鄭芝龍被挾持北上之后，清軍馬上南下安平十月離開日本的，日本政府本來不允許日本人出海，但是在鄭芝龍擁立隆武帝之后，一躍成為南明政權中最有實力的人物，而日本政府仍然視南明政府為中國的合法政府，因而不想得罪鄭芝龍，但是日本人好面子，平戶島主便提出一個條件，田川松的次子七左衛門不得離開日本，只允許田川松一人到中國。

田川氏自與鄭芝龍結婚后產下鄭成功后，此后二十余年與丈夫遠隔重洋，后來鄭成功又離開日本，便得她更懷念父子倆，終于有機會到中國與丈夫兒子相聚，對她來說，這一天等得太久了。可是田川氏到來時，正值中國巨變，鄭氏家族也無法置身事外，隆武政權覆滅，鄭芝龍投降后被挾持北上，兒子鄭成功退到金門島，團圓的日子沒有幾天，眼看又天隔一方了。

清軍南下安平，四處燒殺搶掠，鄭家本以為鄭芝龍降清了，可以躲過這場災難，不想禽獸清軍居然也對鄭家下手，一生艱辛的鄭成功之母田川松也沒能幸免，在被野蠻的清軍強暴之后，倔強的田川氏在羞憤之中自殺身亡，有的史料稱是自縊，有的稱是投水，有的稱是切腹，這個日本女人以自己的堅強，為兒子鄭成功樹立一個寧死不屈的榜樣。

當鄭成功得悉安平遭清軍洗劫的消息之后，他馬上率部從金門趕回老家，此時清軍已經在洗劫之后撤離了安平。這個因海上貿易而繁華的小鎮現在如同一片廢墟，尸橫遍野，在自己的家中，鄭成功找到了母親的尸體。

面對著母親的尸體，鄭成功悲痛欲絕。在二十二年前，母親在海邊的巨石旁產下了他，在他滿月時，父親因參加顏思齊推翻幕府的活動而被迫外逃，此后幾年，母子倆相依為命，母親對他既是慈祥也是嚴厲的，不惜將他送到日本武士那里進行嚴格的訓練，只是想讓他擁有強壯的身體與堅強的意志。七歲的時候，他含淚離別母親返回中國，這一別就是十四年，那些日子里，他經常跑到海邊，望著日本的方向，思念母親而暗自流淚，十四年啊，多么的漫長，好不容易終于母子團聚，可是時局的巨變，他又不得不帶著軍隊到前線，沒有時間來伺侯在母親的身旁啊。

國仇家恨，一下子涌上心頭，滿賊不共戴天。鄭成功拔出佩刀，他做了一個令在場所有人都深感震驚的舉動，他用刀切開身亡母親的肚子，將腸子掏出來，洗去污穢，然后再放入腹腔之中。他臉色發青，面無表情，只是青筋暴出，強忍著內心的悲痛與憤恨，然后厚葬母親。從那一刻起，他是滿清最堅決的敵人，只要生命不息，他將戰斗不止！

厚葬母親之后，鄭成功來到了南安文廟，他在孔廟內焚燒了曾經穿戴過的儒衣青巾，仰天欷噓，說道：“昔為孺子，今為孤臣，謹謝儒服，惟先師昭鑒！”他下定決心，告別儒生生涯，他將以嶄新的面貌出現在世人面前，從現在開始，他不再是一個文人，而是一個武將，是一個復仇者，他將追隨春秋英雄人物程嬰、伍子胥的腳步，不惜生命去為國、為家報仇雪恨。

十二月一日，鄭成功會同其部將陳輝、洪旭以及閣部的路振飛、曾櫻等九十多人，誓師起兵。遙祭隆武帝與皇后，然后宣讀誓詞：“本藩乃明朝之臣子，縞素應然，實中興之將佐，披肝無地，冀諸英杰共伸大義。”

