先是，日本有船在臺灣遭風破壞，土人救出難民，官為護送，交回上海領事。是月初三日，忽有日本船一號來后山沿海地，備載糖、酒、嗶吱諸物，云欲與生番聯和，立馬頭通市。續有劉穆齋等雇墨西哥國人啤嚕之船，亦來后山岐萊，至花蓮港觸礁船破。時有加禮宛及七交川等五社生番助之拖曳，船人因以濕物分給各番，且求寄住番莊。嗣有成富清風及啤嚕經頭圍，語縣丞鄒祖壽，云：此次失去洋銀千余圓，意藉向生番尋釁。至是，突以兵船三路進攻番社，一由風港、一由石門、一由四重溪，路各五、六百人。生番紛紛逃竄，牡丹、高士佛、加芝來、竹仔各社咸被焚，又聲言進攻龜仔舟社。其時尚有兵輪泊廈門。于是臺灣戒嚴。
命船政大臣沈葆楨渡臺灣設防。
臺灣報至，總理衙門王大臣請派大員查看情形；上以李鶴年事繁，命沈葆楨領輪船，聲言巡閱臺灣，相機籌辦。葆楨遂密奏：『日本越境稱兵，此其意有所圖，尚何待問。即示以撻伐之威，并不得謂釁開自我。惟近來議洋務者，非一意畏葸茍安目前、不恤貽患將來，則專務高談，義憤快心，不妨孤注一擲，于國家深遠之計，均何當焉！臣夙夜思維，謹以管見所及，為皇上陳之。一曰：聯外交。倭人狡譎非常，其稱兵也，西人曾斥其非。我將情形照會各國領事，請其公評曲直；如其怵于公論，斂兵而退，上也。否亦展轉時日，我得集備設防；其鬼蜮端倪，亦可隨時探悉。一曰：儲利器。日本之敢于鴟張者，恃美國暗中資助。又有鐵甲船二號雖非完璧，而以推尋常輪船，則綽綽有余；彼有而我無之，水師氣為之奪，則兩號鐵甲船不容不購。他如洋煤、洋火、合膛之開花彈以及火龍、火箭之類，尤須多辦。明知所費不貲，必有議其不量力者；然備則或可不用，不備則必啟戎心。乘軍務未興之時，尚可為牖戶綢繆之計；遲則無及矣。一曰：儲人才。此時欲消除萌蘗，須得折沖樽俎之才。黎兆棠膽識兼偉，洞悉洋情；臣請調之前來，以期集思廣益，毋失機宜。一曰：通消息。臺洋之險，甲諸海疆；欲消息常通，斷不可無電線。由福州陸路至廈門、由廈門水路至臺灣，水路之費較多、陸路之費較省，合之不及造一輪船之貲；瞬息可通，事至不虞倉卒矣』。
日本攻生番綱索、加芝來等社。
初，日本有數兵船寄碇瑯〈王喬〉。是月二十日，以一船載生番俘馘及傷亡兵回國，余船續赴廈門；又以一船赴后山載兵百余，過噶瑪蘭入雞籠口買煤，瑯〈王喬〉遂無倭船。其登岸之兵二千余人，分駐大浦、瑯〈王喬〉、龜山。時以輪船運糧械濟軍，又以財物誘降番社。其牡丹各社已破者，番眾逃匿絕巘。遂移兵脅龜仔角社，社番誓死不降。網索等十一社社給一旗，加芝來社番目復導之攻八磘社。二十八日，以二百人從石門入、八十人從風港入，破三社，殺生番數人；倭兵死者二十余，傷者五十余人。
命福建布政使潘霨赴臺灣會商設防。
時上厪慮臺疆，命福建布政使潘霨赴臺灣幫同沈葆楨籌劃，并會商福州將軍文煜、巡撫李鶴年、提督羅大春等辦理。諭云：『現在日本兵船登岸，各國船只復駛往福建洋面，較李鶴年所奏情形尤為吃緊。著沈葆楨懔遵前旨，與潘霨慎密籌劃，隨時會商。文煜、李鶴年等悉心布置，毋令日本侵越，并預杜各國覬覦，方為妥善。著文煜等將撥餉、撥兵事宜妥速籌辦，毋誤事機！日本是否回兵？臺灣鎮、道如何與之理論？即著據實奏聞』。
