一天，朱元璋將一根棘杖擲在地上，讓太子朱標拾起。性格柔弱的朱標面有難色，不知所措。朱元璋和顏悅色地開導說：“你怕刺不敢拿，我替你把這些刺拔掉，然后再交給你，豈不更好？！”朱元璋的心腹之“刺”就是那些曾為明王朝立下汗馬功勞的權臣勛貴們。

明太祖朱元璋非常喜歡閱讀史籍，在他的生活閱歷中，史書有著直接的借鑒作用，它給了朱元璋不少歷代興衰的啟示。

早在大明王朝建國之前的龍鳳十一年（1365年）。某日，朱元璋閱讀《宋史》，當讀到趙普建議宋太祖“杯酒釋兵權”時，不禁擊節嘆賞。他深有感慨地對一旁的起居注官詹同說道：

（趙）普確實是位賢相，倘若諸位將領不早日交出兵權，那么，宋朝的天下，未必就不會像五代那樣動蕩不安了！

在歷史上，開國將領往往居功自傲，甚至功高震主。如何處置這批人，一直是歷代帝王的一塊心病。宋太祖的“杯酒釋兵權”，不僅消除了悍軍驍將擁兵自重、飛揚跋扈的危險，而且還讓那些與自己出生入死的功臣元勛得以優游林下，頤養天年。這是成功處理君臣關系的一個范例。不過，處置開國功臣還有另外一類的方略，那就像中國古代的一句警語所云：“飛鳥盡而良弓藏，狡兔死而走狗烹。”這一方略的出現，遠在“杯酒釋兵權”之前，在歷史上也不乏先例。例如，春秋時期越國的大夫文種，西漢的韓信，都為這句警語做了不幸的注腳。朱元璋以一介布衣起事，平生對漢高祖劉邦極為佩服，故而史學家歷來就有“明（太）祖行事多仿（效）漢高（祖）”的說法。只是劉邦誅殺的“走狗”畢竟還相當有限，僅止于韓信、彭越和英布等幾位“功高震主”的將領，而朱元璋則大開殺戒，將開國功臣殺戮殆盡。

事情得從明代開國前后談起。公元1368年，朱元璋即位，建都南京，國號大明，年號“洪武”，史稱“明太祖”。朱元璋起自淮西，和他出生入死、開國平天下的，絕大多數都出自濠州（今安徽鳳陽一帶）及其附近地區。其中，開國元勛湯和、周德興等人還是他的同鄉。這些文人武夫或運籌帷幄，或馳逐疆場，為大明江山的奠定立下了汗馬功勞。開國之后，朱元璋論功行賞，這些人無不膺有公侯之封。其中，較為著名的有“六國公”、“二十八侯”。特別是韓國公李善長、魏國公徐達等人，地位更是尊崇。這些人以鄉土、宗親和部屬關系為紐帶，結成了一個盤根錯節的淮西朋黨集團。所謂“馬上短衣多楚客，城中高髻半淮人”就是當時情形的真實寫照。

淮西朋黨集團中的許多人，官封公侯、爵顯祿厚，并經常得到朱元璋賞賜的田地、第宅、畜產甚至人戶。然而，這些功勛卓著的公侯之家，并不滿足于既得的利益，而是千方百計地擴大已有的特權。他們倚仗權勢，侵奪廣大百姓的田地、房屋和牲畜，或者強占官地，接受無賴小民的投獻。在欽賜的佃田人戶和儀仗戶之外，還廣蓄部曲、私養莊奴，并擅自使役官軍，甚至讓他們坐賈行商，為自己牟取暴利。這些新貴自恃開國功高，不僅自己驕橫跋扈，而且還放縱門下的悍仆豪奴凌暴鄉里，魚肉百姓。對此，朱元璋深感不安。他曾頒發敕令文告，一再告誡功臣不要居功自傲、飛揚跋扈。并將約束的條例鑄成鐵榜，表示若有違犯，必將嚴懲不貸。例如，洪武五年（1372年），朱元璋就曾頒布《申戒公侯鐵榜文》；十三年（1380年）六月，頒布《臣戒錄》；十九年（1386年）十月，頒布《至戒錄》；二十一年（1388年）七月，又頒布了《大誥武臣》；二十六年（1393年）三月，再次頒布《稽制錄》。……然而，三令五申，并未能完全制止住公侯元勛的橫行。

