新聞界對于1885年鐵路干線協議的制定大肆宣揚，并把該協議稱為"海盜號協議"。23皮爾龐特一手創下這輝煌的成功，乃至于那樣吝于贊揚他的朱尼厄斯都告訴范妮說："要是我去，也不可能像皮爾龐特那樣，對西岸鐵路爭端處理得如此漂亮。"24當朱尼厄斯說出這番前所未有的贊美之辭時，皮爾龐特正值48歲。他再一次完成了工業仲裁的任務，這種任務后來就由法庭或是由公共事務委員會來承擔了。在混亂的領主時代，競爭是赤裸裸的、殘忍的，商人們缺乏他們可以討論共同問題的工商組織。因此銀行家們常常可以作為中立方出面干預，尤其當銀行本來就和兩家公司都有業務關系時，就像德雷克塞爾——摩根公司那樣。多年以來，皮爾龐特聘請的都是最為精明的律師。然而多年來他更喜歡英國式的商業手腕——那種非正式的交易，例如，呷著白蘭地和叼著雪茄煙握手言歡，銀行家們衣冠楚楚，上漿硬領筆挺，在俱樂部里友好地交談。摩根家族的人從來就不喜歡訴訟。在某次鐵路糾紛事件中，朱尼厄斯寫信給皮爾龐特："我希望你不要被誘入訴訟中去。人生短暫，不足以應付訴訟。"25鐵路公司之間的血腥競爭在19世紀80年代更加激烈。好幾家鐵路公司都瀕臨破產的邊緣。1886年，德雷克塞爾——摩根重組了龐大的費城和雷丁鐵路公司。這一舉措涉及要認購發行較低利率的新的債券，并且要估定股東們的資產值，以便減輕鐵路公司的負擔。重整后的公司后來被摩根的一位死敵所接管。他就是阿奇博爾德·麥克利歐德。日后他宣稱道："我寧可去擺攤賣花生米，也不愿對摩根俯首聽命。"26麥克利歐德公然與摩根對抗，并且侵入摩根其他的鐵路經營領地。這次教訓使摩根深信，不應該在改組公司之后把大權放諸他人之手。

美國鐵路系統的一個根本弱點就是復線過多。這種競爭使得各公司陷于依靠削減運費和削減工資來支付債務的惡性循環里。與此同時，他們最大的主顧，尤其是洛克菲勒石油公司和卡內基鋼鐵公司，迫使他們對大宗貨物運輸給予優惠回扣，從而激怒了西部那些小農場主和勢單力薄的生意人，引發了要求政府管制的呼聲。對于作為鐵路壟斷象征的摩根來說，絕對的自由競爭永遠是不可取的。多年以后他說："美國公眾們似乎不愿承認這樣一個事實……他們可以選擇受管制的法律協議或不受管制的非法律協議。早在五十多年前，我們就應該摒棄那種站不住腳的教條，即認為自由競爭能保護公眾利益。"27隨后我們將不斷地看到，摩根財團總是認為政府調控勝于自由競爭，而私人壟斷又勝于上述兩者。

在1887年，國會通過了州際商業法案，成立了第一個監管委員會，把競爭作為準則，并取消有爭議的回扣。支持這個法案的派別背景各異，身份不一，有小規模貨物運輸者，也有鐵路公司本身。鐵路公司接受了政府管制不可避免的現實，并希望能通過恰當的法規，實現他們急需的市場穩定。但是在州際監管委員會成立六個月之后，回扣又出現了。因此在1888年，鐵路公司的首腦人物們決定在皮爾龐特·摩根的主持下，移花接木，將他們自己的自我監管形式套到州際商業委員會的框架之上。

1882年的12月間，報紙的讀者們飽覽了關于在摩根默里山莊家中所進行的種種秘密活動的報道。密切監視著這所宅邸的記者們看見成群結隊的西部鐵路公司首腦和銀行家們云集于此。來客中包括聯合太平洋公司的查爾斯·弗朗西斯·亞當斯和代表密蘇里太平洋鐵路的重病纏身的杰伊·古爾德。摩根的住宅被記者們團團包圍。他們不停地撳響門鈴，還把看戲用的小望遠鏡貼在窗戶上。室內，皮爾龐特坐在他那大書桌的一頭，做了如下的開場白："此次會議的目的，是要使本組織的各位成員在懷疑自己受到損害時，不要將法律玩弄于個人的股掌之間。這種現象以前司空見慣……在任何一個文明社會都無此習俗，因此更沒有理由認為在鐵路運輸界可以如此行為。"28很明顯，皮爾龐特的歐洲經歷形成了他這套理論的框架。

在得到巴林財團和布朗兄弟公司代表的支持之后，皮爾龐特向鐵路大亨們提出如下建議：如果他們能停止削價和你死我活的競爭，那么金融家們將停止為其競爭對手承銷證券。這的確不失為一項明智的舉措。當華爾街指責鐵路公司不負責任的行為時，鐵路公司則責備華爾街發行過多的證券，由此造成了過度擴張，導致價格大戰。摩根本人就曾受到這樣的責難；他資助了一些資本過多的鐵路公司，結果這些鐵路公司負債過高，難以抵擋經濟蕭條。1888年12月的會議確定了一個"紳士協定"，即在60天內保持運輸價格不變，其后，這些紳士們將再度聚會于此，共商大計。

