鄭芝龍的船隊(duì)對沿海地區(qū)的不斷騷擾，令政府非常不安，決定采用招撫的策略。在此之前，政府已經(jīng)招撫過一批小海盜，有了一些成功的經(jīng)驗(yàn)。

在福建巡撫朱欽相的授權(quán)下，泉州巡海道蔡善繼負(fù)責(zé)招撫鄭芝龍的工作，蔡善繼寫了一封勸降信，派人送給鄭芝龍。鄭芝龍雖然自小性格叛逆，但父親的傳統(tǒng)思想不可能對他沒有任何影響，中國傳統(tǒng)思維的的強(qiáng)大力量體現(xiàn)出來了，對中國人來說，衣錦還鄉(xiāng)、光宗耀祖才算是真正成功者。在鄭芝龍看來，海外的成功并不能得到家鄉(xiāng)族人的認(rèn)可，就象一位情人，即便她擁有一切，她仍然想要一個(gè)名份，鄭芝龍也需要一個(gè)名份。

如果僅從才能來看，鄭芝龍的才干，絕不亞于顏思齊，但從胸襟來看，他缺少顏思齊開拓海外的眼光。雖然以現(xiàn)在的成就來看，鄭芝龍已儼然是東南海域的霸主，但他更希望能以此來換取一官半職，成為大帝國官僚階層中的一員。

蔡善繼抓住了\"光耀門閭\"這個(gè)關(guān)鍵，這讓鄭芝龍呯然心動(dòng)。在鄭芝龍看來，雖然自己擁兵數(shù)萬，但背著海盜的惡名，在他內(nèi)心深處，渴望在大帝國的權(quán)力圈中占有一席之地，他接受了招撫。這次決定令他的部下大吃一驚，特別是陳衷紀(jì)、楊天生等人，堅(jiān)決拒絕朝廷的招撫，也有些海盜頭目擔(dān)心明朝政府出爾反爾，這種擔(dān)心并不是沒有依據(jù)，在嘉靖皇帝的時(shí)候，政府在誘降最大的海盜頭目王直之后，便背信棄義將其處死。即便有前車之鑒，鄭芝龍還是愿意冒這個(gè)風(fēng)險(xiǎn)，他是個(gè)敢賭的人，在他看來，人生就是一個(gè)賭局，他要為仕途狠賭一把。

跟隨鄭芝龍前往投降的，只有十二艘船，共八百余人。但鄭芝龍很快會(huì)體會(huì)到一種失落了，小小的泉州官員蔡善繼就以一種居高臨下的口氣來教導(dǎo)他，在這位官員看來，鄭芝龍不過是個(gè)棄暗投明的海盜罷了，如果說這就是官場的一種表現(xiàn)也就算了，更令鄭芝龍難受的，是政府竟然吝嗇到一官半職也不肯施舍。

福建政府官員顯然很不識時(shí)務(wù)，帝國等級森嚴(yán)的制度早使他們養(yǎng)成了一種無知的自大，在他們眼中，百姓不過是一群綿羊，而他們則是牧羊人。在福建巡撫朱欽相看來，對鄭芝龍的歸降，不追究他所犯下的累累罪行，已經(jīng)是天恩浩蕩了。鄭芝龍的失望是可以理解的，他體會(huì)到一名格言的真諦：“虎不可失威，人不可失勢。”他秘密率船隊(duì)離開泉州，再次返回到臺灣的基地，重新當(dāng)起海上的霸主，政府第一次招撫徹底失敗了。

見識短淺的福建官府很快就要付出高昂的代價(jià)。福建的水軍幾次進(jìn)剿鄭芝龍，但無一例外遭到失利，鄭芝龍?jiān)诜斄怂妼㈩I(lǐng)盧毓英之后，將其釋放并讓他轉(zhuǎn)告上級，稱自己并無意與政府對抗，并說：“茍得一爵相加，當(dāng)為朝廷效死力，東南半壁可高枕矣。”再次明示只要政府授予他一定的官職，他不僅愿意歸順，而且還將以他龐大的海上力量，力保中國東南沿海的安全。