明初的君權與相權之間的劇烈沖突，更激化了統治集團內部的矛盾，由此引發了胡惟庸案和藍玉案。

洪武六年（1373年），淮西朋黨集團的領袖李善長推薦其同鄉兼姻親胡惟庸擔任右丞相。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相。他做了7年丞相，任期內在朝中遍植朋黨，不遺余力地打擊異己，使得淮西朋黨集團的勢力不斷膨脹。譬如，浙江青田人劉基（字伯溫），曾輔佐朱元璋，立下過汗馬功勞，但由于他與淮西朋黨集團的矛盾，一直未受重用。洪武三年（1370年），朱元璋大封功臣，劉基僅封為誠意伯，歲祿只有240石。而李善長則功封韓國公，歲祿4000石。翌年，劉基告老還鄉。然而，由于他曾對朱元璋說過胡惟庸不宜入相的話，故而深受后者的嫉恨，被借故革去歲祿。洪武八年（1375年），劉基生病，胡惟庸派醫生前去看望，但劉基服藥后不久便一命歸西。對此，朱元璋后來斷言道：“劉伯溫他在這里，滿朝都是（胡）黨，只是他一個不從，吃他每（們）蠱了。”蠱，相傳是一種由人工培養而成的毒蟲，這里指下毒。顯然，劉伯溫是遭到胡惟庸的毒手而命歸黃泉的。當然，排斥異己還不是胡惟庸案的關鍵所在。

事實上，胡惟庸案的癥結在于——他為人過于獨斷專行，許多生殺黜陟等重大事件，他往往不向朱元璋請示，就擅自加以處理。這自然讓權力欲極強的朱元璋，深感宰相專權、皇權旁落的危機。朱元璋曾總結歷史教訓：

自從秦朝設立丞相一職以后，輔臣狐假虎威，宰相權重，于是出現了“指鹿為馬”那樣的事情。自秦以下的歷代帝王，均不曾借鑒秦朝設相的危害，而是相繼沿襲未改，從而對君王的統治構成了威脅，其原因就在于丞相的擅專威福。

對此，朱元璋積極采取裁抑相權的措施。如在洪武十一年（1378年），就曾下令臣下奏事，此后毋須通過中書省，而應徑直稟報皇帝本人。然而，胡惟庸擅權的局面并沒有因此得以徹底的解決。洪武十二年（1379年）九月，占城（今越南中南部）來貢，胡惟庸和當時的右丞相汪廣洋等人匿而不奏，結果被太監告發。明太祖聞知勃然大怒，嚴詞斥責省臣。但胡惟庸和汪廣洋將責任推到禮部頭上，而禮部則反唇相詰，歸咎于中書省。這種相互推諉扯皮，使得朱元璋更為惱火，于是將一干人等全部囚禁起來，讓他們招出主謀。不久，汪廣洋被處死。接著又以汪廣洋曾違法納沒官婦女為妾，下令查究胡惟庸及其六部堂屬的罪行。至此，明太祖與胡惟庸朋黨的矛盾已趨于白熱化。

洪武十三年（1380年），涂節自首上告胡惟庸謀反。明太祖隨即下令逮捕胡惟庸、陳寧和涂節等人，并以“擅權枉法”罪加以處死。胡惟庸被殺后，此案并未了結，他的罪名也在不斷升級。開始只是說胡惟庸“擅權植黨”，后來，又加上了“通倭”、“通虜”和“謀反”等罪名，并不斷牽連、擴大化。該案的同謀犯越查越多，牽涉的面也愈來愈廣，株連蔓引，持續了數年也未能了結。洪武二十三年（1390年），朱元璋再興大獄，有《昭示奸黨錄》布告天下，乘機又殺了幾十家的權臣勛貴。李善長、陸仲亨、唐勝宗、費聚、趙庸、黃彬、陸聚、金朝興、葉升、毛麒、李伯升和丁玉等人，都因與胡惟庸有勾結而被處死。其中位居“勛臣第一”的太師韓國公李善長，在洪武十三年胡惟庸案始發時，因是元勛皇親，已免于追究，但10年以后，有人以李善長的侄子系胡惟庸的侄女婿，兩家往來密切，因而告發李善長與胡惟庸共同謀反，朱元璋順水推舟，將李善長一家七十余口一律處斬。對此，清人所作的一首《明樂府》這樣寫道：

