1912年5月，京師大學堂更名為北京大學校，旋即冠名“國立”，是中國歷史上第一所冠名“國立”的大學，嚴復出任校長。
1917年，蔡元培出任北京大學校長，他“循思想自由原則，取兼容并包主義”，使得北京大學思想解放，學術繁榮，從此日新月異。
1919年5月4日，五四運動爆發。北京大學等北京多所學校的學生在天安門前集會，羅家倫、江紹原、張廷濟為學生運動三個代表，羅家倫起草了《北京學界全體宣言》，隨后舉行示威游行。軍警當場逮捕學生。蔡元培、李大釗、陳獨秀、朱家驊、胡適、魯迅當時為了營救學生，不惜發動全國工商界罷工罷市。北京學生的愛國運動，得到了各地青年學生和人民群眾的同情和支持，學生愛國運動的烈火迅速燃遍全國，發展成為全國性的反帝愛國運動。
1927年—1929年，北大處于動蕩之中。奉系軍閥攫取北京政權后，于1927年宣布取消北大，與北京其他八所國立大學合并為京師大學校。1928年南京國民政府先將其改為中華大學，復改為北平大學，復改為國立北平大學北大學院。
嚴復
北京大學創建十有余年，為全國最高教育機關，未嘗一日停輟。去年武漢事起，學生相率散歸。代謝之后，國用愈絀，幾至不名一錢。此校僅圖看守，亦且費無從出。前總監督勞乃宣謝病而去。本校長受任于危難之際，承袁大總統諄切相托，義難固辭，勉強接事。時與學部度支兩首領再四磋磨，商請用款，迄無以應，不得已乃陳明總統，由華俄銀行暫借銀數萬兩，榰柱目前，重行開學。此本校長接辦以來之大概情形也。
比者，頗聞斯校有停辦之議，本校長始亦贊同其說，而詳審事實，有未可者。請為大部縷言之。
查北京大學，考其程度、教法，欲與歐美各國大學相提并論，固不可同年而語，然在其建置之初，固亦極當時之人材物力，竭蹶經營，以勉企其所蘄向之鵠的。又積十余年之因仍遷嬗、糜財耗時，而后有今日之地位，為全國中比較差高之學校。今若將其盡廢棄，是舉十余年來國家全力所慘淡經營，一旦輕心掉之，前此所糜百十萬帑金悉同虛擲。且北京為革命后地方完全未經破壞之區，前日大學形式依然存在，學生在校肄習，歷有歲年，縱不能更照舊章予以出身獎勵，將持何理由而一切摧殘遣散之乎？此則停辦大學之未可一也。
夫各國之有大學，亦無法定之程度。取甲國之大學與乙國之大學相比觀之，不能一致也；取某國內甲地之大學與乙地之大學相比觀之，亦不能一致也。此固有種種之原因、種種之歷史，從未有一預定程度，必至是而始得為大學，不至是而遂不得為大學者也。且程度亦何常之有，吾欲高之，終有自高之一日；若放任而不為之所，則永無能高之時。此則停辦之說之未可二也。
且吾國今日應有大學否乎？往者初立大學之時，言教育者即多訾議，以為吾國教育方針必從普通入手，今中小學未備而先立大學，無基為墉，鮮不覆潰。則不知高等大學與普通教育雙方并進，本不相妨。普通教育所以養公民之常識，高等大學所以養專門之人才。無公民則憲法難以推行，無專門則庶功無由克舉。今世界文明諸國，著名大學多者數十，少者十數。吾國乃并一已成立之大學，尚且不克保存，豈不稍過？且北京者，民國之首都也。天津西沽大學又有歷年，其學科階級，夙在高等學校之上；江浙各省及湖北武昌亦方議建立大學。北京既稱國都，反出行省之下，本末倒置，貽誚外人。此則停辦大學之未可三也。
且國家建立大學，其宗旨與中小高等各學校不同。中小高等皆造就學生之地，大學固以造就專門矣，而宗旨兼保存一切高尚之學術，以崇國家之文化。各國大學如希臘、拉丁、印度之文學、哲學，此外尚有多科，皆以為文明國家所不可少，設之學官、立之講座、給予優薪，以待有志者，來學者得其師資，即使無人，而各科自為研究，探賾索隱，教思無窮，凡所以自重其國教化之價值也。（日本有森泰來者，為全國中能詩之第一手，而其大學即延之以為詩學講師。夫日本之于漢文，早已視同芻狗，于詩學乎何有？此其專為目前效用計哉，亦所以具備大學之科目，而自隆其國家之聲價也。其余如吾國小學、經學及陽明心學、佛教、梵文等，無不加以特別之研究。彼固醉心歐化，而其保全中國舊學若此。今日革新方亟，舊學既處于劣敗之地，勢難取途人而加以強聒，顧于首都大學，似不妨略備各重要主科，以示保存之意。全國之大，必有好古敏求之士，從而為之者；即使向往無人，亦宜留此一線不絕之傳，以符各國大學設科之意。至于科目，亦宜詳加甄采，以備仿循，不獨為造就目前學生計也。）如此，則學生之人數多寡有無，皆不足以沮進行之計劃。況既為全國比較差高之學校，當亦有比較相當之學生，既有造就之盛心，必不患無學者。此次開學，蒙總長蒞校，有設立研究會之政見，但若依前說辦理，則功效當復相同，是則為吾國保存新舊諸學起見，停辦之議之未可四也。
至于養校之經費，則竊以謂今之大學，固當先問其宜存與否，存矣，則當問其進行之計畫為何如，不得以籌費之難易為解決也。如以費之難易為解決，則今日財政窘迫現象何如，國家必一事不興而后可。不為積極之經營，而徒為消極之計算，雖舉國之生靈，咸令槁餓，其于國家之大計，所補幾何？假必為建設之事，則國家肇建萬端，所需經費何限，區區一校所待以存立者，奚翅九牛之一毛。其所保持者甚大，所規劃者至遠，如此，夫何惜一年二十余萬金之資，而必云停廢乎？此則不佞所大惑不解者也。
至于斯校以前辦理之未盡合法，固為學界所共知，但今所急宜提議者，在于存廢問題。如其必廢，則何所復言；如尚可存，則種種改良手續，方自今始，豈得因循茍率，而以偷惰為安？但本校重開在大亂停閣之后，加以暑假期迫，生徒未盡來歸，故雖稍稍布置，只能粗立綱領，終未確定規模。以議者紛紜，既有結束種種問題，自不得不先詳存廢理由，以憑核斷。大部如以鄙見為不然，則方來之事，請待高賢。若以為猶有可從，則改革之謀，請繼今以進。謹議。
（見于孫應祥、皮后鋒編：《<嚴復集>補編》，福建人民出版社2004年版。）
嚴復（1854—1921），福建侯官（今福州）人。近代著名的啟蒙思想家、學者、教育家、翻譯家。1912年出任北京大學首任校長，同年10月辭職。他在北洋水師學堂任教期間，培養了中國近代第一批海軍人才。戊戌維新期間，創辦《國聞報》等，主張救亡變法。所譯《天演論》《原富》等西學著作，系統介紹了西方的科學、民主思想，提出了“信、達、雅”的翻譯標準。著作編為《嚴復集》等。