隆武帝遇害，鄭芝龍不戰而退守安平，整個福建戰局陷入群龍無首的癱瘓狀態之中。清軍在未遭遇多大阻力的情況下，于九月十九日攻占福州，之后，清軍統帥博洛派遣韓固山率軍南下，連續攻占興化、泉州、漳州等府，福建的南明守軍兵敗如山倒，到了十一月份，除了鄭芝龍的老巢安平以及福建沿海的一些島嶼之外，其余地區全部落入清軍之手。整個福建戰役中，南明軍隊共計有六萬八千五百人投降清軍。

鄭芝龍既不戰，也不降，他還擁有五百艘戰船，十余萬軍隊龜縮在沿海一些地區以及島嶼，仍然有很強的實力，他之所以不投降，是要博取更多的政治資本。對于鄭芝龍這支軍隊，博洛也不敢小視，因為鄭芝龍的軍隊與其他明軍不同，是以海軍為主，一旦在陸上打不贏清軍，鄭芝龍仍然可以憑借舟船的優勢，逍遙于海上，對清軍始終會構成很大的威脅，所以博洛下定決心要招降鄭芝龍。

韓固山的清軍在攻占泉州、漳州后，威逼鄭芝龍的老巢安平。鄭芝龍非常憤怒，他認為自己將軍隊撤出仙霞關，就是為清軍順利進軍福建、擒殺隆武帝立下大功，清軍非但不報答，還兵逼安平，鄭芝龍說：“我懼以立王為罪耳，既招我，何相逼也。”立王為罪，指的是擁立隆武帝，擔心清廷因為這件事而怪罪于他。

博洛便假惺惺地斥責了韓固山，并且命令清軍退兵三十里，然后寫了一封親筆信，派明降將郭必昌轉交給鄭芝龍，信中寫道：“吾所以重將軍者，以將軍能立唐王藩也。人臣事主，茍有可為，必竭其力。力盡不勝天，則投明而事，乘時建功，此豪杰事也。若將軍不輔主，吾何用將軍哉？且兩粵未平，今鑄閩粵總督印以相待。”

其實博洛何嘗不知，鄭芝龍對待隆武帝怎么是\"竭盡其力\"呢？不過是說得動聽一點，打消鄭芝龍的戒備心，又以閩粵總督之職相誘，鄭芝龍本來就無意抗清，剃發不剃發對他也無所謂，他最重視的就是有沒有實權。至于博洛是否會兌現他的承諾呢？這就需要賭一賭了，就象當年他接受招撫時與明朝政府的賭局一樣。

對于博洛的這封信，鄭芝龍異常興奮，他相信自己有實力作為后盾，即便是改朝換代，他仍然是官場的不倒翁，他決意向清軍投降，便派人與郭必昌一同抵達福州，向博洛遞交請降書。

鄭成功得知父親準備投降清軍的消息，大吃一驚，趕緊趕到父親那兒，勸說道：“吾父總握重權，未可輕為轉念。以兒細度，閩粵之地，不比北方得任意馳驅。若憑高恃險，設伏以御，雖有百萬，恐一旦亦難飛過。收拾人心，以固其本，大開海道，興販各港，以足其餉，然后選將練兵，號召天下，進取不難矣。”

日后鄭成功以自己實踐證明了這個軍事主張的正確性，但是多年的富貴生涯，早使鄭芝龍喪失了早年的進取精神，對他來說，保住富貴才是最重要的。鄭芝龍對兒子嚴厲地呵斥道：“稚子妄談！不知天時時勢，夫以天塹之隔，四鎮雄兵且不能拒敵，何況偏安一隅。倘畫虎不成，豈不類狗乎？”

為什么大明帝國會敗得如此之慘？鄭成功有自己的看法，首先崇禎一朝時，“我朝委系無人，文臣弄權，一旦冰裂瓦解，釀成煤山之慘。”而對于弘光的南明政權，有著長江天險，又為什么迅速崩垮呢？”迨至南都，非長江失恃，細察其故，君實非戡亂之君，臣又多庸碌之輩，遂使天下英雄飲恨，天塹難憑也。”鄭成功再次勸說父親，“吾父若藉其崎嶇，扼其險要，則地利尚在，人心可收也。”

