乙未春正月，欽差大人奏請革職。是時先生感激圣恩，益殫精政治；一切地方利弊，悉力興革。又屢值年豐，人民樂業，疆土寧謐。而先生以吳地濱海，奸商貪利，下洋勾引匪類，出入無忌，終為東南隱憂；故為未雨綢繆計，特嚴海禁，有犯必懲。積有張元隆、張令濤、李崇御等案，皆為巨棍所把持，屢飭不結；圣祖命大人駐鎮江審理，大人不細訊而問先生索取海賊，先生以各案文卷進。大人即參先生「狂妄自矜」，應革職、看守審理；圣祖不允，而令先生明白回奏。乃上疏，略曰：『張元隆系鎮臣在洋盤獲之余元亨所供，經署撫王度昭審議具題；部覆發臣再勘，飭行府、縣究審。張令濤系顧協一、閔三等告發，被害者十余紙抗匿不出，懸案莫結；令濤非通洋，亦系豪惡。何得挨延半載，藉庇抗官！即謂首告不實，應于原告坐誣。臣雖愚昧寡援，而身為地方大吏，寧能置之不問乎？李崇御亦系鎮臣獲報，其船照票不符，滿載金銀、不帶絲毫貨物；謂非來歷不明，其誰信之！臣屢將元隆等惡跡，咨明欽差大人在案。據咨上聞，案件自明；乃將各犯悉為開脫，獨參臣以「狂妄自矜」之罪。臣雖歷官巡撫，而服食、起居未脫寒酸故態；以為迂腐則有之，何敢于君父之前反蹈「矜妄」，自取罪戾乎！然臣止知有君父，不知有身家；止知報圣恩，不知避嫌怨。惟恐案情未能得實，則臣之負罪益深；此區區微忱，不敢一念之或欺者也』。隨奉旨：『將回奏情節，一并審明』。三月，大人復上章，請革職、看守審理；蓋至是，已連劾六疏矣。先是，三請革職，奉旨：『欽交事件，應盡心審明原委具奏。屢次前往，未能徹底審明，希圖朦混完結；今又請將張伯行革職?？樳【咦啵忡韫袤稹＿@事情，仍著前往審明具奏』。先生跪聆恩旨，感激涕零；將先后口供瀝陳上奏。大人復訊供文，致其詞堅，請革職、看守審理；圣祖不得已，姑允之。時先生因熱審赴常州，大人令藩司于舟中解綬去，遣游擊房世淳伴送至鎮江，看守于城隍廟；及夜分問供，多方摧折。所供不如大人指，乃傳先生幕賓代書，竟擬重辟。是時百姓無一人知者；門人子弟聞難來訊，呼吁無門，生死不可測。而先生處之恬然，讀書晝夜無間；為子侄講經書，積講義二十余篇。又向輯「四書正宗」、「學易編」皆未成，續為編輯。居潤州半載，體加充、色加睟焉。案達上，圣祖未允所擬，而令大人同先生入京。仲冬二日，渡江；至維揚，父老數千焚香拜，岸上士民夾兩岸隨舟而行，四十里不絕。越日，過邵伯、高郵，皆有儒冠、野服沿河頓首者。至淮安，總河迎會；見舟將壞，大驚曰：『何以坐此』！先生曰：『此不由己也』?？偤訛橐字?。伴送官胡同知暮夜趣渡黃河，時細雨方霏，周天如墨，濤浪洶急；從舟傾覆，而先生以總河所易舟先濟，得免。至夏鎮書院，諸生候于河次；敘契闊，皆揮淚而別。是月二十三日，至京師；先生欲赴暢春苑陛見，大人勿許，委官看守于吏部分署。翼日，圣祖諭大人同先生來，乃陛見。大人面奏曰：『他并不認罪』。圣祖曰：『他原無罪可認』！先生感泣，叩首謝曰：『臣有生之年，皆皇上所賜也』！上又曰：『此人朕還用之；當用于有錢糧衙門』。復謝恩出。明日，召對于干清宮；問話移時，命于南書房行走。臘月朔，命講「民可使由之」一章；越日，又命講「太極圖說」：皆繕摺進呈。

尋奉特旨，署總督倉場侍郎。丙申春，赴通州視事。時秋成稍歉，奉諭回戶部酌議平糶，奏發倉米二萬石；上諭：『糶完啟奏續發。仍不時巡察，使貧民得沾實惠』。閏三月，奉命發倉賑濟順天、永平二府；親往巡察。七月，巡查至永平，其守謝公賜履廉能有聲，留心社倉；因與講社倉之法，令勸諭所屬捐輸積貯，每年出陳易新以備荒災。回京，本朱子社倉法，酌十六款條奏；奉上諭，親赴永平料理社倉事宜。丁酉秋七月，上「條奏余米摺」云：『臣查紅斛進倉、平斛放米，每石原多二斗五升。