攝政王多爾袞與黨爭

皇太極死后，開始出現并不穩定的權力關系，當諸王和眾將領帶著赫赫戰功從南方班師回朝時，反映這種權力關系的派系之分變得清晰起來。一方面，多爾袞必須謹防諸王與兵權在握的將領們結成聯盟，威脅到自己的最高統帥權；另一方面，多爾袞還要設法限制議政王大臣會議以及宗室成員的權力，以維持自己攝政王的權威。此外，他需要繼承努爾哈赤創建的汗國制度。清政權需要有足夠的物質財富來維持八旗全體成員和新歸附明軍的忠誠。統一大業似乎讓滿洲人團結起來，在皇太極統治時期就是如此，但隨著多爾袞——如其兄弟阿濟格和多鐸所期待的那樣——日益像個皇帝，黨爭便愈演愈烈起來。

1645年的政治斗爭中卷入了1643年繼位之爭的一些關鍵人物，如正黃旗固山額真譚泰、領侍衛大臣索尼、護軍統領圖賴等人。在平南、平西戰爭中，譚泰隨阿濟格征戰，圖賴則在多鐸麾下。圖賴的侄子鰲拜當時隨譚泰出征，索尼則留在樞紐中心北京。1643年，譚泰倒戈，告發豪格謀反，爾后成為多爾袞的心腹。之后他巧妙地使索尼的叔父、大學士希福因罪離職，并于1644年支持多爾袞發布詔旨，把稱號從攝政王變為叔父攝政王，而把濟爾哈朗從攝政王降為輔政叔王。1645年，譚泰班師回朝時，等待他的卻是多爾袞的沖天怒氣和索尼的圈套。

先是，英親王阿濟格對李自成在湖廣最后戰敗及死訊的報告不實。這個錯誤很嚴重，因為這個不準確的報告已被布告天下。因此，當阿濟格回到北京時，就被監禁在宮里，連同他的屬官一同下法司議罪。這還不算完，多爾袞一向喜歡直言不諱、開誠布公地討論問題，這也是以往議政王大臣會議的特點。多爾袞指責阿濟格管教屬下不嚴以致軍紀渙散，認為這反映了一種不好的態度。據稱阿濟格還以蔑視的口吻稱皇帝為孺子，顯示了不敬。對此種行為，多爾袞予以正式申斥，并通報給在戰場上的譚泰，令他宣諭旨以示眾。而譚泰卻因畏懼阿濟格的脾氣而隱匿了此令。索尼在內院任職，負責在多爾袞與其臣子之間傳旨。在廷審阿濟格時，索尼指控譚泰沒有將多爾袞的申斥公之于眾，使譚泰及其副職鰲拜被牽扯到對皇帝不敬的指責中。在這種情況下，法司只能將阿濟格、譚泰等人定罪。

但譚泰并未被打敗，反過來又控告索尼與阿濟格同樣不敬。索尼曾經嘲笑吏部尚書宗室鞏阿岱，因為后者在多爾袞所部拿下北京時，建議應將功勞昭告天下。據稱，索尼曾說：“所克燕京乃空城，流賊尚存，何功之有？”如果阿濟格的不敬之語在廷審時公開的話，那么索尼的出言不遜及不合禮數之行亦應宣之于堂。比如，索尼曾 “于庫院牧馬”，“在禁門前石橋下捕魚”。

譚泰曾利用關于建造府宅的爭議，使索尼叔父、大學士希福被革職。接下來，索尼也因為一名官員辯解——這位官員抱怨在皇城的瓦礫間匠人云集，營建攝政王府過于草率——而惹怒了多爾袞。這時索尼找到幾個證人，證明自己是在隨意聊天時說到“克燕京之功”的，而且在當時就已做出了解釋，即本意是說應該等到皇帝入京、出征討伐李自成后，再敘功績，因此他的考慮是正當的。至于在禁門前石橋下捕魚一事，這樣做的官員不止他一個[22]。

法司將索尼定罪，并建議處死。為他作證的官員等因為其掩飾罪行、縱人在禁地捕魚，亦當處死。多爾袞對索尼等人的處罰做了從輕處理，他很清楚以不敬之罪處罰其親兄弟和異母弟將產生更深遠的政治影響。當時譚泰被暫削固山額真之職，索尼被革職，這樣，清廷的派系界限被凸顯出來了，并在若干年中繼續產生支配性的影響。

接著，1646年2月，多鐸旗下的護軍統領圖賴——西安戰役之功臣，對譚泰提出了更嚴重的指控。據圖賴說，譚泰曾要求他拖延多鐸的部隊進駐南京，以便讓阿濟格搶立頭功。圖賴試圖將此行徑報知多爾袞，便從前線給索尼送信，但回京時卻發現多爾袞不知此事。送信人的朋友與譚泰私交甚密，并試圖讓他相信是索尼將信扣下，未呈多爾袞。自己的謀士間錯綜復雜的斗爭使多爾袞不厭其煩，他在午門召集王公大臣會勘此案中的當事人。索尼辯稱，他既然前一次曾彈劾譚泰不遵諭旨，將阿濟格稱世祖為孺子之語隱匿不宣，此次又如何會私藏彈劾譚泰的奏章？結案后，多爾袞將譚泰下獄，對索尼則重新起用。

索尼成功地取代了譚泰，后者曾是多爾袞賴以掌控兩黃旗之人；但多爾袞也同樣需要依靠索尼和圖賴這樣的人，來完成統一大業，建立新帝國。在廷審上，圖賴曾經質問多爾袞，為何將譚泰之罪耽延三日而不結？多爾袞大發雷霆，警告圖賴，他曾在多鐸和阿濟格作為大將軍的平南之役中自擢為前鋒，此時又令叔父攝政王難堪。“諸王因執圖賴將罪之”，但在情緒平靜下來之后，多爾袞也不得不承認圖賴“矢勤效忠，無他咎也”。圖賴被免議罪，并被提拔接替譚泰，擔任正黃旗的固山額真，還派他隨新任大將軍、阿巴泰之子博洛一道，進行第二階段的平南之戰。

多爾袞處理黨爭有些力不從心，而且長江以南各地尚需平定，張獻忠也還控制著四川。同年冬天，兩個南明據點各稱正統，一個在福州，另一個在浙江北部的紹興。清廷希望對南方士人重新打出正義之師的旗號，任命洪承疇為新設的江寧省的總督，省會在南京。洪承疇在那里起用了曾任史可法部下的提督張天祿，負責平定南方的叛亂。李成棟和其他一些失寵的北方將領則被調出了長江下游。代善的孫子勒克德渾則接替多鐸擔任在江南的統帥，率領一批久經沙場的八旗將領在湘贛征戰。博洛則率部前往杭州，對東南沿海各省發動攻勢。

戰事又持續了35年。雙方在贛江流域展開了拉鋸戰。湖南地區的抵抗持續了大約10年，該省是兩廣貿易交通的必經之路，直到17世紀80年代以前，第一股南明勢力和后來的軍閥都試圖控制該地區。1647年，清軍逮捕并處死了屠戮四川的張獻忠，但直到1659年最后一個在云南的南明藩王政權被一舉消滅之前，清朝并未能在四川省建立起有效的統治。1646年，博洛部從東南沿海地區驅逐了南明義軍，但清軍、自立的水師將領鄭成功、藩將耿精忠以及地方武裝勢力之間的拉鋸戰將這一帶弄得四分五裂，直到1683年才安定下來。整個順治朝時期，北京都面臨統一大業所提出的軍事訴求，并且一直延續到其后的康熙朝。