與海盜談條件，對傲慢的官府來說無疑是一種恥辱。福建巡撫朱一馮嚴(yán)令都督俞咨皋全面進(jìn)剿鄭芝龍，俞咨皋是嘉靖時(shí)代剿滅倭寇的名將俞大猷的兒子，但這并不表明他與父親一樣能征善戰(zhàn)，連鄭芝龍都嘲弄他\"徒讀父書安知兵”，這次出剿不僅損失折將，最后連中左所也被鄭芝龍的海盜軍所攻占，屢戰(zhàn)屢敗的俞咨皋最后被政府處死。

面對鄭芝龍勢力的逐漸強(qiáng)大，連荷蘭人都深感威脅。大量招收泉州、漳州一帶的百姓進(jìn)入海盜隊(duì)伍后，鄭芝龍所控制的船只已經(jīng)達(dá)到一千艘，由于福建官府根本無法與鄭芝龍相抗衡，所以秘密約請荷蘭人參予清剿鄭芝龍的勢力，作為報(bào)答，福建巡撫朱一馮向荷蘭人保證，將向皇帝請求讓荷蘭人獲得與中國貿(mào)易的特權(quán)。荷蘭駐臺灣的總督韋特便率荷蘭船只進(jìn)攻盤踞在福建銅山的鄭芝龍的船隊(duì)，但是鄭芝龍馬上還以顏色，海盜船上強(qiáng)大的炮火令荷蘭人心驚膽戰(zhàn)，韋特總督被嚇得一炮未發(fā)，便倉惶率著維蕾德號、伊拉斯莫號船逃往爪哇，其他的船只在鄭芝龍堅(jiān)船利炮的打擊下，損失慘重。

在此之前，鄭芝龍與荷蘭人在貿(mào)易合作上一直比較融洽，但荷蘭人協(xié)助福建官兵清剿，令鄭芝龍無比的憤怒，他決心要狠狠地報(bào)復(fù)荷蘭人。在臺灣海峽，沒有任何一支海上力量可與鄭芝龍相對抗，包括荷蘭人，很快，荷蘭人的一艘搭載八十五名水手的大帆船被鄭芝龍所截獲，裝載有價(jià)值一萬八千里爾貨物的荷蘭商船同樣被劫走，另外至少還有五艘荷蘭船只也落得同樣下場。被困在臺灣島南部的荷蘭人這樣說道：“因?yàn)榇徊荒茉谥袊暮０堵睹妫宦睹婢鸵灰还俳孬@，我們?nèi)傥迨酥缓米Т碎g，無能為力。”荷蘭人狼狽到只剩下\"一艘待修補(bǔ)的船只”，只能坐等東印度公司的救援。

福建官府很惘然地發(fā)現(xiàn)，無論是官兵還是荷蘭人，對鄭芝龍清剿的惟一結(jié)果，是使鄭芝龍的力量更加強(qiáng)大，鄭芝龍的軍事基地，從臺灣島的西部一直建到了福建的東南海岸，整個(gè)臺灣海峽實(shí)際上已經(jīng)全部在鄭芝龍的控制之下。

對鄭芝龍的威脅相比，明朝政府更大的隱患是來自北方的滿族人，滿族人的后金不僅是一個(gè)異族政權(quán)，而且他們進(jìn)攻的方向直接威脅到帝國首都的安全，因此帝國政府將戰(zhàn)略防御重點(diǎn)設(shè)置于北方，這是必然的。對于戰(zhàn)略居于次要地位的福建，朝廷并不想投入太多的軍事力量來對付鄭芝龍的海盜集團(tuán)。

1627年的八月，天啟皇帝病死，繼任的崇禎皇帝大力調(diào)整帝國的政策，這使得重新招撫鄭芝龍成為可能。第二年，熊文燦被任命為福建巡撫，這個(gè)對時(shí)局有著比較清醒認(rèn)識的官員，力主對鄭芝龍招撫，并獲得了兵部的認(rèn)可。曾經(jīng)被鄭芝龍俘虜并且釋放的水軍將領(lǐng)盧毓英被派往勸降鄭芝龍。

以經(jīng)過第一次招撫被冷落的經(jīng)歷后，鄭芝龍更加小心謹(jǐn)慎，他將談判的籌碼抬高了。首先，他要求龐大的軍隊(duì)不被遣散，沒有武裝實(shí)力，他便是一文不名，他提出的理由是用這支軍隊(duì)\"剪除夷寇、剿平諸盜”，這一點(diǎn)他也不用過分擔(dān)心，因?yàn)槌⒁残枰柚牧α俊Ｆ浯危俅螐?qiáng)調(diào)朝廷應(yīng)當(dāng)授予他一定的官職。對于這兩項(xiàng)要求，盧毓英表示\"定然題保，決不負(fù)將軍歸誠意”，至于軍隊(duì)方面，只是要求鄭芝龍能約束自己的部隊(duì)，“嚴(yán)飭諸人，登岸毋得放縱”。

