九月，赤眉入長安，更始奔高陵。辛未，詔曰：“更始破敗，棄城逃走，妻子裸袒，流冗道路。朕甚愍之。今封更始為淮陽王。吏人敢有賊害者，罪同大逆。”
甲申，以前密令卓茂為太傅。
辛卯，朱鮪舉城降。
冬十月癸丑，車駕入洛陽，幸南宮卻非殿，遂定都焉。
遣岑彭擊荊州群賊。
十一月甲午，幸懷。
劉永自稱天子。
十二月丙戌，至自懷。
赤眉殺更始，而隗囂據隴右，盧芳起安定。破虜大將軍叔壽擊五校賊于曲梁，戰歿。
二年春正月甲子朔，日有食之。大司馬吳漢率九將軍擊檀鄉賊于鄴東，大破降之。庚辰，封功臣皆為列侯，大國四縣，余各有差。下詔曰：“人情得足，苦于放縱，快須臾之欲，忘慎罰之義。惟諸將業遠功大，誠欲傳于無窮，宜如臨深淵，如履薄冰，戰戰栗栗，日慎一日。其顯效未詶，各籍未立者，大鴻臚趣上，朕將差而錄之。”博士丁恭議曰：“古帝王封諸侯不過百里，故利以建侯，取法于雷，強干弱枝，所以為治也。今封諸侯四縣，不合法制。”帝曰：“古之亡國，皆以無道，未嘗聞功臣地多而滅亡者。”乃遣謁者即授印綬，策曰：“在上不驕，高而不危；制節謹度，滿而不溢。敬之戒之。傳爾子孫，長為漢藩。”
壬午，更始復漢將軍鄧曄、輔漢將軍于匡降，皆復爵位。
壬子，起高廟，建社稷于洛陽，立郊兆于城南，始正火德，色尚赤。
是月，赤眉焚西京宮室，發掘園陵，寇掠關中。大司徒鄧禹入長安，遣府掾奉十一帝神主，納于高廟。
真定王楊、臨邑侯讓謀反，遣前將軍耿純誅之。
二月己酉，幸修武。
大司空王梁免。壬子，以太中大夫宋弘為大司空。
遣驃騎大將軍景丹率征虜將軍祭遵等二將軍擊弘農賊，破之，因遣祭遵圍蠻中賊張滿。
漁陽太守彭寵反，攻幽州牧朱浮于薊。
延岑自稱武安王于漢中。
辛卯，至自修武。
三月乙未，大赦天下，詔曰：“頃獄多冤人，用刑深刻，朕甚愍之。孔子云：‘刑罰不中，則民無所措手足。’其與中二千石、諸大夫、博士、議郎議省刑法。”
遣執金吾賈復率二將軍擊更始郾王尹遵，破降之。
驍騎將軍劉植擊密賊，戰歿。
遣虎牙大將軍蓋延率四將軍伐劉永。夏四月，圍永于睢陽。更始將蘇茂殺淮陽太守潘蹇而附劉永。
甲午，封叔父良為廣陽王，兄子章為太原王，章弟興為魯王，舂陵侯嫡子祉為城陽王。
五月庚辰，封更始元氏王歙為泗水王，故真定王楊子得為真定王，周后姬常為周承休公。癸未，詔曰：“民有嫁妻賣子欲歸父母者，恣聽之。敢拘執，論如律。”
六月戊戌，立貴人郭氏為皇后，子彊為皇太子，大赦天下。增郎、謁者、從官秩各一等。丙午，封宗子劉終為淄川王。
秋八月，帝自將征五校。丙辰，幸內黃，大破五校于羛陽，降之。
遣游擊將軍鄧隆救朱浮，與彭寵戰于潞，隆軍敗績。
蓋延拔睢陽，劉永奔譙。
破虜將軍鄧奉據渦陽反。
九月壬戌，至自內黃。
驃騎大將軍景丹薨。
延岑大破赤眉于杜陵。
關中饑，民相食。
冬十一月，以廷尉岑彭為征南大將軍，率八將軍討鄧奉于堵鄉。銅馬、青犢、尤來余賊共立孫登為天子于上郡。登將樂玄殺登，以其眾五萬余人降。遣偏將軍馮異代鄧禹伐赤眉。使太中大夫伏隆持節安輯青、徐二州，招張步降之。
十二月戊午，詔曰：“惟宗室列侯為王莽所廢，先靈無所依歸，朕甚愍之。其并復故國。若侯身已歿，屬所上其子孫見名尚書，封拜。”
