很顯然，笛卡爾在這里所講的“懷疑的方法”就是“普遍懷疑”，是對一切的懷疑，對一切“存在懷疑”。但這種“懷疑”，并不像傳統的懷疑論者那樣是對傳統的知識體系的徹底否定。笛卡爾以前的傳統的懷疑論者，往往是以“懷疑”武器給予已經漏洞百出的經院哲學以毀滅性的打擊。對傳統的知識體系來講，這樣的表面的“懷疑”是具毀滅性的，最終的結果往往是走向虛無主義。但是，笛卡爾的“懷疑”并不如此，笛卡爾的“懷疑”的前提是要得到確實的知識，尋找無可置疑的真理，發現確實的真理，確立哲學的基本原理作為推演科學體系的基石。也就是說，笛卡爾的“懷疑論”對傳統的知識體系是具有極強的建設意義的。笛卡爾是要在傳統的知識體系中分辨出正確的知識、確實的科學真理，徹底消除我們頭腦中那些對自然、對科學的偏見。
在具體論述的時候，笛卡爾舉了這樣一個例子：“一個人提了一籃子蘋果，但是這個人懷疑這些蘋果中有不新鮮或者是已經腐爛掉的蘋果。那么，這個人應該怎么辦呢？他通常會首先把籃子倒空，然后把蘋果一個一個地檢查一遍，把那些他看到沒有爛的蘋果挑出來，重新裝回籃子里，再把其他的扔掉。這就同這樣一些人的情況完全一樣，這些人以前沒有很好地研究過哲學，在他們頭腦中保留著的是從早年就開始積累的各種各樣的看法。當他們很有道理地確信這些看法的大多數不符合真理的時候，他們便試圖把一些看法同另外一些看法區別開來，因為他們害怕把這兩類看法混淆在一起而使得全部看法不可靠。為了不犯錯誤最好還是把它們全部拋開，不管他們當中哪些是真理，哪些是謬誤，然后再對他們逐一加以研究，只保留其中那些被認為是真理和毋庸置疑的東西。”
顯然，笛卡爾所謂的“懷疑”并不是盲目的懷疑，并不是單純的懷疑，而是帶著一定目的的懷疑。笛卡爾的懷疑就是要發現真理。具體而言，“懷疑”就是笛卡爾發展真理的手段和方法，是通向真理殿堂的第一個階梯。
在確定了“懷疑”是發現真理的方法之后，下一步就是確定具體的懷疑對象。是的，有些人可能會認為，笛卡爾的懷疑不正是“普遍懷疑”嗎？“普遍懷疑”不就是懷疑一切嗎？那不就是說所有的人類已經知道的和不知道的都是懷疑的對象嗎？當然，這種認識并沒有錯。但是，難道我們不認為把“一切”——這個聽上去內容雖然充實但實際操作起來卻相當空洞的詞語——當作笛卡爾懷疑的對象，有點籠統嗎？如果這樣，笛卡爾的懷疑就是抽象的哲學概念了，就會失去笛卡爾懷疑的本身意義了。
確定懷疑對象也就是確定哪些東西應該懷疑，哪些東西值得懷疑。具體來講，笛卡爾認為以下四種東西是最應該懷疑和最值得懷疑的：
“感官知覺的東西”
笛卡爾認為，感官知覺的東西是值得懷疑的。這里很多人可能會有疑問，正如笛卡爾所說：“這里難道還有人懷疑感性事物（在這里我的意思是，這些事物是能看得見、摸得著的東西），比其他事物更確定嗎？”其實并不盡然，笛卡爾認為，感性的東西，即使是我們最耳熟能詳的東西也是值得懷疑的。“我十分清楚地意識到了，當感覺（感官）受到不利影響時，它有時會欺騙我們，就像一個病人認為所有的食物都很苦澀一樣；就像我們看天上的星星一樣，我們難以知道它的大小。這些感性認識也是如此，它們離事物的本來面目也相差很遠；也就是說，這些感性認識很難與事物的本質相一致。但所有這些錯誤卻容易理解，這并不能阻止我明白你的意思，也不能阻止我現在正看見了你；我們一起在花園漫步，陽光照在我們身上，一句話，所有我的感覺通常都是真的。”可見，感官事物通常是最容易欺騙我們的。因此，笛卡爾說：“對我來說，如你能向我清楚地說明那些據說是上帝和我們心靈創造的事物，那我將感到十分驚訝。”
“夢”