1889年1月，類似的一次聚會在摩根的"黑色書房"中再度舉行。這一次會議制定出了一項計劃，要建立一個龐大的中央集團組織，即州際商業鐵路協會，來規范整個鐵路系統。這個大組織將規定運費，仲裁爭端，并對違反規定的公司量罪論罰。皮爾龐特將擔任這一卡特爾壟斷組織的首腦。紐約《太陽報》將這一新的組織稱為"鐵路管理方式上的巨大革命"。29然而后來由于受到西部運輸費用競爭的沉重壓力，這一新組織很快就分崩離析了。

在1890年12月15日召開的一次會議上，皮爾龐特對于維護鐵路穩定進行了最后一搏。除了原來那些鐵路界的泰斗之外，新參加此次會議的還有伊利諾斯中央鐵路的斯泰弗森特·菲什、大北方公司的詹姆斯·希爾和北太平洋公司的T.F.奧克斯。皮爾龐特提出如下一項計劃：提議成立一個西部交通協會。該協會將由來自每個鐵路公司的一名董事組成，并由他們共同制定統一運費；任何有舞弊行為的公司都將被摒棄于行業之外。摩根對于自己的計劃深感滿意。他以一種少有的在公眾面前的坦率態度對一位記者透露說："想想吧——芝加哥和圣路易斯以西的全部互相競爭的鐵路公司，都將被置于大約30個人的控制之下！"30這一番話究其本意是美好的天真，實際上卻是一種危險的盲目。在他內心，皮爾龐特對于自身的公正和良好的判斷能力如此堅信不移，以至于他沒有看到將美國經濟中的很大一部分控制在他個人手中的危害性。《紐約先驅報》對他大肆吹捧，稱之為"巨型鐵路托拉斯之王"。31然而不久之后，這項宏圖大略也化為了泡影。

歸根結底，"紳士協定"沒能逃脫卡特爾組織的歷史命運，他們無法控制協議之外的小的競爭對手。而正是這些人削減了運費，圍逼更大的強敵，并贏得新的業務。由于這些暗中欺詐和缺乏約束的行為，"紳士協定"很快就破了產。即使現今權傾一時的皮爾龐特·摩根也無法解決這一體系結構上的痼疾。這些問題是由于過多的鐵路公司追逐過少的主顧，各公司又債臺高筑而造成的。在1893年的經濟危機中，數十家鐵路公司紛紛倒閉。皮爾龐特重新改組了其中許多公司，并運用了一些頗有爭議的策略來恢復秩序。

皮爾龐特的這一段生活歷程表現出他真實的心病不是金錢，而是權力。這不是那種病理學上所稱的權欲，也不是要凌駕于一切人之上，并被籠罩在光環之中的權欲（雖然不排除這一動機）。他所要求的是那種能整頓混亂顛倒的金融領域，撥亂反正的權力。在強盜領主中，摩根是唯一由于過度注重道德而受折磨的一位。他深信，當其他人被這一時代令人目眩的變化和經濟變革的速度弄得不知所措時，他是唯一能夠解決難題的人。

隨著摩根財團的權勢與日俱增，它成為美國首屈一指的銀行，沉重的責任壓在皮爾龐特的肩上。但他的機構編制卻極其精簡，一共只有80名雇員。皮爾龐特甚至沒有一名固定的秘書。朱尼厄斯警告兒子不要沉浸于生意中，搞得托拉斯：同一行業內的企業共同組織的由董事會統一管理的高級壟斷組織，精疲力竭。同時，當皮爾龐特雇用了一名書記員，專門拆讀大量信函時，朱尼厄斯那隱秘的、商人銀行家的敏感性受到了震驚。他在19世紀80年代末最后一次諄諄告誡兒子，信中說："不管一個人的體魄多么強健，他也不能夠承受像你在過去兩年中在腦力和體力上所經受的壓力，除非你能夠及時地在這兩方面都得到充分休息，否則你遲早都會付出代價的。"32然而朱尼厄斯卻從未注意到，他自己那種永不屈服的風格和理想化的高標準如何造成了皮爾龐特對工作那種奴隸般的奉獻精神。

到了19世紀80年代，由于身體日見衰弱，朱尼厄斯·摩根漸漸退出了生意圈。這位在摩根家族歷史上享有"鋼鐵公爵"美譽的人物成為倫敦最有影響的美國銀行家。他與巴林財團和羅斯柴爾德財團的人物平分秋色。他堅定地參與了一批國際性的貸款項目。其中涉及埃及國家銀行、俄國鐵路公司、巴西一些州政府，以及阿根廷的公共服務事業。不管他是如何年老體衰，他總能給人一種堅如磐石、堅韌不拔的印象。倫敦的《泰晤士報》稱他為"精神矍鑠，老當益壯"33。

