又訊據賊供武漢賊情曲折，一并聲明。奉上諭：“曾國藩等以剿賊自任，雖當乘此機會，急思順流而下，以次攻復沿江諸城，然須計出萬全，謀定后戰，方無挫衄虞。若能由九江、安慶直抵金陵，使長江數千里盡蕩妖氛，則從征將弁，朕必破格施恩，以酬懋績。”欽此。總督楊公霈自德安入駐武昌，時賊已退出黃州。
南則踞興國州，北則屯聚蘄州、廣濟，仍以船為巢穴。公與楊公會商進剿，分為三路：以塔齊布公統率湖南兵勇，進剿興國、大治為南路，派提督桂明等領鄂省兵勇進剿蘄州、廣濟等處為北路，公自督水軍浮江而下。
九月初七日，馳奏統籌三路進兵分別水陸先后直搗下游一摺。附片奏請飭諭陜西撫臣籌銀二十四萬兩，解赴行營。又片奏參都司成名標監造船工，浮開款項，請革職查辦。是日，又具摺匯保出力員弁兵勇第二單。奉上諭：“曾國藩等奏統籌三路進兵直搗下游一摺。覽奏布置各情，甚合機宜。以長江大局而論，楚北上游既已漸次肅清，則各路官軍乘勝東趨，自成破竹之勢。但兵機移步換形，賊情亦詭詐百出，總須出奇應變，步步為營，以免孤軍深入，方操勝算。其桂明一軍，較之楚南兵勇，強弱是否相當？倘彼強此弱，南岸被剿緊急，該逆必至伺隙北渡，該督等曾否慮及？此次東下之師，關系大局轉機，務期成算在胸，相機籌辦，能制賊而不為賊制，庶可次第廓清也！所請飭撥陜西餉銀，已諭知王慶云照數籌撥，源源接濟矣。”欽此。十三日，馳摺恭謝天恩，并奏陳：奉命署理湖北巡撫，于公事毫無所益，于臣心萬難自安。臣統率水師，即日啟行，于鄂垣善后事宜不能兼顧。且母喪未除，遽就官職，得罪名教，何以自立？是以不敢接受關防，仍由督臣收存。公前奉上諭“曾國藩雖系署任巡撫，而剿賊之事重于地方”等因。是摺未奏到時，奉上諭：“曾國藩著賞給兵部侍郎銜，辦理軍務，毋庸署理湖北巡撫。陶恩培著補授湖北巡撫。未到任以前，著楊霈兼署。”欽此。是摺奏到，奉朱批：“朕料汝必辭，又念及整師東下，署撫空有其名，故已降旨，令汝毋庸署湖北巡撫，賞給兵部侍郎銜。汝此奏雖不盡屬固執，然官銜竟不書署撫，好名之過尚小，違旨之罪甚大，著嚴行申飭！”欽此。又奉上諭：“曾國藩既無地方之責，即可專力進剿。但必須統籌全局，毋令逆匪南北紛竄，方為妥善。并隨時知照江、皖各撫及托明阿、向榮等四路兜擊，以期直搗金陵。固不可遷延觀望，坐失事機；亦不可銳進貪功，致有貽誤。諒曾國藩等必能兼權熟計，迅奏膚功也！”
欽此。水師楊公載福領戰船先行，公與李孟群等繼進。南路陸營以十三日拔營進剿，北路陸軍魁玉、楊昌泗等以十七日拔營。十九日，水師破賊于蘄州城下。二十一日，塔齊布公克復大冶縣城，羅公澤南等克復興國州城。公舟次黃州，按行前總督吳文節公堵城營壘，于其殉難之處，為文以祭之，詞甚哀厲。（祭文稿今佚。）二十七日，公駐舟道士γ，馳奏陸軍克復興國、大冶，水師在蘄州勝仗一摺。附片奏探明賊蹤，于田家鎮堅壘抗拒，橫江鐵鎖二道，擬先攻半壁山，奪其要隘。又具摺奏稱：臣自入鄂城以來，采訪輿論，僉謂武昌再陷之由，實因崇綸、臺涌辦理不善。督臣吳文忠勤憂國，殉難甚烈，官民至今思之。即于前撫臣青麟，亦尚多哀憐之語，無怨憾之詞。前任督撫優劣情形，以及年馀之成敗始未，關系東南大局，不敢不據實縷陳。又奏遵保出力員弁兵勇第三次匯單請獎一摺。