除了感官知覺的事物，笛卡爾認為，“夢”也是最容易騙人的，也最應該懷疑，最值得懷疑。例如，我們都有這樣的經歷，我們經常發現，我們在清醒時的思想和感覺與我們在睡眠時的思想和感覺是一樣的。這也就是告訴我們，我們在清醒時所有的思想和感覺也可以同樣地發生在我們的睡夢中。而我們都認為，睡夢中的感覺和思想都是沒有事實依據，都是絕對不可靠的。這樣一來，在我們清醒時進入我們意識的感覺和思想，如果它恰恰也正好是曾經在我們睡夢中進入過我們意識的感覺或者思想，那么它們的存在就都是靠不住的。這樣，人就分不清自己到底是在做夢還是處于清醒狀態。再者，一般來講，我們都認為“夢”中的情形都是來自于現實的（例如我們在夢中見到的蘋果和我們現實中見到的蘋果是一樣的），這樣看來，夢是真實的。但是，夢畢竟不是現實中發生的事情，這樣看來，夢又是虛假的，靠不住的。但是因為夢的組成元素都是來自于現實的，所以夢又不是絕對虛假的。所以說，夢和清醒的狀態是沒有一個確定的評價標準的。因此，從夢作為“夢”的角度來講，夢是騙人的。
“具體科學（例如物理科學、數學科學、天文科學以及醫學等）的確實性”
笛卡爾認為，一切具體科學，例如物理科學、數學科學、天文科學以及醫學等具體科學的確實性是值得懷疑的。先不說考察組合物的物理科學、天文科學以及醫學等具體科學，即使通常被認為是最基本的數學科學，也是存在很大的不確定性的。像數學科學里的算術和幾何科學，它們通常考察的只是簡單的純粹的數字式的所謂“理論”，而在很大程度上不會去考察它所考察的對象本身的真實性。
例如，幾何學家所考察的對象往往是“一個連續不斷的質體或空間，其長、寬、高、深的程度延長到無邊無際，而其本身卻可以被分成不同的部分；這些不同的部分能有各種不同的形狀和體量，亦可能隨便被移動或更換位置（幾何學家認為這一切都是他們所研究思索的對象）。”笛卡爾審查了一些他們認為最簡明的現象，但考察的結果是令人失望的，笛卡爾發現，一般人所公認的這些幾何學上已經被人們長期所接受的表證的準確可靠性，純粹是建立在人們認為是非常明白，研究得非常透徹的所謂的“法則”之上的。而這些法則正是“我所曾經設置以為運思之用的”。實際上，已經被人們長期接受的幾何學所研究的對象，具體來講是很難讓人們在現實中捕捉到與之相應的對象的。
笛卡爾舉例說：“如果這里有一個三角形，我們很清楚地知道它的三個角加起來必然等于兩個直角，但是這個公式并不為我們保證客觀世界上真存在著一個三角形。相反地，當我回到對于那至善至美至完全者之觀念而加以省察，我發現這個實體的存在是包含在關于他的觀念之中，正如三個角與兩個直角相等之包含在三角形的觀念之中，或如一個圓體的表面與該圓體中心間隔有相等距離之包含在圓體的觀念之中，是一樣明顯，或許前者更明顯些。因此至善至美的上帝之存在，是至少與幾何學上的任何現象一樣地確切可靠。當然，很可能有人會做出這樣的辯護：也許我們真的是被欺騙了，但是上帝本身是至善的，讓我們受騙的只是因為這些表象與它們的本質不相符合造成的。但是，不管怎么說，我們是活在欺騙之中的。”
“全能的精靈”
這一階段的懷疑是更深層次的懷疑。如果說前幾個懷疑的對象是單純的直觀懷疑，那么這里的懷疑則是對“一切存在的根本”的懷疑，或者可以說是更具有普遍性的懷疑。在進入這一階段的懷疑之初，笛卡爾先假定存在一個至高無上的全能的精靈或者惡魔。這個全能的精靈或者惡魔制造了一切，竭盡全力在欺騙我們。笛卡爾認為，如果這個假定的全能的精靈或者惡魔真的存在的話，那么，我們中間的任何一個都可能因被欺騙而陷入二加三等于五的思考之中。當然，全能的精靈或者惡魔如果真的存在的話，那么直接的后果就是讓我們從以前在合理的懷疑下獲得的信念蕩然無存。具體來講，在這個懷疑階段的論證方式可以是這樣的：很可能存在一個欺騙我們的全能的精靈或者惡魔；如果這個全能的精靈或者惡魔真的存在，那么，我們已有的觀念就可能都是錯誤的，甚至是荒唐的；所以，我們現在已有的觀念都有可能是錯誤的。
