（嘉靖二十九年七月壬子），詔逮巡視浙、福都御史朱紈至京訊鞫，下福建都司都指揮僉事盧鏜、海道副使柯喬獄論死。先是，紈奏海夷佛朗機國人行劫至漳州界，官軍迎擊之于走馬溪，生擒得賊首李光頭等九十六人，已遵便宜斬首訖。章下，兵部請俟核實論功。會御史陳九德疏論紈專殺，濫及無辜；法司覆請遣官會勘，上從之。遂革紈職，命兵科都給事中杜汝禎往。至是，汝禎及御史陳宗夔勘上：『前賊乃滿剌伽國番人，每歲私招沿海無賴之徒往來海中，販鬻番貨；未嘗有僭號流劫之事。二十七年，復至漳州月港、浯嶼等處。各地方官當其入港，既不能羈留人貨，疏聞廟堂；反受其私賂，縱容停泊，使內地奸徒交通無忌。及事機彰露，乃始狼狽追逐，以致各番拒捕殺人，有傷國體。其后諸賊已擒，又不分番民、首從，擅自行誅，使無辜并為魚肉；誠有如九德所言者。紈既身負大罪，反騰疏告捷；而鏜、喬復相與佐成之：法當首論。其冒功坐視諸臣，通判翁燦、指揮李希賢等次之，指揮僉事汪有臨、知府盧璧、參將汪大受又次之。拒捕番人方叔擺等四名，當處死；余佛南波二者等五十一名，當安置。見存通番奸徒，當如律發配、發遣』。于是，兵部、三法司再覆如汝禎等言；紈、鏜、喬遂得罪，翁燦等下巡按御史提問，汪有臨等奪俸有差。紈為人清廉，勇于任事；開府閩、浙，首嚴通番之禁，海中為之肅清。走馬溪之役，雖張皇太過；然勘官務入其罪，功過未明。紈竟坐憂恐，未就訊，仰藥而死。公論惜之！
（嘉靖三十一年四月丙子），漳、泉海賊勾引倭奴萬余人，駕船千余艘自浙江舟山、象山等處登岸流劫臺溫、寧、紹間 ，攻陷城塞，殺虜居民無數。
（五月戊戌），福建巢賊李文彪等寇南安，提督軍務都御史張烜遣兵御之于聶都嶺，敗績。清軍御史沈寵劾奏烜措置乖方，自取敗衄；且干沒鹽課，以巨萬計：宜論如律。部覆：『劇寇未平，需才甚急；請姑下詔督烜，令其悉心撫剿，務底平定。 御史所言，待事平之日，通計功罪以聞』。報可。
（七月）壬寅，改巡撫山東都察院右僉都御史王忬提督軍務，巡視浙江兼管福、興、漳、泉地方。仍敕許便宜調發兵糧、臨陣按軍法從事，巡按御史毋得干預撓沮；賊中有脅從愿降者，不得一概混殺，濫及無辜。于是并設分守浙、直參將各一員，以瓊崖參將署都指揮僉事俞大猷、中都留守司管操指揮僉事湯克寬為之；大猷溫、臺、寧、紹等處，克寬福、興、漳、泉等處：俱聽忬節制。
（嘉靖三十二年閏三月）甲戌，海賊汪直糾漳、廣群盜勾集各島倭夷大舉入寇，連艦百余艘，蔽海而至；南自臺、寧、嘉、湖以及蘇、松至于淮北濱海數千里，同時告警。
（四月丙子朔），巡視浙、福都御史王忬條上海防事宜：『一、禁近海豪民通引倭夷，以絕禍本。二、照各邊例，惟以奮勇血戰為功，不以損傷折軍為罪。三、選調閩、浙兵相兼操習，以資防御。四、通行兩廣、南直巡撫、操江官遠行哨探，分布兵舡，彼此夾攻。五、兩省守、巡兵備官查照原定地方，常川駐札，以便責成。六、寬禁令以開自新，如脅從賊犯，準令投首；積年渠魁，亦聽歸降。七、閩、浙魚舡量議收稅，并議漳州橋房拖欠稅課及查理鹽課，以助軍餉。八、濱海頑民接濟夷寇及走漏消息者，乞以正犯處之極刑，全家發邊衛充軍』。部覆，俱從之。