鄭成功的分析非常有道理，可惜此時的鄭芝龍心在不此，巴不得早日投降，以免清廷反悔，他居然把自己的行為稱為豪杰之所為，教訓鄭成功說：“知時務者為俊杰，今招我重我，就之必禮我。茍與爭鋒，一旦失利，搖尾乞憐，那時追悔莫及。豎子渺視，懼毋多談。”

面對頑固的父親，鄭成功無法說服，只是跪下身上，拉著父親的衣服，淚流滿面地說：“虎不可離山，魚不可脫淵；離山則失其威，脫淵則登時困殺。吾父當三思而行。”

鄭芝龍聽得耳朵快生繭了，很不耐煩，氣乎乎地拂袖而去，鄭成功只得悻悻而出。

鄭芝龍沒有發現，其實在鄭家軍內部，反對降清的勢力是很大的。雖然鄭家軍在隆武小朝廷中陰奉陽違，處處制肘隆武帝，但包括鄭鴻逵、鄭彩在內的高級將領，雖然都抱有割據一方的私心，但是并沒有想要投降清軍，這支由海盜軍演變而來的軍隊，并不象其他的南明軍隊那么沒有戰斗力。

神情恍惚的鄭成功在勸父不成后，離開家，正好在半路上遇到叔父鄭鴻逵，鄭成功便將與父親的談話內容告訴了叔父。在鄭成功的叔父中，鄭鴻逵一直是最關心他的一個。在聽完鄭成功的話之后，鄭鴻逵心里很佩服他這個侄子的遠見與膽量，他認為大哥鄭芝龍是那種立下決心便不會輕易更改的人，便建議鄭成功先帶著一支軍隊，乘船到金門島，靜觀事態的發展，鄭成功聽從叔父的主意，秘密率一部分水師離開安平。

鄭鴻逵入見鄭芝龍后，鄭芝龍還一臉的不高興，見弟弟前來，不由得罵起鄭成功少年狂妄輕躁，不識時務始末。誰知鄭鴻逵竟然與鄭成功一樣，也規勸自己兄長說：“夫人生天地間，如朝露耳，能建功立業，垂名異世，則亦時不可失也。吾兄當國難之際，位極人臣，時事不可為，則弟亦不敢虛鼓唇舌。況兄尚帶甲數十萬，舳艫塞海，餉糧充足，輔其君以號召天下，豪杰自當響應，何必委身于人，此弟深為兄長所不取也。”

鄭芝龍見鄭鴻逵與鄭成功一個鼻孔出氣，拂然答道：“吾弟所言，眼前之事，非長途計耳。甲申之變，天下鼎沸，亦秦失其鹿，故大清得而逐之，業已三分有二。若以小丈夫之氣，振一旅之兵而敵天下兵，恐自不量力也。不如乘其招我，全軍歸誠，正棄暗投明，擇主而事。古來豪杰，往往有行之者。大清正未必忍相棄耳。”仍然堅持認為自己的投降主張是正確無誤的，不過以后他會發現，他所謂的\"棄暗投明\"會給他帶來怎樣的災難性結局。

既然無法說服兄長，鄭鴻逵只能提醒兄長：“既吾兄志決，亦不可不為之慮。”鄭芝龍不以為然地說：“人以誠心待我，我即以誠心應之，何疑焉？”

幾天后，鄭芝龍帶著五百名士兵，啟程前往福州，與博洛會晤。他可能不會想到，這次的賭局他將全盤皆輸，為了表示自己投降的誠意，他還準備帶上長子鄭成功，但是鄭成功已經潛往金門島。鄭芝龍十分生氣，派人到金門島，要求鄭成功立即返回安平，一同前往福州，鄭成功在勸說父親失敗之后，他已經暗下決心與父親斷絕關系了，他毫不客氣地寫了一封回信，其中寫道：“從來父教子以忠，未聞教子以貳。今父不聽兒言，后倘有不測，兒只有縞素而已。”

