天京失陷后，李世賢奉幼主到廣德。聽王陳炳文，初與康王汪海洋俱守杭州，至是走江西。扶王陳得才，初屬陳玉成。玉成敗后，自湖北走豫南，入漢中。是年夏間，回救天京，至安徽，聞天京已陷，自殺。世賢尚未知之，勸攻湖州的堵王黃文金，同奉幼主，合海洋、炳文的兵出湖南，北連陳得才。文金必欲破湖州以泄憤。湖州破而清兵大至，文金中炮死。世賢奉幼主入福建，至延平。時汪海洋亦至福建，兩軍相距僅30里。世賢軍為清將席寶田所破，與秀成子榮椿俱走海洋軍求救。幼主隨難民行，誤投敵軍，為清營官蘇元春所得。元春要將他釋放，而事為席寶田所知，將幼主取去，有人對寶田說：“你的禍不遠了，曾國藩奏稱洪氏無遺類，你卻擒獲了幼主，他怎肯和你干休呢？”（陳恭祿《中國近代史》云：李秀成言天王家人皆死，實為免禍之計。左宗棠獲其養子，知其母、妻、幼子，均免于難。見左氏《奏疏》，據聞其子收養于外人，今尚存在）。寶田乃將幼主送交沈葆楨，為其所殺。世賢匿民間，奉秀成母以終。陳炳文為汪海洋所殺，海洋以是年十二月，戰死于廣東嘉應州。石達開自別為一軍后，出沒于安徽、江西、福建之間。太平天國九年（1859），敗于南安，入湖南，又為巡撫駱秉章所敗，入廣西。明年，入廣東，出沒湘粵間。十一年（1861），入四川。清以駱秉章為四川總督御之。達開入貴州，十二年（1862），再入四川，轉入云南。十三年（1863），再自云南入四川。將渡大渡河，為清兵所扼，又賄土司絕其退路。達開對手下的人說：“吾一人自赴敵軍，爾等可免死。”乃張黃蓋，服黃袍，乘白馬，從數人入清軍。至成都，見駱秉章，說：“吾來乞死，兼為士卒請命。”清人磔達開于市，而使諸將圍殲其兵2000余人。

太平天國自起兵至滅亡，前后共歷15年。兵鋒所至之地，共17省（內地18省，惟甘肅一省未到）。但得城多不能守。所恃為根據地的，實止自天京至九江、武漢的一線，及皖南北若干州縣。其后九江、武漢皆失，僅恃安慶與天京相犄角，而皖南北亦日受攻擊，形勢就更危險了。太平軍在軍略上的失策：（一）未能于初起時全軍北上，與清人爭一旦之命。（二）在南方又未立定規模。（三）初起時借長江的便利，未久即下天京，后來水師之利反為清人所有。至其軍隊，初起時確甚優良。廣西軍人，強悍善戰，其紀律頗嚴，并無奸淫殺掠之事，所以人民頗為歡迎。清張德堅撰《賊情匯編》稱“賊至則爭先迎之，官軍至皆罷市。此等情形，比比皆然，而湖北為尤甚”。可見光復軍興時，簞食壺漿的盛況。此時太平軍軍隊未甚多，其首領的驕奢淫逸亦未甚。所破州縣，到處都有蓄積，取之已足敷用。人民亦有自動進貢，以求免禍的，故其財政寬然有余，無事誅求。其后財政漸窘，軍隊中舊兵漸少，脅從漸多，軍紀亦漸壞，擄掠焚殺之事，遂不能免。天國四年（1854），曾國藩奏疏云：“前此官軍有騷擾之名，賊匪有要結之術。百姓不甚怨賊，不甚懼賊，且有甘心從逆者。自今年以來，賊匪往來日密，搶劫日甚。升米尺布，擄掠罄空。焚毀屋廬，擊碎釜缶。百姓無論貧富，恨之刺骨。”軍紀的好壞，影響于民心的向背和士氣的盛衰，這確是天國失敗的一個大原因。