甲辰，倭攻福寧州〈山上泰下〉嶼所，破之；大掠而去。
（五月）庚午，……已乃命分守福、興、漳、泉參將湯克寬充海防副總兵，提督金山等處。
（十月壬寅），有倭舟失風飄至興化府南日舊寨，登岸流劫，殺千戶葉巨卿；把總指揮張棟督舟師沖擊，倭走據山；知府董士弘糾民兵、獵戶，與棟等圍而殲之。是時，海洋并岸諸島多棲寇舟：有真倭阻風汛，不獲歸者；有沿海奸民搶舡南旋，候來歲倭至者。未幾，南日寨復有三舟登岸，棟、士弘擊之，引去；擒賊數人，皆真倭。比泉州舟兵巡海，攻賊于石圳澳、深泥灣等處；凡再戰，擒賊四十余人：則皆浙江臨海、福建漳浦、廣東揭陽等縣人。蓋江南海警，倭居十三，而中國叛逆居十七也 。
（嘉靖三十三年三月癸丑），巡撫浙江兼管福、興、泉、漳都御史王忬以三十二年九月后倭寇二次犯興化府南日舊寨及十一月后泉州府兵出洋剿殺石圳澳、深泥灣等處賊船事聞，因敘上諸文武將吏功罪；謂『興化知府董士弘、泉州知府童漢臣保障有功，當旌獎；把總指揮張棟先敗后功，宜準贖；千戶葉巨卿、百戶張養正死事，宜恤錄』。得旨：『棟，赦勿問。士弘、漢臣，均賚以銀、幣；巨卿、養正，下撫臣優恤』。
（五月庚子朔），南京兵部尚書張經等言：『國初洪武間，以倭夷不靖，遣信國公湯和經略海防；凡閩、浙濱海之區，陸有城守、水有戰舡。故百余年來，寇不為害。其后法弛弊生，軍士有納科放班之弊。于是強富者散遣、老弱者哨守，戰舡損壞亦棄不修，以致寇得乘之而入。請行各處巡撫嚴督所屬預集兵舡，以守要害；追捕納科軍士，以實行伍；清理積歲料銀，以造戰舡』。……下兵部議覆，從之。
（丁巳），給事中王國禎、賀涇、御史溫景葵等以倭寇猖獗，逼近留都；各上疏乞調兵給餉及推選總督大臣，重其事權——如往年征剿華林、麻陽諸寇故事。下兵部集廷臣議，俱稱便；……。議入，上允行之。乃命（張）經不妨原務兼都察院右副都御史，總督南直隸、浙江、山東、兩廣、福建等處軍務；一應兵食，俱聽其便宜處分。臨陣之際，不用命者，武官都指揮以下、文武五品以下，許以軍法從事。
乙丑，兵科給事中王國禎等言：『比本兵議上御倭方略，欲以重賞招降賊首王直等；臣竊疑之。臣聞勝國末，海濱多警，東南巨寇有秩至漕運萬戶及行省參政者；且叛服不常，迄終無救。何者？其心不服，而爵祿不足以歆之也。故至今議者，以招撫最為誤國；殷鑒具存，奈何復欲效之！今四方群盜，所在蜂起；皆幸朝廷不誅，無所創艾。就使部議得行，降一王直，未必不生一王直；將來貽患，更有不可言者。且古帝王所謂「招撫」，不過曰「脅從罔治」耳，渠魁未嘗宥之也。使渠魁來歸，既宥之，復賞以爵；是賞以勸惡，人誰不為！夫使吾民皆趨為惡之利，非國家之福也』。疏下兵部，覆言：『海嶼賊，與山賊異。山賊有定巢，可以遣將出師，攻而取之；海嶼賊乘風飄忽，瞬息千里，急之則遯去、乘間則復來，有非兵力所能取必者。臣聞王直本徽人，故與浙人徐惟學、李大用輩通番入海，既而悔之。嘉靖二十九年八月中，嘗為官軍捕斬海寇陳嶼主等及余黨二 、三百人欲以自贖；而是時有司不急收之，遂貽今日大害。故臣等欲仿岳飛官楊么黨黃佐故事懸以重賞，使之歸為我用，以賊攻賊；非敢輕授官爵以示之弱也』。上以國禎等言為是，令總督張經一意剿賊；脅從愿降者待以不死，賊首不赦。