鄭成功起兵于山窮水盡之時，局面非常困難。在在鄭芝龍投降后，鄭家軍大批投降清軍，雖然還有一些將領拒絕降清，但是鄭芝龍被挾持之后，這些軍隊群龍無首，各自為戰，割據一方，雖然鄭成功是鄭芝龍的長子，由于鄭成功向來的抗清主張不合鄭芝龍之意，所以鄭成功一直未能掌握鄭家軍的兵權，這使得他起兵時，根基十分的脆弱。

在鄭家軍的殘余力量中，實力最強的是鄭彩的軍隊，鄭彩據守在廈門島，由于隆武帝被清軍所殺，鄭彩決定擁護逃往舟山的魯監國政權，十月二十五日，鄭彩派人將魯王朱以海從舟山群島迎接到廈門，這樣，鄭彩便與浙東的魯監國政權相結合，成為福建抗清力量中的實力最強的一支，福建到浙江的一些島嶼也控制在魯監國武裝力量的手中。

鄭鴻逵與鄭成功都不承認魯王政權，鄭鴻逵占據金門島，鄭成功則以安平為基地。鄭芝龍的部將陳豹占據南澳島，另一位鄭芝龍的部將林察前往廣東，這些都是拒絕降清的鄭家軍殘余力量。

此時鄭成功所處的局面很不樂觀，一來安平這個地方無險可守，很容易受到清軍的攻擊，相比之下，鄭彩、鄭鴻逵都退至海島上，憑借著海軍的優勢，清軍一時很難消滅他們；二來鄭成功的武裝力量太薄弱，軍隊人數太少，而且戰船的數量也嚴重不足。父親龐大的基業，并沒有留下太多給兒子。

鄭成功首要任務是擴充自己的軍隊，他先考慮招集父親的舊部，福建最南部的南澳一直以來是鄭芝龍的一個重要基地，鄭成功離開安平，前往南澳，作為鄭芝龍的長子，忠誠的陳豹對他的抗清事業起到至關重要的作用，他不僅表示愿意效忠鄭成功，而且協助鄭成功在當地招募兵員，共計有數千人，這成為鄭成功的早期武裝斗爭的基本力量。

福建的鄭氏殘余力量之所以能獲得喘息之機，是因為此時清軍的主攻方向轉向廣東。隆武帝在長汀遇害后，1646年十月十日，桂王朱由榔被推立為監國，建立南明臨時政權。然而南明內部的混亂局面又一次重演，十一月五日，隆武帝的弟弟唐王在廣州被擁立為皇帝，史稱紹武政權。兩個南明政權不免又起內斗，爭奪帝位，十一月十八日，桂王朱由榔也在肇慶登基，史稱永歷帝。此時清軍已經攻占江西與福建，廣東的政局危在旦夕，而兩個南明政權卻置外敵于不顧，爆發內戰。鄭芝龍的部將林察便是紹武政權的主要軍事負責人，雖然林察指揮海軍擊敗了永歷政權的軍隊，但內戰最終使葬送了紹武政權。

清軍在佟養甲、李成棟的帶領下，由福建突入廣東，并于十二月中旬攻克廣州，紹武帝被俘虜，紹武政權覆滅，而永歷帝則逃到湖南，鶴蚌相爭，最終清軍成為得利者。

安平只是彈丸之地，鄭成功的軍隊又以水師見長，在這里施展不開手腳，所以他耐心地等候著機會。在1647年的上半年，鄭成功主要精力放在訓練軍隊，補充戰船，并游弋于鼓浪嶼、海澄、鎮海衛一帶。在這些時間里，清朝方面仍然通過鄭芝龍勸降鄭成功，鄭成功不為所動，并寫下一首詩以明心志：“天以艱危付吾儔，一心一德賦同仇。最憐忠孝兩難盡，每憶庭闈涕泗流。”鄭成功自己加了一個注腳：“太師為滿酋誘執，迫成功降。再四思量，終無兩全之美。痛憤兒不欲生，惟有血戰，直渡黃龍痛飲，或可迎歸終養耳。屈節污身不為也。”