在這一階段，笛卡爾的懷疑有一個前提，那就是假定有一個善于欺騙的全能的精靈或者惡魔。注意，笛卡爾只是假定有善于欺騙的全能的精靈或者惡魔，并沒有肯定地說真的存在。而另一方面，我們也根本沒有辦法能證明這個假定的全能的精靈或者惡魔不存在。也即，如果不存在，便罷；那如果要是存在呢？如果真的存在，那我們就都被這個善于騙人的全能的精靈或惡魔欺騙了，那么我們已有的觀念就很有可能是錯誤的。
表面看來，笛卡爾所講的“普遍懷疑”就是對一切的懷疑，要不然怎么能叫“普遍的懷疑”呢？但是，如果按照這種邏輯推理下去，問題就出來了。如果說作為懷疑的主體的“我”，也在懷疑自我本身的存在，那么就說明“我”也很可能是不真實的。如果“我”是真的不存在的，那么“我”懷疑什么呢？“我”又如何懷疑呢？一方面，“我”在懷疑一切，另一方面，“我”卻不存在，這豈不是笑話？正如笛卡爾所說：“正當我把一切都認為是假的時候，我立刻發覺到那思想這一切的我必須是實際存在，我注意到：‘我思，故我在’這個真理是如此堅固，如此確真，連一切最荒唐的懷疑它的假設都不能動搖它。我于是斷定，我能毫無疑惑地接受這個真理，視它為我所尋求的哲學的第一原則。”也就是說，懷疑一切的前提是懷疑主體自我的肯定，或者說，“普遍懷疑”是建立在“懷疑主體”自我存在的基礎上的。實際上，笛卡爾在確立“普遍懷疑”這一方法論的時候，對“普遍懷疑”的確定并不是絕對的，而是認為“我在懷疑”這一點是無可懷疑的，是絕對的。
笛卡爾認為，“普遍懷疑”才是真正的理性和絕對的理智。只有有了“普遍懷疑”的思想和方法論，才能真正實現人類的理性。具有“普遍懷疑”的心靈才是沒有任何偏見的理性的心靈。只有“普遍懷疑”才能幫助人們更好地認識世界，培養合理的世界觀、價值觀。
總之，“普遍懷疑”是笛卡爾哲學的第一原則，是笛卡爾理性主義的奠基石。正是運用這種“方法論上的懷疑”，笛卡爾開始了重建形而上學的理論探討和研究。
直觀和演繹
笛卡爾認為，認識必須從清楚明白、無可置疑的東西開始，“判斷不要越過事物在眼前所呈現的明顯與清晰的范圍，不含任何可疑的因素”。這就是“直觀”或者叫做“理性演繹法”。笛卡爾認為，“直觀和演繹”是我們得到任何關于事物的確切知識的惟一方法。
笛卡爾說：“關于打算考察的對象，應該要求的不是某些人的看法，也不是我們自己的推測，而是我們能夠從中清晰而明顯地直觀出什么，或者說，從中確定無疑地演繹出什么。因為，要獲得真知，是沒有其他辦法的。”
笛卡爾告訴我們，決不把任何我們沒有明確地認識其為真的東西當作真的加以接受，我們在任何時候都要小心翼翼，盡量避免倉促的判斷和偏見，只把那些十分清晰地呈現在我們的心智之前，使我們根本無法懷疑的東西放進我們的判斷之中。這即是說，認識必須從清楚明白、無可置疑的東西開始，“判斷不要越過事物在眼前所呈現的明顯與清晰的范圍，不含任何可疑的因素”。這就是直觀或者叫做“理性演繹法”。在笛卡爾看來，“直觀和演繹”（或者叫做“理性演繹法”）是我們得到任何關于事物的確切知識的惟一方法。笛卡爾說：“如果我們的方法正確地揭示了應該怎樣運用精神的洞察力，以至于不陷入矛盾的錯誤，并且揭示了應該怎樣發現演繹，從而使我們能夠獲得全部事務的指示，那這個方法就是正確而完全的，因為除了通過精神的直觀和演繹外，沒有任何真正的科學。”也就是說，獲得任何關于事物的確切知識的“理性演繹法”重要在于：一要正確地解釋怎樣運用直觀，二要正確地解釋怎樣發現演繹。
當然，笛卡爾在這里強調，“直觀”并不是我們通常所理解的感官事物的往返不定的證據，更不是完全靠我們的豐富的想象力在腦海里構建出來的虛構的判斷，而是“用傳統的說法，直觀就是明顯，是心靈到達明顯的活動”，是“純凈的、專注的心靈所具有的無可懷疑的概念”，只和純粹的理性相關的能在同一時間給我們一種概念的而不存在任何懷疑的東西。