（六月庚辰），福建官兵捕得漳州通倭賊蘇老等三十余人，誅之。
（七月庚子），廣東番賊糾倭寇千余剽掠海上，官軍擊敗之，擒賊首方四溪等；余黨遁去。
（十月戊寅），海賊犯廣東潮州之柘林，指揮黑孟陽引舟師殲之，生擒賊首方四溪、夷目咤過啰等一百三十名，斬首三十九級；其賊首徐碧溪等，悉沈海死。事聞，詔賞巡撫南、贛、汀、漳等處都御史談愷銀三十兩、纻絲二表里，廣東海道副使汪柏及指揮黑孟陽等各銀有差。
（嘉靖三十四年四月）辛巳，巡按浙江御史胡宗憲言：『往時日本入貢，多不及期。請待其復來，得以便宜謝遣；仍令有司移檄其王，問以島夷入寇之狀』。疏下禮部，覆言：『倭夷犯順，窮兇無過今日；茍輕容再貢，殊損國體。請如宗憲議，遵例阻回；諭以「貢有常期，必當遵守」。仍當委曲開導，使之心服；不得輕情直率，致拂夷心。至于彼國僻居窮海。島夷背其君長借口為倭，沿海奸民互相勾結；揆之理勢，請因其入貢，即令撫按衙門移諭日本國王責問：「連年犯順，何人倡亂」？
令于半年之間立法鈐制，號召還國，即見效順忠款；雖使貢期未及，亦必速為奏請。如或不能鈐服，則是陽為入貢、陰蓄異謀，仍遵禁例徑自阻絕』。上是其議。
（甲申），先是，廣東賊徐銓、方武、陳文伯、李明貴等與海酋王五峰糾結倭夷，縱橫海上；督臣檄海道副使汪柏、嶺南兵備杜璁及參將張裕、指揮黑孟陽等督戰，銓等就戮，前后斬首千二百余級，汪應奎招下余黨三百五十余人，海濱頗靖。……提督侍郎鮑象賢等并上其功；詔……升副使汪柏……各一級、僉事杜璁等、……通判汪應奎、……各俸一級、參將張裕、……
各署職一級，……復指揮黑孟陽職。
（五月）壬寅，南京湖廣道御史屠仲律條上御倭五事：『一、絕亂源。海賊稱亂，起于負海奸民通番互市，夷人十一、流人十二、寧紹（人）十五、漳泉福人十九；雖概稱「倭夷」，其實多編戶之齊民也。臣聞海上豪勢為賊腹心，標立旗幟，勾引深入；陰相窩藏，輾轉貿易：此所謂亂源也。曩歲漳、泉濱海居民各造巨舟，人謂「明春倭必大至」；臣初未信，既乃果然。故御盜之標，在腹里防之，弭盜之本，當邊海制之。諸處漳、泉、福為始，而寧、紹次之。其一，禁放洋巨艦；其二，禁窩藏巨家；其三，禁下海奸民：三法者立而亂源塞矣。即使舊賊未盡殄滅，然而后無所繼，其勢自孤；退無所歸，其情知懼：與今日往來自若者，必不同矣……。（接二、三、四、五各事均從略）』。兵部覆其議悉是，詔允行之。