由于清軍大舉入粵，在福建的防衛相對空虛，這給福建的南明抗清力量帶來了機會。

此時福建的抗清力量有三大部分，其一是鄭彩所擁護的魯監國政權，在閩地抗清力量中實力最強；其二是以鄭鴻逵、鄭成功為主的原鄭家軍，拒絕承認魯監國政權，實力較弱，僅限于金門、安平以及閩南的一些沿海地區；其三是各地紛起的義軍，這些義軍組織松散，與魯監國政權與鄭氏勢力均保持若即若離的狀態，雖然人數眾多，但各自為戰的色彩較濃。

進入1647年后，在福建的魯監國的武裝力量開始出擊，從正月開始到六月，魯監國的軍隊頻頻在沿海地區發動進攻，但是這些進攻對清軍的威脅并不十分大，從七月份開始，福建拋起一股抗清的高潮，反清義軍于七月四日攻克建寧府，之后又攻下建陽、崇安、松溪、政和等地，令清軍大為恐慌。

正是在這樣的抗清背景下，鄭成功這支當時并不醒目的軍隊，也開始挺進抗清的前線。

七月，鄭成功與鄭彩聯合出擊海澄，駐軍于祖山頭，但是很快清軍的援軍趕到，在戰斗中，鄭成功的部將、監軍楊期潢戰死，首度出師不利。

對于鄭成功的出擊，他的叔父鄭鴻逵有些擔心，他寫了一封信給鄭成功，告誡他首先要保住自己的老巢安平，因為安平是彈丸之地，而且無險可守，如果清軍大舉進攻，那么安平是很難守住的。鄭鴻逵建議鄭成功回師安平，乘清軍不備之際，進攻泉州，只要奪取泉州，就可以作為長期發展的基地，然后等待機會，養精蓄銳，進而奪取福建。同時鄭鴻逵承諾派遣一支軍隊，以協助鄭成功發動泉州戰役。

鄭鴻逵建議聯合鄭成功攻占泉州，一方面是福建的抗清運動有了轉機，另一方面是由于鄭彩與魯監國政權聯合之后，逐漸在福建抗清運動中占據領導地位，如果不積極主動出擊，那么日后勢必被鄭彩與魯監國集團所吞并。鄭成功此時苦于缺少一個可靠的后方，雖然占領了海澄外圍的石尾港、九都等地，但未能攻破海澄，所以對鄭鴻逵的提議，他積極響應，并很快從海澄返回安平。

八月二十二日，鄭成功與鄭鴻逵兩路義軍在泉州南的桃花山會師，泉州雖然淪于清軍之手，但是清朝的野蠻政策在這里不得人心，鄭成功與鄭鴻逵開始進行軍事行動之后，在當地鄉紳的策劃下，多處都爆發起義，以響應鄭氏的軍隊。

據守泉州的清提督趙國祚率兩千人出城與鄭軍交鋒，其中五百名騎兵，一千五百名步兵，這兩千名清軍并不能遏制鄭軍的攻勢，很快被擊潰，退入城中。趙國祚憑借堅固的城防工事防守，鄭軍最善長海戰，在陸地上的戰斗力遠遜于海上，在攻城上更是其弱項。鄭成功與鄭鴻逵多次發起進攻，但未能突破清軍防線，而且在泉州城外，清軍還有一個營寨，叫溜石寨，清軍參將解應龍率軍策應泉州，不斷地鄭軍制造麻煩，使鄭軍在攻城上進展緩慢。

