坡就有人告訴他，最近有傳聞“有刺客已從日本出發到此地來刺康”。康派中間有人懷疑他們就是刺客。第二天，康門弟子湯覺頓來訪，交給他一封信，是康有為寫給邱菽園的：“滔天先生是我的恩人。據聞今來此地，極思一見。乃立即請求政府辦理會見手續。但如你所知，政府保護過嚴，幾如處于獄中，能否相見，尚難預料。倘不幸不得相見，請代我饋贈百金，以作程儀。滔天先生若有要事與我磋商，門生湯某可代為領教，然后轉達于余。湯生為我親信，任何秘密，均可直言。”[63]
實際上是康拒見，宮崎拒絕贈金，并給康有為直接寫了一封信。當地警察拘捕他們后，訊問內容主是有三條：一、來新加坡的目的；二、和康有為的關系；三到此后欲和康會晤采取的手續。甚至被問及：“你是不是受中國守舊派的委托，想要暗殺改良派的首領？”[64]他們關押5天后被驅逐出境（附加5年不得入境）。
在親身領教了康有為的“狹隘”“疑懼”之后，從此，日本志士認為康有為是“無情漢”，不再倡導孫、康合作，兩派更無合作之望。
不久，當自立軍事敗，清廷大捕康黨，一時草木皆兵，康有為在香港的家人也處于惶恐不安之中。8月后，康有為寫信給康同薇安慰家人：“港督于黨人斷無聽中國官捕拿之理，可安慰諸親，按公法以國事犯例當保護，最大亦不過令之出境，無聽拿之理。孫文在英，可見我能為保，斷斷無事，忽恐也。”[65]
孫中山與康有為之間有分歧、有不同的選擇，但也不是沒有任何合作的基礎，他們都是政治流亡者，都與慈禧太后主宰的政權相對立。（在庚子勤王運動發生后，清廷方面聲稱：“目前據各領事言，從前謂康、梁為志士，今已知康、梁為匪徒，各國斷不幫助庇護”。[66]）
張之洞也把康有為與孫中山并列。1900年9月13日，《張之洞于蔭霖奏擒誅自立會匪頭目分別查拿解散折》有這樣的話：“聽說康有為、孫汶派人會合大刀會，孫汶已到山東。”[67]10月3日，《張之洞于蔭霖摘敘兩湖自立會匪緊要情節告示》中也說，據湖南拿獲的會黨頭目李英等供述，“聽說康有為、孫汶派人會合大刀會，孫汶已到山東。此事是康有為為總，康有為以唐才常為總，各糧臺之錢，均是康有為接濟”。[68]都是將康有為與孫中山一視同仁。
有這些因素，所以盡管發生了宮崎等新加坡入獄事件，但直至惠州起義前夕，孫中山還試圖爭取澳門保皇會總局的支持、配合。1900年10月，康有為在《駁后黨張之洞于蔭霖偽示》中也說：“今日即孫文議論，亦不過攻滿洲，而未嘗攻皇上”。[69]不過他還是在這篇文章中把自己和孫中山劃清了界線，并承認自己在新加坡拒見宮崎等：
“一、偽示謂‘聽說康有為、孫文派人會合大刀會，孫文已到山東，此事是康有為為總’等語。
查六月時，孫文與日本三名宮崎、青藤、內田等來坡行刺康有為，康有為拒之不見；事泄，新加坡英總督拿辦宮崎下獄，孫文幸而得放，不準到坡。此事詳于各報，各埠紛紛致電問康有為安。蓋康有為為保皇之魁，孫文為攻滿洲之魁，故成反對。至于行刺，與今年正月偽上諭出十萬金令人行刺康有為同。夫孫文之仇康有為如此，亦與張之洞有同心矣。今乃比而稱之，謂其派人會合大刀會，豈康有為今不畏行刺，而肯與孫文同謀耶？六月至今八月，幾時舉事？在新加坡與孫文已絕，何能同謀，不待辯矣。
聞康有為自到日本，新坡皆絕孫，故孫文深恨。今張之洞畏康有為保皇上也，天下皆信之，欲攻無法，故思得孫文而捏入之，與孫派并稱，使人疑之，而后可加罪，亦與戊戌八月偽諭謂康有為保中國不保大清同耳。無如孫派行刺之事，新加坡英督有存案，何徒勞張之洞之苦也。
至通大刀會，則孫文不知有否，惟康有為素通新法，又托于英國，大刀會乃守舊而仇西人也，康有為豈肯通之？義和團最惡廣東人，呼為二毛子，殺之甚眾。大刀會與義和團類耳，豈肯通廣東人乎？張之洞為此知大刀會為西人所惡，故誣康有為為通大刀會，以怒西人耳，而孫文既誣，則大刀會之誣可知。”[70]
1900年9月，唐才常弟弟唐才中的供詞中說得更清楚：“……那文廷式于六七月間到長沙，是來辦孫革命黨的事，又名三合會，廣東人最多，約了富有會的張堯卿幫他散票。他們革命黨，與康、梁之保皇會相反，彼此不合，他們久已水火，不能聯成一氣的。”[71]這里大致上透露出社會輿論及各種力量對康、孫同異的認識。康有為拒絕合作，而且發生了新加坡這樣不愉快的事，但孫中山對其他維新派人士包括梁啟超在內依然有信心，所以孫中山才會說“大概除了康黨以外，都能夠結成一體。”1900年春，維新變法的重要支持者文廷式到日本訪孫中山，商談過國事和起義事宜。7、8月間文廷式與會黨要人張堯卿到長沙就是“辦革命黨事”。8月中旬，梁啟超回國路過日本，有可能與孫中山會面過。
1900年8月中旬（當月22日起程回國前），北京被八國聯軍占領著，孫中山在《與橫濱某君的談話》中說：
“在中國的政治改革派的力量中，盡管分成多派，但我相信，今天由于歷史的進展和一些感情因素，照理不致爭執不休，而可設法將各派很好地聯成一體。作為眾望所歸的領袖，當推容閎，他曾任駐美公使，在國內也頗孚人望。此外，對國內的李鴻章等各總督以及康有為一派也應重視，暗中聯絡，這樣料可使政治改革方案得以漸次施行。根據這種考慮，我個人準備從中盡力，故匆匆決定回國。我并不抱任何危險激烈的企圖，而是考慮始終采取溫和的手段和方法。視情況還有最終赴北京的打算。已離神戶前往上海的梁啟超，大概也是抱著類似的想法而成行的。