中醫學理論源遠流長，而藏象學說作為中醫學理論的重要組成部分，則以最早形成嚴密的結構體系而光耀后世。從殷墟出土的甲骨文來看，早在三千多年前就已有“耳”“目”“鼻”“口”“首”等多種與藏象有關的器官名稱，說明當時人們對人體的組織器官已經有所認識，并根據器官作用的殊異確定了專用名詞。 1973年在長沙馬王堆出土的春秋戰國時期醫書《五十二病方》，成書早于《黃帝內經》，其中記載了聯絡臟腑組織器官的體內十一經脈的循行、主病和灸法，從中可以發現先秦醫學發展的水平及其與以后醫學發展的關系。
《黃帝內經》是中醫學理論的奠基之作，首先提出了“藏象”一說，并初步構成了藏象學說的基本體系。嚴密地闡述了臟腑的結構、位置以及它們的生理功能和病理變化，如“脾與胃以膜相連耳”“肺者，五臟六腑之華蓋也”；臟腑的生理功能，如“心主身之血脈”“肺者，氣之本”；臟腑的病理反映，如“肺病者，喘咳逆氣，虛則少氣不能報息”“腎氣熱，則腰脊不舉，骨枯而髓減，發為骨痿”，“脾病者，唇黃”；臟腑與機體內外的關系，如“東方春色，人通于肝，開竅于目，藏精于肝”“北方生寒，寒生水，水生咸，咸生腎，腎生骨髓，髓生肝，腎主耳，其在天為寒，在地為水，在體為骨，在臟為腎，在色為黑，在音為羽，在聲為呻，在變為栗，在竅為耳，在味為咸，在志為怒”。《黃帝內經》的藏象學說，不僅內容非常豐富，而且相當規范。后世研究藏象學說者，一般都嚴格遵循《黃帝內經》的內容進行闡述發揮。藏象學說歷經千載而不衰，至今仍然有效地指導著我們的臨床實踐，說明這一學說的形成具有堅實的客觀環境基礎。
一是對實體解剖的認識。解剖生理學的知識，是醫學中的最基本知識。在《黃帝內經》時代，我國已積累了一定的人體解剖結構知識。在《黃帝內經·靈樞》中記述了解剖測量人體臟腑的方法，還詳細描述了部分人體臟腑的形態、長度等，如“胃纖曲屈，伸之，長二尺六寸，大一尺五寸”等等。在《靈樞·脈度篇》《靈樞·長度篇》中，專門分析了經脈的走向、骨骼的長短等，可見當時對人體解剖是很重視的。自《黃帝內經》以后，歷代對人體解剖也做了不少工作，并繪制成圖譜，以展示給后學者，各書所描述的人體臟器的位置、形態、大小、長短、輕重、容積等內容，與現代解剖的認識非常接近，古人關于解剖結構的認識，對于藏象學說的確立，奠定了基礎。
二是對生活的長期觀察。古人為了自己的生存必須對各種自然現象有所了解，并且努力發現自然界中可遵循的規律，而后按照總結出的自然規律調整自己的生活，并且通過對大量現象的仔細觀察，認識到周圍環境變化對人體生理、病理的影響，所以花很多功夫，去認識外界事物與人體臟腑的關系。例如人的體表遭受到風寒侵襲，便會出現鼻塞、流涕、咳嗽等癥狀，繼而認識到皮毛與肺臟是有聯系的；又如思慮過度往往會使食欲減退，即使勉強進食也不容易消化，于是中醫學把情志活動的“思”，與脾的生理功能聯系在一起去認識，故有“脾主思”“思慮傷脾”的論點。如此之例，不勝盡舉。所以人們對生活的長期觀察，點滴知識的積累，從感性上升為理性，逐步獲得臟腑功能的認識，是形成藏象學說的又一重要基礎。
三是反復的醫療實踐，從病理現象推論臟腑的生理功能。由于各種病因的作用使人體發生各種各樣的病理變化，古代醫家通過對這些病理變化的觀察、分析及治療，總結出人體臟腑的某些生理功能。例如人體感受寒濕，易出現腹脹、腸鳴、腹瀉、食欲不振、四肢發涼、倦怠無力等癥，便推論出脾居腹中，主四肢，能運化水谷精微物質、運化水濕而又怕濕邪的侵襲（惡濕），辨其證候則為“脾虛濕困證”；又比如，人患目盲之病，以動物肝臟治之，能收到較好的明目效果，人體骨折之后，以補腎藥物治之，能加速骨折的愈合，于是便得出“肝開竅于目”“腎主骨”的結論，并為藏象學說的發展提供了可靠的客觀依據。
四是古代哲學思想的指導。任何一門自然科學在它發展的過程中，都會不同程度受到哲學的影響，藏象學說之所以能從感性認識上升到理性認識，形成一整套比較完整的理論體系，是與古代樸素的唯物辯證法——陰陽五行學說密不可分的。古人在長期生活和醫療實踐的基礎上，運用陰陽五行學說說明人體臟腑相互對立統一的兩個方面以及五臟之間相互滋生、相互制約的關系，進而闡釋人體的組織結構、生理功能、病理變化，并指導臨床診斷和治療。必須承認，古代樸素的哲學思想，對藏象學說理論體系的形成，起到了一定的指導作用。
五是受古代文化制度的影響。中醫學及其藏象學說受到古代社會制度及文化背景的影響，較突出的便是將古代帝王制度的組織形式及其作用引進到藏象學說中去，用以說明五臟的不同作用及其關系，如《素問·靈蘭秘典論》指出：“心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治節出焉。肝者，將軍之官，謀慮出焉。膽者，中正之官，決斷出焉。膻中者，臣使之官，喜樂出焉；脾胃者，倉廩之官，五味出焉。大腸者，傳道之官，變化出焉。小腸者，受盛之官，化物出焉。腎者，作強之官，伎巧出焉。三焦者，決瀆之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。凡此十二官者，不得相失也。故主明則下安，以此養生則壽，歿世不殆，以為天下則大昌。主不明則十二官危，使道閉塞而不通，形乃大傷，以此養生則殃，以為天下者，其宗大危。戒之戒之！”如此將臟腑看成是一個分工合作、相互協調的“社會”，心為君主，處于主宰和中心地位，主持精神情志活動；而肺為宰相，主一身之氣，具有治理和調節全身氣血的作用；肝為將軍，謀略籌劃等思維能力由肝決定，等等。其他，如把心火稱為君火，把肝腎之火稱為相火；方劑組成中的君臣佐使原則等，都屬于這方面的實例。