談判進(jìn)行得非常的順利。由于鄭芝龍集團(tuán)中惟一可對他威脅的陳衷紀(jì)在一次海戰(zhàn)中，被另一股海盜李奇魁擊斃，因而這次歸降朝廷，在海盜集團(tuán)內(nèi)部并沒有遭到強(qiáng)烈的抵制。鄭芝龍深諳官場的規(guī)則，他同時(shí)以大量的銀兩以及奇珍異寶賄賂福建官員以及朝中政要，這也使得他的要求并沒有在朝中引起很大的爭議。在正式接受招撫之后，鄭芝龍被授予守備職，這雖然不是一個(gè)很高的官職，但從此他的海盜集團(tuán)一變成為合法的政府地方武裝，這支武裝力量，仍然被鄭芝龍牢牢地把握在手中。

鄭芝龍沒有忘記對自己的基地臺灣島進(jìn)一步開發(fā)，1628年，即崇禎元年，閩南地區(qū)遭到大旱災(zāi)，由于饑民太多，難以安置，鄭芝龍便乘機(jī)向熊文燦提議，招納泉州、漳州數(shù)萬名災(zāi)民，前往臺灣島墾殖，每人發(fā)給三兩銀，三個(gè)人發(fā)給一頭牛，讓他們在臺灣島上建立家園，開墾荒地。

這是開拓臺灣的一個(gè)重要事件，是繼顏思齊之后，更大規(guī)模的一次開發(fā)臺灣島，島上肥沃的土地、適宜的氣候，使得這里一畝地的收成，竟然兩倍于大陸，災(zāi)民們擺脫了饑寒交迫的窘境，而鄭芝龍也坐享其成，收取了大量的田租，這使得其財(cái)富更是扶搖直上，這也確保了他對龐大的私人軍隊(duì)的絕對控制權(quán)。

鄭芝龍的的艦隊(duì)，是從鄭和組建西洋艦隊(duì)以來二百年內(nèi)中國最強(qiáng)大的海上力量。在世界進(jìn)入大航海時(shí)代后，這也是一支太平洋西部海域無人可以匹敵的勢力。但是鄭芝龍身上帶有很明顯的中國的特點(diǎn)，在數(shù)千年的傳統(tǒng)觀念中，中國之外的土地，都只是蠻夷地帶，這些海外的廣闊土地，根本不值得去占領(lǐng)，這種觀念也是殷海光所說的\"自足文化系統(tǒng)\"的一部分，當(dāng)西方國家不斷地向海外擴(kuò)張之時(shí)，鄭芝龍卻反其道而行，將目光又返回中國的國內(nèi)。從某種意義上說，鄭芝龍的目光比起顏思齊，顯得短淺缺乏世界性。如果歷史可以假設(shè)一番，鄭芝龍將勢力向南擴(kuò)張，與荷蘭人、葡萄牙人、西班牙人爭奪南洋的控制權(quán)，那么憑借他的力量，中國人的歷史或許將被改寫。

在搖身一變成為大明帝國的將領(lǐng)之后，鄭芝龍開始制訂打擊中國東南海盜勢力的計(jì)劃。在這次招撫與受撫的交易中，無論是鄭芝龍還是大明朝的政府，都成為贏家。

雖然鄭芝龍的海上力量一枝獨(dú)秀，但是在東南沿海，仍然存在有其他大大小小的海盜，擁有的船只從兩三條到百余條，這些海盜的力量也不可小覷，即便是鄭芝龍集團(tuán)，有時(shí)也會(huì)吃這些海盜的暗算而吃虧，其中最典型的例子，就是鄭芝龍集團(tuán)的第二號人物陳衷紀(jì)死于李奇魁的海盜集團(tuán)之手。那是在鄭芝龍第一次被招安未成后，陳衷紀(jì)得知自己的結(jié)義兄弟要返回臺灣島，他親自率船前往迎接，但是在澎湖島時(shí)卻遇到李奇魁的海盜船隊(duì)，陳衷紀(jì)在戰(zhàn)斗中被李奇魁所殺。鄭芝龍將首戰(zhàn)的目標(biāo)選定為李奇魁，這就不足為奇了，為結(jié)義兄弟復(fù)仇，也是為集團(tuán)的第二首領(lǐng)復(fù)仇，這無疑能激勵(lì)部隊(duì)?wèi)?zhàn)斗的士氣。