奉上諭“蘄州賊勢尚眾，水師既經攻剿得手，何以桂明等陸路一軍未能趕到？曾國藩經朕畀以剿賊重任，事權不可不專，自桂明以下文武各員，均歸節制，倘有不遵調遣，或遷延畏葸貽誤事機者，即著該侍郎專銜參奏，以肅戎行”等因。欽此。是月奉旨：“胡林翼調湖北按察使，楊載福補湖南常德協副將，羅澤南授浙江寧紹臺道，均督勇剿賊。”欽此。二十九日，蘄州賊船上犯，楊公載福、彭公玉麟等縱火盡焚之。
十月初一日，羅公澤南陸軍破賊于半壁山，奪其營柵。初四日，羅公澤南等大破賊于半壁山，殲賊逾萬人。初五日，賊至，復擊破之。初七日，馳奏陸軍踏破半壁山賊壘水師續獲勝仗一摺，陣亡員弁何如海、石熾然、徐國本請恤。附片專奏營官白人虎陣亡請恤。又片奏查明前湖北道員劉若殉難情形，請飭部議恤。
又片奏軍中子藥概系湖南支應，今全軍將出楚境，距湘省千數百里，請旨飭江西撫臣遴委干員，籌款開局，監制火藥，鑄造鐵子鉛彈，解營接濟。是日，具摺謝恩賞兵部侍郎銜。附片陳明前摺未署署湖北巡撫新銜，奉批諭申飭，蒙恩寬宥，謹奏申謝。又代奏浙江寧紹臺道羅澤南呈謝天恩，仍請留營剿辦賊匪。初八日，水師攻賊船于蘄州，繞出賊前。初十日，賊船退至田家鎮南岸，鐵鎖已為陸營湘勇斫斷。楊公載福、彭公玉麟督水軍于十三日攻斷江中鐵鏈，舟師飛槳而下，至鄔穴縱火焚賊舟。適東南風大作，賊船四千五百馀號皆盡，伏尸萬數。田家鎮北岸之賊大潰，毀營而遁。十四日，馳奏南路陸軍大捷、斃賊萬馀、斫斷江岸鐵鎖、水師屢獲勝仗一摺。隨摺奏保李續賓、彭三元、普承堯三員，陣亡千總蕭吉祥請恤。附片奏陳賊蹤遍擾，驛郵多梗，偵探難遣，文報難通，江、皖各營不克隨時知照，請旨飭軍械處，將江南、北大營現在情形及紅單船現泊何處，隨時示知行營，期通消息。奉朱批：“獲此大勝，皆因汝等和衷共濟，調度有方，故能將士用命，以少擊眾。朕披覽之馀，感慰莫能言喻，仍另有旨。”欽此。奉上諭“此次我軍陸路奪取半壁山，水師屢獲大勝，逆賊不敢復窺南岸，辦理甚為得手。據奏北兵不甚得力，究竟桂明一軍現在何處？何以未與南軍會合？著楊霈親督后軍，迅速前進，為曾國藩等后路聲援，不準稍有遷延，致滋貽誤”等因。欽此。十四夜，蘄州之賊棄城竄去。水師追賊，船至九江城下。塔齊布公陸軍破平南岸富池囗賊壘。二十日，與羅公澤南率師渡江而北。二十一日，公舟次田家鎮，馳奏官軍水陸大捷、燒毀賊船四千馀號、田家鎮蘄州兩處賊悉潰竄一摺。隨摺奏保副將楊載福、同知彭玉麟、道員羅澤南、游擊普承堯、水師將弁劉培元、秦國錄、孫昌國、洪定升八員。附片奏報水師前隊追逐賊宗已至九江城外，陸軍即日渡江北岸進剿。又片奏臣等一軍，以肅清江面直搗金陵為主，設該逆旁竄他縣，陸軍竟難兼顧，請旨飭各路帶兵大臣及各省督撫擇要堵御，預防流賊之患。奉朱批：“續獲此勝，皆因汝等籌畫盡心，朕甚廑念。”欽此。又奉上諭：“曾國藩、塔齊布自岳州統師東下以來，沿江攻克城池，殲除丑類，所向克捷。緣由同心戮力，調度有方。節次披覽奏章，朕心實深欣慰。在事文武員弁兵勇亦能人人用命，奮不顧身，尤堪嘉獎。”欽此。陸軍渡江，循北岸而下。二十六日，遇賊于蓮花橋，擊破之。二十六日，克復廣濟縣城。水師追擊賊船，二十八日戰于九江城外，破之。