五月，沈葆楨、潘霨至臺灣。
沈葆楨、潘霨奉命后，均于是朔率洋將日意格、斯恭塞格由馬尾啟程，分乘「安瀾」、「伏波」、「飛云」各輪船，霨船直放大洋，葆楨暨日意格等兩船沿各口查察。抵南日（山島名，在興化海中），海壇鎮總兵黃聯開巡洋亦至，葆楨詢悉洋面情形。越三日，抵澎湖，登勘炮臺形勢。翼日，抵安平，霨已先二日至。既接臺灣鎮、道，具悉日本侵擾情事。遂奏稱：『辰下所宜行者三，曰理諭、曰設防、曰開禁。開禁非旦夕所能辦，必外侮稍定，乃可節次圖之。理諭一節，則臣霨過滬時，業與彼國公使柳原前光往復辯論。該酋始則推諉，繼忽自陳追悔為西人所賣，商允退兵；有手書可據。乃到臺后，察其情狀，恐未足信；則設防，萬不容緩。臺地亙千余里，固防不勝防，要以郡城為根本。城去海十里，而近洋船炮力及之有余。海口安平，沙水交錯，望之坦然。中一小阜突出，俗呼紅毛臺，蓋明季荷蘭國揆一王踞臺灣時筑也；為地震所圯，而磚石堅厚，遺址尚存，炮亦銹而不適用。近日西洋炮火猛烈，磚石炮臺雖堅，不足恃。臣擬仿西洋新法，于是處筑三合土大炮臺一座，安放西洋巨炮，使海口不得停泊兵船，而后郡城可守。又北路淡水、噶瑪蘭、雞籠一帶物產殷厚，蘇澳民番關鍵，尤他族所垂涎；故日意格謂急須派兵船駐扎。且去郡千里，有事鞭長莫及；臣等商派「靖遠」輪船，迎提督羅大春鎮之。并飭「長勝」輪船，同通曉算法之藝生轉入山后，周回量水淺深，探其形勢；鎮、道等添招勁勇，著力訓練，多籌子藥、煤炭，以備不虞』。又稱：『防務方始，費用殷繁。臣等既駐臺地，時有動支；若俟省城展轉撥解，恐難應手，致誤事機。可否將臺灣鹽課、關稅、厘金等款應行解省者，盡數截留，歸臺灣道衙門支銷？俾遇事得迅速舉行。再有不足，則由省城撥解而來，以免支絀』。又稱：『臺、澎之用內地班兵也，當時以新入版圖、民情浮動，若用在地之兵，恐其聯為一氣；計弭內變，非計御外侮也。積久生弊，班兵視為畏途，往往雇倩而來；伍籍且不符，何有于技勇！臣昨到澎湖踏勘，陂陀周回數十里，無一山、一田、一樹，為向來未見之瘠壤。然臺颶作時，臺南數百里舍此更無泊船之處。地則極要，守則極難。守將吳奇勛謂此地班兵七百余人，皆疲苶不可用。該處不生五谷，民以捕魚為業；自少至老，衽席風濤。誠招此輩以易班兵，民間既開生途，防務尤為得力。臣等商諸鎮、道，咸謂全臺均宜照此辦理；否則，弁兵缺額候內地募補而來，動淹累月，緩不應亟。且臺地，閩、粵兩籍互相箝制，可無意外之虞；即使弊端踵生，事平不難改歸舊制。可否將臺、澎班兵疲弱者先行撤之歸伍，其曠餉招在地精壯充補，以固邊防』？皆奉旨允行。
潘霨、夏獻綸赴倭營。