是歲，蓋延等大破劉永于沛西。初，王莽末，天下旱蝗，黃金一斤易粟一斛；至是野穣旅生，麻尤盛，野蠶成繭，被于山阜，人收其利焉。
三年春正月甲子，以偏將軍馮異為征西大將軍，杜茂為驃騎大將軍。大司徒鄧禹及馮異與赤眉戰于回溪，禹、異敗績。
征虜將軍祭遵破蠻中，斬張滿。辛巳，立皇考南頓君已上四廟。壬午，大赦天下。
閏月乙巳，大司徒鄧禹免。
馮異與赤眉戰于崤底，大破之，余眾南向宜陽，帝自將征之。己亥，幸宜陽。甲辰，親勒六軍，大陳戎馬，大司馬吳漢精卒當前，中軍次之，驍騎、武衛分陳左右。赤眉望見震怖，遣使乞降。丙午，赤眉君臣面縛，奉高皇帝璽綬，詔以屬城門校尉。戊申，至自宜陽。己酉，詔曰：“群盜縱橫，賊害元元，盆子竊尊號，亂惑天下。朕奮兵討擊，應時崩解，十余萬眾束手降服，先帝璽綬歸之王府。斯皆祖宗之靈，士人之力，朕曷足以享斯哉！其擇吉日祠高廟，賜天下長子當為父后者爵，人一級。”
二月己未，祠高廟，受傳國璽。
劉永立董憲為海西王，張步為齊王。步殺光祿大夫伏隆而反。幸懷，遣吳漢率二將軍擊青犢于軹西，大破降之。
三月壬寅，以大司徒司直伏湛為大司徒。
彭寵陷薊城，寵自立為燕王。帝自將征鄧奉，幸堵陽。
夏四月，大破鄧奉于小長安，斬之。馮異與延岑戰于上林，破之。吳漢率七將軍與劉永將蘇茂戰于廣東，大破之。虎牙大將軍蓋延圍劉永于睢陽。
五月己酉，車駕不宮。乙卯晦，日有食之。
六月壬戌，大赦天下。耿弇與延岑戰于穰，大破之。
秋七月，征南大將軍岑彭率三將軍伐秦豐，戰于黎丘，大破之，獲其將蔡宏。庚辰，詔曰：“吏不滿六百石，下至墨綬長、相，有罪先請。男子八十以上，十歲以下，及婦人從坐者，自非不道、詔所名捕，皆不得系。當驗問者即就驗。女徒雇山歸家。”蓋延拔睢陽，獲劉永，而蘇茂、周建立永子紆為梁王。
冬十月壬申，幸舂陵，祠園廟，因置酒舊宅，大會故人父老。
十一月乙未，至自舂陵。涿郡太守張豐反。
是歲，李憲自稱天子。西州大將軍隗囂奉奏。建義大將軍朱祐率祭遵與延岑戰于東陽，斬其將張成。
四年春正月甲申，大赦天下。
二月壬子，幸懷。壬申，至自懷。
遣右將軍鄧禹率二將軍與延岑戰于武當，破之。
夏四月丁巳，幸鄴。己巳，進幸臨平。
遣大司馬吳漢擊五校賊于箕山，大破之。
五月，進幸元氏。辛巳，進幸盧奴。遣征虜將軍祭遵率四將軍討張豐于涿郡，斬豐。
六月辛亥，車駕還宮。
七月丁亥，幸譙。遣捕虜將軍馬武、偏將軍王霸圍劉紆于垂惠。
董憲將賁休以蘭陵城降，憲圍之。虎牙大將軍蓋延率平狄將軍龐萌救賁休，不克，蘭陵為憲所陷。
秋八月戊午，進幸壽春。
太中大夫徐惲擅殺臨淮太守劉度，惲坐誅。遣揚武將軍馬成率三將軍伐李憲。
九月，圍憲于舒。
冬十月甲寅，車駕還宮。
太傅卓茂薨。
十一月丙申，幸宛。遣建義大將軍朱祐率二將軍圍秦豐于黎丘。
十二月丙寅，進幸黎丘。
是歲，征西大將軍馮異與公孫述將程焉戰于陳倉，破之。
五年春正月癸己，車駕還宮。
二月丙午，大赦天下。
捕虜將軍馬武、偏將軍王霸拔垂惠。乙丑，幸魏郡。壬申，封殷后孔安為殷紹嘉公。