今該倉書攢止報一石一斗四升四合九勺四抄，其余隱匿不報；雖止一斗五合六抄，然以通漕合算，歲約三十余萬。此項謂之「飛米」，俗所謂「飛轂轆子」是也。外又有長米二、三十萬石，曰「旗丁交剩余米」。或令旗丁領出，謂之「照米」，俗所謂「出黑檔子」是也；或令旗丁賣于他人，謂之「買余抵補」。倉場之弊甚多，此其大者；故特奏之』。又奏：『每年收米、放米，該剩余米一百余萬石。日積日多，無廒可貯；請建新廒百座』。八月，欽點順天鄉試主考。時方收糧通州，不與開列；特召入闈，蓋異數也。先生矢公矢慎，得士李蘭等二百余人，輿情洽服；所拔士子來謁者，以「學為圣賢，不可汩于勢利」，諄諄告戒焉。戊戌夏六月，又奏添設人員，協同稽察倉弊。發九卿會議，為同事者所抑，同前歲所奏均無庸議，應交部議處；奉旨：『逐一明白回奏』。乃奏曰：『臣才識短淺，尺寸未效；中心兢惕，夙夜靡寧。今九卿會議交部察議，蒙皇上不即處分，令臣回奏；臣聞命自天，感激無地。謹將前后情形，為皇上陳之。九卿會議曰：「紅斛進倉、平斛放米所多之二斗五升內，一斗四升四合九勺四抄作正項入倉；其余一斗五合六抄之米，內給旗丁回空余米三升八合、五閘盤運折耗米二升，所剩四升七合六抄作為曬揚虧折。今張伯行不將此等項款開除，止照紅斛收進、平斛放出算余米八十余萬石，請添新廒」等語。臣查曬揚虧折四升七合六抄及盤閘二升原在倉內，固無處開除也。至旗丁之三升八合，愿照者照、愿抵者抵；即使盡數照出，每年不過十余萬石。且照出倉外，方可開除；若本幫抵本幫之欠或他幫買抵他幫之欠，則三升八合又仍在倉內，安可盡數開除乎！此臣查之甚明，所以請建新倉廒；初非朦混具題也。又會議云：「所存爛米，奉旨賞給兵丁，折抵腳價；騰空廒座必多。又添新廒百座，似無不敷」等語。臣查去歲騰空廒座，原以備去歲新糧之用；至七、八月，廒座不敷，各倉監督紛紛來稟。是去歲廒座尚屬不敷，安有余剩廒座留為今歲之用乎！又會議云：「張伯行前奏新廒并未貯米，舊倉騰空甚多。不惟余米全無著落，似較去歲之米反少；恐又有「飛轂轆子」、「出黑檔子」之弊。請添員協查」等語。臣查今歲糧船未到之先，各倉呈報空廒有四、五十座；空廒多，則實米少。去歲糧舊未到之先，呈報空廒止三十四座；空廒少，則實米多。臣故曰：「似較去歲之米反少」。此今歲糧船未到之情形也。又會議云「張伯行后摺又稱新廒已派四十座；舊廒即有騰空，想已無多，尚有百萬石無廒可貯」等語。臣查七月間舊廒用完，新廒已派四十座，新米尚未收及一半；即算放二季，春檔騰空者不過四、五十座。所以奏「舊廒即有騰空，想已無多」。此今歲糧船已到之情形也。今新廒已派九十座，尚有一百二、三十萬無廒可貯；即欲請建，時已無及。惟令各倉歸并，隨騰隨派；就今日計算，仍有百萬石無廒盛貯。此臣查之甚明，并未朦混具奏也。臣查一時有一時之情形，去歲與今歲不同、今春與今秋不同。臣隨時具奏，無非慎重漕糧之意、初非敢前后朦混、任意矛盾也』。疏上，九卿無以難。

庚子十月，奉旨管理錢法。旋補授戶部右侍郎，兼管倉場總督。辛丑春，欽點會試總裁，得士儲大文等一百七十余人。秋九月，河南馬營口決，上命河南人知河務者具奏；乃具摺奏曰：『臣籍隸儀封，去黃河三里；故黃水之性，最為留心。蓋黃水不兩行，若有兩條河，水行一條，必淤一條。故一遇沖決，水分新河，舊河必淤。若舊河仍行者，則新河不過因水勢泛漲，泄其有余；水一消落，仍行舊河；此自然之勢也。今武陟縣沖決河口，不過因黃、沁并長，泛濫溢漫，泄有余之水耳；黃河之水仍舊東行。入冬以后，水勢消落，勢必盡歸舊河；稍加堵筑，即復舊矣。獨是山東運河，只借一線泉水；遇天道亢旱，泉源干涸，寸步難行。臣前任濟寧道時，會議引沁河之水以濟山東之運；后以升任，故未及行。今歲糧船淺阻山東，將至遲誤；而黃、沁交會，忽沖一缺口，直入張秋，運河糧船盡皆抵通。