是月初八日，潘霨偕臺灣兵備道夏獻綸、隨員張斯桂、洋將日意格、斯恭塞格等乘輪船，由安平冒風濤出海；日昳，抵瑯〈王喬〉登岸，宿車城。詰朝，抵倭營，晤其中將西鄉從道，以葆楨照會并柳原前光書函，與之辯論；及來報謁，復逐條窮話，中將詞屈。霨旋復造其營，中將辭以病。霨及獻綸遂遣人傳各社番目，惟牡丹、中社、里乃三社以避倭不出，至者凡十五社、百五六十人，服飾詭陋，言語啁啾；通事譯傳大意，皆謂日本欺凌，懇求保護。因諭令具狀，均愿遵約束，不敢劫殺。霨等宣示國家德意，加以賞犒；番目等咸求設官經理，永隸編氓，遂歡欣鼓舞而去。霨等因中將不出，將還；中將內慚，復來謁，仍堅以生番非中國版圖為詞。及示以「臺灣府志」所載生番歲輸番餉之數與各社所具結狀，倭將羞憤。霨等厲聲曉譬，乃復婉謝，以耗費無復為言。及復以理斥，倭將請遣人附我輪船，一至上海致書柳原前光、一請廈門電報寄音回國暫止添兵。霨等遂返，而風潮愈厲，輪船已退入澎湖；改由番社陸行，鳥道獸蹊蜿蜓如線，輿從饑憊，止宿風港。翼日，抵枋藔，始出番境。及回府城，往返凡十日。
日本與牡丹社番議和。
日本逐牡丹社番，遂踞其地。旋有輪船二，先后至。一徑往后山射藔港；一載兵二百、倭婦十余泊射藔港（在龜山下），攜食物、什具、農器及花果、草木各種，分植龜潭后灣，為久居計。復購土人，約牡丹社番目于保力莊議和。其北路「王」字番不肯和者，成富清風請兵往攻；蓋欲兼營南、北兩路諸番也。有倭兵數人在柴城挑一民婦，其家人斥之，為所戳傷；鄉鄰一時憤集，爭投以石。倭兵被擊傷遁去，思率黨尋仇；其魁謂眾怒難犯，且將與番社議和，何可遽啟釁端，力阻之。蓋至是，日本亦畏番之地險而民悍矣。
沈葆楨請派水師提督彭楚漢率師來臺灣。
時日本見我嚴防，番地皆登版籍，番民久已歸化，難盡誘；又自知力不能敵，詭謀已無所逞。然猶虛聲恫喝，冀幸有功。適沈葆楨奉諭云：『日本若能就我范圍，斂兵回國，自當消弭釁端；倘再肆志妄為，即當聲罪致討，不得因循遷就，轉誤事機。沈葆楨與潘霨當相度機宜，悉心籌辦！應如何調撥之處？著會同文煜、李鶴年妥速布置，以維大局』。葆楨覆稱：『倭奴雖有悔心，然窺我軍械不精、兵力不厚，貪鷙之念，積久難消：退兵不甘，因求貼費；貼費不允，必求通商。此皆有萬不可開之端、不可勝窮之弊，非益嚴儆備，斷難望轉圜。倘恃其款詞，日延一日，奸民乘隙構煽，必致事敗垂成。班兵惰窳性成、募勇訓練無素，擬請于北洋大臣借撥久練洋槍隊三千、于南洋大臣借撥久練洋槍隊二千；如蒙俯允，請飭其雇輪船來臺，乃有剿敵之軍。前接新任福建水師提督彭楚漢天津函，云是月可以抵閩；所有臣等請撥北洋洋槍隊三千人，如該提督尚在津門，應懇飭令統帶來臺，以資各營表率。提督羅大春，經臣鶴年奏留內地，不能不從新改圖。南路迫近倭營，則以鎮臣張其光專其任；該鎮原有部勇一營并內地調剿廖有富之兩營，更增募五營，以遏沖突。臺北之要甚于臺南，常有倭人窺伺，則以臺灣道夏獻綸專其任；該道原有部勇一營，擬添募一營，以杜旁竄。又據張其光稱前南奧鎮總兵吳光亮打仗勇敢、夏獻綸稱浙江候補道劉璈甚有勇略，各請奏調前來；合無仰懇飭兩廣總督、浙江巡撫派令刻日東行，俾收臂助。臺民尚義而難持久，且漳、泉、粵三籍氣類不同，須得人聯絡。前署臺灣鎮曾元福熟悉民情，鄉評亦好；臣等擬令其倡南北鄉團以資保固，并分招后山鄉道，諭致屯番、生番各頭人與之要約。此布置陸路諸軍情形也。閩廠輪船，除來往各口傳遞信件外，不敷調遣。擬于滬局添調數號，由統領吳大廷督帶來臺，彌補空隙。此續籌布置水軍情形。北洋畿輔重地、南洋財賦奧區，所借洋槍隊，倭兵退后即令歸防；彼時召募勇營，亦當漸臻馴熟。至倭情叵測，更當隨時偵探。一切防務宜更區畫者，續當馳奏』。
