六月初三日，公駐建德縣。馳摺奏：安慶之圍，不可撤動，蓋取以上游制下游之勢。臣南岸一軍，先守徽、寧要縣，暫不深入，庶免賊抄我后路之虞。至于地方公事，未可置為緩圖。臣在皖南駐扎行營，仍于安慶水次設立老營，規模與行省衙署相似。歷年文卷概存水次官署，專委司道大員經管。其地方尋常事件，即令代拆代行，緊要者匯封送營核辦。此臣兼管地方變通辦理之大概也。附片奏已革守備成名標請開復原官。又片奏水師各營候補候選人員，請援照咸豐六年奏準前案，各照升銜，給予封典。又片奏調四川萬縣知縣馮卓懷來營差委。又奏副將成發翔復姓歸宗一案。初四日，拔營啟行。初九日，途次奉到上諭：“曾國藩現已抽調兵勇萬人，由宿松進駐祁門，俟鮑超、張運蘭、李元度到后，即行分路進兵。具見胸有成竹，謀定后戰。惟蘇省待援迫切，該署督惟當催令鮑超等迅速來營，會籌進剿。但能援師早到一日，即早一日救民水火，實深殷盼。該署督現統兵勇較單，未可輕率前進，宜加持重為要。”欽此。十一日，行抵祁門縣。各軍以次集，公調派擇要駐營。十三日，派員專管地方案牘。其時文卷，日以繁多，乃仿照平時衙署章程，分別吏、戶、禮、兵、刑、工六科，擇書吏收貯，匯歸安慶老營。十六日，奏報行抵祁門日期一摺。并奏陳：鮑超、張運蘭均難刻期至皖，左宗棠、李元度新募之勇，則須七八月間陸續前來。臣兵力過單，未敢輕進。又具摺奏稱：楊載福、彭玉麟本系臣之舊部，茲復奉旨，歸臣調遣，自應欽遵辦理。

惟軍情未可遙度，奏報不可太遲。楊載福統率水師，謀勇器識，度越諸將。所有江面戰守事宜，仍令該提督自行具奏。附片奏：欽奉寄諭“徽、寧等府，本曾國藩兼轄地方，該處軍務，并由該署督督辦，自覺事權歸一”等因。臣查詢徽、寧兩郡兵勇不能得力。臣初到祁門，情形未熟，兵將未齊，未便接辦皖南軍務。張芾所部各軍，應暫由該副都御史統籌調度。是日，又與官文公、胡公林翼會奏請令左宗棠督勇來皖一摺。維時張公芾在徽州被人糾劾，而左公宗棠曾奉旨赴川省督辦軍務也。公治軍八載，轉戰兩湖、江、皖等省，與地方大吏，分主客之勢。

至是兼任疆圻，百務填委。乃以安慶水次為老營，設立行署，奏派大員，總理地方文卷，札委銀錢所、軍械所、發審所各員弁，刊發營制營規，訓飭各營將領士卒，刊發《居官要語》一編，訓飭僚吏，密札司道，舉劾屬員，札各營統領，舉劾營官哨弁，均得以密函上達。札飭道府州縣官，訪求地方利病、山川險要，留心所屬紳民之才俊、田野之樹畜。現前急應辦理事件，均用書函答復。出示曉諭江南北士民凡六條：其一，禁官民奢侈之習。謂吳中民俗好善，而遭禍之故，由于繁華。其二，令紳民保舉人才。以兩江之才，足平兩江之亂。其三，安插流徙。

