病理性肥胖主要指由于某種疾病引起的肥胖，如柯興氏綜合征、甲減性肥胖、肝炎后肥胖等，當單純性肥胖出現較嚴重的并發癥時也意味著肥胖已成為病理性肥胖。

以上分法只是一種理論上的區分方法，在臨床上很難衡量，一般只以是否出現病理性改變為區別點。但是，病理性肥胖與生理性肥胖是可以相互轉化的。生理性肥胖進一步加重會產生病理性改變，會轉化成為病理性肥胖；反之，病理性肥胖經過合理的治療得到改善，也可變為生理性肥胖，身體會慢慢恢愎正常。