十一月初一日，陸師破賊于雙城驛。初三日，破賊于夏新橋。初四日，克復黃梅縣城。初六日，馳奏蓮花橋勝仗克復廣濟及水師九江勝仗一摺。陣亡將弁蘇勝、鄭沐、李金梁請恤。附片預報黃梅勝仗，并陳桂明一軍未能會剿緣由。又附片奏蘄州州判魏作霖殉難，請恤。又片奏調湖南永州府知府張丞實來營，添募湘勇，交該守管帶，以厚兵力。又附片奏報服關日期，現在辦理軍務，在營釋服。
是日具摺奏保克復武漢及興國、大冶、蘄州各案水陸兩軍出力員弁兵勇共三百四十人，開單請獎。羅公澤南自黃梅拔營進剿，破賊于濯港。十一日，公馳奏雙城驛、大河埔、夏新橋勝仗黃梅克復一摺。隨摺奏保周發勝、佘星元、滕國獻三弁，陣亡千總王映軫，請恤。附片奏濯港勝仗。又奏陳近日剿辦情形一摺。奏稱：九江賊船不多，我師兩次苦戰，未能大挫兇鋒，皆因兩岸賊營太多，水陸依護，抵拒甚力。我之水師與陸軍隔絕，晝夜戒嚴，勞苦倍甚。并陳可恃者數端，可慮者說數端。時迭奉諭旨，令湖北、江西兩省派兵會剿，總督楊公霈派桂明一軍留駐黃州，魁玉、楊昌泗隨同剿賊。蘄州以下，楊公霈自駐黃梅、廣濟之間。江西派臬司惲光宸、總兵趙如勝駐軍九江境上。皆奉旨歸公節制調度。又奉上諭：“楊霈奏克復廣濟、黃梅一摺，所敘進攻九江情形，似該郡賊黨尚復不少。塔齊布渡江而北，南岸官軍即不能得手，是江西陸路兵勇殊不足恃，塔齊布仍須渡回南岸。
倘南北兩岸專恃一塔齊布奔馳追剿，則湖北、江西兩省官兵，豈不皆成虛設耶？“
欽此。十二日，塔齊布公、羅公澤南等破賊于孔隴驛。十三日，小池囗賊遁去。
十四日，水師焚賊船，潯郡江面賊宗略盡。公即日進駐九江城外。十五日，塔公陸軍抵小池囗。水師擊破賊船，進泊湖囗。賊踞守九江，堅不可下。十八日，陸軍渡江南岸，駐營九江南門外。二十一日，馳奏濯港孔隴驛小池囗勝仗、潯郡江面肅清，水師進扼湖囗一摺。隨摺奏保朱南桂、童添云二員。附片奏參鄂軍營官李光榮所帶川勇擄掠滋擾，請革職訊辦。又片奏稱：攻圍九江陸兵單薄，湖北臬司胡林翼識略冠時，已札飭帶勇二千，駐防田家鎮，就近飛調該軍來潯助剿；副將王國才、都司畢金科樸實勇敢，馭軍有法，請撥帶勁旅，交臣調遣；皖省道員何桂珍、知縣李沛蒼在六安等處帶勇防剿，亦請歸臣調遣。又片奏請旨飭江西撫臣趕造攻具，解交行營。均奉旨允準。又奉上諭：“曾國藩、塔齊布運籌決勝，戮力同心，麾下戰士率皆轉戰無前，爭先用命，皆由曾國藩等調度有方。覽奏之馀，實堪嘉慰。曾國藩著賞穿黃馬褂，并發去狐腿黃馬褂一件，白玉四喜搬指一個，白玉巴圖魯翎管一枝，玉靶小刀一柄，火鐮一把，交曾國藩祗領，以示優獎。”欽此。賊踞九江、湖囗兩域，浚濠堅壘，結木于湖囗城下，以阻官軍入湖之路，而別筑石于梅家洲，水陸相倚。賊舟屯踞大姑塘，擾犯南康府。二十一日，羅公澤南湘軍渡江未畢，為賊所乘，回軍擊卻之。彭公林翼軍亦至，均駐九江城外。