不知是有意還是無意，這群亡命天涯的人所停駐的北港，自然條件十分的好，北回歸線恰好穿過這一區域，光熱充足，雨水豐沛，土壤極其肥沃，一條稱為北港溪的小河從東北向西南注入到海洋，亞熱帶的氣候對于來自海峽對岸的福建人來說，如同回到家鄉般的親切，在西港正西大約四十公里的海面上，就是荷蘭人曾經占據的澎湖島。

拓荒是一個艱辛的歷程。水手們從船上卸下物品，有武器、食品及其一些生活用品。逃亡的倉猝使得一些建筑的必需品極其缺乏，但這并不影響水手們的熱情。他們用大刀砍伐樹木，在離海岸不遠的高地上樹起柵欄，他們不是修建居家的房屋，而且在修筑帶有濃厚軍事色彩的營寨，火炮被布置在營寨的周圍，他們必需要提防潛在敵人的入侵，這些潛在的敵人，包括島上的土著人、游弋在海面上的海盜團伙，以及荷蘭人。

對于這群外來者，島上的土著居民有一種恐慌心理，在此之前，他們應該有聽到從南方傳來的消息，一伙紅毛碧眼的荷蘭人強盜式地占領了島嶼的南部地區，并開始修筑兩座城堡：熱蘭遮城與赤嵌城。顏思齊與他的水手們很輕松地擊退了土著人，因為土著人不僅武器窳劣，而且也缺乏戰斗的訓練。顏思齊馬上派人與土著人的首領取得聯系，強調自己與他們一樣，乃是大明帝國的臣民，隨著誤會的冰消云釋，顏思齊與土著首領劃分清各自的地盤，互不侵擾，并且以船上的物品與土著人換取食品。

占據日本稱王的夢想落空了，顏思齊這回真的象水滸英雄前輩一樣落草為寇了，“成王敗寇\"的古訓似乎在他身上得到了集中的體現，但他的志向并沒有因此而磨滅，他重新燃起潛伏于心中的火焰，將要在這塊蠻荒之地上，開拓出一片新天地。顏思齊將營寨建為\"井\"字型，居中是高臺，可俯視四周，營寨的周圍是待開墾的農田。但是這些曾經的海商、現落草為寇的武夫，誰愿意將手中的刀劍換作犁鋤呢？為了拓荒，必須要招攬更多的人前來，顏思齊派楊天生秘密返回漳州、泉州一帶，招募移民三千多人，用船運載到了臺灣島上。

大規模的開荒拓墾開始了，這是臺灣歷史一個新的開端，如果我們稱之為\"顏思齊的時代”，也許并不過分。有了充足的勞動力之后，這批海商又開始中斷了的海上貿易，不過更多時候，他們以劫掠為生，他們的船只縱橫于臺灣海峽這條海上生命線，從其他的商船中搶奪物品與金銀財寶，并且利用這些財富，購置更多的大船與武器，招攬更多的流民加入到海盜的隊伍中。

鄭芝龍的海盜中的地位也越發重要。在他離家數年后，父親去世了，留在澳門的弟弟鄭芝虎、鄭芝豹在得知大哥落草于臺灣后，也紛紛前來投靠，此外，他的堂哥鄭芝莞也前來投奔。鄭芝龍雖然離開了平戶，但他仍然是海商巨頭李旦的義子，他與李旦的船隊來往仍然非常密切，這一層關系對于確定鄭芝龍在二十八人集團中的地位是非常重要，這也為顏思齊集團繼續從事海商事業提供了極大的便利。

由于荷蘭人占據了臺灣的南部，與顏思齊的勢力各霸一方。

顏思齊海上力量的崛起，對荷蘭人來說，既是一個威脅，也是一個可以合作的伙伴。在這種情況下，顏思齊派鄭芝龍到荷蘭人的控制區，擔任荷蘭東印度公司的翻譯。

鄭芝龍在日本時，便與荷蘭人打過許多次交道，非常了解荷蘭人底細，顏思齊集團與荷蘭人共處一島上卻能相安無事，這其中應該有不少要歸功于鄭芝龍的外交才華。

但是鄭芝龍并沒有在荷蘭的東印度公司呆很久，有一天他不辭而別返回到北港。

對于野心勃勃的鄭芝龍，顯然清楚地意識到遠離基地，無異以將自己的權力拱手讓予他人，雖然在二十八人集團中，他的年齡是最小的，但無論是他的才華，還是他所掌握的資源，都要遠遠地超過顏思齊之外的其他二十六人。

與其當一名無所事事的翻譯，不如帶上幾艘船到海面上尋找獵物，他寧可自己當一名海盜，也不愿成為一名文職人員，在這個海盜世界中，搶劫一艘商船，絕對比說一口流利的西洋話更能贏得別人的尊敬。

顏思齊經營臺灣一年的時間，海商基地已經從海岸線向島內延伸，從北港溪流域拓展到了牛朝溪、八掌溪流域，新開墾土地大大增加，同時新的居住點也不斷地增多。船只的數量也越來越龐大，武裝力量也變得強大。

