葡萄牙帝國走向巔峰的根源在于開啟了大航海時代，從而使得帝國可以依賴海外殖民地迅速崛起；西班牙帝國雖然把海外殖民推向了巔峰，但帝國擴張的基礎仍是傳統聯姻，并以此吞并了巔峰時期的葡萄牙。

1555年，也就是查理五世的母親胡安娜去世的那年，他自己也發表了辭職演說，并于1556年把西班牙帝國傳給了自己的兒子費利佩二世。安排好后事之后，查理五世已是風燭殘年。1558年，退休的查理五世安然去世。

查理五世是一位很特別的君主，他在自己死前大約半年時提前為自己舉行了葬禮，連裹尸布和棺材等都一應俱全。葬禮的程序走完之后，他“從棺材里站起來，回到了自己的公寓”。

按照中國人的說法，提前退位的查理五世當了太上皇。

據史料記載，查理五世死時，他手中仍然拿著妻子伊莎貝爾去世時拿著的十字架。

伊莎貝爾王后是葡萄牙國王曼努埃爾一世與其王后阿拉貢的瑪利亞之女，伊莎貝拉一世女王之外孫女，即查理五世的表妹。同時，伊莎貝爾也是一位美麗且有才華的女子。西班牙帝國依靠聯姻發展壯大，查理五世自然也不會放過聯姻所帶來的潛在收益。此時的他正在布局，想通過聯姻吞并葡萄牙。而葡萄牙那邊，曼努埃爾一世死后將王位傳給了查理的大舅哥兼表弟若奧三世。

在查理五世看來，西班牙帝國如果能吞并葡萄牙，那么帝國危機就會迎刃而解。他不僅自己娶了葡萄牙的公主，還把自己的女兒嫁給葡萄牙國王若奧三世之子（表兄妹聯姻），又讓自己的兒子費利佩二世娶了若奧三世的女兒（還是表兄妹聯姻）。

查理五世退位時（1556年），若奧三世也已經是風燭殘年。若奧三世原本計劃把王位傳給兒子曼努埃爾王儲，結果王儲先于自己一步去世，他便只能把王位傳給王儲之子塞巴斯蒂昂。當時的塞巴斯蒂昂還是一個3歲的幼童，只能由其皇祖母若奧三世的妻子卡塔琳娜攝政，而卡塔琳娜又是胡安娜的幼女，也就是查理五世的妹妹。因此，查理五世便希望通過這層關系兼并葡萄牙。

后來的事情非常有戲劇性：卡塔琳娜把自己的孫子教育成了一個有理想、有擔當、有才華的年輕人，在正常情況下，這位年輕的國王會帶領葡萄牙帝國走向一個新的高峰——如果歷史劇本朝著這個方向發展，查理五世的愿望大概就會落空了。然而，非正常的情況出現了。

話分兩頭說。在若奧三世時代，葡萄牙帝國的危機已經逐漸暴露了出來。巔峰時期的葡萄牙帝國分為四大板塊：北非帝國（不賺錢）、東方帝國（香料和瓷器貿易）、巴西帝國（蔗糖和煙草貿易），以及中南非洲帝國（奴隸和寶石貿易）。

攤子鋪得大，開銷自然就大，再加上要維護遠洋船隊，政府財政壓力可想而知。

在原本葡萄牙帝國的版圖中，東方的香料貿易非常賺錢。但隨著時間的推移，香料價格逐漸下降，利潤也逐漸降低。不僅如此，葡萄牙的商貿路線還經常遭到異教徒的攻擊。而更動搖葡萄牙帝國根基的是，國內刮起了一股享樂之風——畢竟國家富強了，享樂之風在所難免。但是葡萄牙本土人口并不多，如果全都耽于享樂，就會缺乏足夠的精英維持帝國機器的正常運轉。

若奧三世無計可施，只能向帝國子民宣傳要信奉天主教，試圖以精神信仰抑制享樂之風，但收效甚微。年輕的塞巴斯蒂昂雄心勃勃，準備效仿祖先，通過武力維護貿易運輸線，帶領葡萄牙的年輕一代開疆擴土，并雄心勃勃地開始踐行自己的計劃——然而，眼看局面一片大好，災難卻突然降臨了。