凡衣冠右族、經生大儒與殉難死事之家，均令地方官加意存恤，貧乏者給予囗食之資。其四，求聞己過。凡己之過失與軍中各弊端，許據實直告。其五，旌表節義。于行營設立忠義局，委員采訪，詳復事實，或由地方官匯報，或由該家屬親鄰徑稟，隨時匯案具奏。請建總祠總坊，其死事尤烈者，另建專祠專坊，以慰忠魂而維風化。其六，禁止辦團。軍興以來，各省團練未聞守城殺賊之攻，徒有斂費擾民之害。自后非其地、非其人，毋得擅自舉辦，其從前各處練丁支領囗糧者，概予裁撤。又出示曉諭軍營兵勇，嚴禁騷擾，三令五申，詞極剴切。接見守令各員，教之以廉靜為體，以善聽斷為用。雖軍事倥傯之時，而修理秩然不紊矣。二十日，公子紀澤來營省視。江蘇城邑，擾陷殆遍，避賊者群集于上海。賊復陷松江，撲犯上海，薛公煥督官軍固守。賊之入浙江者，圍湖州，逼近杭州，分陷各屬城邑。皖南之賊，攻圍寧國甚急。官紳皆望公以軍赴援，公牘私函至者日以十數。公以軍將未集，弗能遽進也。公之在營也，未明即起，黎明出巡營壘，閱操練。日中清文卷，接見賓僚，以其馀時披覽書史，不使身心有頃刻之暇逸。嘗稱時局艱難，惟勞勤心力者可以補救。前后數十年，治軍治官，雖當困苦危險之際，以至功成名遂之時，不改其度焉。二十四日，奉上諭：“兩江總督著曾國藩補授，并授為欽差大臣，督辦江南軍務。”欽此。

七月初三日，馳奏欽奉諭旨斟酌進兵兼顧皖南軍務一摺。奏稱：臣自行抵祁門后，瑞昌、王有齡迭次催臣援浙，張芾亦催撥兵赴援寧國。欽奉諭旨，飭臣斟酌辦理。臣以鮑超尚未旋鄂，張運蘭一軍雖入江西境，又經撫臣毓科留防。袁州新軍未齊，統將未至，往返商辦，徒托空言。且待兵將齊集，察賊勢最重之處，疾趨而痛剿之。至徽、寧兩處防軍，歷年取用浙餉，約計千萬，浙中恃為長城，本省別無防守之師，一旦藩籬盡撤，任賊長驅，杭州慘遭浩劫，周天受、張芾不能不任其咎。皖南地方遼闊，處處與江浙毗連，一片逆氛，幾無完土。惟系臣兼轄地方，自應力籌兼顧。如奉旨歸臣督辦，斷不能更顧浙江。又具摺奏保道員李鴻章，請簡授江北地方實缺，興辦淮揚水師。附片奏江南河道總督，奉諭旨裁撤，添設總兵一員，特保水師營官副將黃翼升，請簡授淮揚鎮總兵一缺。又具摺奏湖南平江縣，捐建忠義祠，匯祀陣亡員弁勇丁，請列入祀典，飭地方官春秋致祭。