己酉，詔錦衣衛遣官校逮總督南直隸、浙、福軍務右都御史張經及參將湯克寬械系來京——以侍郎趙文華劾其畏巽失機、玩寇殃民故也。倭自去歲據松江柘林、川沙洼二處為巢，縱橫肆掠；周回數百里間，焚屠殆遍，水陸兵無敢近者。本年三月初，廣西田州土官婦瓦氏及東蘭、南丹、那地、歸順等州狼兵六千余名承經調至；狼兵輕慓嗜利，聞倭富有財貨，亟欲取之。居民亦苦倭寇暴，朝夕冀幸一戰。文華既至嘉興，屢趣經亟檄狼兵剿賊；經曰：『賊狡且眾；今檄召四方兵，獨狼兵先至耳。此兵勇進而易潰，萬一失利，即駭遠近觀聽。姑俟保靖、永順土兵至，合力夾攻，庶保萬全』。文華再三言，經終守「便宜」不聽。文華乃疏言：『經養寇糜財，屢失進兵機宜。惑于參將湯克寬謬言，欲俟寇飽載出洋，以水兵掠余賊報功塞責耳。宜亟治，以紓東南大禍』。疏至，上以問大學士嚴嵩。嵩對具如文華言；謂『蘇、松怨經，不可復留；宜與克寬俱逮京鞫訊，以懲欺怠』。經、克寬遂并得罪。尋升巡撫應天右僉都御史周珫為兵部右侍郎仍兼原職，代經總督。
（六月）壬午，勒總督直隸、浙、福軍務都御史周珫、巡撫浙江都御史李天寵為民，改南京戶部右侍郎楊宜為兵部右侍郎兼右僉都御史代珫、升巡按浙江御史胡宗憲為右僉都御史代天寵。先是，上聞琉疾甚，又以天寵嗜酒廢事，遂并黜之；仍敕工部右侍郎趙文華悉心督察，命禮部鑄「督察軍務」關防馳賜之。
（十一月）乙未，倭二百余人犯福建莆田縣鎮海、鎮東等衛，千戶戴洪、高懷德、張鑾俱戰死。
（庚申），倭寇犯福建興化府涵頭鋪等處，平海衛正千戶丘珍、副千戶楊一茂與戰，死之。已復犯福清海口，泉州衛指揮僉事童干震直奔其壘，斬十余賊；亦被害。事聞，詔各立祠其地，有司春、秋祭享；襲升其子二級。
（閏十一月）己丑，督察浙、直軍務侍郎趙文華陳區畫海防三事，大要言松江宜守、浙江宜攻、福建宜撫。而所謂守與攻者，在籍閑田給兵屯種以扼寇；所謂撫者，請增設經略總督專官。兵部覆言：『戰、守、撫相須為用，均不可廢；三省皆然。其言鄉官領兵，恐督責不便；給兵田百萬畝，未審何所從出？恐滋紛擾。閩中更置專官，亦非其時：俱礙施行』。報罷。
（十二月乙已），督察浙、直軍（務）侍郎趙文華疏乞還京，（允）之。……
（嘉靖三十五年正月癸亥），福建倭寇流入浙江界，與錢倉寇合。原任留守王倫督癸亥），福建倭寇流入浙江界，與錢倉寇合。原任留守王倫督容美土司田九霄等兵扼之于曹娥江，賊不得渡，還走；官兵追及之于三江民舍，連戰，斬首二百級； 后追至黃家山，盡殲之。
（二月己亥），罷總督南直隸、浙、福軍務南京兵部右侍郎楊宜。……
（壬寅），升南京戶部右侍郎王誥為兵部左侍郎兼都察院右僉都御史，總督南直隸、浙、福等處軍務。革分守福建參將尹鳳、備倭指揮劉炌職，充為事官，戴罪立功。去年冬，倭自白湖江登岸，流劫莆田、福清，攻鎮東衛，千戶戴洪、高懷德被殺；鳳督兵與戰于東岳洋，大敗，陣亡千戶白仁、丘珍、楊一茂等。已鳳復部分泉州指揮童干震及炌等為 左右翼攻賊，炌逗撓不進，干震戰死。事聞，兵部參核，因有是命。戊午，……胡宗憲升兵部左侍郎兼都察院左僉都御史，總督軍務。