其次，既然沒有明確的犯罪事實，即興大獄，廣事株連就更加背離了法律的公正，大有獨斷專橫、濫發淫威的意味。將各級衙門主印者一概誅殺，佐吏也同時受杖發配，牽連人員達數千人之多，朱元璋的處理可謂不公。顯然，雖不能說這些被懲官吏均為清白無辜，但其中蒙受不白之冤者必定大有人在。而且這些人一概被剝奪了申辯的權利，其他朝廷官員畏于朱元璋的淫威，也不敢上言，就連以死上諫的鄭士利也被同坐。朱元璋出于對天下貪官污吏的切齒仇恨，決意誅除民害，其本意似無可非議，然而這種一味猜疑、蠻橫專斷的做法本身就是對王朝法令的破壞，其量刑定罪完全出于皇帝的臆斷，將國法置于一邊，其結果并沒使人有為國除奸、大快人心的喜悅，相反卻令人產生“伴君如伴虎”的畏懼。
如果說對“空印案”的處理有草營人命之嫌，那么對“郭桓貪污案”的懲治就更讓人感到“醉翁之意不在酒”的意味了。《明史·刑法志》在記載郭桓案起因時，曰：“帝（即朱元璋）疑北平二司官吏李或、趙德利等與郭桓為奸利。”可見，這件涉及全國的重大案件的發案僅僅是出于朱元璋本人的懷疑，然后又依據這些疑犯的交待，廣事株連。試想“欲加之罪，何患無辭”，重刑之下，焉有不誣？朱元璋并不追究這些人所述的真偽，便大開殺戒。禮部、刑部、兵部、工部等的官吏，不問青紅皂白，“舉部伏誅”。
可以想象，“郭桓案”事發后，一時間偌大的官僚機構盡被誅殺一空，其慘況已是不堪入目了，但六部官吏必須與地方官吏攜手方能盜賣官糧，因此，天下各級衙門中與錢糧之事有涉者均在劫難逃。朱元璋概不留情，“死徙數萬人”，真是血流漂杵，慘不忍睹！顯然，這并不像在懲治一起貪污案，而似乎是對天下官吏的一次有預謀的大屠殺。朱元璋還鄭重其事地追究被盜賣的官糧，其依據同樣是被拘官吏的交待，結果“寄染遍天下”，各地中豪之家皆被牽連，無不傾家蕩產，這似乎又是朱元璋對天下富民的一次有預謀的搜刮。
朱元璋對“郭桓案”的審理與處置，不僅罪名“莫須有”，而且與王朝法律條文背道而馳，不可避免地激起了天下民眾的不滿與憤怒，參與彈劾的御史全敏、丁廷舉等人成了朝野譴責的眾矢之的，這使得蠻橫專斷的朱元璋也慌了手腳。為了平息天下人的怨氣與不平，他連忙著手挽回局面。他一方面親自下詔公布郭桓等人的罪狀，另一方面將負責審理此案的吳庸等人處以極刑，并宣言道：“朕下詔責令有司誅除奸惡，沒想到他們競做出這等奸擾百姓之事，今后凡有此事發生，遇赦不宥。”他將郭桓一案產生的負面效應完全歸咎于辦案官吏，其實這一切的主使皆為朱元璋本人。
與朱元璋本人立言與行動自相矛盾一樣，有明一代所制訂的法律體系也形成自相矛盾的雙軌制，一是所謂《大明律》系統，一是所謂《大誥》系統。朱元璋在建國之初，就召集重臣依據唐朝律令制訂王朝的新法律，經過反復修訂，直到洪武三十年（1397年）才最后正式頒布。《大明律》系統基本反映了朱元璋一貫倡導的“法貴簡當、使民寡過”的立法思想。而在《大明律》制訂的同時，朱元璋本人親自審決了大批的案件，包括明初四大案，《大誥》就匯集了朱元璋對這些案件處置過程的詳細記錄。“頒之臣民，永以為訓”，即作為日后官吏量刑定罪的范例，《大誥》于洪武十八年（1385年）頒行，次年又頒布了《大誥續編》、《三編》。朱元璋處置的案件大多涉及貪瀆，正如同對待“空印案”與郭桓貪污案一樣，朱元璋一概從嚴懲處。據不完全統計，以凌遲、梟首、族誅等處置的就有幾千個案件，棄市以下判決的更多達一萬多起。
另外，朱元璋在審理過程中所使用的酷刑更是名目繁多，令人心驚膽戰。不寒而栗。如斷手、剁指、挑筋、刖足、黥面、枷死、剝皮實草等等，不一而足。除了在文章開始引用的趙翼《廿二史札記》所記載的情形外，明人李默在所著《孤樹裒談》中對朱元璋發明的多種酷刑作了相當細致的描述：
國朝初年喜用重刑，凌遲處死之外，有“洗刷”，即將裸體置于鐵床之上，澆以沸水；有“鐵帚”，以鐵制掃帚掃去皮肉；有“梟令”，以鐵鉤鉤住犯人后脊懸吊；有“稱竿”，即把犯人縛在竿杪之上，似半懸而稱之；有“抽腸”，也是把人掛在架上，以鉤鉤入谷道而出；有“剝皮”，剝贓官貪吏之皮，置公座之側，令代者見而知儆懲之意。