李太師，佐命勛，

當日論功稱首臣。

胡為身蹈誅夷罪，

毋乃耄荒辜帝恩。

李太師，起刀筆，

雖乏經國才，寧少謀身術。

官為太師爵國公，

富貴誰能逾此翁。

縱使惟庸改玉步，

更有何官加爾躬。

人生富貴思保身，

年高更念子若孫。

太師生平素畏禍，

何至乘危求滅門。

又況事發十年后，

羅織豈乏仇人口。

一家供狀二百紙，

將毋逼勒刑官手。

開國元勛猶若斯，

坐令圣代少光輝。

乃知蕭何下獄尋常事，

漢祖何為尚見嗤！

這首新樂府認為，李善長被處死完全是一樁冤案。其實，早在李善長死后的第二年，虞部侍郎王國用就曾上書為之辯冤，認為李善長“謀反”的罪名難以成立，他指出：李善長與朱元璋同心協力，出生入死開國平天下，功居勛臣第一，生得封公，死得封王。他的兒子李祺被朱元璋招為駙馬，眾多的親戚也紛紛拜官封爵。作為一位人臣，他已安享了萬全富貴，其榮譽已臻于極致，絕不會冒險謀反以圖僥幸。再者說來，倘若有人說他要圖謀不軌，自立為帝，這一罪名或許還能成立。但現在竟說他要襄助胡惟庸謀反，則大謬不然。李善長與胡惟庸只是侄兒、侄女輩的親家，而與朱元璋卻是兒女親家。不僅兩家的親疏不可同日而語，而且，即使李善長幫助胡惟庸謀反成功，他至多也不過仍是個“勛臣第一”罷了，其地位絕對不會比他在朱元璋手下來得更高。王國用的這些話說得句句在理，連朱元璋也被駁得啞口無言。其實，朱元璋并不是不清楚這一點。他只是利用胡惟庸案大做文章，給自己殺戮功臣制造借口。他以鎮壓奸黨為名，趁機對那些驕橫跋扈的文武官員加以整肅，凡是被羅織為胡黨的官員。大多被抄家滅族。整個胡案歷時約10年，總計殺了3萬多人。

洪武二十六年（1393年），朱元璋又以謀反的罪名，誅殺了大將軍藍玉。藍玉是洪武時期的主要將領之一，洪武二十一年（1388年），他率15萬大軍出塞追擊蒙古軍隊，直到捕魚兒海（即今貝爾湖），俘獲男女7.7萬人，大勝而歸。此后，他又多次北征蒙古，立下赫赫戰功，被晉封為涼國公，位居大將軍之職。藍玉統兵多年，在軍中頗有威望。在藍玉麾下有驍將十余員，個個勇猛善戰。以一介武夫起家的朱元璋，原本就最忌武人擁兵。而藍玉卻自恃功高勢大，驕橫不法。在軍中，他擅自黜陟將校，進止自專，甚至不聽君命。某次北征還師，夜扣喜峰關，關吏沒有及時接納，藍玉就縱兵毀關強行進入，這一舉動顯然引起了朱元璋的猜忌。在地方上，藍玉霸占東昌民田，私蓄奴婢，縱奴作惡鄉里。此事后為御史舉劾，但藍玉竟怒逐御史。他還讓家人私買云南鹽1萬余引（每引200斤或400斤），進行走私。又因奏請多未采納，一直對朱元璋心懷不滿。這些做法，終于讓朱元璋動了殺心。洪武二十六年，錦衣衛指揮蔣瓛告發藍玉謀反，朱元璋就將他處斬，并族誅了三族。平時與藍玉關系莫逆的許多將校，也都被定為“逆黨”，遭到了抄家滅族的下場。當時因這個案件而被誅殺者多達1.5萬人，軍中的驍勇將領差不多都被殺戮殆盡。在歷史上，通常將胡惟庸案和藍玉案合稱為“胡藍之獄”。朱元璋借藍玉案徹底鏟除了將權對皇權的潛在威脅，將軍權牢牢地控制在自己的手中。隨后，他分大都督為左、右、前、后、中五軍都督府，與兵部相互制約，以分其權。五軍都督府只管軍籍和軍政，不能直接指揮軍隊。只有到戰時才由皇帝臨時任命總兵官，戰后總兵官須立即歸還將印，所統軍隊則歸駐其原來衛所。從此，諸將奉命唯謹，軍權皆出于朝廷，不敢有所專擅。

