內憂外患使清王朝處于生死存亡的時刻。為了自身的存在和發展，晚清統治集團不能不正視現實、痛定思痛，尋求新對策。對外，不惜以最大代價盡快結束戰爭，換取暫時的和平。面對殘暴的侵略者，晚清統治集團深感無力抗衡，不得不屈從于列強的無理要求，不惜出賣大量權益進行妥協，迅速簽訂《北京條約》，以此為代價換取了中外關系的暫時緩和，使清王朝得到喘息。對內，盡可能維護和加強封建君主專制體制，維系封建統治集團內部的關系，鞏固和加強國家機器的統治，由此導致了晚清政局的變化。
（一）總理衙門的建立
鴉片戰爭前，清政府認為同外國關系僅是“理藩而已，無所謂外交也”。外國使臣來華，都由理藩院或禮部接待。鴉片戰爭后，由兩廣總督專辦與歐美國家的交涉，并賜予欽差大臣頭銜，稱為“五口通商大臣”?！短旖驐l約》和《北京條約》相繼簽訂后，各國相繼在中國設立使館、派駐使節。他們為控制清政府，不愿意以“蠻夷”的身份同帶有封建衙門習氣的清政府的外交機構“理藩院”打交道，同時認為地方總督無權處理涉外事務，多次要求建立專門機構。而清政府與英、法等國簽訂《北京條約》后，對外交涉事務增多。恭親王奕、大學士桂良、戶部左侍郎文祥等聯名奏請在京師設立總理各國事務衙門，接管以往禮部和理藩院所執掌的對外事務。1861年1月20日咸豐帝批準成立總理各國事務衙門，簡稱“總理衙門”。
總理衙門是清政府為辦洋務及外交事務而特設的中央機構。由親王或軍機大臣統領，并按軍機處體例，設大臣、章京兩級職官?？偫硌瞄T剛設立時，奕、桂良、文祥三人為大臣，此后人數略有增加，從七八人至十多人不等，其中奕任職時間長達28年之久?？偫硌瞄T主管外交、通商及其他洋務事宜，它下設英國、法國、俄國、美國、海防五股，同文館和海關總稅務司署是其附屬機構。還管轄南洋通商大臣和北洋通商大臣，選派出國公使等，也有自己的銀庫。其中，英國股主辦與英國、奧地利兩國交涉事務，兼辦各口通商及各關稅事務等事；法國股主辦與法國、荷蘭、西班牙、巴西四國交涉事務，兼辦管理保護教民及招用華工等事；俄國股主辦與俄國、日本兩國交涉事務，兼辦陸路通商、邊防疆界、外交禮儀、本衙門官員的考試任免、經費開支等事；美國股主辦與美國、德國、秘魯、意大利、瑞典、挪威、比利時、丹麥、葡萄牙交涉事務，兼管海防設埔、保護華工等事；海防股主辦南北洋海防，包括長江水師 、北洋海軍、沿海炮臺、船廠以及購置輪船、槍械、制造機器和置辦電線、鐵路、礦務等事。中日甲午戰爭后改名日本股?？偫硌瞄T最初主持外交與通商事務，后來涉及外交及與外國有關的財政、關稅、軍事、教育、礦務、交通、郵電、同文館等，無不歸該衙門管轄。總理衙門存在了40年，直到公元1901年光緒（二十七年），據清政府與列強簽訂的《辛丑條約》規定，總理衙門改為外務部，但在六部中地位仍是最高的。
總理衙門記錄了19世紀末日薄西山的大清帝國與歐美各列強進行外交周旋的全部過程。特別是改名為外交部后，其具體職責基本相同，但已經成為晚清政府最重要的決策機構之一。在總理衙門之下，分設北洋、南洋通商大臣，南北洋大臣為專職，在業務上是相對獨立的，與總理衙門的關系是平行的，兼辦海防和其他洋務。在遇到疑難問題時，可與總理衙門協商，由總理衙門備顧問并代奏朝廷。隨后，正式成立總稅司署，由英國人李泰國為總稅務司。總稅務司掌管了中國海關的業務和人事大權。1863年李泰國離任回國，由英人赫德繼任達40多年。從某種程度上講，總理衙門的成立是洋務運動開始的更重要標志。此后，列強從自身利益出發，改變對華策略，由“打”變“拉”——有的饋贈洋槍洋炮，有的愿派教官幫助訓練清軍，有的甚至要主動出師幫助清廷剿殺太平軍，企圖用各種手段扶持這個搖搖欲墜的反動政權以使剛剛簽訂的條約盡快得到兌現。清王朝則批準由奕代表總理衙門提出的“外敦信睦而隱示羈縻”的方針，力圖“以和好為權宜，戰守為實事”，利用暫時和緩的國際環境加強抵御外侮的力量。