彭寵為其蒼頭所殺，漁陽平。大司馬吳漢率建威大將軍耿弇擊富平、獲索賊于平原，大破降之。夏遣耿弇率二將軍討張步。
三月癸未，徙廣陽王良為趙王，始就國。
平狄將軍龐萌反，殺楚郡太守孫萌而東附董憲。遣征南大將軍岑彭率二將軍伐田戎于津鄉，大破之。
夏四月，旱，蝗。河西大將軍竇融始遣使貢獻。
五月丙子，詔曰：“久旱傷麥，秋種未下，朕甚憂之。將殘吏未勝，獄多冤結，元元愁恨，感動天氣乎？其令中都官、三輔、郡、國出系囚，罪非犯殊死一切勿案，見徒免為庶人。務進柔良，退貪酷，各正厥事焉。”
六月，建義大將軍朱祐拔黎丘，獲秦豐；而龐蔭、蘇茂圍桃城。帝時幸蒙，因自將征之。先理兵任城，乃進救桃城，大破萌等。
秋七月丁丑，幸沛，祠高原廟。詔修復西京園陵。進幸湖陵，征董憲。又幸蕃，遂攻董憲于昌慮，大破之。
八月己酉，進幸郯，留吳漢攻劉紆、董憲等，車駕轉徇彭城、下邳。吳漢拔郯，獲劉紆；漢進圍董憲、龐萌于朐。
冬十月，還，幸魯，使大司空祠孔子。耿弇等與張步戰于臨淄，大破之。帝幸臨淄，進幸劇。張步斬蘇茂以降，齊地平。初起太學。車駕還宮，幸太學，賜博士弟子各有差。
十一月壬寅，大司徒伏湛免，尚書令侯霸為大司徒。
十二月，盧蘇自稱天子于九原。西州大將軍隗囂遣子恂入侍。交阯牧鄧讓率七郡太守遣使奉貢。詔復濟陽二年徭役。
是歲，野谷漸少，田畝益廣焉。
六年春正月丙辰，改舂陵鄉為章陵縣。世世復徭役，比豐、沛，無有所豫。辛酉，詔曰：“往歲水、旱、蝗蟲為災，谷價騰躍，人用困乏。朕惟百姓無以自贍，惻然愍之。其命郡國有谷者，給稟高年、鰥、寡、孤、獨及篤癃、無家屬貧不能自存者，如《律》。二千石勉加循撫，無令失職。”
揚武將軍馬成等拔舒，獲李憲。
二月，大司馬吳漢拔朐，獲董憲、龐萌，山東悉平。諸將還京師，置酒賞賜。
三月，公孫述遣將任滿寇南郡。
夏四月丙子，幸長安，始謁高廟，遂有事十一陵。遣虎牙大將軍蓋延等七將軍從隴道伐公孫述。
五月己未，至自長安。
隗囂反，蓋延等因與囂戰于隴阺，諸將敗績。辛丑，詔曰：“惟天水、隴西、安定、北地吏人為隗囂所詿誤者，又三輔遭難赤眉，有犯法不道者，自殊死以下，皆赦除之。”
六月辛卯，詔曰：“夫張官置吏，所以為人也。今百姓遭難，戶口耗少，而縣官吏職所置尚繁，其令司隸、州牧各實所部，省減吏員。縣國不足置長吏可并合者，上大司徒、大司空二府。”于是條奏并省四百余縣，吏職減損，十置其一。
代郡太守劉興擊盧芳將賈覽于高柳，戰歿。
初，樂浪人王調據郡不服。秋，遣樂浪太守王遵擊之，郡吏殺調降。
遣前將軍李通率二將軍，與公孫述將戰于西城，破之。
夏，蝗。
秋九月庚子，赦樂浪謀反大逆殊死已下。丙寅晦，日有食之。
冬十月丁丑，詔曰：“吾德薄不明，寇賊為害，強弱相陵，元元失所。《詩》云：‘日月告兇，不用其行。’永念厥咎，內疚于心。其敕公卿舉賢良、方正各一人；百僚并上封事，無有隱諱；有司修職，務遵法度。”
十一月丁卯，詔王莽時吏人沒人為奴婢不應舊法者，皆免為庶人。
十二月壬辰，大司空宋弘免。癸巳，詔曰：“頃者師旅未解，用度不足，故行什一之稅。今軍士屯田，糧儲差積。其令郡國收見田租三十稅一，如舊制。”