種種刑罰無奇不有，慘無人道，令人發指。《大明律》明確廢除了歷代相承的黥、刺、劓、閹等酷刑，而朱元璋發明使用的酷刑要比這些刑罰殘虐百倍。大講“禮法為國之綱紀”的朱元璋，自己的所作所為卻率先破壞了國家的法律。以“空印案”與郭桓案為例，朱元璋名義上以懲治貪污為理由，卻以證據嚴重不足的罪責擅興大獄。拷訊成招，廣事株連，不問真偽，充斥著蠻橫與強暴，沒有絲毫的公正平允可言。
在這樣濫施淫威的君主統治下，各級官吏無不戰戰兢兢。如履薄冰般地度日如年。這種濫施刑罰的恐怖主義的統治方式使絕大多數官員噤若寒蟬，惟恐招來殺身之禍。根據明人筆記的說法，朝堂之上，朱元璋是否下決心大批殺人。是很容易看得出來的。要是這天他撳玉帶在肚皮底下，便是大風暴的信號，準有大批官員被殺，滿朝官員嚇得面無人色，個個發抖；要是這一天，他的玉帶高高地貼在胸前，大概殺人就不會多。朱元璋真可謂將中國歷史上專制帝王的淫威表現得淋漓盡致，他似乎已不像一位統治天下的君王，倒像一位十足的喪失人性的屠夫，而那些大臣都成為可以任意屠戮的羔羊。偌大的殿堂也就順理成章地成了血流滿地的屠宰場。
當時有人為朱元璋這種濫施酷刑的做法辯護，說宋元中葉統治者專事姑息，賞罰無章，導致了國家最后敗亡，因此朱元璋為痛懲其弊，才制定嚴刑峻法。官任平遙訓導的葉伯巨指出：“開基之主垂范百世，一舉一動都要使子孫有規可守，況且刑者為民之司命，不可不慎。”而正是在朱元璋這種“刑罰己出”的錯誤導向下，明初案件審理出現特別反常的現象：“用刑之際，多裁自圣衷，遂使治獄之吏務趨求意旨，深刻者多功，平反者得罪，欲求獄之平，豈易得哉？”也就是說，正是由于朱元璋不顧具體犯罪事實，對司法審判過多干預，獨斷專行，致使各級官僚在斷案之時一意揣度朱元璋的意旨，務求嚴苛，以求得朱元璋的歡心而根本不顧是非曲直。如有官吏根據事實平反冤獄，卻往往科以“結黨營私”的罪名，這怎能保證司法的公正呢？
明初，對朱元璋的酷刑政治最具代表性的評價要算解縉的上疏了。在這篇長達數千言的上疏中，解縉慷慨陳詞道：
竊臣曾聽到過“令數改則民疑，刑太繁則民玩”的古訓。我朝開國至今，將近二十載，沒有幾時不變之法，也沒有一日無過之人。
接著，解縉還深入剖析了朱元璋專求苛厲的態度對明朝官吏作風的影響：近年以來，朝廷綱紀不肅，專以審斷囚犯多寡為勛勞，根本無助于培養清廉公正的風氣。御史糾彈，都是遵承皇帝的密旨，每當聽說皇上要有赦宥之令，則必故意爭執。以為如此，就更能體現皇恩厚重，這都是小人趨媚效勞之細術。“陛下何不肝膽而鏡照之哉？”為了迎合朱元璋嚴刑厲法的意志，明朝眾官都以多拘囚犯作為自己政績的表現。御史彈劾朝官，都是密承朱元璋的私意。甚至在朱元璋有心寬宥天下罪犯之時，這些官吏百般阻撓，試圖以此顯出朱元璋的恩德，博取朱元璋的歡心。長此以往，必然導致“天下官員毫無賢愚之分，只須多拘囚犯即可：犯人進入刑部就無枉直之判，必得從嚴懲處”的結局，朱元璋的意旨就是國家大法，任喜怒為生殺，官吏專以苛迫為己任，毫無忠奸之辨。
洪武以后，許多后世的士大夫似乎對朱元璋嚴刑厲法頗多贊許之詞，如方孝孺曾描述當時情形云：“郡縣之官雖然遠在窮山絕塞之地，距離京師萬余里外，都悚心震膽，猶如皇帝之神明親臨其庭，不敢稍加放肆。如犯有毫發出乎法度、悖于禮義之事，朝廷定會朝夕之間予以懲辦，注重名實辯否，真是前古所未有也。”就連被譽為清官的海瑞也對朱元璋的政績推崇備至，他曾說：“我太祖高皇帝愛民如子，秉承《周禮》護保黎民如赤子之意旨，對于毫發侵漁百姓者立加慘刑，數十年天下民得安生樂業，可謂千載一時之盛也。”《明史》撰寫者們也對當時吏治頗有稱道之語：“一時間，天下守令畏懼觸犯科條，潔己愛民，吏治煥然大變也！”