鄭芝龍接到回信后，大罵鄭成功是個逆子，滿紙狂悖之言，既然無法召回鄭成功，鄭芝龍只得帶上自己的另一個兒子鄭渡前往會晤博洛。

博洛是努爾哈赤的孫子，他命令文武官員在福州城的效外迎接鄭芝龍的到來，并且舉行了盛大的歡迎宴會，招待鄭芝龍。博洛握著鄭芝龍的手，假惺惺的感慨見見恨晚，鄭芝龍有些受寵若驚，他趕緊向博洛請罪，請求清廷可以赦免他擁立隆武帝的罪過。博洛安慰他說：“足見將軍之經權有方，可為則為之，不可為則擇主而事。況兩粵未平，海濱之地，非仗將軍熟識，未可一旦而奏虜功。今日得見，實朝廷之福，將軍休疑慮焉。”為了打消鄭芝龍的疑慮，博洛與鄭芝龍折箭立誓。

鄭芝龍大喜，立即向博洛頓首稱謝，并且剃發投降，他滿以為只要一投降，閩粵總督的頭銜就可到手，換了江山，換了帝王，可他還是割據一方的實力派軍閥。可是有一件事，鄭芝龍完全想錯了，博洛雖然表面上裝作很大度的樣子，其實對鄭芝龍是很不放心的。

在博洛看來，鄭芝龍完全是個投機分子，狡詐多變，首鼠兩端，特別是這次他前往福州投降，只帶了五百人，并沒有全軍一起投降，所以博洛判斷鄭芝龍是心懷異志，此行的目的是探測滿清方面的態度，為預防不測，最好的方法是將他挾持到BJ，這樣一來，鄭家軍群龍無首，而且可以鄭芝龍的生命來脅迫鄭氏部將的歸降。

鄭芝龍抵達福州后的第三天夜里，博洛突然宣布拔營返回BJ，同時命令鄭芝龍隨軍北上。鄭芝龍大吃一驚，只要離開福建，脫離了軍隊，他就一文不名了，更談不上什么閩粵總督的頭銜了，看來自己是中了狡詐的博洛的詭計了，他只要想方設法離開清營，可是清軍防衛嚴密，根本沒有機會可逃跑。鄭芝龍決心利用最后一個機會，他對博洛說：“北上面君，本芝龍本愿，但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何？”

博洛根本就不會相信鄭芝龍的話，他一眼看穿了鄭芝龍無非想找上理由逃回安平，便回答說：“此與爾無與，亦非吾所慮也。”他拿來紙筆，讓鄭芝龍當面寫了幾封信，用以勸降鄭家軍的主要將領。鄭芝龍此時是虎失威、魚失水，恁他是一代豪雄，現在也只能成為砧上的任人宰割的肉了。

鄭成功在接到父親的書信后，當即回復一札，寫道：“今既不能匡君于難，致宗社墮地，何忍背恩求生，反顏他事乎？大人不顧大義，不念宗祠，投身虎口，事未可知。趙武、伍員之事，古人每圖其大者，唯大人努力自愛，勿以成功為念。”這封信實在是飽含血淚，既是對父親的批評，也是對此遭遇的痛惜。

雖然鄭成功拒絕投降，但鄭芝龍的部將，包括施天福、洪習山、黃廷、施郎等人都放下武器，向清軍投降，總計投降的人數多達十一萬三千人，龐大的鄭家私人軍隊，在旦夕之間便瓦解了。與鄭成功同樣拒絕投降清軍的，還是踞守廈門的鄭彩，金門的鄭鴻逵以及南澳的陳豹等人。

鄭芝龍被迫追隨博洛抵BJ，清軍對他嚴密看防，實際是將他軟禁，從此他失去了自由，這位海上梟雄，再沒有任何機會東山再起，但清廷還要利用他作為與鄭氏殘余力量談判的籌碼。