1578年，年僅24歲的塞巴斯蒂昂國王在指揮葡萄牙軍隊和摩洛哥打仗時，因橫渡馬哈贊河而溺水身亡。更要命的是，也許是頻繁的近親結婚導致其生育能力下降，年輕的國王并未留下任何繼承人。這對葡萄牙帝國無疑是沉重的一擊。

由于葡萄牙人不能接受年輕的國王溺亡，所以便一廂情愿地認為他只是失蹤了。于是，塞巴斯蒂昂便成了葡萄牙愛國者眼中“沉睡的國王”與不朽的傳奇。

塞巴斯蒂昂一死，若奧三世一脈已然絕嗣。再往前，便是曼努埃爾一世一脈，但也只剩下了一個66歲的恩里克一世。恩里克一世也沒有留下子嗣，并且兩年后就過世了。

葡萄牙王位再一次懸空了。而此時的西班牙帝國正處于查理五世之子費利佩二世的時代——這對父子多年的布局，終于盼來了收獲的時機。

機不可失，時不再來。費利佩二世當機立斷，以曼努埃爾一世之外孫、國王若奧三世之女婿的身份派遣一支軍隊直奔葡萄牙，輕而易舉地進入了里斯本。隨后，費利佩二世順利成為葡萄牙國王。

赫赫有名的葡萄牙帝國就這樣輕而易舉地被西班牙吞并了，葡萄牙帝國的國運也由此發生了轉折。雖然僅僅在半個世紀之后，葡萄牙就實現了復國，但也難復從前的輝煌，甚至被荷蘭、英國等后起之秀輪番羞辱。

西班牙王國通過多次聯姻，終于將帝國推向了巔峰。然而物極必反，嘗到巨大甜頭的費利佩二世想繼續用聯姻的方法實現自己的野心，又把目光瞄準了英格蘭。

費利佩二世的第二任妻子就是英格蘭都鐸王朝的女王瑪麗一世，因此他名義上也當過英格蘭的國王。但由于瑪麗成婚時已非妙齡，費利佩二世嫌棄她的年紀和容貌，因此不肯和她同居，故而也沒能在英格蘭留下什么影響力。瑪麗一世未能生育子嗣，其死后王位由妹妹伊麗莎白公主繼承，費利佩二世也就失去了英格蘭國王的身份。

失去英格蘭王位的費利佩二世追悔莫及，又跑去追求剛剛即位的伊麗莎白女王。

伊麗莎白一世即位時25歲，還是一位美人，因此頗受費利佩二世青睞。但在伊麗莎白女王眼中，英國的利益高于一切，為此她終身未婚，被稱為“童貞女王”。由于英格蘭的國力蒸蒸日上，英國王位的重要性也日漸顯現，因此哪怕到了1580年，費利佩二世仍試圖再次與已經47歲的伊麗莎白女王聯姻，以期再次成為英國國王，但最終未能如愿。

其實，如果當時西班牙和英國再次聯姻，其聯盟在歐洲便可以所向披靡了。但伊麗莎白一世作為堅定的新教徒，與作為天主教徒的費利佩二世在宗教信仰方面有著不可調和的矛盾。于是，伊麗莎白一世從英格蘭的利益出發，一方面巧妙地利用費利佩二世的聯姻之心與之周旋，另一方面又支持荷蘭的獨立戰爭，西班牙帝國的國運由此被改寫。

心懷不滿的費利佩二世組織無敵艦隊遠征英國，試圖通過武力讓伊麗莎白對他屈服，卻最終成了伊麗莎白的手下敗將，英國也由此而崛起。

西班牙帝國的衰落，從表面上看是一樁由求婚引發的血案，實則是源于宗教問題。反對異教徒這面旗幟雖然給西班牙帝國的海外殖民提供了庇護，但也為帝國的衰落埋下了種子。