李奇魁與鄭芝龍、李旦、顏思齊等人不同，他純粹是個(gè)海盜，并不從事什么貿(mào)易活動(dòng)，只是在海面上打劫商船，他與鄭芝龍同樣是泉州府人，是個(gè)極為剽勇之徒，力大無比，而且水性極好。不過鄭芝龍并不把他放在眼里，因?yàn)檫@只是一介沒有任何政治抱負(fù)的武夫，作惡越多，自取滅亡的時(shí)間就越早。

李奇魁雖然是海盜中的亡命之徒，但他并沒有戰(zhàn)略頭腦，他在1629年的四月進(jìn)攻了金門島。金門島與鄭芝龍主要駐地廈門島僅有一水之隔，這無異于將肉投入了狼口，鄭芝龍當(dāng)即命令船隊(duì)開出海港，向李奇魁發(fā)起進(jìn)攻。這時(shí)李奇魁才發(fā)覺形勢對自己非常不利，鄭芝龍的船只遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過他的數(shù)量，而且火力也更加強(qiáng)大，李奇魁馬上調(diào)轉(zhuǎn)船頭，準(zhǔn)備逃跑，但他已經(jīng)來不腦，鄭軍的船只趕了上來，士兵們跳上海盜船的甲板，戰(zhàn)斗了肉搏戰(zhàn)，李奇魁被殺死并且砍掉了頭顱。

這次海戰(zhàn)的勝利，使福建巡撫熊文燦深信招撫策略的成功，他希望鄭芝龍的力量，能成為捍衛(wèi)東南的海上長城。他與前任巡撫不同，體現(xiàn)出應(yīng)有的慷慨，將鄭芝龍?zhí)岚螢閰ⅰ?

剿滅李奇魁只是一個(gè)開端。熊文燦的信任對鄭芝龍是莫大的鼓舞，對于反反復(fù)復(fù)的海盜集團(tuán)，今日投誠，明日叛去是司空見慣、見怪不怪的事情，楊祿與楊策就是屬于反復(fù)的海盜團(tuán)伙之一。在兩年前，他們還曾經(jīng)歸降朝廷，并且參加了剿滅鄭芝龍的戰(zhàn)斗，但是很快又叛變，他們擁有一百艘船，在東南沿海是不可忽視的一支力量。現(xiàn)在情形完全顛倒過來，鄭芝龍變?yōu)檎姡鴹畹撆c楊策從政府軍又變回海盜。與李奇魁一樣，楊祿與楊策也是純粹的海盜，不僅在海上打劫，而且對沿海的居民燒殺搶掠，這種土匪式的作風(fēng)，不可能得到尋常百姓的支持與幫助。鄭芝龍打著正義的旗幟，在金門港一帶圍剿楊祿與楊策的海盜船，并且最終殺死了這兩個(gè)大盜。

李奇魁集團(tuán)與二楊集團(tuán)的滅亡，使鄭芝龍贏得了朝廷的信任，同時(shí)他的虛榮心也不斷地滋長，他在晉江安平，離他家鄉(xiāng)石井僅有十余公里距離的地方，購置了大片的土地，他聘請了最好的園林設(shè)計(jì)師與最好的工匠，來負(fù)責(zé)豪宅的規(guī)劃與施工，這片占地面積達(dá)到一百三十八畝的大府院落，將象征著他的財(cái)富與地位。

在多年的漂泊、流浪與征戰(zhàn)之后，鄭芝龍已經(jīng)不再是海盜，而是有身份、有地位、有財(cái)富的政府正式官員，雖然他實(shí)際上更應(yīng)該稱為雄據(jù)一方的軍閥，這使他的生活比以前要安定，也多了閑情雅致，他懷念著遠(yuǎn)在平戶的妻子田川氏以及他的兒子福松，是把他們接回家鄉(xiāng)，全家團(tuán)聚的時(shí)候了。