六月，埤南番目陳安生、買遠來歸化。
埤南通牡丹社，水路由海道繞山南而東，輪船日半始至；陸路由下淡水穿山，百七十里可通。其地西準鳳山，膏腴遠勝瑯〈王喬〉；番社七十有二，丁壯萬人。倭久垂涎，畏某強悍，不敢逼；潛使人勾引，藉為聲援。潘霨在瑯瑯〈王喬〉，已慮其煽誘埤南諸番，曾面詰倭將。至是，諜知番目陳安生等應之；亟商夏獻綸，令同知袁聞柝往招安生等番目五人，立薙發隨來叩謁，葆楨分給銀牌、衣服遣歸，派弁兵送之，令從山后探路出山前。聞柝又招來番目買遠等五十六人，葆楨均撫諭犒賞，派船送歸；番目等喜謂：『沐皇上深恩，小民得居山自食其力；今日本肆虐，心實不甘。乞派兵防護』！葆楨嘉其誠懇，令聞柝募士勇五百駐其地，無事以之開路，有事以之護番；名「綏靖營」。
日本移兵于風港三家厝。
時山后有大鳥萬、千仔帛二社為倭脅誘，倭旋增兵駐風港，又遣諜至茄鹿塘（離風港二十四里）潛探。沈葆楨以地近枋藔宜防，急飭營將王開俊由東港進駐枋藔，以戴德祥一營由鳳山駐東港為后應。倭知我有備，相戒益嚴；又由龜山分兵營于三家厝，而以輕〈舟勺〉自風港沿岸至枋藔測水，以輪船運衣糧接濟。時葆楨遣驛夫赍文赴瑯〈王喬〉，至平埔，倭兵阻之；葆楨因移書詰其中將西鄉。而倭人水野遵入豬朥索、高士佛諸社，聲言索前年琉球被戕人尸首，攜遠鏡周覽各山；又自后灣開道，達龜山巔。其風港之營，又將分駐平埔為援應。因遣其通事彭城中平來探，至瑯〈王喬〉，謁委員周有基；訊以前日中國所議，柳原前光何以尚無覆書？并問中國四處布兵何意？有基以巡查漫應之。葆楨知其心已動，其氣必餒，因照會倭將勸令回兵；否則，大兵云集，必將不利于爾。倭將志益沮退。
以提督唐定奎統軍赴臺灣助防
時李鴻章亦深慮臺地兵單，及沈葆楨請借撥洋槍隊，即奏以屯徐州之淮軍十三營，令提督唐定奎統之，至瓜州以輪船分次赴臺。葆楨遂奏稱：『澎湖為臺、廈命脈所關，守備弱處，臣等正四顧彷徨；及連接李鴻章覆函，如久旱得霖，大喜過望，臣等飛派輪船迎之。兵力既厚，彼族詭謀或有所懾而中沮。然東洋探報變態日增，勿恃其不來，恃我有以備之。但非大枝勁旅，仍無以壯民氣而戢戎心！惟懇恩催其迅速前來。臣等非敢貪功好戰，但倭情如此，不能不先事圖維。仍請旨飭彭楚漢赴水師提督新任，庶臺灣、澎湖氣脈藉以靈通，金、廈諸防亦資鞏固』。奉旨俞允。又潘霨先募前煙臺稅務司博郎練洋槍隊，而囑前署鎮曾元福為招土著壯勇五百，交博郎教習；至是，霨偕元福、博郎等赴鳳山舊城募土勇，并勵鄉團。因親履海口之打鼓山、大科圍、五塊處踏勘要隘，建兵柵，以待淮軍分駐。
沈葆楨撫降生番。