1884年，朱尼厄斯的妻子朱麗葉去世了，享年68歲。在她晚年的光景里，圍繞其膝下的是她寵愛的許多京巴狗。摩根家族曾很巧妙地說她神志有些不清，大部分時間待在她樓上的房間里消磨時光。因此，她并未參與朱尼厄斯的生活。妻子逝去之后，朱尼厄斯借以排遣孤寂的是皮爾龐特一周兩封的來信和孫兒孫女們的來訪。被家人稱為"杰克"的小J.P.摩根十分崇拜他的祖父，尤其喜歡在倫敦王子門大街13號家中表現出的那種英國式的禮儀，這包括仆役們把他作為"法定繼承人"34伺候的態度。朱尼厄斯一直把皮爾龐特視為感情寄托。有一次，在法國南部皮爾龐特來探望他之后，朱尼厄斯寫道："今天皮爾龐特帶著一家人離去了——這房子是如此孤寂冷清——我深深地想念他們。"35家人的探望是朱尼厄斯垂暮之年的主要樂趣。他于1890年拍攝的一張照片，表現出他那早年堅毅的嘴和沉穩的目光。他頭發雪白，成簇的眉毛也已發白，頭發已謝了頂。冬天，他是在蒙特卡洛的亨利埃特別墅中度過的。那里可以俯視美麗的地中海。朱尼厄斯過著一種極有規律的、資產階級式的生活。他和朋友共進午餐，午后驅車漫游。在1890年4月3日的那次出游中，拉車的馬受到一列呼嘯而過的火車的驚嚇。朱尼厄斯跳上踏板，想看看車夫是否能夠駕馭得住這幾匹馬。然而就在那一瞬間，馬車撞上了一堆石頭，將他重重地拋了出去，摔在一堵墻上。朱尼厄斯一只手腕被折斷，并且摔成了腦震蕩。他昏迷了5天之久。連綿的箴言終于永遠泯滅了。也許對于朱尼厄斯來說，在77歲時因為受到這么猛烈一擊而猝然辭世，遠比看著自己體力日見衰退要合適得多。倫敦《泰晤士報》在其訃聞中宣稱，朱尼厄斯在其一生中幾乎從未患病。36當然，這件事包含了一種神秘象征的意味：一列火車突然汽笛轟鳴，打破了田園風光的寧靜，致使倫敦最重要的鐵路銀行家一命嗚呼。

朱尼厄斯被葬于哈特福德雪松山上的墓地里。就像他為皮博迪操辦的喪事一樣，皮爾龐特為父親辦了一個體面的、與一位聲名顯赫的戰爭英雄身份相符的葬禮。哈特福德市面上，靈車沿途所經過的商店都閉門致哀，該州議會會堂前也下了半旗。在瓦茲瓦斯博物館的摩根紀念大樓上，鐫刻著皮爾龐特為朱尼厄斯寫的碑文。這些碑文明顯地表現出父子倆身上那種倫敦商人銀行家傳統所烙下的相同印跡："紀念朱尼厄斯·斯潘塞·摩根，原籍馬薩諸塞州，一位哈特福德商人……其后是一位倫敦商人。"37摩根是否不滿他父親的專制呢？或者，他所表現出來的那種崇拜是否真如他所說的那樣真誠呢？他的感受，不論是憤怒還是矛盾心理，都被深埋在巨大的建筑物之下了。他對父親的紀念，正如哈姆雷特王子紀念其亡父一樣。十二年來，他逐漸收購哈特福德瓦茲瓦斯博物館周圍的土地，以修建這座摩根紀念大樓。這幢大樓耗資140萬美元，由粉色大理石筑成，具有英國文藝復興時代的風格，博物館的面積比原來擴大了一倍。多年以后，皮爾龐特一邊不耐煩地看著他的懷表，一邊瀏覽了一堆建筑藍圖，并迅速地選定其中3份作為哈佛醫學院的樓房式樣。這次捐助修建又是為了表明兒子對父親的深情。并且，在皮爾龐特書房西廳那紅色的、飾以織錦的墻上，朱尼厄斯的畫像占據了最醒目的位置。周圍是圣母和小天使們——強權的族長由可愛的孩子們和超凡脫俗的女性所圍繞著。在麥迪遜大街的家中發生一起小小的火災之后，有人問起皮爾龐特，他最先搶救的會是哪一件珍寶。皮爾龐特毫不猶豫地回答說："我父親的肖像畫。"一家美國雜志之前已把皮爾龐特和朱尼厄斯列入美國最富有者之列。如今皮爾龐特繼承了1240萬美元的遺產，他的私人財富一夜之間翻了一番。1000萬美元將繼續存放在銀行里。他還繼承了這銀行帝國的控制權，取代了他父親在倫敦金融城享有的地位。像朱尼厄斯一樣，他控制了從英國向美國的資本流動，而后在新世紀中，當這些資金逆向運轉時他又從中獲利。