鄭成功與鄭鴻逵商量之后，決心要消滅解應龍的溜石寨守軍，并且制定了一個計劃。九月三日，鄭鴻逵首先向泉州城發起進攻，當隆隆的炮聲傳到溜石寨時，解應龍趕緊出兵，準備前往援救，當他行進到半途時，鄭成功派出的一支軍隊開始進攻空守備空虛的溜石寨，解應龍當即率軍返回，此時鄭成功早已埋伏一支奇兵等待解解應龍的到來，解應龍倉促應戰，結果被鄭軍擊斃，與此同時，鄭成功的部將杜輝也擊破溜石寨。

擊破溜石寨的戰斗，是鄭成功起兵以來第一場勝戰，大大鼓舞鄭軍的士氣，同時也鼓舞泉州城內反清人士的信心。

泉州鄉紳郭顯準備在城內發動起義，以策應鄭軍的攻城，但是走露了風聲，泉州清提督趙國祚派人前往捉拿，結果到了郭家后，卻發現郭家一家老小都不見蹤影了，但是郭顯的一個小妾，名叫春姐，在關鍵時刻，貪圖郭家的財物，向趙國祚告密，結果躲在密室中的郭顯一家十三口人全部遇害，這次泉州舉義的計劃流產。告密的春姐也沒有好下場，她也被滅口，財物被清軍奪走。

在郭顯失敗后，趙國祚更加小心翼翼，派軍隊日夜巡城。

泉州西門守將楊友義暗地里與一支義軍的首領諸葛斌往來，并且暗中商定，到了夜晚諸葛斌率軍到西門外，楊友義界時將作為內應，打開城門。這個計劃百密一疏，謹慎的趙國祚突然將楊友義從西門調到東門，事出突然，楊友義來不及通知諸葛斌，結果諸葛斌仍然按原計劃，在半夜時抵達西門外，不僅沒有內應，反而受到清軍的圍攻，諸葛斌寡不敵眾，戰死城門下。

泉州城被圍困二十余日后，趙國祚密令漳州副將王進率兵馳援，王進有個渾號，叫王老虎，這個人作戰驍勇，而且有謀略。在接到趙國祚的密令后，他調集一千五百名援軍，其中騎兵五百人，步兵一千人支援泉州。王進放出風聲，自稱帶了漳州、潮州的軍隊共計數萬人，不日將抵達泉州城下，這種虛張聲勢使得鄭成功的情報部門出現了重大的誤判。鄭成功緊急與鄭鴻逵商議對策，鄭成功并不想退兵，而是準備圍城打援。

由于主要交通線已經被鄭軍封鎖，王進的援軍數量上其實并不多，很難強行通過，不過王進的運氣不錯，他居然打探到一條從南安到泉州的小路，而這條小路并沒有鄭軍的巡邏。

王進又了次施展詭計，放出風聲，假稱準備襲取鄭成功的老巢安平，實際則命令主力迅速通過南安小道直達泉州城外，并且出其不意地襲擊鄭成功的部將洪政的防地，擊退洪政的部隊。此時城內的清軍發現援軍的到來，便敲鑼打鼓，以壯聲勢。

此時鄭鴻逵與鄭成功仍然對王進援軍數量沒有一個準確的估計，所以認為清軍一部南下襲取安平，鄭鴻逵擔心安平失陷后，將切斷鄭軍撤往海上的交通線，一陣心虛，下令撤退，返回金門；同時，鄭成功也擔心安平的安危，也下達撤兵的命令，返回到安平。

安平其實并未受到侵犯，后來的情報顯示，其實清軍援軍總數只有一千五百人，鄭成功得知后，對于放棄圍攻泉州感到十分后悔，他馬上派出軍隊設伏，企圖殲滅王進這支援軍，但是這次伏擊戰沒有打響，因為王進在鄭軍設伏的前兩天已經返回漳州。

這次進攻泉州戰役的失敗，固然有情報上的重大誤判，同時也表明鄭成功此時的力量尚不夠強大，他的很多士兵是招募而來，只經過短暫的軍事訓練，缺乏實戰經驗。雖然遭遇挫折，但鄭成功已初露鋒芒，抗清之路，漫長而艱辛。