是今歲之運，賴此沖決以濟之也。若由此修治，引之濟運，便可成萬世之利』。越數日，接駕；蒙溫旨云：『前所奏河務，與朕意甚合』。又召進行宮，論河務；面奏『于黃、沁交會之際，建閘筑壩，重重關鎖；使不泛濫。一引沁由賈魯河以入濟濟運，一引沁由新決之河入張秋以濟運。張秋東崖五空橋安放閘板，水小則下板引沁濟運，水大則放沁入海。至于濟寧運河之西，再建閘一座；水小則引沁濟運，水大則下板引沁入湖。不但糧船遄行，而臨河之田皆成膏腴矣』。冬十月，以母病請歸??；奉旨準假，并命以便道閱視河南武涉決口。先生兼程抵家視湯藥；母耿太夫人喜，疾頓廖。遂遵旨相視河工，如期復命。壬寅春正月五日，奉旨赴千叟宴。宴畢，偕諸年老大臣至干清宮謝恩，賜坐；奉諭旨：『汝等皆大臣，當抑體君心，惠愛百姓。如張伯行為巡撫時，地方情形、米麥價值皆不時奏聞；是真能以百姓為心者也』。

先是，倉場積弊甚多；先生剔厘，不辭勞瘁。既而兼理錢法，旋升戶部，府庫、倉儲盡以委任于先生，政務日繁。先生感知遇恩，竭力圖報，晝夜廢寢食。時又奉旨發倉減價糶賣，開廠數十處；先生親往來巡查，奔走道途。于是精神、心力，銷耗殆盡。冬十月，召對澹寧居，眩暈色變；圣祖命少司寇阿公、總漕張公扶掖出，尋愈。十一月，圣祖升遐，先生感高厚恩，哀痛迫切。二十七日盡禮，無稍懈；夢寐中，時淚涔涔下。今皇上御極，深知先生公忠為國之心，又以先朝舊臣，特加眷顧，錫予每逾常格；謂先生年老，事難兼攝，命專理戶部及錢法堂。臘月二日，命同滿、漢大臣十三人至先帝梓宮前舉哀；特賜素珠一串曰：『此先帝所遺留也』。嗣后會議大政、保舉大員，時命隨親王大臣在干清門預議。又詔：『年老大臣，由東華門騎馬至箭亭下』。尋以戶部捐納收銀非先生莫能任，命與大司農田公專管其事；特恩晉正一品，追贈三代，給一品廕生。五月，值皇太后喪，會議祔廟諸禮，必誠必周。八月，皇上遣官看河，因條陳河務；略曰：『國家歲漕數百萬石，全賴會通一河；而會通一河，又借汶、泗二水以濟運。開河之始，筑堽城壩以遏汶水；又開堽城閘，引汶水由洸河至濟寧濟運。復筑金口壩以遏泗水；又開金門閘，引泗水由府河至濟寧濟運。迨其后，宋禮聽老人白英之計，筑戴村壩引汶水于南旺分流濟運，遂置泗水于不問。由是府河大半淤塞，泗河之水乃不至濟寧馬場湖而合沂水以出魯橋矣。今宜于秋收之后人民空閑，大開府河，使泗水由金口閘入府河，至濟寧馬場湖蓄之濟運；又于泗上諸泉源大加疏浚，其逆流紆道者改之、亂石壅塞者順之、脈絡不通者浚之，務使水勢暢流，則諸泉之入湖者無窮，而所蓄必多：或轉遲為速之一法也。至濟寧到臺莊相去四百里，其中閘將及二十座；而臺莊以下至淮、黃交會之處，中間將及四百里，并無蓄水之閘。所以每逢天旱，臺莊上下不無淺阻；宜于臺莊之下、徐塘口之上建閘一座，以備蓄泄：其于河道或有補益。此臣所知，謹據實奏聞』。上遽命議行。九月，遷禮部尚書。

冬十月，進「濂洛關閩書集解」，特賜「禮樂名臣」四大字。次日，奉旨搜閱會試遺卷，續進士榜。越數日，上以手所持木瓜賜之。翼日，復啟事；上顧謂親王大臣曰：『張伯行，近愈強健也』。十一月，皇上親郊，前三日視牲之禮，向皆王公、大學士行之；至是，太常以視牲請，而上以命先生，蓋特典也。甲辰春二月，進「續近思錄」、「廣近思錄」、「張南軒集」、「陳克齋集」、「陳北溪集」、「許魯齋集」諸書，賜食而出。四月，差赴闕里致祭崇圣祠追王至圣五代，賜涼帽、蟒服、錦緞、珍物八種；命以便道回家省親。五月，至京復命。六月，奉旨會議圣廟從祀；倡議以明儒羅欽順、本朝陸隴其從祀兩廡，又以宋儒張子之父張迪配享崇圣祠。乙巳春正月，檢點生平文集及所論著纂輯諸書未刻者，授子師載曰：『此吾生未了事，汝當次第授梓，不可畏難而中輟也』！