附片奏行營設忠義局，采訪江蘇、安徽等省歷年剿賊陣亡殉難官紳士女，隨時奏請，分別旌恤。茲以寧國縣殉難紳士程枚一家男女十人為第一案。初七日，兵部火票遞到補授總督諭旨。同日奉上諭：“薛煥僻處海隅，兵力單弱，剿辦恐難得手。此時蘇、常一帶并無重兵攻剿，都興阿尚在英山駐扎。江北各軍，無人總統，深恐賊勢北趨，剿辦愈難措手。曾國藩現授為欽差大臣，事權歸一，責無旁貸，大江南北，均應妥為布置。著即飛催左宗棠、李元度、鮑超、張運蘭等到齊，由池州、廣德分路進兵，規復蘇、常。其江北一帶尤為緊要。應如何布置之處，并著先行籌畫，免至臨事周張。該大臣膺茲重任，務當統籌全局，迅掃逆氛，以副委任。”欽此。初十日，置木匭于營門外，許軍民人等投書言事。十二日，公拜發恭謝天恩一摺。奉朱批：“卿數載軍營，歷練已深。惟不可師心自用，務期虛己用人，和衷共濟，但不可無定見耳。”欽此。公又奏通籌全局一摺。奏稱：左宗棠、李元度、鮑超、張運蘭均未到皖。頃聞竄杭之賊回撲廣德，州城失守；寧國一城，群賊環萃，勢孤援絕。目下皖南危乎其危。臣軍調齊以后，須攻廣德，援寧國，不能繞越皖境，徑趨蘇、常，上海、嘉興相距愈遠，文報梗塞，實難兼顧。至江北軍務，迭奉諭旨，飭催都興阿馳赴揚州，迄今未能成行。以臣愚見，淮、徐風氣剛勁，不患無可招之勇，但患無訓練之人。抑即函商官文、都興阿酌帶楚軍千人，先行馳往。到江北后，用楚軍之營制，練淮、徐之勇丁。若得一二名將出乎其間，則兩淮之勁旅，不減三楚之聲威。臣力所能勉者，當勤懇以圖之，力所不逮，亦不敢欺飾。又奏保新授浙江溫處道李元度調補皖南道缺一摺。江浙賊氛大熾，紛紛請援于公。十四日，接奉派兵援剿寧國之旨。十五日，接奉由嚴州轉戰而東赴援浙江之旨。十七日，接奉統師南下，規復蘇、常郡縣之旨。二十一日，接奉派兵救援浙省之旨。二十二日，馳奏復陳四次諭旨一摺。奏稱：臣由皖南進兵，以急援寧國、急攻廣德為要。力不能兼顧，則以專救寧國為要。徽、寧等屬，一片賊氛，皖南不安，臣軍且有岌岌不保之勢，何能屏蔽浙江？更何能規復蘇、常？目下兵力未齊，上不能分圣主宵旰之憂，下不能慰蘇人云霓之望，寸心負疚，惶悚無地。附片奏團練一事，實為地方大弊，皖南嶺隘紛歧，若筑碉設卡，尚可以資防守。在籍編修宋夢蘭，眾論稱許，請賞加侍講銜，令其董勸紳民，興筑碉堡。又片奏保安徽臬司毛鴻賓堪勝江蘇藩司之任。又奏報江長貴收復廣德州城一片。是日，接奉上海危急設法救援之旨。又奉派撥兵勇赴援寧國之旨。

二十四日，張公運蘭到祁門營。二十八日，拔營由徽州、旌德進援寧國。是月薛公煥擊賊，卻之，上海解嚴。張玉良攻嘉興不克，全軍敗潰，杭州戒嚴。賊陷金壇縣，周威毅公天孚等死之。賊殺戮極慘。京囗將軍巴棟阿守鎮江府，派提督馮子材攻丹陽。

八月初一日，公出至漁亭，巡視營壘。奉到上諭：“張芾著即來京。所有皖南軍務，統歸曾國藩督辦，周天受著交曾國藩差委。”欽此。又奉上諭“薛煥片奏江南賊匪滋蔓難圖，惟以重兵直搗金陵，該逆必回顧根本等語。著曾國藩體察情形，或即先搗金陵，亦可牽制賊勢”等因。欽此。公調派副將宋國永代領鮑超所部霆字營一軍，進攻涇縣，以援寧國。李元度新募平江勇，行抵江西貴溪。公亟調來徽州會剿。初三日，馳奏張運蘭、宋國永分路進兵日期一摺。附片奏：上海情形已松，臣軍未能即圖金陵。又片奏：杭城危急，浙省賊勢浩大，非數千人所能救全。必須左宗棠新軍到后，配足萬人，乃可赴杭援剿。駱秉章奉命督辦四川軍務，奏請左宗棠入蜀，湖南本省空虛，人心驚恐，左宗棠未克成行。懇恩敕令駱秉章暫緩入蜀，俾左宗棠星夜兼程來皖，合兩湖、江西之全力，以救浙而攻蘇，或有補于萬一。初七日，李元度領軍到祁門。賊再陷廣德州，攻撲寧國府。