水軍登岸攻賊，屢破之。賊每乘夜驚營，水師亦徹夜戒嚴。二月初一日，陸軍合攻九江城，未克。初三日，馳奏水軍屢獲勝仗、陸軍圍逼潯城、現籌攻剿情形一摺。陣亡將弁曾獻成、周福友、羅嘉典請恤。奉上諭：“我軍自肅清潯江進扼湖囗以后，滿擬九江郡城乘勝可克，乃連日焚毀賊船，蹋破賊壘。而該逆死黨仍負固堅守，殊屬兇悍。賊情變幻靡常，著曾國藩、塔齊布相機籌畫，不可稍有孟浪，致誤事機。”欽此。初六日，胡公林翼、羅公澤南擊賊于梅家洲，破之。
水師乘勢攻破湖囗木賊卡。初八日，童壯節公添云因攻城受傷，卒于軍。初十日，水陸合攻湖囗賊營，未克。十二日，水師舢板駛入內湖，焚賊舟數十號，乘勝追逐至大姑塘以上。賊復于湖囗設卡筑壘增柵，以斷其后。舢板船遂不得出。
其在外江者，皆快蟹、長龍諸大船，掉運不靈，賊以小艇乘夜來襲，戰船被焚者三十九號，馀皆退回九江大營。十四日，馳奏九江、湖囗水陸攻剿情形一摺。隨摺奏保劉國斌、孫昌國二弁，陣亡參將童添云暨兵弁葉楚南、楊玉芳、黃韻南、姜凌浩請恤。水師既退，集九江城外湖囗之賊分股渡江，踞小池囗皖賊復上犯鄂境。公派周鳳山陸營渡江，攻剿小池囗賊壘，大挫而還。公急調胡林翼、羅澤南回援九江，駐營南岸官牌夾。二十五日，賊復以小艇夜襲水軍，放火焚戰船十馀號。公座船陷于賊，文卷冊牘俱失。公棹小舟馳入陸軍以免。調舟師悉泊南岸，與羅公澤南湘勇陸營，緊相依護。糧臺輜重各船皆退駛至鄔穴，以上戰艦亦多潰而上溯者。公憤極，欲策馬赴敵以死，羅公澤南、劉公蓉及幕友等力止之。三十日，馳奏水師在內湖三獲勝仗一摺，外江水師兩次敗挫一摺。奏稱：水師屢獲大捷，聲威尤震。自至湖囗苦戰經月，忽有挫失，皆由臣國藩調度無方，請交部嚴加議處。水師陣亡將弁史久立、李允升、李選眾、沈光榮、葛榮冊及座船弁兵劉盛槐等請恤。奉上諭：“水師銳氣過甚，由湖囗駛至姑塘以上，長龍、三板各船與外江師船隔絕，以致逆氛頓熾，兩次被賊襲營，辦理未為得手。曾國藩自出岳州以后，與塔齊布等協力同心，掃除群丑，此時偶有小挫，尚與大局無損。曾國藩自請嚴議之處，著加恩寬免。”欽此。楊公載福留鄔穴養病，聞敗，力疾而下，督戰船拒賊卻之。尋以病甚回籍。水軍在外江者，李公孟群、彭公玉麟與陸軍依岸而守；其入鄱湖者，營官蕭捷三、段瑩器、孫昌國、黃翼升等領之。由是水師遂有內湖、外江之分。
是歲正月，科爾沁郡王僧格林沁及勝保公督兵相破于獨流。二月，破賊于阜城。三月，賊由安徽分股竄山東，陷臨清州。四月，勝保公殲賊于臨清，僧王大軍克阜城。五月，賊陷高唐州，大兵圍之。江北大軍五去冬收復揚州，賊竄踞瓜洲。
是年二月，瞿威壯公騰龍陣亡于瓜洲。賊陷太平府，孫文節公銘恩死之。閏七月，江南官軍克太平府，江督師文勤公琦善卒于軍，江寧將軍托明阿代其任。
蘆州陷后，皖北城邑多殘破，詔以福濟為安徽巡撫。江南大營復遣提督和春以兵援皖。五月，克六安州。捻匪乘亂起于皖、豫之交，副都御史袁公甲三督師駐臨淮關防剿。何公桂珍奉旨授皖南兵備道。道阻不得之任，袁公委以帶勇剿賊，駐于霍山。屢有功，欲西與楚軍會合。公亦疏調來營，阻于賊而不能達。