除“胡藍之獄”外，朱元璋又以各種罪名誅殺功臣。朱亮祖、胡美、周德興、王弼、謝成、傅友德和馮勝等人，都先后為明太祖所殺。在淮西朋黨集團中，常遇春、胡大海等人在開國之前就已經死去。地位較高的，還剩下徐達和湯和二人。據稗史筆記記載，徐達暮年曾患重病，背部生疽，病愈后醫生千叮萬囑，說此病忌食蒸鵝，吃了病會復發，一發便無可救藥。洪武十八年（1385年），明太祖因念及功臣，派來內監賜食給徐達，所賜的竟然是只全鵝。徐達明知朱元璋的用心，但君命難違，只得淌著淚水當著使臣的面吃下，果然，沒過幾天便一命嗚呼了。另一位功臣湯和與朱元璋是同村人，小時兩人曾一道放過牛，他自然最了解朱元璋的心曲隱微。于是，就主動交出兵權，告老回鄉。朱元璋大喜過望，立刻派人到鳳陽為他修建府第，厚賜田宅。明初功臣宿將得以善終者寥寥無幾，湯和，便是其中幸運的一位。

“胡藍之獄”等大案前后達十幾年，誅殺元勛宿將4，5萬余人，將淮西朋黨集團的勢力根除殆盡。及至洪武末年，開國公侯勛戚所剩無幾，曾經煊赫一時的淮西朋黨集團，從此退出了明初的政治舞臺。對于朱元璋的殘酷殺戮功臣，歷來有許多人發表過意見。清人趙翼就認為：

（朱元璋）借助諸位功臣之力以取天下，及至天下既定，即將輔助奪取天下之人悉數誅殺，其殘忍的程度實千古所未有！

趙翼所言自然是一個事實。不過，我們也應當看到，明太祖鎮壓淮西新貴勢力，解除了對皇權的威脅，在當時的歷史條件下，也是完全必要的。它極大地穩定了明初的局勢，使得明代新近確立的政治體制得以順利延續。對此，明太祖與其太子朱標的一段故事頗耐人尋味——朱元璋迭興大獄，誅殺元勛功臣，太子以為株連過濫。他勸諫道：“陛下殺人太濫，恐傷和氣！”朱元璋聞言默不作聲。翌日，他故意將一根棘杖丟在地上，讓朱標拾起，朱標面有難色。朱元璋便不失時機地開導說：“你怕刺不敢拿，我替你將這些刺拔掉，然后再交給你，豈不更好！”顯然，將棘杖上的刺拔掉，一直是朱元璋蘊藏在心底的隱衷：在他看來，太子朱標生性過于懦弱，自己死后未必能鎮得住那些元勛宿將，故而有必要在自己生前解決這一難題，消除他們軍事叛亂的威脅，以讓朱標穩坐皇帝寶座。當然，朱元璋將“胡藍之獄”作為實行專制獨裁、排斥異己的正當理由，也使得明初的君臣關系大為緊張。大批的誅殺，讓朝廷上下的文武官吏人人自危。據說，當時的京官在每天早晨入朝之前，總要與妻兒訣別，交代后事。及至傍晚平安歸來，便闔家慶幸，以為又多活了一天。大興“胡藍之獄”，也使得朝廷的元氣大受損傷，造成了朝廷將才的極度缺乏以及中央軍事實力的削弱，客觀上形成了中央與藩王軍事實力對比上的不平衡。建文年間當“靖難之役”突發之時，明惠帝幾乎找不到合適的統兵之將，“蜀中無大將，廖化當先鋒”，年逾花甲的耿炳文率師迎戰，屢屢敗績。于是，明初的政局發生了戲劇性的變化。

朱元璋在大興黨獄、翦除功臣勢力的同時，又將自己的兒子封為藩王，企圖依靠封建藩王保持政權的長治久安。他分封諸子為藩王，主要是捍御外患，襄輔王室。對于前者，當時邊防的重點在于對付北元蒙古勢力，故而沿著長城內外，明初擇其險要之區分封了9個藩王。其他分封內地的藩王，則分駐各省要沖，世襲鎮守。他雖然對藩王也做了不治民事、不授封土等等限制，但他惑于封藩能收到羽翼朝廷、鞏固邊防的作用，便日益加重藩王的權力。在政治上授予藩王自置官屬及移文朝廷索取奸臣的權力，甚至出兵“清君側”的特權：經濟上賜給他們大量良田與巨額祿米；軍事上則擁有護衛甲士，少者三千，多者數萬。隨著諸王權勢的膨脹，與中央政府的離心力量愈來愈大。及至朱元璋一死，由分封制種下的惡果，隨即使得中央集權與地方分權的矛盾由隱蔽轉為公開。在他死后不久，就發生了“靖難之役”。奪取建文帝皇位的不是朱元璋先前耿耿于懷的功臣宿將，而是他親自培植起來的藩王，這是“雄猜好殺”的朱元璋所始料未及的。