隗囂遣將行巡寇扶風，征西大將軍馮異拒破之。
是歲，初罷郡國都慰官。始遣列侯就國。匈奴遣使來獻，使中郎將報命。
七年春正月丙申，詔中都官、三輔、郡、國出系囚，非犯殊死，皆一切勿案其罪。見徒免為庶人。耐罪亡命，吏以文除之。又詔曰：“世以厚葬為德，薄終為鄙，至于富者奢僣，貧者單財，法令不能禁，禮義不能止，倉卒乃知其咎。其布告天下，令知忠臣、孝子、慈兄、悌弟薄葬送終之義。”
二月辛巳，罷護漕都尉官。
三月丁酉，詔曰：“今國有眾軍，并多精勇，宜且罷輕車、騎士、材官、樓船士及軍假吏，令還復民伍。”
公孫述立隗囂為朔寧王。
癸亥晦，日有食之，避正殿，寢兵，不聽事五日。詔曰：“吾德薄致災，謫見日月，戰栗恐懼，夫何言哉！今方念愆，庶消厥咎。其令有司各修職任，奉遵法度，惠茲元元。百僚各上封事，無有所諱。其上書者，不得言圣。”
夏四月壬午，詔曰：“比陰陽錯謬，日月薄食。百姓有過，在予一人，大赦天下。公、卿、司隸、州牧舉賢良、方正各一人，遣詣公車，朕將覽試焉。”
五月戊戌，前將軍李通為大司空。甲寅，詔吏人遭饑亂及為青、徐賊所略為奴婢下妻，欲去留者，恣聽之。敢拘制不還，以賣人法從事。
是夏，連雨水。
漢忠將軍王常為橫野大將軍。
八月丁亥，封前河間王邵為河間王。
隗囂寇安定，征西大將軍馮異、征虜將軍祭遵擊卻之。
冬，盧芳所置朔方太守田颯、云中太守喬扈各舉郡降。
是歲，省長水、射聲二校尉官。
八年春正月，中郎將來歙襲略陽，殺隗囂守將而據其城。
夏四月，司隸校尉傅抗下獄死。隗囂攻來歙，不能下。閏月，帝自征囂，河西大將軍竇融率五郡太守與車駕會高平。隴右潰，隗囂奔西城，遺大司馬吳漢、征南大將軍岑彭圍之；進幸上邽，不降，命虎牙大將軍蓋延、建威大將軍耿弇攻之。潁川盜賊寇沒屬縣，河東守守兵亦叛，京師騷動。
秋，大水。
八月，帝自上邽晨夜東馳。
九月乙卯，車駕還宮。庚申，帝自征潁川盜賊，皆降。安丘侯張步叛歸瑯邪，瑯邪太守陳俊討獲之。戊寅，至自潁川。
冬十月丙午，幸懷。
十一月乙丑，至自懷。
公孫述遣兵救隗器，吳漢、蓋延等還軍長安。天水、隴西復反歸囂。
十二月，高句麗王遣使奉貢。
是歲大水。
九年春正月，隗器病死，其將王元、周宗復立囂子純為王。徙雁門吏人于太原。
三月辛亥，初置青巾左校尉官。
公孫述遣將田戎、任滿據荊門。
夏六月丙戌，幸緱氏，登辳轅。
遣大司馬吳漢率四將軍擊盧芳將賈覽于高柳，戰不利。
秋八月，遣中郎將來歙監征西大將軍馮異等五將軍討隗純于天水。驃騎大將軍杜茂與賈覽戰于繁畤，茂軍敗績。
是歲，省關都尉，復置護羌校尉官。
十年春正月，大司馬吳漢率捕虜將軍王霸等五將軍擊賈覽于高柳，匈奴遣騎救覽，諸將與戰，卻之。
修理長安高廟。
夏，征西大將軍馮異破公孫述將趙匡于天水，斬之。征西大將軍馮異薨。
秋八月己亥，幸長安，祠高廟，遂有事十一陵。戊戌，進幸氵幵。隗囂將高峻降。
冬十月，中郎將來歙等大破隗純于落門，其將王元奔蜀，純與周宗降，隴右平。先零羌寇金城、隴西，來歙率諸將擊羌于五溪，大破之。庚寅，車駕還宮。
是歲，省定襄郡，徙其民于西河。泗水王歙薨。淄川王終薨。