顏思齊沒有放棄占據日本的雄心，在那個時代，他確實是非常特殊的人物，如果不是因為他意外地英年早逝，那么他的成就遠不止此。

“先驅者總是邁不過死亡的門檻”。

1625年的農歷九月，顏思齊前往距離海岸約三四十公里處的豬羅山打獵，返回后得一場大病，他也沒有邁過死亡的門檻。

這次死亡來得如此突然，給顏思齊本人留下無盡的遺憾，他在臨終前對眾位兄弟說：“不佞與公等共事二載，本期創建功業，揚中國聲名。今壯志未遂，中道夭折，公等其繼起。”這句話同時證明顏思齊絕非等閑的海盜，而是一位拓荒時代的英雄，后來他被認為是\"開臺圣祖”，即近代開拓臺灣的第一人。

顏思齊的暴死，使得海內集團的權力斗爭白熱化。

陳衷紀是新首領的有力競爭者，他是當代密謀推翻日本的行動中最賣力的成員，同時也是顏思齊的同鄉，這個身份使他與顏思齊的關系非常密切，而且從日本逃亡出來后，也是他提出占據臺灣的主張。

但是最后是鄭芝龍被推上新首領的位置，在所有的結義兄弟中，鄭芝龍的年齡最小，顏思齊死時，他也只有二十二歲，他最終勝出的原因，有各種各樣的說法，有的記載離奇得象是天方夜譚，比如說有一種說法，以擲碗來決定首領人選，其他人擲到地上的碗都粉碎，只中鄭芝龍擲出的不破；還有一種說法，以拜劍的方式來決定首領，輪到鄭芝龍拜的時候，劍居然飛起來。也有的學者從鄭芝龍有一位顏姓的妻子這一事實出發，推斷這位顏氏可能是顏思齊的女兒，那么鄭芝龍便是以女婿的身份來繼承首領的位置。

但是更可能的情況，是鄭芝龍此時的個人勢力，已經是其他人所無法相比，因為他的義父海商巨頭李旦先于顏思齊一個月去世，李旦的龐大的船隊與資產便轉移到鄭芝龍的名下，這無疑使鄭芝龍的勢力徒然膨脹起來。

不論是出于什么原因，鄭芝龍將李旦與顏思齊兩支最大的海商力量合二為一，東亞最強大的海上力量，由此產生。顏思齊的時代已成過去，鄭芝龍的時代到來了。

無論是李旦海商集團還是顏思齊海商集團，都被政府視為非法的武裝，或者簡潔地說，視為海盜。海商集團與政府的斗爭由來已久，鄭芝龍一躍成為海商巨頭后，也成為政府軍所剿殺的首要對象。

但是大明朝政府現在是陷入困境之中，內有魏忠賢殘酷鎮壓東林黨人，外有滿族人在東北地區屢屢發動進攻，在這么一個背景下，要剿滅鄭芝龍也只能心有余力不足了。

鄭芝龍要向他的結義兄弟們證明自己的領袖才能。

他在1626年率領船隊進攻位于福建南部的漳浦縣，緊接著又攻打金門與中左所，然后揮師南下，進攻粵東，取得一連串的勝利。

海盜軍隊的戰斗力令政府軍大為吃驚，政府官員在給皇帝的一份報告中，以懊惱的心情寫道：“其船器皆制自外番，艨艟高大堅致，入水不沒，遇礁不破，器械犀利，銃炮一發，數十里當之立碎。”

海盜的裝備居然比政府軍的裝備還要先進，但比起武器裝備的先進，這群海盜更可怕的地方是收買人心。

海盜軍隊的成員大多來自福建，所以他們只跟政府軍對抗，并不殺人放火，鄭芝龍對手下嘍啰們有幾條軍紀約束，不準擄掠婦女，不準屠殺百姓，不準放火燒房，不準破壞莊稼，只是遇到富人家便逼他捐錢捐糧。

對于沿海的百姓來說，他們對海盜并沒有惡感，很多時候，他們的親戚朋友中也不乏海盜，鄭芝龍的軍隊每到一處，就豎起大旗，招收當地居民入伍，大批的貧困饑民紛涌入鄭芝龍的隊伍之中，海盜軍根本不擔心兵源的不足，還有不少人自愿到臺灣島上進行墾荒。

在與政府軍對抗的同時，鄭芝龍與荷蘭人之間的商業活動并沒有停止，荷蘭人對鄭芝龍有一種好感與信任，可以從一份荷蘭人的文書中看到鄭芝龍當時的勢力有多么強大：“這支有四百只船、七萬人的首領名一官，他曾在臺灣公司當過譯員，后來當了海盜，一瞬間獲得如此偉大的成就，中國官府對他束手無策，他長期與我們有良好的友誼，我們對他有莫大的信任。”

從1624年鄭芝龍伙同顏思齊逃離日本時的十三艘船、數百人，到1626年時，船只數量已經達到一百二十艘，而在1627上半年，擴大到四百艘船與七萬人，到了下半年，鄭芝龍船只的數量就達到一千艘之多，這個增長速度真算是一個奇跡。

這些數據表明，年輕的鄭芝龍確實擁有非凡的領導才能，這也使他在集團內部的領袖地位不可動搖。

鄭芝龍的崛起，意味著政府一直以來外貿政策的巨大失敗。

雖然政府部分開放海禁，但是過多的限制措施最終只能使海商通過非法經營的手段來對抗政府的保守，而這種非法經營勢必又使得政府進行鎮壓與打擊，反過來海商就武裝起來對抗政府，對抗的結果就是海商的力量越來越強大，即便軍事對峙也完全不落下風。