（二）辛酉政變
第二次鴉片戰爭剛結束，1861年8月咸豐帝病死在熱河，他的妃子那拉氏（慈禧）勾結恭親王奕等人在英國駐北京公使的支持下，密謀策劃，發動了辛酉政變，奪取了清政府的最高權力。從此，在那拉氏垂簾聽政的近半個世紀里，由于她執行了“量中華之物力，結與國之歡心”的賣國路線，使中國越來越深地陷入災難重重的黑暗深淵。
辛酉政變是清朝最高統治集團的政治斗爭，其結果使得清政府的權力格局發生了重大變化。咸豐帝在位時，咸豐帝與其弟恭親王奕，因皇位繼承問題，彼此不和。奕遭到罷斥， 咸豐帝轉而重用肅順。肅順精明強干，但為人專橫跋扈，排斥異己，權欲很強，他與怡親王載垣、鄭親王端華等人結黨操縱朝政。肅順等人常以除弊為名，屢興大獄，株連百官，結果不僅未能制止官場上的腐敗現象，反而鬧得眾怨鼎沸、人人自危，使自己處于孤立的境地。奕被咸豐帝調離軍機處回上書房讀書，幾乎斷絕了其在政治上發展的可能。
1860 年 9 月當英法聯軍攻陷北京之際，咸豐帝在出奔熱河前，任命奕為欽差大臣，見機行事，負責和列強談判。這似乎恢復了奕的政治地位，給人委以重任的印象。但事實上，奕在北京主持政務，不但受到排擠，更像咸豐帝拋棄其他臣民一樣，將自己的弟弟——長期以來的一個潛在對手，留給洋人處理了。但后果竟事與愿違，隨著客觀形勢的變化及奕的政治才能發揮，他不僅成功地完成了與列強的談判，而且贏得了留守京城的王公大臣（如大學士桂良、協辦大學士、戶部尚書周祖培、吏部尚書全慶及潘祖蔭、宋晉等人）及僧格林沁、勝保等統兵大員的好感，樹立起自己的威信。通過簽訂《北京條約》和處理一系列善后事項， 奕開闊了眼界，改變了“華夷”等傳統僵化的觀念，也因而獲得了外國人的好感。英法聯軍撤出北京后，奕等人一再奏請咸豐帝回京，肅順等人卻極力阻撓。這樣，在清朝中央實已形成了熱河和北京兩個權力中心。
1861 年 8 月 22 日，咸豐帝病逝，年僅 6 歲的皇子載淳繼位，改年號為“祺祥”。 咸豐帝留下遺詔：命載垣、端華、肅順、景壽、穆蔭、匡源、杜瀚、焦佑瀛八人為顧命大臣，總攝朝政，輔佐幼小的皇帝。八大臣執政完全把留守北京的奕排斥在外，又不許慈禧太后干預政事，終使清朝最高統治集團內部的權力斗爭激化起來。慈禧是一個權力欲極強的女人，想乘載淳年幼奪取最高權力，她把東宮太后慈安拉到自己一邊，又暗中聯絡在京的奕。奕在取得外國勢力的支持后，借奔喪之名，前往熱河，與慈禧密謀政變，而后又立即返京進行布置。在兩宮太后的催促下，八大臣被迫同意帶著咸豐靈柩回北京。10月26日，兩宮太后帶著小皇帝載淳啟程回京，肅順護送咸豐帝靈柩在后。11月1日慈禧等人抵京。次日即發動政變，八大臣在政變中失去了一切。載垣、端華被賜死，肅順被處斬立決，至于景壽等五人被革職。而八大臣的心腹一大批中央政府官員被革職。同時，宣布“兩太后垂簾聽政”，命奕為議政王，掌管軍機處。桂良、文祥、沈兆霖，寶鋆、曹毓瑛等人也被任命為軍機大臣。這一政變因發生在農歷辛酉年，因此被稱為“辛酉政變”，也稱“北京政變”或“祺祥政變”。而后又改年號“祺祥”為“同治”（同治年號的來歷，有兩種說法：一是取開國祖宗“順治”年號，以示吉利；二是說兩宮太后共同治理天下，或者說是母子共同掌權）。