從保護天下平民百姓的權益出發，明初嚴懲貪官污吏種種舉措，無可非議，因為它是以維護黎民百姓的利益為出發點的。朱元璋出身貧苦，曾深刻體驗到官吏貪暴對百姓的生計與王朝政治的危害，元末農民戰爭的親身經歷更使他不能坐視官吏的營私舞弊。他萬分擔心大明王朝的命運，千方百計避免重蹈歷史的覆轍，因此他毫不猶豫地打擊欺上瞞下的行為，同時為了殺一儆百，不惜施用重刑酷法。總的來說，朱元璋懲治貪官污吏，屬于官僚統治階級集團內部的調整與斗爭，對于普通百姓的損害并不十分明顯，甚至應該說，具有相當大的積極意義。貪官污吏的收斂無疑是百姓的福音，對貪官污吏財產的剝奪，在一定程度上可以緩解國家財政收支的困窘，減少了對無辜百姓的攤派。
但是，在朱元璋懲治貪污的行動中，矯枉過正的消極影響也是非常嚴重的。不能否認，朱元璋嚴刑厲法，大開殺戒，無論對貪官還是清官，震懾力是可想而知的。功高望重的公侯尚且避之猶恐不及，一般官吏更是整日惶恐不安，不知何時大禍臨頭。表面上看起來，各級官吏都努力廉潔自守，但這種局面是極不正常的，各位官吏每日只擔心自己的身家性命，哪還有心思顧及其他？而且動輒得咎，并無申辯的權利，每日生活于恐怖之中，只想到茍延殘喘，哪還有心思忠君愛民追求政績呢？因此，后世士大夫在脫離當時具體環境之后，出于對貪官污吏的痛恨，對朱元璋大加褒美，不免帶有強烈的理想色彩。一國之君應倡導各級官吏遵守國家法令，違法者必究，而不能讓所有官吏無端受戮，生活于恐怖之中。即使這種恐怖統治可以在一段時間內使國內政治清明平靜，但這種清明平靜是虛假而可悲的，也是無法長期維持的。
更有甚者，朱元璋在懲治貪污的過程中，往往是親自審理，對于犯罪事實的判別并不是依據法律條文及事實真相，往往臆度專斷，同時隨意施以慘刑，其結果屈打成招，廣事株連，“鍛煉”成獄。這種真偽不分、忠奸不辨的懲辦只能使天下百姓對當朝政權感到失望，“法度嚴而民玩”，“法網密而民不從”，正是說明了這種情況。這又給了那些阿諛奉迎的官吏以隨意誣陷、挾仇報復的可乘之機。
由于廣事株連，官員動輒得咎，到朱元璋統治后期出現了“才能之士，數年來幸存者百無一二”的局面，也就是說，大批官員被戮，直接影響到國家機器的正常運轉。對此，相傳劉基等人也婉言上諫“嚴冬過后，必有陽春”，“誅戮太甚，恐傷和氣”，朱元璋本人也明確意識到了這一點，故而在洪武二十八年（1395年）下令道：
朕自起兵至今四十余年，親理天下庶務，人情善惡真偽，無不涉歷。對于奸頑刁詐之徒、情犯深重灼然無疑者，特令法外加刑，意在使人知所警懼，不敢輕易犯法。不過此為力挫奸頑的權宜之計，并非守成之君所用長法。以后嗣君統理天下，謹守《大明律》與《大誥》，不許使用黥、剌、刖、劓、閹割之刑。
“始作俑者，其無后乎？”朱元璋雖然一再告誡后世子孫不得再用慘刑，然而后世君王似乎在他的行為中悟到了更多的東西，這也就是法律條文不過是一種可以任意擺弄的玩偶，慘刑是一種加強淫威的有力手段。可以說，朱元璋的示范作用確實拉開了明朝法制史上濫施慘刑的序幕。如“剝皮實草”的懲治方式就在明朝歷史上屢見不鮮，這不能不說是朱元璋首開惡例。明成祖朱棣便是在朱元璋諸子中最能得其父衣缽的一位，他發動“靖難之役”，奪取了其侄建文帝的皇位，弄得建文帝下落不明，一批誓死忠于建文帝的大臣不免成為朱棣屠戮的對象。如景清被捕后，傲然挺立，破口大罵朱棣，朱棣命衛士拔其齒，景清且拔且罵，含血直噴到朱棣的衣袍之上。朱棣大怒，命“剝其皮，以草填充，懸掛于長安門之上，碎割其骨肉”。另外一名大臣胡閏也因大罵朱棣，朱棣命手下將他勒死，以灰蠡水浸脫其皮，剝下后，以草填充，懸掛于武功坊。明末魏忠賢專政之時，是宦官擅權，特務政治最為黑暗的時期，魏忠賢為壓制天下的不滿，同樣濫施慘刑。“民間偶語，或觸忠賢，輒被擒戮，甚至剝皮斷舌，所殺不可勝數”。看來，朱元璋不僅沒有成功地解決官吏貪污問題，卻為后代樹立了濫施慘刑的榜樣，更為那些圖謀帝王之位的奸惡之徒提供了“寶貴”的經驗。