辛酉政變是一場由清王朝內外矛盾的激化和最高統治層內權力斗爭而演變成的宮廷政變。政變者由于得到多數文武大臣的支持，又采取了不株連的明智政策，在政局沒有發生重大動蕩的情況下完成了權力的移交。慈禧、奕上臺后，繼續依賴曾國藩的湘軍鎮壓太平天國。在對外問題上，她（他）們改變了道、咸兩朝和戰不定、疑懼重重的政策，實行以和為主、保持中外“和局”的新政策。慈禧在處死載垣等人時，特別把“不能盡心和議” 列為罪狀，顯然意在討好外國侵略者。西方列強對政變的結果表示滿意。英國公使普魯斯向國內報告說：這次政變的結果對我們英國十分有利。英國在中國辦的《北華捷報》也寫道：“我們要比以往任何時期都更有必要去支持帝國的現存政府?！毙劣险兊娜^程充斥著宮廷陰謀與統治者對權力再分配的欲望。但是，實質上是新興政治集團對頑固守舊力量的勝利?！靶劣险儭焙螅褥髪Z取了清政府的最高統治權力。從那時起，她統治中國達半個世紀之久。恭親王奕在政變中起了至為重要的作用，政變成功后，奕成為議政王大臣并掌管軍機處、總理各國事務衙門、內務府、宗人府等要害部門的實權，在中央政權中發展起自己的勢力，逐漸成為清政府的決策人物。清政府中央權力結構的這一變化，對中國的政治格局產生的重大影響，清王朝實現了與西方列強的“合作”。
（三）“借師助剿”
1861 年下半年發生了四件大事。8 月22 日咸豐帝病死，9 月5 日湘軍攻陷安慶，11 月2 日北京辛酉（祺祥）政變，12月9 日太平軍攻占寧波。它們像催化劑一樣，促使了影響晚清政局的重要事件“借師助剿”的實現。咸豐帝作為清王朝最高統治者，他對西方的態度是和戰不定。咸豐帝曾在相關奏折中批示，借助西方蠻夷各國力量剿滅太平天國這些匪寇，會有太多的弊病，千萬不能貪圖眼前的一時之利，而結果是后患無窮。他所信任的肅順集團對外國侵略者也心存疑忌。咸豐帝之死和辛酉政變消滅了肅順集團，就排除了“借師助剿”的一大阻力。
辛酉政變成就了慈禧－奕的權力組合，讓“萬國友人”感到放心和滿意，因為新一屆大清帝國中央政府非常樂意與他們合作。政變后，奕和慈禧向外國侵略者表現出非常明顯的“友好”姿態。對此，上?！侗比A捷報》預言：“有利于外國在華權益的恭親王掌握權力，我們有充分理由相信，不久，外國的代表將對北京政府發揮較大的影響?！毙碌漠斦咭簧吓_，立即授權曾國藩統轄江蘇、安徽、江西、浙江四省軍務，并于1862年2月頒發“借師助剿”上諭。其實早在《北京條約》訂立時，法、俄兩國首先提出幫助清政府鎮壓太平天國的建議。法國專使葛羅表示：“所有該國停泊各港口之船只兵丁悉聽調遣”。俄使伊格那提也夫面見奕表示為鎮壓南方太平軍，請清軍從陸路進攻，“該國撥兵三四百名在水路會擊，必可得手”。接著俄國把以前答應送給清政府的一萬支槍、若干門炮運到中國。早在1854年就狂言“剿賊自任”的美國，現在則積極要求為清軍運送漕糧。關于是否借用外兵問題，清廷進行了幾次討論，少數人反對，奕等多數官僚表示歡迎“中外同心以滅賊為志”。與此同時，匯集在上海的買辦官僚、大地主、大商人如吳煦、楊坊等，則加緊活動，支持洋人組織洋槍隊。
“借師助剿”政策最積極的履行者是從曾國藩幕僚中脫穎而出、組織淮軍的新任江蘇巡撫李鴻章，也是最富有成果、得實惠最多的地方大員。 1862年4月，李鴻章被朝廷調派去保衛上海，他與英法組成“中外會防局” ，決定上海由洋人防守，得到清政府的批準。李鴻章得到了洋人的財力和軍事支持，英國人和法國人甚至組建了數千人的“常勝軍”之類的雇傭軍隊伍贊助他建功立業。俄國也給清廷送來50門大炮和1萬支槍，并直接派兵攔截進攻上海的太平軍。各國“洋槍隊”也鼎力相助，“借師助剿”成為清政府的國策。